| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | = 3487124 | NA (NA) | 11 (0.040) | 6/96 | NT | NA | noncoding (8/26 nt) | REP248 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | REP248 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences |
| ? | CP009273 | = 3487134 | NA (NA) | noncoding (18/26 nt) | REP248 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | REP248 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | |||||
Only 100 of 392 total aligned reads displayed.
TCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTATTTCTATAAACCCGCTCATTTTGT > CP009273/3487068‑3487198 | tCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTc < 1:7245100‑M2/68‑2 (MQ=255) cAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTcg > 1:9544009‑M2/1‑66 (MQ=255) cAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTcg > 1:5161816‑M2/1‑66 (MQ=255) gCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTcgt < 1:7715723‑M2/67‑4 (MQ=255) caccgtcaGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTcgtccggc > 1:9656378‑M2/1‑59 (MQ=255) caccgtcaGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTcgtccggc > 1:3892271‑M2/1‑59 (MQ=255) caccgtcaGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTcgtccggc > 1:3709988‑M2/1‑59 (MQ=255) caccgtcaGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTcgtccggc > 1:13836643‑M2/1‑59 (MQ=255) accgtcaGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCt < 1:10722572/68‑1 (MQ=255) cgtcaGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCttt < 1:29182559/68‑1 (MQ=255) cgtcaGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCttt > 1:13414488/1‑68 (MQ=255) caGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTcc < 1:27037992/68‑1 (MQ=255) aGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTcc < 1:11733800/67‑1 (MQ=255) aTAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCCTGCCGGACGGCACTATCGTcgtccggcatgagcaat > 1:25729770‑M2/1‑49 (MQ=255) aTAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCctct < 1:22196695/67‑1 (MQ=255) aTAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCctc > 1:18843873/1‑66 (MQ=255) aTAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCct < 1:12671482/65‑1 (MQ=255) cacCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTcc < 1:14269505/68‑1 (MQ=255) cacCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTcc < 1:27393698/68‑1 (MQ=255) acCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTcc > 1:13125270/1‑67 (MQ=255) acCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTcc > 1:15531272/1‑67 (MQ=255) acCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTcc > 1:9910390/1‑67 (MQ=255) acCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTcc > 1:21644093/1‑67 (MQ=255) aaccTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATAGTCGTCCGGCCTATTCCTCTCTTcc > 1:2406561/3‑67 (MQ=255) cccTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTtcc > 1:23279456/1‑67 (MQ=255) ccTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTcgtccggcatgagcaattaatgagag > 1:7919364‑M2/1‑42 (MQ=255) ccTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTccccc > 1:28954963/1‑68 (MQ=255) ccTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTccccc < 1:10209752/68‑1 (MQ=255) cagACCTCTCATTAATCGCTCATGCCGGACGCCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTcccc < 1:5401944/64‑1 (MQ=255) tGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGc < 1:3535847/68‑1 (MQ=255) aCCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCt > 1:12010030/1‑67 (MQ=255) ccTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTAc > 1:16110382/1‑68 (MQ=255) ccTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTAc < 1:25860430/68‑1 (MQ=255) ccTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTAc > 1:25166925/1‑68 (MQ=255) ccTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTAc > 1:19948981/1‑68 (MQ=255) ccTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTAc < 1:17850652/68‑1 (MQ=255) tctcATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGt < 1:18657532/68‑1 (MQ=255) tctcATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGt < 1:4650136/68‑1 (MQ=255) tctcATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGt < 1:23510975/68‑1 (MQ=255) tctcATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGt < 1:22078526/68‑1 (MQ=255) tctcATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGt < 1:1801115/68‑1 (MQ=255) tctcATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGt < 1:10007257/68‑1 (MQ=255) tctcATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGt < 1:19726150/68‑1 (MQ=255) tctcATTAATTGCTCATGACGGACGTCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGt < 1:28131494/68‑1 (MQ=255) cATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTGTCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCa < 1:15007327/68‑1 (MQ=255) cATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTcgtccggcatgagcaattaatgagaggtcagggtgt > 1:8979630‑M2/1‑32 (MQ=255) aTTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCAt < 1:22674681/68‑1 (MQ=255) ttAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCa > 1:2183957/1‑66 (MQ=255) ttAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCa > 1:11209901/1‑66 (MQ=255) ttAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCa > 1:16546444/1‑66 (MQ=255) tAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCt < 1:26350887/68‑1 (MQ=255) aaTTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTa < 1:3168744/68‑1 (MQ=255) aaTTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTa < 1:27201060/68‑1 (MQ=255) aaTTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTa < 1:20991204/68‑1 (MQ=255) aTTGCTGATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTAt > 1:6528033/1‑68 (MQ=255) aTTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTAt > 1:25352410/1‑68 (MQ=255) aTTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTAt > 1:24433491/1‑68 (MQ=255) aTTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTAt > 1:12464796/1‑68 (MQ=255) aTTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTAt > 1:2380171/1‑68 (MQ=255) aTTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTAt > 1:4913195/1‑68 (MQ=255) aTTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTAt > 1:22353474/1‑68 (MQ=255) aTTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTAt > 1:28412319/1‑68 (MQ=255) aTTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTAt > 1:28822461/1‑68 (MQ=255) tGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTAttt > 1:21102519/1‑68 (MQ=255) tGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTAtt > 1:12803807/1‑67 (MQ=255) tGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTAtt > 1:6824870/1‑67 (MQ=255) tGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCGACGTGCATCTAtt > 1:2462104/1‑67 (MQ=255) tCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTATTTCta > 1:18230187/1‑68 (MQ=255) tCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTATTTCt < 1:12363578/67‑1 (MQ=255) tCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTATTTCt < 1:806103/67‑1 (MQ=255) tCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTATTTCt < 1:7571148/67‑1 (MQ=255) tCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTATTTCt < 1:19607571/67‑1 (MQ=255) tCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTATTTCt < 1:21304848/67‑1 (MQ=255) tCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTATTTCt < 1:14761649/67‑1 (MQ=255) tCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTATTTCt < 1:11084713/67‑1 (MQ=255) tCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTATTTCt < 1:6113848/67‑1 (MQ=255) tCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTATTTCt < 1:5526814/67‑1 (MQ=255) tCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTATTTCt < 1:10376469/67‑1 (MQ=255) tCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTATTTCt < 1:17205086/67‑1 (MQ=255) tCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTATTTCt < 1:4311941/67‑1 (MQ=255) tCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTATTTCt < 1:4094834/67‑1 (MQ=255) tCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTATTTCt < 1:1700933/67‑1 (MQ=255) tCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTATTTCt < 1:25586247/67‑1 (MQ=255) tCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTATTTCt < 1:26788022/67‑1 (MQ=255) tCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTATTTCt < 1:338996/67‑1 (MQ=255) tCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTATTTCt < 1:27479214/67‑1 (MQ=255) cGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCGTCTATTTCTATAAAc > 1:8741478/1‑67 (MQ=255) aCGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTATTTCTATAAAccc > 1:8410108/1‑66 (MQ=255) 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cgtcgtCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTATTTCTATAAACCCGCTCATTTTg > 1:20324050/1‑66 (MQ=255) cgtcgtCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTATTTCTATAAACCCGCTCATTTTg > 1:7052608/1‑66 (MQ=255) | TCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTATTTCTATAAACCCGCTCATTTTGT > CP009273/3487068‑3487198 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |