| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 372791 = | NA (NA) | 4 (0.010) | 3/98 | NT | NA | noncoding (1/187 nt) | REP32 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 4 REP sequences | REP32 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 4 REP sequences |
| ? | CP009273 | 372824 = | NA (NA) | noncoding (34/187 nt) | REP32 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 4 REP sequences | REP32 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 4 REP sequences | |||||
Only 100 of 601 total aligned reads displayed.
ACCCGTATGCCGACTTCAAAGTGCCTGATGATTTGATGTGGTAAACATAGATAAGTCGTGCGCAGATGCCTGATGCGACGCTATGCGCGTCTTATCAGGCCTACGGTTTATGGGCGAAGTGTAGACCGGATAAGG > CP009273/372724‑372858 | atggcgcacgactgccggatgcggcgtgaacgccttatccggtctacacttcgcccataaaccgtagg > 1:12826637‑M1/68‑68 (MQ=255)atggcgcacgactgccggatgcggcgtgaacgccttatccggtctacacttcgcccataaaccgtagg > 1:13620248‑M1/68‑68 (MQ=255) tggcgcacgactgccggatgcggcgtgaacgccttatccggtctacacttcgcccataaaccgtagg < 1:3128113‑M1/1‑1 (MQ=255) cccGTATGCCGACTTCAAAGTGCCTGATGATTTGATGTGGTAAACATAGATAAGTCGTGCGCAGATg < 1:18324508/67‑1 (MQ=255) cccGTATGCCGACTTCAAAGTGCCTGATGATTTGATGTGGTAAACATAGATAAGTCGTGCGCAGATg < 1:7173162/67‑1 (MQ=255) cccGTATGCCGACTTCAAAGTGCCTGATGATTTGATGTGGTAAACATAGATAAGTCGTGCGCAGATg < 1:20406396/67‑1 (MQ=255) cgcacgactgccggatgcggcgtgaacgccttatccggtctacacttcgcccataaaccgtagGCCt > 1:2402271‑M1/64‑67 (MQ=255) cgcacgactgccggatgcggcgtgaacgccttatccggtctacacttcgcccataaaccgtagGCCTg < 1:4843‑M1/5‑1 (MQ=255) aTGCCGACTTCAAAGTGCCTGATGATTTGATGTGGTAAACATAGATAAGTCGTGCGCAGATGCCTGAt < 1:5930326/68‑1 (MQ=255) aTGCCGACTTCAAAGTGCCTGATGATTTGATGTGGTAAACATAGATAAGTCGTGCGCAGATGCCTGAt < 1:20170561/68‑1 (MQ=255) tGCCGACTTCAAAGTGCCTGATGATTTGATGTGGTAAACATAGATAAGTCGTGCGCAGATGCCTGAt > 1:15822043/1‑67 (MQ=255) gCCGACTTCAAAGTGCCTGATGATTTGATGTGGTAAACATAGATAAGTCGTGCGCAGATGCCTGATGc > 1:19331070/1‑68 (MQ=255) gCCGACTTCAAAGTGCCTGATGATTTGATGTGGTAAACATAGATAAGTCGTGCGCAGATGCCTGATGc > 1:20667238/1‑68 (MQ=255) gCCGACTTCAAAGTGCCTGATGATTTGATGTGGTAAACATAGATAAGTCGTGCGCAGATGCCTGATGc > 1:21225276/1‑68 (MQ=255) cGACTTCAAAGTGCCTGATGATTTGATGTGGTAAACATAGATAAGTCGTGCGCAGATGCCTGATGCg > 1:1663260/1‑67 (MQ=255) gACTTCAAAGTGCCTGATGATTTGATGTGGTAAACATAGATAAGTCGTGCGCAGATGCCTGATGCGAc < 1:9155194/68‑1 (MQ=255) aGTGCCTGATGATTTGATGTGGTAAACATAGATAAGTCGACCGCAGATGCCTGATGCGACGCTATgc > 1:17542752/1‑67 (MQ=255) gCCTGATGATTTGATGTGGTAAACATTGTTAAGTCGTGCGCAGATGCCTGATGCGACGCTATGcgcg < 1:1706483/67‑1 (MQ=255) gCCTGATGATTTGATGTGGTAAACATAGATAAGTCGTGCGCAGATGCCTGATGCGACGCTATGcgcg < 1:14432584/67‑1 (MQ=255) gCCTGATGATTTGATGTGGTAAACATAGATAAGTCGTGCGCAGATGCCTGATGCGACGCTATGcgcg < 1:22291962/67‑1 (MQ=255) gCCTGATGATTTGATGTGGTAAACATAGATAAGTCGTGCGCAGATGCCTGATGCGACGCTATGcgcg < 1:23494280/67‑1 (MQ=255) gCCTGATGATTTGATGTGGTAAACATAGATAAGTCGTGCGCAGATGCCTGATGCGACGCTATGcgcg < 1:2496772/67‑1 (MQ=255) gCCTGATGATTTGATGTGGTAAACATAGATAAGTCGTGCGCAGATGCCTGATGCGACGCTATGcgcg < 1:8112585/67‑1 (MQ=255) tgatgaTTTGATGTGGTAAACATAGATAAGTCGTGCGCAGATGCCTGATGCGACGCTATGCGCGTCtt < 1:22185999/68‑1 (MQ=255) tgatgaTTTGATGTGGTAAACATAGATAAGTCGTGCGCAGATGCCTGATGCGACGCTATGCGCGTCtt < 1:15160646/68‑1 (MQ=255) tgatgaTTTGATGTGGTAAACATAGATAAGTCGTGCGCAGATGCCTGATGCGACGCTATGCGCGTCtt < 1:23398091/68‑1 (MQ=255) gatgatTTGATGTGGTAAACATAGATAAGTCGTGCGCAGATGCCTGATGCGACGCTATGCGCGTCTTa < 1:23014038/68‑1 (MQ=255) atgatTTGATGTGGTAAACATAGATAAGTCGTGCGCAGATGCCTGATGCGACGCTATGCGCGTCTTa > 1:9541612/1‑67 (MQ=255) atgatTTGATGTGGTAAACATAGATAAGTCGTGCGCAGATGCCTGATGCGACGCTATGCGCGTCTTa > 1:12519173/1‑67 (MQ=255) atgatTTGATGTGGTAAACATAGATAAGTCGTGCGCAGATGCCTGATGCGACGCTATGCGCGTCTTa > 1:14174724/1‑67 (MQ=255) gatTTGATGTGGTAAACATAGATAAGTCGTGCGCAGATGCCTGATGCGACGCTATGCGCGTCTTATCa > 1:18821386/1‑68 (MQ=255) gatTTGATGTGGTAAACATAGATAAGTCGTGCGCAGATGCCTGATGCGACGCTATGCGCGTCTTATCa > 1:21469707/1‑68 (MQ=255) tttGATGTGGTATACATAGATAAGTCGTGCGCAGATGCCTGAAGCGACGCTATGCGCGTCTTTTCAgg < 1:18089657/68‑1 (MQ=25) tttGATGTGGTAAACATAGATAAGTCGTGCGCAGATGCCTGATGCGACGCTATGCGCGTCTTATCAgg < 1:8699728/68‑1 (MQ=255) tGATGTGGTAAACATAGATAAGTCGTGCGCAGATGCCTGATGCGACGCTATGCGCGTCTTATCAgg > 1:29246823/1‑66 (MQ=255) tgtgGTAAACATAGATAAGTCGTGCGCAGATGCCTGATGCGACGCTATGCGCGTCTTATCAGGCCTAc > 1:14970590/1‑68 (MQ=255) gtgGTAAACATAGATAAGTCGTGCGCAGATGCCTGATGCGACGCTATGCGCGTCTTATCAGGCCTACg > 1:25685118/1‑68 (MQ=255) gtgGTAAACATAGATAAGTCGTGCGCAGATGCCTGATGCGACGCTATGCGCGTCTTATCAGGCCTACg < 1:15615691/68‑1 (MQ=255) ggTAAACATAGATAAGTCGTGCGCAGATGCCTGATGCGACGCTATGCGCGTCTTATCAGGCCTACGGt < 1:11797740/68‑1 (MQ=255) ggTAAACATAGATAAGTCGTGCGCAGATGCCTGATGCGACGCTATGCGCGTCTTATCAGGCCTACGGt < 1:6706581/68‑1 (MQ=255) ggTAAACATAGATAAGTCGTGCGCAGATGCCTGATGCGACGCTATGCGCGTCTTATCAGGCCTACGGt < 1:7360075/68‑1 (MQ=255) ggTAAACATAGATAAGTCGTGCGCAGATGCCTGATGCGACGCTATGCGCGTCTTATCAGGCCTACGGt < 1:28882042/68‑1 (MQ=255) aaaCATAGATAAGTCGTGCGCAGATGCCTGATGCGACGCTATGCGCGTCTTATCAGGCCTACGGTTTa > 1:20985822/1‑68 (MQ=255) aCATAGATAAGTCGTGCGCAGATGCCTGATGCGACGCTATGCGCGTCTTATCAGGCCTACGGTTTATg > 1:6409880/1‑68 (MQ=255) aCATAGATAAGTCGTGCGCAGATGCCTGATGCGACGCTATGCGCGTCTTATCAGGCCTACGGTTTATg > 1:23670811/1‑68 (MQ=255) aTAGATAAGTCGTGCGCAGATGCCTGATGCGACGCTATGCGCGTCTTATCAGGCCTACGGTTTATgg > 1:28545878/1‑67 (MQ=255) aTAGATAAGTCGTGCGCAGATGCCTGATGCGACGCTATGCGCGTCTTATCAGGCCTACGGTTTATgg > 1:27794323/1‑67 (MQ=255) aTAGATAAGTCGTGCGCAGATGCCTGATGCGACGCTATGCGCGTCTTATCAGGCCTACGGTTTATgg > 1:21884969/1‑67 (MQ=255) aTAGATAAGTCGTGCGCAGATGCCTGATGCGACGCTATGCGCGTCTTATCAGGCCTACGGTTTATgg > 1:11489638/1‑67 (MQ=255) aTAGATAAGTCGTGCGCAGATGCCTGATGCGACGCTATGCGCGTCTTATCAGGCCTACGGTTTATgg > 1:548140/1‑67 (MQ=255) aTAGATAAGTCGTGCGCAGATGCCTGATGCGACGCTATGCGCGTCTTATCAGGCCTACGGTTTATgg > 1:10848625/1‑67 (MQ=255) aTAGATAAGTCGTGCGCAGATGCCTGATGCGACGCTATGCGCGTCTTATCAGGCCTACGGTTTATgg > 1:1743291/1‑67 (MQ=255) aTAGATAAGTCGTGCGCAGATGCCTGATGCGACGCTATGCGCGTCTTATCAGGCCTACGGTTTATgg > 1:10045108/1‑67 (MQ=255) tAGATAAGTCGTGCGCAGATGCCTGATGCGACGCTATGCGCGTCTTATCAGGCCTACGGTTTATGGGc < 1:27971874/68‑1 (MQ=255) gATAAGTCGTGCGCAGATGCCTGATGCGACGCTATGCGCGTCTTATCAGGCCTACGGTTTATGGGCGa > 1:13240286/1‑68 (MQ=255) tAAGTCGTGCGCAGATGCCTGATGCGACGCTATGCGCGTCTTATCAGGCCTACGGTTTATGGGCGAAg > 1:17833308/1‑68 (MQ=255) tAAGTCGTGCGCAGATGCCTGATGCGACGCTATGCGCGTCTTATCAGGCCTACGGTTTATGGGCGAAg < 1:787963/68‑1 (MQ=255) tAAGTCGTGCGCAGATGCCTGATGCGACGCTATGCGCGTCTTATCAGGCCTACGGTTTATGGGCGAAg > 1:8895308/1‑68 (MQ=255) tAAGTCGTGCGCAGATGCCTGATGCGACGCTATGCGCGTCTTATCAGGCCTACGGTTTATGGGCGAAg > 1:27608763/1‑68 (MQ=255) tAAGTCGTGCGCAGATGCCTGATGCGACGCTATGCGCGTCTTATCAGGCCTACGGTTTATGGGCGAAg > 1:20760326/1‑68 (MQ=255) tAAGTCGTGCGCAGATGCCTGATGCGACGCTATGCGCGTCTTATCAGGCCTACGGTTTATGGGCGAAg > 1:24500696/1‑68 (MQ=255) tAAGTCGTGCGCAGATGCCTGATGCGACGCTATGCGCGTCTTATCAGGCCTACGGTTTATGGGCGAAg > 1:26886271/1‑68 (MQ=255) aaGTCGTGCGCAGATGCCTGATGCGACTCTATGCGCGTCTTATCAGGCCTACGGTTTATGGGCGAAgt < 1:31063562/68‑1 (MQ=255) aaGTCGTGCGCAGATGCCTGATGCGACGCTATGCGCGTCTTATCAGGCCTACGGTTTATGGGCGAAgt > 1:27259277/1‑68 (MQ=255) aaGTCGTGCGCAGATGCCTGATGCGACGCTATGCGCGTCTTATCAGGCCTACGGTTTATGGGCGAAgt < 1:10367511/68‑1 (MQ=255) aaGTCGTGCGCAGATGCCTGATGCGACGCTATGCGCGTCTTATCAGGCCTACGGTTTATGGGCGAAgt < 1:8383725/68‑1 (MQ=255) aaGTCGTGCGCAGATGCCTGATGCGACGCTATGCGCGTCTTATCAGGCCTACGGTTTATGGGCGAAgt > 1:19850945/1‑68 (MQ=255) aaGTCGTGCGCAGATGCCTGATGCGACGCTATGCGCGTCTTATCAGGCCTACGGTTTATGGGCGAAgt > 1:10668726/1‑68 (MQ=255) aaGTCGTGCGCAGATGCCTGATGCGACGCTATGCGCGTCTTATCAGGCCTACGGTTTATGGGCGAAgt < 1:31579489/68‑1 (MQ=255) aaGTCGTGCGCAGATGCCTGATGCGACGCTATGCGCGTCTTATCAGGCCTACGGTTTATGGGCGAAgt < 1:31175753/68‑1 (MQ=255) aaGTCGTGCGCAGATGCCTGATGCGACGCTATGCGCGTCTTATCAGGCCTACGGTTTATGGGCGAAgt < 1:29980702/68‑1 (MQ=255) gTCGTGCGCAGATGCCTGATGCGACGCTATGCGCGTCTTATCAGGCGTACGGTTTATGGGCGAAgtgt > 1:3538680/1‑68 (MQ=255) gTCGTGCGCAGATGCCTGATGCGACGCTATGCGCGTCTTATCAGGCCTACGGTTTATgg > 1:30683077/1‑59 (MQ=255) gTCGTGCGCAGATGCCTGATGCGACGCTATGCGCGTCTTATCAGGCCTACGGTTTATGGGCGAAgtgt > 1:30390826/1‑68 (MQ=255) gTCGTGCGCAGATGCCTGATGCGACGCTATGCGCGTCTTATCAGGCCTACGGTTTATGGGCGAAgtgt > 1:18518767/1‑68 (MQ=255) gTCGTGCGCAGATGCCTGATGCGACGCTATGCGCGTCTTATCAGGCCTACGGTTTATGGGCGAAgtgt > 1:19505718/1‑68 (MQ=255) gTCGTGCGCAGATGCCTGATGCGACGCTATGCGCGTCTTATCAGGCCTACGGTTTATGGGCGAAgtgt > 1:25344077/1‑68 (MQ=255) gTCGTGCGCAGATGCCTGATGCGACGCTATGCGCGTCTTATCAGGCCTACGGTTTATGGGCGAAgtgt > 1:28241610/1‑68 (MQ=255) gTCGTGCGCAGATGCCTGATGCGACGCTATGCGCGTCTTATCAGGCCTACGGTTTATGGGCGAAgtgt > 1:6977743/1‑68 (MQ=255) gTCGTGCGCAGATGCCTGATGCGACGCTATGCGCGTCTTATCAGGCCTACGGTTTATGGGCGAAgtgt > 1:12109121/1‑68 (MQ=255) gTCGTGCGCAGATGCCTGATGCGACGCTATGCGCGTCTTATCAGGCCTACGGTTTATGGGCGAAgtgt > 1:22640542/1‑68 (MQ=255) gTCGTGCGCAGATGCCTGATGCGACGCTATGCGCGTCTTATCAGGCCTACGGTTTATGGGCGAAgtgt > 1:22820393/1‑68 (MQ=255) gTCGTGCGCAGATGCCTGATGCGACGCTATGCGCGTCTTATCAGGCCTACGGTTTATGGGCGAAgtgt > 1:29513276/1‑68 (MQ=255) gTCGTGCGCAGATGCCTGATGCGACGCTATGCGCGTCTTATCAGGCCTACGGTTTATGGGCGAAgtgt > 1:29806062/1‑68 (MQ=255) gTCGTGCGCAGATGCCTGATGCGACGCTATGCGCGTCTTATCAGGCCTACGGTTTATGGGCGAAgtgt > 1:13829108/1‑68 (MQ=255) gTCGTGCGCAGATGCCTGATGCGACGCTATGCGCGTCTTATCAGGCCTACGGTTTATGGGCGAAgtgt > 1:12250601/1‑68 (MQ=255) gTCGTGCGCAGATGCCTGATGCGACGCTATGCGCGTCTTATCAGGCCTACGGTTTATGGGCGAAgtgt > 1:4006261/1‑68 (MQ=255) tCGTGCGCAGATGCCTGATGCGACGCTATGCGCGTCTTATCAGGCCTACGGTTTATGGGCGa < 1:31721826/62‑1 (MQ=255) cGTGCGCAGATGCCTGATGCGACGCTATGCGCGTCTTATCAGGCCTACGGTTTATGGGCGAAGTGTAg < 1:14718621/68‑1 (MQ=255) cGTGCGCAGATGCCTGATGCGACGCTATGCGCGTCTTATCAGGCCTACGGTTTATGGGCGAAGTGTAg > 1:31515411/1‑68 (MQ=255) cGTGCGCAGATGCCTGATGCGACGCTATGCGCGTCTTATCAGGCCTACGGTTTATGGGCGAAGTGTAg > 1:10501360/1‑68 (MQ=255) cGTGCGCAGATGCCTGATGCGACGCTATGCGCGTCTTATCAGGCCTACGGTTTATGGGCGAAGTGTAg > 1:5279681/1‑68 (MQ=255) gcAGATGCCTGATGCGACGCTATGCGCGTCTTATCAGGCCTACGGTTTATGGGCGAAGTGTAGACCgg < 1:6233652/68‑1 (MQ=255) gcAGATGCCTGATGCGACGCTATGCGCGTCTTATCAGGCCTACGGTTTATGGGCGAAGTGTAGACCgg > 1:4249649/1‑68 (MQ=255) gcAGATGCCTGATGCGACGCTATGCGCGTCTTATCAGGCCTACGGTTTATGGGCGAAGTGTAGACCgg < 1:16148930/68‑1 (MQ=255) gcAGATGCCTGATGCGACGCTATGCGCGTCTTATCAGGCCTACGGTTTATGGGCGAAGTGTAGACCg < 1:5759803/67‑1 (MQ=255) gcAGATGCCTGATGCGACGCTATGCGCGTCTTATCAGGCCTACGGTTTATGGGCGAAGTGTAGACCg < 1:26254878/67‑1 (MQ=255) gcAGATGCCTGATGCGACGCTATGCGCGTCTTATCAGGCCTACGGTTTATGGGCGAAGTGTAGACCg < 1:26780336/67‑1 (MQ=255) aGATGCCTGATGCGACGCTATGCGCGTCTTATCAGGCCTACGGTTTATGGGCGAAGTGTAGACCGGa < 1:1541046/67‑1 (MQ=255) GCCTGATGCGACGCTATGCGCGTCTTATCAGGCCTACGGTTTATGGGCGAAGTGTAGACCGGATAAgg > 1:19043508‑M1/1‑68 (MQ=255) | ACCCGTATGCCGACTTCAAAGTGCCTGATGATTTGATGTGGTAAACATAGATAAGTCGTGCGCAGATGCCTGATGCGACGCTATGCGCGTCTTATCAGGCCTACGGTTTATGGGCGAAGTGTAGACCGGATAAGG > CP009273/372724‑372858 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |