| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | = 4538708 | 361 (1.020) | 12 (0.040) | 5/94 | NT | 4.0% | coding (84/903 nt) | fimH | minor component of type 1 fimbriae |
| ? | CP009273 | = 4538723 | 277 (0.930) | coding (99/903 nt) | fimH | minor component of type 1 fimbriae | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 657 total aligned reads displayed.
CCCTGTTTGCTGTACTGCTGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGTTTATGTAAACCTTGCGCCCGTCGTGAATG > CP009273/4538641‑4538775 | cccTGTTTGCTGTACTGCTGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAAT > 1:2213442‑M1/1‑68 (MQ=255)cccTGTTTGCTGTACTGCTGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAAT > 1:7302463‑M1/1‑68 (MQ=255)cccTGTTTGCTGTACTGCTGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGCTCAATCGCCTGTAAAACCGCCAAT > 1:21169336‑M1/1‑68 (MQ=255) ccTGTTTGCTGTACTGCTGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATg > 1:20980491/1‑68 (MQ=255) ccTGTTTGCTGTACTGCTGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATg > 1:18934276/1‑68 (MQ=255) ccTGTTTGCTGTACTGCTGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATg > 1:16578625/1‑68 (MQ=255) ccTGTTTGCTGTACTGCTGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATg > 1:3102876/1‑68 (MQ=255) ccTGTTTGCTGTACTGCTGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATg > 1:27784448/1‑68 (MQ=255) ccTGTTTGCTGTACTGCTGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATg < 1:890124/68‑1 (MQ=255) ccTGTTTGCTGTACTGCTGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCAATCGCCTGTAAAACCGCCAATg > 1:5021373/1‑68 (MQ=255) tGTTTGCTGTACTGCTGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGt < 1:9699880/68‑1 (MQ=255) ttGCTGTACTGCTGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTAcc > 1:23681389/1‑68 (MQ=255) ttGCTGTACTGCTGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTAcc > 1:26135211/1‑68 (MQ=255) ttGCTGTACTGCTGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTAcc > 1:15522877/1‑68 (MQ=255) tGCTGTACTGCTGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTAcc > 1:22773588/1‑67 (MQ=255) tGCTGTACTGCTGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCg < 1:12274195/68‑1 (MQ=255) tGCTGTACTGCTGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCg < 1:3412221/68‑1 (MQ=255) tGTACTGCTGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCTACTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTa > 1:14425140/1‑68 (MQ=255) gTACTGCTGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTa > 1:3947909/1‑67 (MQ=255) gTACTGCTGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTa > 1:11548184/1‑67 (MQ=255) gTACTGCTGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTAt < 1:9592708/68‑1 (MQ=255) gTACTGCTGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTAt < 1:26813794/68‑1 (MQ=255) aCTGCTGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATcc < 1:23283971/68‑1 (MQ=255) aCTGCTGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATcc < 1:907783/68‑1 (MQ=255) aCTGCTGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATc > 1:18247890/1‑67 (MQ=255) aCTGCTGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATc > 1:10334337/1‑67 (MQ=255) aCTGCTGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATc < 1:20894830/67‑1 (MQ=255) aCTGCTGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATc > 1:20148967/1‑67 (MQ=255) aCTGCTGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATc > 1:17155471/1‑67 (MQ=255) aCTGCTGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATc > 1:28957701/1‑67 (MQ=255) aCTGCTGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACAGCTATc > 1:13442489/1‑67 (MQ=255) ctgctgATGTGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGt < 1:15949074/57‑1 (MQ=255) tgctgATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCt > 1:24548748/1‑68 (MQ=255) tgctgATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCt < 1:6520194/68‑1 (MQ=255) gCTGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTa < 1:12475158‑M2/68‑2 (MQ=255) gCTGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTa > 1:27321958‑M2/1‑67 (MQ=255) gCTGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTa < 1:465309‑M2/68‑2 (MQ=255) gCTGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAAGGGTACCGCTATCCCTa < 1:7080956‑M2/68‑2 (MQ=255) tGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTatt < 1:4243179‑M2/68‑4 (MQ=255) tGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTatt < 1:29181580‑M2/68‑4 (MQ=255) tGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTatt < 1:21654425‑M2/68‑4 (MQ=255) tGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTatt < 1:22436767‑M2/68‑4 (MQ=255) tGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTattgg > 1:8201899‑M2/1‑62 (MQ=255) tGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAAAGGTACCTCTATCCCTattg < 1:27489479‑M2/66‑5 (MQ=255) gggCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTattggcg > 1:25235499‑M2/1‑61 (MQ=255) gggCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTattggcg > 1:19293885‑M2/1‑61 (MQ=255) ggCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTattggcgg < 1:24973136‑M2/68‑9 (MQ=255) ggCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTattggcgg < 1:5897143‑M2/68‑9 (MQ=255) ggCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTattggcgg < 1:19889700‑M2/68‑9 (MQ=255) ggCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTattggcgg < 1:16818587‑M2/68‑9 (MQ=255) ggCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTattggcgg < 1:16889158‑M2/68‑9 (MQ=255) gCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTattggcggt < 1:23916255‑M2/68‑10 (MQ=255) tGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTgg < 1:18531561/68‑1 (MQ=255) tGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTg > 1:5144364/1‑67 (MQ=255) ggTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAgcg < 1:4912083/68‑1 (MQ=255) aaaTGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCa > 1:15128338/1‑68 (MQ=255) aaaTGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCa > 1:14065695/1‑68 (MQ=255) tGCCTGTTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATg < 1:3761403/68‑1 (MQ=255) tGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATg < 1:27952002/68‑1 (MQ=255) ccTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATgat > 1:12120896/1‑66 (MQ=255) ccTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGtt > 1:28670418/1‑68 (MQ=255) ccTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGtt > 1:7938544/1‑68 (MQ=255) ccTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGtt > 1:17540735/1‑68 (MQ=255) ccTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGtt > 1:2635258/1‑68 (MQ=255) ccTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGtt > 1:1960521/1‑68 (MQ=255) ccTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGtt > 1:5467885/1‑68 (MQ=255) cTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTattggcggttttacaggcgaatgac > 1:24217577‑M2/1‑43 (MQ=255) tGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGTTTa < 1:3571308/68‑1 (MQ=255) ggTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGTTTAt < 1:10020530/68‑1 (MQ=255) ggTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGTTTAt < 1:1796457/68‑1 (MQ=255) tCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGTTTATg < 1:4596672/67‑1 (MQ=255) tCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGTTTATGt > 1:11379598/1‑68 (MQ=255) cATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGTTTATGTa > 1:6136881/1‑68 (MQ=255) cATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGTTTATGTa > 1:21461261/1‑68 (MQ=255) cATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCAattggcggttttacaggcgaatgaccagg > 1:9232255‑M2/1‑38 (MQ=255) aTTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTattggcggttttacaggcgaatgaccaggc > 1:28175278‑M2/1‑37 (MQ=255) cGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGTTTATGTAAAcc < 1:2562324/68‑1 (MQ=255) gCCTGTAAAACCGCCAATagggatagcggtaccattggcggttttacaggcgaatgcccaggcattt > 1:12999428‑M1/1‑18 (MQ=255) gCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGTTTATGTAAACCt > 1:10072928/1‑68 (MQ=255) aaaaCCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGTTTATGTAAACCTTGCGcc < 1:7729645/68‑1 (MQ=255) aaCCGCCAATagggatagcggtaccattggcggttttacaggcgaatgaccaggcatttaccgacca > 1:8498851‑M1/1‑10 (MQ=255) aaCCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGTTTATGTAAAACTTGCGCCcg > 1:17333204/1‑68 (MQ=255) aCCGCCAATagggatagcggtaccattggcggttttacaggcgaatgaccaggcatttaccgaccagc < 1:14875178‑M1/68‑60 (MQ=255) aCCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGTTTATGTAAACCTTGCGCCcgt < 1:23425581/68‑1 (MQ=255) ccGCCAATagggatagcggtaccattggcggttttacaggcgaatgaccaggcatttaccgaccagcc < 1:23112833‑M1/68‑61 (MQ=255) ccGCCAATagggatagcggtaccattggcggttttacaggcgaatgaccaggcatttaccgaccagcc < 1:5717089‑M1/68‑61 (MQ=255) ccGCCAATagggatagcggtaccattggcggttttacaggcgaatgaccaggcatttaccgaccagcc < 1:20621563‑M1/68‑61 (MQ=255) ccGCCAATagggatagcggtaccattggcggttttacaggcgaatgaccaggcatttaccgaccagcc < 1:11010382‑M1/68‑61 (MQ=255) ccGCCAATagggatagcggtaccattggcggttttacaggcgaatgaccaggcatttaccgaccagcc < 1:7571498‑M1/68‑61 (MQ=255) ccGCCAATaggcataggggtaccattggcggttttacaggcgaatgaccaggcatttaccgaccagcc < 1:6479617‑M1/68‑61 (MQ=255) cGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGTTTATGTAAACCTTGCGCCcgtcg < 1:16137991/68‑1 (MQ=255) cAATagggatagcggtaccattggcggttttacaggcgaatgaccaggcatttaccgaccagcccat < 1:12798745‑M1/67‑64 (MQ=255) cAATagggatagcggtaccattggcggttttacaggcgaatgaccaggcatttaccgaccagcccat < 1:13661154‑M1/67‑64 (MQ=255) cAATagggatagcggtaccattggcggttttacaggcgaatgaccaggcatttaccgaccagcccat < 1:15732492‑M1/67‑64 (MQ=255) cAATagggatagcggtaccattggcggttttacaggcgaatgaccaggcatttaccgaccagcccat < 1:10856524‑M1/67‑64 (MQ=255) aTagggatagcggtaccattggcggttttacaggcgaatgaccaggcatttaccgaccagcccatca > 1:19140710‑M1/1‑2 (MQ=255) aTagggatagcggtaccattggcggttttacaggcgaatgaccaggcatttaccgaccagcc < 1:26725226‑M1/62‑61 (MQ=255) tagggatagcggtaccattggcggttttacaggcgaatgaccaggcatttaccgcccagcccatcagc > 1:14601648‑M1/1‑1 (MQ=255) tagggatagcggtaccattggcggttttacaggcgaatgaccaggcatttaccgaccagcccatcagc < 1:10633796‑M1/68‑68 (MQ=255) tagggaaagcggtaccattggcggttttacaggcgaatgaccaggcatttaccgaccagcccatcagc > 1:27123346‑M1/1‑1 (MQ=255) | CCCTGTTTGCTGTACTGCTGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGTTTATGTAAACCTTGCGCCCGTCGTGAATG > CP009273/4538641‑4538775 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |