| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | = 1161581 | 197 (0.480) | 19 (0.060) | 11/82 | NT | 13.0% | coding (41/1305 nt) | ndh | respiratory NADH dehydrogenase 2/cupric reductase |
| ? | CP009273 | 1162077 = | 110 (0.360) | coding (537/1305 nt) | ndh | respiratory NADH dehydrogenase 2/cupric reductase | |||||
Only 100 of 130 total aligned reads displayed.
CATTAATTAACAATTGGTTAATAAATTTAAGGGGGTCACGTTGACTACGCCATTGAAAAAGATTGTGATTGTCGGCGGCGG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP009273/1161501‑1161581‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gattgtcggcggcggCGCGACGGGTGTAGAACTCTCCGCTGAATTGCACAACGCGGTCAAGCAACTGCACAGCTACGGTTA > CP009273/1162077‑1162142 CATTAATTAACAATTGGTTAATAAATTTAAGGGGGTCACGTTGACTACGCCATTGAAAAAGATTGTGA > 1:18284622/1‑68CATTAATTAACAATTGGTTAATAAATTTAAGGGGGTCACGTTGACTACGCCATTGAAAAAGATTGTGA < 1:16956753/68‑1 ATTAATTAACAATTGGTTAATAAATTTAAGGGGGTCACGTTGACTACGCCATTGAAAAAGATTGTGAT < 1:31177920/68‑1 ATTAATTAACAATTGGTTAATAAATTTAAGGGGGTCACGTTGACTACGCCATTGAAAAAGATTGTGAT < 1:1733650/68‑1 ATTAACAATTGGTTAATAAATTTAAGGGGGTCACGTTGACTACGCCATTGAAAAAGATTGTGATTGTC > 1:30126741/1‑68 TTAACAATTGGTTAATAAATTTAAGGGGGTCACGTTGACTACGCCATTGAAAAAGATTGTGATTGTCG > 1:3797115/1‑68 TTAACAATTGGTTAATAAATTTAAGGGGGTCACGTTGACTACGCCATTGAAAAAGATTGTGATTGTCG > 1:34155601/1‑68 TTAACAATTGGTTAATAAATTTAAGGGGGTCACGTTGACTACGCCATTGAAAAAGATTGTGATTGTCG > 1:19733022/1‑68 TTAACAATTGGTTAATAAATTTAAGGGGGTCACGTTGACTACGCCATTGAAAAAGATTGTGATTGTCG > 1:23653791/1‑68 TTAACAATTGGTTAATAAATTTAAGGGGGTCACGTTGACTACGCCATTGAAAAAGATTGTGATTGTCG > 1:24931811/1‑68 TTAACAATTGGTTAATAAATTTAAGGGGGTCACGTTGACTACGCCATTGAAAAAGATTGTGATTGTCG > 1:567745/1‑68 TTAACAATTGGTTAATAAATTTAAGGGGGTCACGTTGACTACGCCATTGAAAAAGATTGTGATTGTCG > 1:6735284/1‑68 TTAACAATTGGTTAATAAATTTAAGGGGGTCACGTTGACTACGCCATTGAAAAAGATTGTGATTGTCG > 1:10454855/1‑68 TTAACAATTGGTTAATAAATTTAAGGGGGTCACGTTGACTACGCCATTGAAAAAGATTGTGATTGTCG > 1:28364730/1‑68 TTAACAATTGGTTAATAAATTTAAGGGGGTCACGTTGACTACGCCATTGAAAAAGATTGTGATTGTCG > 1:28821532/1‑68 TTAACAATTGGTTAATAAATTTAAGGGGGTCACGTTGACTACGCCATTGAAAAAGATTGTGATTGTCG > 1:4259081/1‑68 TTAACAATTGGTTAATAAATTTAAGGGGGTCACGTTGACTACGCCATTGAAAAAGATTGTGATTGTCG > 1:32403624/1‑68 TTAACAATTGGTTAATAAATTTAAGGGGGTCACGTTGACTACGCCATTGAAAAAGATTGTGATTGTCG > 1:32236802/1‑68 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ATTGGTTAATAAATTTAAGGGGGTCACGTTGACTACGCCATTGAAAAAGATTGTGATTGTCGGCGGCG > 1:11523721/1‑68 ATTGGTTAATAAATTTAAGGGGGTCACGTTGACTACGCCATTGAAAAAGATTGTGATTGTCGGCGGCG > 1:1201030/1‑68 ATTGGTTAATAAATTTAAGGGGGTCACGTTGACTACGCCATTGAAAAAGATTGTGATTGTCGGCGGCG > 1:34392975/1‑68 ATTGGTTAATAAATTTAAGGGGGTCACGTTGACTACGCCATTGAAAAAGATTGTGATTGTCGGCGGCG > 1:30762161/1‑68 ATTGGTTAATAAATTTAAGGGGGTCACGTTGACTACGCCATTGAAAAAGATTGTGATTGTCGGCGGCG > 1:6962734/1‑68 ATTGGTTAATAAATTTAAGGGGGTCACGTTGACTACGCCATTGAAAAAGATTGTGATTGTCGGCGGCG > 1:15347642/1‑68 TGGTTAATAAATTTAAGGGGGTCACGTTGACTACGCCATTGAAAAAGATTGTGATTGTCGGCGGCGGg > 1:23709635/1‑67 AGGGGGTCACGTTGACTACGCCATTGAAAAAGATTGTGATTGTCGGCGGCGGGGCGGGGGGTGTAGAA > 1:10683079/1‑68 AGGGGGTCACGTTGACTACGCCATTGAAAAAGATTGTGATTGTCGGCGGCGGCGCTGCTGGGGTAGAA > 1:1904761/1‑68 GGGGGTCACGTTGACTACGCCATTGAAAAAGATTGTGATTGTCGGCGGCGGGGCGGGGGGTGTAGAA > 1:3728557/1‑67 GGGGGTCACGTTGACTACGCCATTGAAAAAGATTGTGATTGTCGGCGGCGGGGCGGCGGGTGTAGAA > 1:5358988/1‑67 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |