| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | = 3487124 | NA (NA) | 11 (0.040) | 6/96 | NT | NA | noncoding (8/26 nt) | REP248 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | REP248 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences |
| ? | CP009273 | = 3487134 | NA (NA) | noncoding (18/26 nt) | REP248 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | REP248 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | |||||
GCTTCCTGTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP009273/3487050‑3487124‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gccggacgACGATAGTGCCGTCCGGCATGAGCAATTAATGAGAGGTCAGGGTGTTATGCTGACGGTGACGGCTGA < CP009273/3487134‑3487068 GCTTCCTGTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATG < 1:7552027/68‑1 CCTGTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGG > 1:27398397/1‑68 CCTGTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGG < 1:250818/68‑1 CCTGTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGG < 1:29114396/68‑1 CCTGTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGG < 1:3766123/68‑1 CCTGTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGG < 1:4111815/68‑1 CCTGTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGG < 1:711651/68‑1 TGTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGAC > 1:18741981/1‑68 TGTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGAC > 1:22844289/1‑68 TGTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGAC > 1:19836467/1‑68 TGTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGAC > 1:12408145/1‑68 GTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACG < 1:28449188/68‑1 GTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACG > 1:3155954/1‑68 GTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACG < 1:23843537/68‑1 GTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACG < 1:23777125/68‑1 GTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACG > 1:3361608/1‑68 GTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACG < 1:24581925/68‑1 GTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACG < 1:10997108/68‑1 GTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACG < 1:19575726/68‑1 GTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACG > 1:14063723/1‑68 GTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACG > 1:4363955/1‑68 GTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACG > 1:18244156/1‑68 GTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACG < 1:18180614/68‑1 GTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACG < 1:7717503/68‑1 GTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACG < 1:17061053/68‑1 GTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACG < 1:14755899/68‑1 TTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACG > 1:7748762/1‑67 TAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACtgc < 1:25122521/68‑4 ACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGACGATAGTGCCGTCCGGCATGAGCAATTAATG > 1:8979630/1‑68 ACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGACGATAGTGCCGTCCGGCATGAGCAATTAATGAG > 1:944264/1‑68 ACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGACGATAGTGCCGTCCGGCATGAGCAATTAATGAG > 1:3506657/1‑68 CCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGACGATAGTGCCGTCCGGCATGAGCATTTAATGAGA > 1:8649807/1‑68 CCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGACGATAGTGCCGTCCGGCATGAGCAATTAATGAGA > 1:22350698/1‑68 CCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGACGATAGTGCCGTCCGGCATGAGCAATTAATGAGA > 1:12443404/1‑68 ACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGACGATAGTGCCGTCCGGCATGAGCAATTAATGAGAGGTCA > 1:23843943/1‑68 CTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGACGATAGTGCCGTCCGGCATGAGCAATTAATGAGAGGTCAGG > 1:7919364/1‑68 ATTGCTCATGCCGGACGACGATAGTGCCGTCCGGCATGAGCAATTAATGAGAGGTCAGGGTGTTAT > 1:10856517/1‑66 ATTGCTCATGCCGGACGACGATAGTGCCGTCCGGCATGAGCAATTAATGAGAGGTCAGGGTGTTAT > 1:24074160/1‑66 ATTGCTCATGCCGGACGACGATAGTGCCGTCCGGCAGGAGCAATTAATGAGAGGTCAGGGTGTTAT > 1:25729770/1‑66 GCCGGACGACGATAGTGCCGTCCGGCATGAGCAATTAATGAGAGGTCAGGGTGTTATGCTGACGGTG > 1:3892271/1‑67 GCCGGACGACGATAGTGCCGTCCGGCATGAGCAATTAATGAGAGGTCAGGGTGTTATGCTGACGGTG > 1:17802490/1‑67 GCCGGACGACGATAGTGCCGTCCGGCATGAGCAATTAATGAGAGGTCAGGGTGTTATGCTGACGGTG > 1:761057/1‑67 GCCGGACGACGATAGTGCCGTCCGGCATGAGCAATTAATGAGAGGTCAGGGTGTTATGCTGACGGTG > 1:2742709/1‑67 GCCGGACGACGATAGTGCCGTCCGGCATGAGCAATTAATGAGAGGTCAGGGTGTTATGCTGACGGTG > 1:13836643/1‑67 GCCGGACGACGATAGTGCCGTCCGGCATGAGCAATTAATGAGAGGTCAGGGTGTTATGCTGACGGTG > 1:4932120/1‑67 GCCGGACGACGATAGTGCCGTCCGGCATGAGCAATTAATGAGAGGTCAGGGTGTTATGCTGACGGTG > 1:18724259/1‑67 GCCGGACGACGATAGTGCCGTCCGGCATGAGCAATTAATGAGAGGTCAGGGTGTTATGCTGACGGTG > 1:8949192/1‑67 GCCGGACGACGATAGTGCCGTCCGGCATGAGCAATTAATGAGAGGTCAGGGTGTTATGCTGACGGTG > 1:3709988/1‑67 GCCGGACGACGATAGTGCCGTCCGGCATGAGCAATTAATGAGAGGTCAGGGTGTTATGCTGACGGTG > 1:10213434/1‑67 GCCGGACGACGATAGTGCCGTCCGGCATGAGCAATTAATGAGAGGTCAGGGTGTTATGCTGACGGTG > 1:22522481/1‑67 GCCGGACGACGATAGTGCCGTCCGGCATGAGCAATTAATGAGAGGTCAGGGTGTTATGCTGACGGTG > 1:23937030/1‑67 GCCGGACGACGATAGTGCCGTCCGGCATGAGCAATTAATGAGAGGTCAGGGTGTTATGCTGACGGTG > 1:9656378/1‑67 CCGGCCGACGATAGTGCCGTCCGGCATGAGCAATTAATGAGAGGTCAGGGTGTTATGCTGACGGTGAC > 1:19722508/1‑68 CCGGACGACGATAGTGCCGTCCGGCATGAGCAATTAATGAGAGGTCAGGGTGTTATGCTGACGGTGAC > 1:18101425/1‑68 CCGGACGACGATAGTGCCGTCCGGCATGAGCAATTAATGAGAGGTCAGGGTGTTATGCTGACGGTGAC > 1:8199456/1‑68 CGGACGACGATAGTGCCGTCCGGCATGAGCAATTAATGAGAGGTCAGGGTGTTATGCTGACGGTGACG < 1:1287234/68‑1 CGGACGACGATAGTGCCGTCCGGCATGAGCAATTAATGAGAGGTCAGGGTGTTATGCTGACGGTGACG < 1:21025910/68‑1 GGACGACGATAGTGCCGTCCGGCATGAGCAATTAATGAGAGGTCAGGGTGTTATGCTGACGGTGACG > 1:13815246/1‑67 GGACGACGATAGTGCCGTCCGGCATGAGCAATTAATGAGAGGTCAGGGTGTTATGCTGACGGTGACG > 1:12045414/1‑67 ACGACGATAGTGCCGTCCGGCATGAGCAATTAATGAGAGGTCAGGGTGTTATGCTGACGGTGACGGC < 1:7715723/67‑1 CGACGATAGTGCCGTCCGGCATGAGCAATTAATGAGAGGTCAGGGTGTTATGCTGACGGTGACGGCTG > 1:5161816/1‑68 CGACGATAGTGCCGTCCGGCATGAGCAATTAATGAGAGGTCAGGGTGTTATGCTGACGGTGACGGCTG > 1:5127884/1‑68 CGACGATAGTGCCGTCCGGCATGAGCAATTAATGAGAGGTCAGGGTGTTATGCTGACGGTGACGGCTG > 1:21998915/1‑68 CGACGATAGTGCCGTCCGGCATGAGCAATTAATGAGAGGTCAGGGTGTTATGCTGACGGTGACGGCTG > 1:9544009/1‑68 GACGATAGTGCCGTCCGGCATGAGCAATTAATGAGAGGTCAGGGTGTTATGCTGACGGTGACGGCTGA < 1:7245100/68‑1 GACGATAGTGCCGTCCGGCATGAGCAATTAATGAGAGGTCAGGGTGTTATGCTGACGGTGACGGCTGA < 1:9290709/68‑1 GACGATAGTGCCGTCCGGCATGAGCAATTAATGAGAGGTCAGGGTGATATGCTGACGGTGACGGCTGA < 1:27450475/68‑1 GACGATAGTGCCGTCCGGCATGAGCAATTAATGAGAGGGCAGGGTGTTATGCTGACGGTGACGGCTGA < 1:13277790/68‑1 GCTTCCTGTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP009273/3487050‑3487124‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gccggacgACGATAGTGCCGTCCGGCATGAGCAATTAATGAGAGGTCAGGGTGTTATGCTGACGGTGACGGCTGA < CP009273/3487134‑3487068 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |