| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 1958516 = | 297 (0.770) | 17 (0.050) | 7/96 | NT | 6.6% | coding (792/2079 nt) | flhA | putative flagellar export pore protein |
| ? | CP009273 | 1958598 = | 223 (0.680) | coding (710/2079 nt) | flhA | putative flagellar export pore protein | |||||
Only 100 of 114 total aligned reads displayed.
AAGTTATACGCTATTGACCATTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCCGCG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP009273/1958588‑1958516‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ccgccgcgTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGACCATGA > CP009273/1958598‑1958664 AAGTTATACGCTATTGACCATTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACC < 1:20063353/67‑1AAGTTATACGCTATTGACCATTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACC < 1:13842334/67‑1AAGTGATACGCTATTGACCATTGGCGACTGTCTGGGGGCACAAATTCCTGCGCTTGTGATTTCTACCG < 1:13804057/68‑1 GTTATACGCTATTGACCATTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCC > 1:3124382/1‑68 GTTATACGCTATTGACCATTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCC > 1:2667186/1‑68 TATACGCTATTGACCATTGGGGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCC < 1:15979710/66‑1 TATACGCTATTGACCATTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCCG < 1:3698835/67‑1 TATACGCTATTGACCATTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCC < 1:29604675/66‑1 ATACGCTATTGACCATTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCCGCG < 1:31825726/68‑1 ATACGCTATTGACCATTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCCGCG < 1:2864282/68‑1 ATACGCTATTGACCATTCGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCCGCG < 1:25968493/68‑1 cgaTATTGACCACTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCCGCGTGT < 1:23057411/65‑1 CGCTATTGCCCATTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCCGCGTGT < 1:2055956/68‑1 CGCTATTGACCTTTGGCGACGGTCTGGGGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCCGGGTGT < 1:19672796/68‑1 CGCTATTGACCATTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCCGCGTGT < 1:12165949/68‑1 CGCTATTGACCATTGCCGACGGTCTGGGGGCACAAATACCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCCGCGTGT < 1:31469171/68‑1 CGCTATTCACCATTGGCGACGGTCTGGTGGCAAAAATTCCGGCGCTGGTTATTTCTACCGCCGCGTGT < 1:27137472/68‑1 CGCTATTCACCATTGGCGACGGTCTGGGGGCACAAATTCCGGCGCGGGTGATTTCTACCGCCGCGTGT < 1:13473291/68‑1 GCTATTGACCATTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCCGCGTGTC < 1:253703/68‑1 TATTGACCATTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCCGCGTGTCC < 1:20480443/67‑1 TATTGACCATTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCCGCGTGTCC < 1:27860600/67‑1 TATTGACCATTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCCGCGTGTCC < 1:1755353/67‑1 tcACCATTGGCGACGGGCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCCGCGTGTCCCATG < 1:30341625/66‑1 TGACCATTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCCGCGTGTCCCATG < 1:16001032/68‑1 GACCTTTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCCGCGTGTCCCATGC < 1:1374000/68‑1 GACCATTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCCGCGTGTCCCATGC < 1:17636549/68‑1 GACCATTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCCGCGTGTCCCATGC < 1:30020079/68‑1 GACCATTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCCGCGTGTCCCATGC < 1:28183299/68‑1 CCATTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCCGCGTGTCCCATGCT < 1:19215180/67‑1 CCATTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCCGCGTGTCCCATGCT < 1:16166544/67‑1 CCATTGGCGACGGGCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCCGCGTGTCCCATGCT < 1:29634561/67‑1 ATTGCCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGCCGCTGGTGATTTCTACCGCCGCGTGTCCCATGCTCAT < 1:21956809/68‑1 cGCGACGGGCTGGTGCCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCC < 1:7605383/67‑1 GGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCC < 1:9885237/68‑1 GACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTTGTGATTTCTACCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCAT < 1:30069671/67‑1 GACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCAT < 1:1458265/67‑1 GACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCAT < 1:22122456/67‑1 CGGTCTGGCGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTACACCCGCCGCGTGGCCCATGCTCATGCCATGTT < 1:11793511/68‑1 CCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATG < 1:31141716/68‑1 CCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATG < 1:28374337/68‑1 CCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATG < 1:1817179/68‑1 CCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATG < 1:11611759/68‑1 CCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATG < 1:23356076/68‑1 CGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGA < 1:12151087/68‑1 CGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATG > 1:28298462/1‑67 GCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGc > 1:3854900/1‑66 GCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGAC < 1:30622321/68‑1 GCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGAC < 1:2308704/68‑1 GCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGAC < 1:13268628/68‑1 GCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGAC < 1:31579611/68‑1 GCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGAC < 1:18998825/68‑1 GCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGA > 1:21003214/1‑67 GCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGA > 1:26276395/1‑67 GCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGA > 1:30800917/1‑67 GCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGA > 1:26915761/1‑67 GCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGA > 1:29744110/1‑67 GCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGA > 1:23399209/1‑67 GCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGA > 1:1410929/1‑67 GCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGA > 1:15911727/1‑67 GCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGA > 1:6634094/1‑67 GCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGA > 1:18647342/1‑67 GCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGA > 1:20262334/1‑67 GCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGA > 1:20323580/1‑67 GCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGA > 1:20840573/1‑67 GCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGA > 1:2476054/1‑67 GCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGA > 1:22101968/1‑67 GCCGCGTGTCCCATGCTCATGACATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCAGCCGACAATGTTAATGAC > 1:2142832/1‑68 GCCGCGTGGCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGAC < 1:28874526/68‑1 CGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGACC < 1:19898731/67‑1 CGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGACC < 1:5309642/67‑1 CGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGACC < 1:7174148/67‑1 CGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGACC < 1:20322965/67‑1 CGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGACC < 1:15319266/67‑1 CGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGACC < 1:10493754/67‑1 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |