| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 2747582 = | 329 (0.930) | 16 (0.050) | 5/94 | NT | 6.2% | coding (76/291 nt) | ratB | UPF0125 family protein |
| ? | CP009273 | 2747605 = | 207 (0.700) | coding (53/291 nt) | ratB | UPF0125 family protein | |||||
Only 100 of 188 total aligned reads displayed.
GCCAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCTGCAGG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP009273/2747655‑2747582‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cgctgcaggTACTGCTTCTCAGGTAGCGCATAAGCCACCTCAACGGCAATTTTACCTGGCACTGTAAACCTCTTTC > CP009273/2747605‑2747671 GCCTGGTAAAATTCCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGC < 1:17790344/68‑1GCCAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACG < 1:27489409/67‑1GCCAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACG < 1:8823845/67‑1GCCAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACG < 1:8673353/67‑1GCCAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACG < 1:11309204/67‑1GCCAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACG < 1:18779700/67‑1GCCAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACG < 1:15185119/67‑1GCCAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACG < 1:12095401/67‑1GCCAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACG < 1:12146696/67‑1GCCAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACG < 1:14383779/67‑1GCCAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACG < 1:4965877/67‑1GCCAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGAC > 1:19829012/1‑66GCCAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGAC < 1:24244747/66‑1GCCAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGAC < 1:307893/66‑1GCCAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGAC > 1:17206383/1‑66GCCAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGAC > 1:5145571/1‑66GCCAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGAC < 1:7082848/66‑1GCCAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGAC < 1:26273037/66‑1GCCAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGAC > 1:19092757/1‑66GCCAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTCCAGCGAGTGAC > 1:22425621/1‑66 CAGGTAAAATTGGCGTTGATGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCTG < 1:19360763/68‑1 CAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCc < 1:4311985/67‑2 CAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCTG < 1:26489191/68‑1 CAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCTG < 1:1784036/68‑1 CAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCTG < 1:26681649/68‑1 CAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCTG < 1:3563148/68‑1 CAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCTG < 1:16567321/68‑1 CAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCTG < 1:24390470/68‑1 CAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCTG < 1:20821459/68‑1 CAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCTG < 1:2094503/68‑1 CAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCTG < 1:8137396/68‑1 CAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCT < 1:23775323/67‑1 CAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCT < 1:22031868/67‑1 CAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCT < 1:23362625/67‑1 CAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCT < 1:22999412/67‑1 CAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCT < 1:22655368/67‑1 CAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCT < 1:25517106/67‑1 CAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCT < 1:26867556/67‑1 CAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCT < 1:27365789/67‑1 CAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCT < 1:28839944/67‑1 CAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCT < 1:31489/67‑1 CAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCT < 1:5226051/67‑1 CAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCT < 1:7694917/67‑1 CAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCT < 1:7716441/67‑1 CAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCT < 1:7991525/67‑1 CAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCT < 1:8443190/67‑1 CAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCT < 1:9659724/67‑1 CAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCT < 1:21914530/67‑1 CAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCT < 1:21430971/67‑1 CAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCT < 1:15510606/67‑1 CAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCT < 1:11841469/67‑1 CAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCT < 1:14711460/67‑1 CAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCT < 1:16140010/67‑1 CAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCT < 1:16509949/67‑1 CAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCT < 1:16911536/67‑1 CAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCT < 1:13363198/67‑1 CAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCT < 1:13973844/67‑1 CAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGGGACGCT < 1:14450818/67‑1 CAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCGTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCT < 1:14194470/67‑1 CAGGTAAAATTGCCGTTGAGGGGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCT < 1:2878548/67‑1 CAGGTAAAATTGCCGTTGAGGGGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCAGCAGCGAGTGACGCT < 1:18772554/67‑1 GTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCTGCAG > 1:26085619/1‑68 GTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCTGCAG > 1:18426969/1‑68 GTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCTGCAG > 1:21251766/1‑68 GTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCTGCAG > 1:14588494/1‑68 GTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCTGCAG > 1:12766123/1‑68 GTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCTGCAG > 1:9151361/1‑68 GTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGACACGCTGCAG > 1:663094/1‑68 gAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCTGC < 1:26943183/64‑1 TAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCTGCAG < 1:3645536/67‑1 TAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCTGC < 1:4520462/65‑1 TAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCTGC < 1:5451734/65‑1 TAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCTGC < 1:6833821/65‑1 TAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCTGC < 1:10683088/65‑1 TAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCTGC < 1:26748798/65‑1 TAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCTGC < 1:2014096/65‑1 AAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCTGCAGG < 1:11546410/67‑1 tcCCGTTGAGGCGGCTTATGCGCTACCTGAGAATCAGTACGTGCAGCGAGTGACGCTGCAGGTACTGC < 1:13258662/66‑1 TGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCTGCAGGTACTGC < 1:6948750/68‑1 TGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCTGCAGGTACTGC < 1:11689813/68‑1 TGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCTGCAGGTACTGC < 1:26212000/68‑1 CGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCTGCAGGTACTGCTT < 1:28144669/67‑1 CGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCTGCAGGTACTGCTT < 1:25068367/67‑1 CGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCTGCAGGTACTGCTT < 1:17559454/67‑1 CGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCTGCAGGTACTGCTT < 1:2784118/67‑1 TGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCTGCAGGTACTGCTTCTCA < 1:22959675/68‑1 GCTAATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCACCGAGTGCCGCTGCAGGTACTGCTTCTCAGGTAGC < 1:10067063/67‑1 TTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCTGCAGGTACTGCTTCTCAGGTAGCGC < 1:21310884/67‑1 GCTGCAGGTACTGCTTCTCAGGTAGCGCATAAGCCACCTCAACGGCAATTTTACCTGGCACTGTAAA > 1:24768659/1‑67 GCTGCAGGTACTGCTTCTCAGGTAGCGCATAAGCCACCTCAACGGCAATTTTACCTGGCACTGTAAA > 1:10936125/1‑67 GCTGCAGGTACTGCATCTCAGGTAGCGCATAAGCCACCTCAACGGCAATTTTACCTGGCACTGTAAc > 1:25154829/1‑66 GCAGGTACTGCTTCTCAGGTAGCGCATAAGCCACCTCAACGGCAATTTTACCTGGCACTGTAAACC > 1:10803864/1‑66 GCAGGTACTGCTTCTCAGGTAGCGCATAAGCCACCTCAACGGCAATTTTACCTGGCACTGTAAACC > 1:22075231/1‑66 AGGTACTGCTTCTCAGGTAGCGCATAAGCCACCTCAACGGCAATTTTACCTGGCACTGTAAACCTCT < 1:20115949/67‑1 AGGTACTGCTTCTCAGGTAGCGCATAAGCCACCTCAACGGCAATTTTACCTGGCACTGTAAACCTCT < 1:4077063/67‑1 AGGTACTGCTTCTCAGGTAGCGCATAAGCCACCTCAACGGCAATTTTACCTGGCACTGTAAACCTCT < 1:15749305/67‑1 GGTACTGCTTCTCAGGTAGCGCATAAGCCACCTCAACGGCAATTTTACCTGGCACTGTAAACCTCTT > 1:13127184/1‑67 GGTACTGCTTCTCAGGTAGCGCATAAGCCACCTCAACGGCAATTTTACCTGGCACTGTAAACCTCTT > 1:20536666/1‑67 GGTACTGCTTCTCAGGTAGCGCATAAGCCACCTCAACGGCAATTTTACCTGGCACTGTAAACCTCTT > 1:5817989/1‑67 GGTACTGCTTCTCAGGTAGCGCATAAGCCACCTCAACGGCAATTTTACCTGGCACTGTAAACCTCTT > 1:15004187/1‑67 GCCAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCTGCAGG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP009273/2747655‑2747582‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cgctgcaggTACTGCTTCTCAGGTAGCGCATAAGCCACCTCAACGGCAATTTTACCTGGCACTGTAAACCTCTTTC > CP009273/2747605‑2747671 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |