| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 2747582 = | 310 (0.810) | 29 (0.090) | 6/94 | NT | 11.2% | coding (76/291 nt) | ratB | UPF0125 family protein |
| ? | CP009273 | 2747605 = | 200 (0.620) | coding (53/291 nt) | ratB | UPF0125 family protein | |||||
Only 100 of 196 total aligned reads displayed.
GCCAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCTGCAGG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP009273/2747655‑2747582‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cgctgcaggTACTGCTTCTCAGGTAGCGCATAAGCCACCTCAACGGCAATTTTACCTGGCACTGTAAACCTCTT > CP009273/2747605‑2747669 GCCAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGC < 1:24283883/68‑1GCCAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGC < 1:24405932/68‑1GCCAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACG < 1:9795842/67‑1GCCAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACG < 1:26295433/67‑1GCCAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACG < 1:3511780/67‑1GCCAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACG < 1:17732403/67‑1GCCAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACG < 1:12039044/67‑1GCCAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACG < 1:19225684/67‑1GCCAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGAC > 1:11772904/1‑66GCCAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGAC > 1:22144020/1‑66GCCAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGAC < 1:25880509/66‑1GCCAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGAC > 1:30746589/1‑66GCCAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGAC > 1:14018393/1‑66GCCAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGAC > 1:27561334/1‑66GCCAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGAC < 1:14745615/66‑1GCCAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGAC > 1:29763/1‑66GCCAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGC‑TATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGAC > 1:10577389/1‑65GCCAGGTAAAATTGCCGTTGAGGGGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTTCAGCGAGTGACG < 1:21542731/67‑1GCCACGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTCCCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACG < 1:17006690/67‑1 aAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCTG < 1:29984409/67‑1 CAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCTG < 1:15658919/68‑1 CAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCTG < 1:27956207/68‑1 CAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCTG < 1:20602870/68‑1 CAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCTG < 1:20545416/68‑1 CAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCTG < 1:2572957/68‑1 CAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCTG < 1:895015/68‑1 CAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCT < 1:25300604/67‑1 CAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCT < 1:23453312/67‑1 CAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCT < 1:21572401/67‑1 CAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCT < 1:9690474/67‑1 CAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCT < 1:23245941/67‑1 CAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCT < 1:10247798/67‑1 CAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCT < 1:23869348/67‑1 CAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCT < 1:8529064/67‑1 CAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCT < 1:7451294/67‑1 CAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCT < 1:2443710/67‑1 CAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCT < 1:5810799/67‑1 CAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCT < 1:4916130/67‑1 CAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCT < 1:26187810/67‑1 CAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCT < 1:31640814/67‑1 CAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCT < 1:30727251/67‑1 CAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCT < 1:28088517/67‑1 CAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCT < 1:29415983/67‑1 CAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCT < 1:30479966/67‑1 CAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCT < 1:14390082/67‑1 CAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCT < 1:10292690/67‑1 CAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCT < 1:11320218/67‑1 CAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCT < 1:11426185/67‑1 CAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCT < 1:12720276/67‑1 CAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCT < 1:13555953/67‑1 CAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCT < 1:13645246/67‑1 CAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCT < 1:14177394/67‑1 CAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCT < 1:15573000/67‑1 CAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCT < 1:16340045/67‑1 CAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCT < 1:16943278/67‑1 CAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCT < 1:20873161/67‑1 CAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCT < 1:18063022/67‑1 CAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCT < 1:20114641/67‑1 CAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCT < 1:18542671/67‑1 CAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCT < 1:18204970/67‑1 CAGGTAAAATTGCCGTTGAGGGGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCT < 1:6342457/67‑1 CAGGTAAAATTGCCGGTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCT < 1:5915758/67‑1 GTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCTGCAG > 1:1735521/1‑68 GTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCTGCAG > 1:9084328/1‑68 GTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCTGCAG > 1:22727662/1‑68 GTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCTGCAG > 1:19588746/1‑68 TAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCTGCAG < 1:9384683/67‑1 TAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCTGCAG < 1:5678166/67‑1 TAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCTGC < 1:15982909/65‑1 TAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCTGC < 1:2800700/65‑1 TAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCTGC < 1:20740813/65‑1 TAAAATTGCCGTTGAGGTGGCGTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCTGCAG < 1:16663347/67‑1 AAAATTGCCGTTGAGGGGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCTGCAGG < 1:7886966/67‑1 GCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCTGCAGGTACTGCT < 1:109343/68‑1 GCCGGTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCTGCAGGTACTGCT < 1:21312860/68‑1 CGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCTGCAGGTACTGCTT < 1:5965021/67‑1 CGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCTGCAGGTACTGCTT < 1:4404035/67‑1 CGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCTGCAGGTACTGCTT < 1:31231612/67‑1 CGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCTGCAGGTACTGCTT < 1:26636673/67‑1 CGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCTGCAGGTACTGCTT < 1:13820679/67‑1 CGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCTGCAGGTACTGCTT < 1:15826207/67‑1 CGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCTGCAGGTACTGCTT < 1:28264115/67‑1 CGTTGAGGGGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCTGCAGGTACTGCTT < 1:7955716/67‑1 GGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCTGCAGGTACTGCTTCTCAGGTAGC < 1:13713031/68‑1 CTTATGCGCTACCTGAGACGCAGTACCTGCAGCGAGGGACGCTGCAGGTACTGCTTCTCAGGTAGCG < 1:3344939/67‑1 ttcTGCGCTACCTGAGAACCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCTGCAGGTACTGCTTCTCAGGTAGCGC < 1:30151601/64‑1 TTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCTGCAGGTACTGCTTCGCAGGTAGCGC < 1:8818093/67‑1 CTGCAGGTACTGCTTCTCAGGTAGCGCATAAGCCACCTCAACGGCAATTTTACCTGGCACTGTAAA > 1:13198166/1‑66 TGCAGGTACTGCTTCTCAGGTAGCGCATAAGCCACCTCAACGGCAATTTTACCTGGCACTGTAAACC < 1:28366086/67‑1 GCAGGTACTGCTTCTCAGGTAGCGCATAAGCCACCTCAACGGCAATTTTACCTGGCACTGTAAACC > 1:6766228/1‑66 GCAGGTACTGCTTCTCAGGTAGCGCATAAGCCACCTCAACGGCAATTTTACCTGGCACTGTAAACC > 1:4953090/1‑66 CAGGTACTGCTTCTCAGGTAGCGCATAAGCCACCTCAACGGCAATTTTACCTGGCACTGTAAACCTCT > 1:28766524/1‑68 CAGGTACTGCTTCTCAGGTAGCGCATAAGCCACCTCAACGGCAATTTTACCTGGCACTGTAAACCTCT > 1:1454014/1‑68 AGGTACTGCTTCTCAGGTAGCGCATAAGCCACCTCAACGGCAATTTTACCTGGCACTGTAAACCTCT < 1:230477/67‑1 AGGTACTGCTTCTCAGGTAGCGCATAAGCCACCTCAACGGCAATTTTACCTGGCACTGTAAACCTCT < 1:29241835/67‑1 AGGTACTGCTTCTCAGGTAGCGCATAAGCCACCTCAACGGCAATTTTACCTGGCACTGTAAACCTCT < 1:19408341/67‑1 AGGTACTGCTTCTCAGGTAGCGCATAAGCCACCTCAACGGCAATTTTACCTGGCACTGTAAACCTCT < 1:19787810/67‑1 AGGTACTGCTTCTCAGGTAGCGCATAAGCCACCTCAACGGCAATTTTACCTGGCACTGTAAACCTCT < 1:17509956/67‑1 AGGTACTGCTTCTCAGGTAGCGCATAAGCCACCTCAACGGCAATTTTACCTGGCACTGTAAACCTCT < 1:25706680/67‑1 GGTACTGCTTCTCAGGTAGCGCATAAGCCACCTCAACGGCAATTTTACCTGGCACTGTAAACCTCTT > 1:142911/1‑67 GCCAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCTGCAGG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP009273/2747655‑2747582‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cgctgcaggTACTGCTTCTCAGGTAGCGCATAAGCCACCTCAACGGCAATTTTACCTGGCACTGTAAACCTCTT > CP009273/2747605‑2747669 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |