| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | = 3547436 | 281 (0.800) | 17 (0.050) | 10/106 | NT | 6.0% | coding (993/2706 nt) | malT | mal regulon transcriptional activator |
| ? | CP009273 | = 3547454 | 265 (0.790) | coding (1011/2706 nt) | malT | mal regulon transcriptional activator | |||||
ACAGCGGATGGATGATACCGGCGAGTGGTTCTGCTATCACCCGCTGTTTGGTAACTTCCTGCGCCAGCGC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP009273/3547367‑3547436‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cgcCGCCAGTTCCCACTGGCAGCGCTGGCGCAGGAAGTTACCAAACAGCGGGTGATAGCAGAACCACTC < CP009273/3547454‑3547389 ACAGCGGATGGATGATACCGGCGAGTGGTTCTGCTATCACCCGCTGTTTGGTAACTTCCTGCGCCAGC > 1:29056264/1‑68 CAGCGGATGGATGATTCCGGCGAGTGGTTCTGCTATCACCCGCTGTTTGGTAACTTCCTGCGCCAGC > 1:10028517/1‑67 CAGCGGATGGATGATACCGGCGAGTGGTTCTGCTATCACCCTCTGTTTGGTAACTTCCTGCGCCAGC > 1:25810913/1‑67 CAGCGGATGGATGATACCGGCGAGTGGTTCTGCTATCACCCGCTGTTTGGTAACTTCCTGCGCCAGC > 1:25872065/1‑67 CAGCGGATGGATGATACCGGCGAGTGGTTCTGCTATCACCCGCTGTTTGGTAACTTCCTGCGCCAGC > 1:17132059/1‑67 CAGCGGATGGATGATACCGGCGAGTGGTTCTGCTATCACCCGCTGTTTGGTAACTTCCTGCGCCAGC > 1:19985830/1‑67 CAGCGGATGGATGATACCGGCGAGTGGTTCTGCTATCACCCGCTGTTTGGTAACTTCCTGCGCCAGC > 1:20970065/1‑67 CAGCGGATGGATGATACCGGCGAGTGGTTCTGCTATCACCCGCTGTTTGGTAACTTCCTGCGCCAGC > 1:21295225/1‑67 CAGCGGATGGATGATACCGGCGAGTGGTTCTGCTATCACCCGCTGTTTGGTAACTTCCTGCGCCAGC > 1:21509722/1‑67 CAGCGGATGGATGATACCGGCGAGTGGTTCTGCTATCACCCGCTGTTTGGTAACTTCCTGCGCCAGC > 1:23421429/1‑67 CAGCGGATGGATGATACCGGCGAGTGGTTCTGCTATCACCCGCTGTTTGGTAACTTCCTGCGCCAGC > 1:24508540/1‑67 CAGCGGATGGATGATACCGGCGAGTGGTTCTGCTATCACCCGCTGTTTGGTAACTTCCTGCGCCAGC > 1:23273644/1‑67 CAGCGGATGGATGATACCGGCGAGTGGTTCTGCTATCACCCGCTGTTTGGTAACTTCCTGCGCCAGC > 1:26729372/1‑67 CAGCGGATGGATGATACCGGCGAGTGGTTCTGCTATCACCCGCTGTTTGGTAACTTCCTGCGCCAGC > 1:27524822/1‑67 CAGCGGATGGATGATACCGGCGAGTGGTTCTGCTATCACCCGCTGTTTGGTAACTTCCTGCGCCAGC > 1:27673055/1‑67 CAGCGGATGGATGATACCGGCGAGTGGTTCTGCTATCACCCGCTGTTTGGTAACTTCCTGCGCCAGC > 1:4080250/1‑67 CAGCGGATGGATGATACCGGCGAGTGGTTCTGCTATCACCCGCTGTTTGGTAACTTCCTGCGCCAGC > 1:6604919/1‑67 CAGCGGATGGATGATACCGGCGAGTGGTTCTGCTATCACCCGCTGTTTGGTAACTTCCTGCGCCAGC > 1:799613/1‑67 CAGCGGATGGATGATACCGGCGAGTGGTTCTGCTATCACCCGCTGTTTGGTAACTTCCTGCGCCAGC > 1:9826016/1‑67 CAGCGGATGGATGATACCGGCGAGTGGTTCTGCTATCACCCGCTGTTTGGTAACTTCCTGCGCCAGC > 1:11363536/1‑67 CAGCGGATGGATGATACCGGCGAGTGGTTCTGCTATCACCCGCTGTTTGGTAACTTCCTGCGCCAGC > 1:13574157/1‑67 CAGCGGATGGATGATACCGGCGAGTGGTTCTGCTATCACCCGCTGTTTGGTAACTTCCTGCGCCAGC > 1:16990182/1‑67 CAGCGGATGGATGATACCGGCGAGTGGTTCTGCTATCACCCGCTGTTTGGTAACTTCCTGCGCCAGC > 1:13680880/1‑67 CAGCGGATGGATGATACCGGCGAGTGGTTCTGCTATCACCCGCTGTTTGGTAACTTCCTGCGCCAGC > 1:12748092/1‑67 CAGCGGATGGATGATACCGGCGAGTGGTTCTGCTATCACCCGCTGTTTGGTAACTTCCTGCGCCAGC > 1:15781475/1‑67 CAGCGGATGGATGATACCGGCGAGTGGTTCTGCTATCACCCGCTGTTTGGTAACTTCCTGCGCCAGC > 1:15781457/1‑67 CAGCGGATGGATGATACCGGCGAGTGGTTCTGCTATCACCCGCTGTTTGGTAACTTCCTGCGCCAGC > 1:15548408/1‑67 CAGCGGATGGATGATACCGGCGAGTGGTTCTGCTATCACCCGCTGTTTGGTAACTTCCTGCGCCAGC > 1:15513416/1‑67 CAGCGGATGGATGATACCGGCGAGTGGTTCTGCTATCACCCGCTGTTTGG‑AACTTCCTGCGCCAGC > 1:6027486/1‑66 CAGCGGATGGATGAGACCGGCGAGTGGTTCTGCTATCACCCGCTGTTTGGTAACTTCCTGCGCCAGC > 1:9181436/1‑67 GCGGATGGATGATACCGGCGAGTGGTTCTGCTATCACCCACTGTTTGGTAACTTCCTGCGCCAGC > 1:24428942/1‑65 GGATGGATGATACCGGCGAGTGGTTCTGCTATCACCCGCTGTTTGGTAACTTCCTGCGCCAGCGCCG < 1:1164438/67‑1 GGATGGATGATACCGGCGAGTGGTTCTGCTATCACCCGCTGTTTGGTAACTTCCTGCGCCAGCG < 1:16712976/64‑1 GGATGGATGATACCGGCGAGTGGTTCTGCTATCACCCGCTGTTTGGTAACTTCCTGCGCCAGCG < 1:27948600/64‑1 TGATACCGGCGAGTGGTTCTGCTATCACCCGCTGTTTGGTAACTTCCTGCGCCAGCGCCGCCAGTTCC < 1:28914138/68‑1 CTGCAATCACCCGCTGTTTGGTAACTTCCTGGGCCAGCGCCGCCAGGGCCCACTGGCAGCGCGGGCG < 1:12003338/67‑1 TATCACCCGCTGTTTGGTAACTTCCTGCGCCAGCGCTGCCAGTTCCCGCTGGCCGCGGTGGCGCAGGt > 1:14858408/1‑67 TATCACCCGCTGTTTGGTAACTTCCTGCGCCAGCGCCGCCTGGGCCCACTGGCAGCGCTGGCGCAGGA > 1:13957032/1‑68 TATCACCCGCTGTTTGGTAACTTCCTGCGCCAGCGCCGCCCGGTCCCCCGGGCAGCGCTGGCGCGGGA > 1:13783230/1‑68 CCCGCTGTTTGGTAACTTCCTGCGCCAGCGCCGCCAGTTGCCCCGGGCCGCGGTGGCGCAGGAAGTT > 1:14695167/1‑67 CCCGCTGTTTGGTAACTTCCTGCGCCAGCGCCGCCAGTTCCCACTGGCAGCGCGGGCGCGGGAAGTT > 1:28163721/1‑67 TGTTTGGTAACTTCCTGCGCCAGCGCCGCCAGTTCCCCCTGGCAGCGGTGGCGCAGGAAGGTACCAA > 1:13225926/1‑67 GGTAACTTCCTGCGCCAGCGCCGCCGGTTCCCACTGGCAGCGCTGGCGCAGGAAGTTACCAAACAGCG > 1:27587453/1‑68 AACTTCCTGCGCCAGCGCCGCCCGTTCGCAGTGGCAGCGGTGGCGCAGGAAGTTTCCAGACAGCGGGT > 1:17553154/1‑68 AACTTCCTGCGCCAGCGCCGCCCGTTCCCCCTGGCAGCGCTGGCGCAGGAAGTTACCAAACAGCGGGg > 1:3482008/1‑67 AACTTCCTGCGCCAGCGCCGCCAGTTGCCACTGGCTGCGCTGGCGGAGGATGGTACCAAACCGCGGGT > 1:3449015/1‑68 AACTTCCTGCGCCAGCGCCGCCAGTTCCCACTGGCCGCGCTGGCGCAGGAAGTTACCAAAGGGCGGGg > 1:17244042/1‑67 CTTCCTGCGCCAGCGCCGCCAGTTCCCACTGGCAGCGCTGGCGCAGGAAGTTACCAAACAGCGGGTGA > 1:26251177/1‑68 TCCTGCGCCAGCGCCGCCAGTTCCCACTGGCAGCGCTGGCGCAGGAAGTTACCAAACAGCGGGTGATA > 1:16909843/1‑68 TCCTGCGCCAGCGCCGCCAGTTCCCACTGGCAGCGCGGGCGCAGGAAGTTACCAAACAGCGGGTGCTA > 1:9509094/1‑68 TGCGCCAGCGCCGCCAGTTCCCACTGGCAGCGCTGGCGCAGGAAGTTACCAAACAGCGGGTGATAGCA > 1:9064069/1‑68 GCCAGCGCCGCCAGTTCCCACTGGCAGCGCTGGCGCAGGAAGTTACCAAACAGCGGGTGATAGCAGA > 1:25075231/1‑67 CGCCGCCAGTTCCCACTGGCAGCGCTGGCGCAGGAAGTTACCAAACAGCGGGTGATAGCAGAACCACT < 1:8672174/68‑1 GCCGCCAGTTCCCACTGGCAGCGCTGGCGCAGGAAGTTACCAAACAGCGGGTGATAGCAGAGCCACTC > 1:29041569/1‑68 GCCGCCAGTTCCCACTGGCAGCGCTGGCGCAGGAAGTTACCAAACAGCGGGTGATAGCAGAACCACTC < 1:19822336/68‑1 ACAGCGGATGGATGATACCGGCGAGTGGTTCTGCTATCACCCGCTGTTTGGTAACTTCCTGCGCCAGCGC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP009273/3547367‑3547436‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cgcCGCCAGTTCCCACTGGCAGCGCTGGCGCAGGAAGTTACCAAACAGCGGGTGATAGCAGAACCACTC < CP009273/3547454‑3547389 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |