| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 1505831 = | 268 (0.700) | 15 (0.050) | 9/94 | NT | 6.5% | intergenic (+165/‑80) | ydcR/ydcS | putative DNA‑binding transcriptional regulator/putative amino transferase/polyhydroxybutyrate (PHB) synthase, ABC transporter periplasmic binding protein homolog |
| ? | CP009273 | 1505880 = | 205 (0.630) | intergenic (+214/‑31) | ydcR/ydcS | putative DNA‑binding transcriptional regulator/putative amino transferase/polyhydroxybutyrate (PHB) synthase, ABC transporter periplasmic binding protein homolog | |||||
Only 100 of 145 total aligned reads displayed.
TCTTACTCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCGGCT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP009273/1505906‑1505831‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑acggcggctGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGACCTTATGAGCAAGACATTTGCCCGCAGCAGCCTGTGTGCG > CP009273/1505880‑1505946 TTACTCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACG < 1:8378745/68‑1 TTACTCCTGGCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACG < 1:21465382/68‑1 ACTCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGC < 1:20841049/68‑1 CTCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCG > 1:11142365/1‑68 CTCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCG > 1:11334967/1‑68 CTCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCG > 1:18136224/1‑68 CTCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCG < 1:9637279/68‑1 CTCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCG > 1:1264852/1‑68 CTCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCG > 1:3416/1‑68 CTCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCG > 1:12902628/1‑68 TCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCGG < 1:20093228/68‑1 TCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCG > 1:423294/1‑67 TCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCG > 1:7136666/1‑67 TCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCG > 1:1683893/1‑67 TCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCG > 1:5420297/1‑67 TCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCG > 1:17352386/1‑67 TCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCG > 1:3457914/1‑67 TCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCG > 1:18773609/1‑67 TCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCG > 1:3814921/1‑67 TCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCG > 1:3987447/1‑67 TCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCG > 1:3928158/1‑67 TCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCG > 1:18508787/1‑67 TCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCG > 1:18701610/1‑67 TCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCG > 1:16130128/1‑67 TCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCG > 1:10294004/1‑67 TCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCG > 1:10658585/1‑67 TCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCG > 1:10092790/1‑67 TCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCG > 1:11732695/1‑67 TCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCG > 1:26849292/1‑67 TCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCG > 1:28735254/1‑67 TCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCG > 1:24604026/1‑67 TCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCG > 1:24097683/1‑67 TCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCG > 1:2916289/1‑67 TCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCG > 1:22013187/1‑67 TCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCG > 1:14587657/1‑67 TCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCG > 1:14766447/1‑67 TCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCG > 1:8658751/1‑67 TCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCG > 1:7208250/1‑67 TCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCG > 1:1649123/1‑67 TCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCAGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCG > 1:17488551/1‑67 TCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGAAGCCGTGCCGTAAAAATATATCCTTGTTTAACCATAGACGGCG > 1:28214609/1‑67 CCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCGGC < 1:29121672/68‑1 CCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCGGC < 1:14041075/68‑1 CTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCGGCT < 1:5702092/68‑1 TAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCGGCTGAACAATTAA < 1:31978050/68‑1 GTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACCGCGGCTGAACAATTAATTACG < 1:12718483/68‑1 TCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCGGCTGAACAATTAATTACGAC < 1:17123545/68‑1 CAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCGGCTGAACAATTAATTACGACA < 1:26384511/68‑1 CGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCAAGGTAAACCAAAGACGGCGGCTGAACAATTAATTACGACAGGA < 1:19800482/67‑1 GCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCGGCTGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGA < 1:12073123/67‑1 GCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCAAAGACGGCGGCTGAAAAATTAATTACGACAGGAGTAAGA < 1:9849855/67‑1 CGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCGGCTGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGACCT < 1:31088821/68‑1 CGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCGGCTGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGACCT < 1:21500004/68‑1 ACGGCGGCTGAACAATTAATTACGATAGGAGTAAGACCTTATGAGCAAGACATTTGCCCGCAGCAGC < 1:1686335/67‑1 ACGGCGGCTGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGACCTTATGAGCAAGACATTTGCCCGCAGCAGCC < 1:4151691/68‑1 ACGGCGGCTGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGACCTTATGAGCAAGACATTTGCCCGCAGCAGC < 1:28102679/67‑1 ACGGCGGCTGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGACCTTATGAGCAAGACATTTGCCCGCAGCAGC < 1:30135442/67‑1 ACGGCGGCTGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGACCTTATGAGCAAGACATTTGCCCGCAGCAGC < 1:28369634/67‑1 ACGGCGGCTGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGACCTTATGAGCAAGACATTTGCCCGCAGCAGC < 1:9152493/67‑1 ACGGCGGCTGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGACCTTATGAGCAAGACATTTGCCCGCAGCAGC < 1:9126523/67‑1 ACGGCGGCTGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGACCTTATGAGCAAGACATTTGCCCGCAGCAGC < 1:787321/67‑1 ACGGCGGCTGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGACCTTATGAGCAAGACATTTGCCCGCAGCAGC < 1:9915907/67‑1 ACGGCGGCTGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGACCTTATGAGCAAGACATTTGCCCGCAGCAGC < 1:1077571/67‑1 ACGGCGGCTGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGACCTTATGAGCAAGACATTTGCCCGCAGCAGC < 1:17113050/67‑1 ACGGCGGCTGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGACCTTATGAGCAAGACATTTGCCCGCAGCAGC < 1:25949388/67‑1 ACGGCGGCTGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGACCTTATGAGCAAGACATTTGCCCGCAGCAGC < 1:18000118/67‑1 ACGGCGGCTGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGACCTTATGAGCAAGACATTTGCCCGCAGCAGC < 1:15833478/67‑1 ACGGCGGCTGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGACCTTATGAGCAAGACATTTGCCCGCAGCAGC < 1:19520058/67‑1 ACGGCGGCTGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGACCTTATGAGCAAGACATTTGCCCGCAGCAGC < 1:20549502/67‑1 ACGGCGGCTGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGACCTTATGAGCAAGACATTTGCCCGCAGCAGC < 1:22539956/67‑1 ACGGCGGCTGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGACCTTATGAGCAAGACATTTGCCCGCAGCAGC < 1:15799774/67‑1 ACGGCGGCTGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGACCTTATGAGCAAGACATTTGCCCGCAGCAGC < 1:15525075/67‑1 CGGCGGCTGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGACCTTATGAGCAAGACATTTGCCCGCAGCAGCCT < 1:27887350/68‑1 CGGCGGCTGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGACCTTATGAGCAAGACATTTGCCCGCAGCAGCCT < 1:12492436/68‑1 GGCGGCTGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGACCTTATGAGCAAGACATTTGCCCGCAGCAGCCTG < 1:5508774/68‑1 GGCGGCTGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGACCTTATGAGCAAGACATTTGCCCGCAGCAGCCTG < 1:18157893/68‑1 GGCGGCTGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGACCTTATGAGCAAGACATTTGCCCGCAGCAGCCTG < 1:26218689/68‑1 GGCGGCTGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGACCTTATGAGCAAGACATTTGCCCGCAGCAG > 1:23403881/1‑64 CGGCTGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGACCTTATGAGCAAGACATTTGCCCGCAGCAGCCTGT < 1:16660255/67‑1 GGCTGATCAATTAATTACGACAGGAGTAAGACCTTATGAGCAAGACATTTGCCCGCAGCAGCCTGTG < 1:14090519/67‑1 GGCTGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGACCTTATGAGCAAGAGATTTGCCCGCAGCAGCCTGTG < 1:24657471/67‑1 GGCTGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGACCTTATGAGCAAGACATTTGCCCGCAGCAGCCTGTGT > 1:18928307/1‑68 GGCTGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGACCTTATGAGCAAGACATTTGCCCGCAGCAGCCTGTG < 1:15737021/67‑1 GGCTGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGACCTTATGAGCAAGACATTTGCCCGCAGCAGCCTGTG < 1:12937887/67‑1 GGCTGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGACCTTATGAGCAAGACATTTGCCCGCAGCAGCCTGTG < 1:9438391/67‑1 GGCTGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGACCTTATGAGCAAGACATTTGCCCGCAGCAGCCTGTG < 1:12180679/67‑1 GGCTGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGACCTTATGAGCAAGACATTTGCCCGCAGCAGCCTGTG < 1:18415968/67‑1 GGCTGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGACCTTATGAGCAAGACATTTGCCCGCAGCAGCCTGTG < 1:17274370/67‑1 GGCTGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGACCTTATGAGCAAGACATTTGCCCGCAGCAGCCTGTG < 1:5331286/67‑1 GGCTGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGACCTTATGAGCAAGACATTTGCCCGCAGCAGCCTGTG < 1:18007761/67‑1 GGCTGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGACCTTATGAGCAAGACATTTGCCCGCAGCAGCCTGTG < 1:26367258/67‑1 GGCTGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGACCTTATGAGCAAGACATTTGCCCGCAGCAGCCTGTG < 1:31025247/67‑1 GGCTGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGACCTTATGAGCAAGACATTTGCCCGCAGCAGCCTGTG < 1:30774448/67‑1 GGCTGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGACCTTATGAGCAAGACATTTGCCCGCAGCAGCCTGTG < 1:29495751/67‑1 GGCTGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGACCTTATGAGCAAGACATTTGCCCGCAGCAGCCTGTG < 1:25182437/67‑1 GGCTGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGACCTTATGAGCAAGACATTTGCCCGCAGCAGCCTGTG < 1:28491453/67‑1 GGCTGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGACCTTATGAGCAAGACATTTGCCCGCAGCAGCCTGTG < 1:25520683/67‑1 GGCTGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGACCTTATGAGCAAGACATTTGCCCGCAGCAGCCTGTG < 1:26326763/67‑1 GGCAGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGACCTTATGAGCAAGACATTTGCCCGCAGCAGCCTGTG < 1:22023831/67‑1 GCTGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGACCTTATGAGCAAGACATTTGCCCGCAGCAGCCTGTGT > 1:20754389/1‑67 TCTTACTCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCGGCT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP009273/1505906‑1505831‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑acggcggctGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGACCTTATGAGCAAGACATTTGCCCGCAGCAGCCTGTGTGCG > CP009273/1505880‑1505946 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |