| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | = 3487121 | NA (NA) | 5 (0.010) +C |
5/110 | NT | NA | noncoding (5/26 nt) | REP248 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | REP248 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences |
| ? | CP009273 | = 3487136 | NA (NA) | noncoding (20/26 nt) | REP248 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | REP248 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | |||||
Only 100 of 652 total aligned reads displayed.
CCTGTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTATTTCTATAAACC > CP009273/3487054‑3487186 | ccTGTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGG < 1:9542220‑M1/68‑1 (MQ=255) cTGTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGG > 1:29895953‑M1/1‑67 (MQ=255) cTGTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGG > 1:772655‑M1/1‑67 (MQ=255) cTGTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGG > 1:16290314‑M1/1‑67 (MQ=255) gTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACG < 1:12333173‑M1/68‑1 (MQ=255) gTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACG < 1:14689715‑M1/68‑1 (MQ=255) tAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGc < 1:16208449/68‑1 (MQ=255) tAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGc < 1:18807872/68‑1 (MQ=255) tAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGc < 1:10006111/68‑1 (MQ=255) tAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGc < 1:438249/68‑1 (MQ=255) aGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACCCCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGc > 1:28223115/1‑67 (MQ=255) aGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCa < 1:14318596/68‑1 (MQ=255) ggTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGc > 1:8436168/1‑66 (MQ=255) gTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACt > 1:1537275/1‑68 (MQ=255) gTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACt > 1:29413477/1‑68 (MQ=255) ttCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTa > 1:24729176/1‑67 (MQ=255) ttCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTa > 1:25540026/1‑67 (MQ=255) ttCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTAt < 1:17942367/68‑1 (MQ=255) ttCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTAt < 1:11542533/68‑1 (MQ=255) ttCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTAt < 1:26343515/68‑1 (MQ=255) cAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTcg > 1:20520785‑M2/1‑66 (MQ=255) cAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTcg > 1:3034996‑M2/1‑66 (MQ=255) cgtcaccgtcaGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTcgtccg > 1:24865570‑M2/1‑62 (MQ=255) cgtcaccgtcaGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTcgt > 1:7213008‑M2/1‑62 (MQ=255) caccgtcaGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTcgtccggc > 1:27812212‑M2/1‑59 (MQ=255) cgtcaGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCttt > 1:28418436/1‑68 (MQ=255) cgtcaGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCCCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCttt < 1:21896001/68‑1 (MQ=255) caGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTcc > 1:13663341/1‑68 (MQ=255) aTAAGACGCTGTCCTCTGATTAATTGCTCATGGCGGACGGCAGTATGGTCGTCCGGCCTTTTCctgt < 1:21413371/67‑3 (MQ=255) aTAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCctct < 1:19855405/67‑1 (MQ=255) aTAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCctct < 1:10795882/67‑1 (MQ=255) tAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTcgtccggcatgagcaattaa > 1:3654436‑M2/1‑48 (MQ=255) acacCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGccgcggattgtgccggccggcaggaggaattaat > 1:26224260‑M1/1‑33 (MQ=255) cacCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTcc < 1:26659531/68‑1 (MQ=255) cacCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTcc < 1:23217703/68‑1 (MQ=255) cacCCTCACCGCTCATTACTTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGGGGTCCGGCCGTTTCCTCTCTTcc < 1:19516253/68‑1 (MQ=255) acCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTc > 1:6040224/1‑58 (MQ=255) acCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTcc > 1:21134295/1‑67 (MQ=255) cccTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTccc > 1:18699996/1‑67 (MQ=255) cccTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTccc > 1:24499007/1‑67 (MQ=255) ccTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTccccc > 1:30162830/1‑68 (MQ=255) cTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCg < 1:6772391/68‑1 (MQ=255) tGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGc < 1:13025346/68‑1 (MQ=255) tGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGc < 1:24280166/68‑1 (MQ=255) gACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCt < 1:15737279/68‑1 (MQ=255) aCCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGacgatagtgccgtccggcatgagcaattaatgagaggtca > 1:10930723‑M1/1‑28 (MQ=255) aCCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCt > 1:2214357/1‑67 (MQ=255) aCCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCt > 1:26924556/1‑67 (MQ=255) aCCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCt > 1:19060921/1‑67 (MQ=255) aCCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCt > 1:31995816/1‑67 (MQ=255) aCCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTACCCCGCt > 1:1058737/1‑67 (MQ=255) ctctCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACg > 1:4982871/1‑68 (MQ=255) ctctCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACg > 1:11912861/1‑68 (MQ=255) ctctCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACg > 1:15919936/1‑68 (MQ=255) tctcATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGt < 1:25405454/68‑1 (MQ=255) tctcATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGt < 1:5888342/68‑1 (MQ=255) tctcATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGt < 1:2280437/68‑1 (MQ=255) tctcATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGt < 1:13315113/68‑1 (MQ=255) tctcATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGt < 1:15123720/68‑1 (MQ=255) ctcATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTcgtccggcatgagcaattaatgagaggtcagggt > 1:3855514‑M2/1‑34 (MQ=255) ctcATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTcgtccggcatgagcaattaatgagaggtcagggt > 1:25663451‑M2/1‑34 (MQ=255) tcATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGc < 1:14905509/68‑1 (MQ=255) cATTTATTGCTCATGCCGTACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTGCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCa < 1:14047377/68‑1 (MQ=255) cATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCa < 1:16991792/68‑1 (MQ=255) aTTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCAt < 1:1030824/68‑1 (MQ=255) ttAATTGCTCATGCCGGACGacgatagtgccgtccggcatgagcaattaatgagaggtcagggtgtta > 1:12619330‑M1/1‑20 (MQ=255) ttAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTGCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCa > 1:29071837/1‑66 (MQ=255) ttAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCa > 1:29635961/1‑66 (MQ=255) ttAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCa > 1:12776488/1‑66 (MQ=255) ttAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATc < 1:11281990/68‑1 (MQ=255) aaTTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTa < 1:23727649/68‑1 (MQ=255) aTTGCTCCTGCCGGACGGCCCTATCGCCGTCCGGCCTTTTCCGCTCTTCCCCCGCTAGGTGCCTCTAt > 1:31643212/1‑68 (MQ=255) aTTGCTCATGCCGGACGaggatagtgccgtccggcatgagcaattaatgagaggtctgggtggtat > 1:26134755‑M1/1‑17 (MQ=255) aTTGCTCATGCCGGACGacgatagtgccgtccggcatgagcaattaatgagaggtcagggtgttat > 1:27303561‑M1/1‑17 (MQ=255) aTTGCTCATGCCGGACGacgatagtgccgtccggcatgagcaattaatgagaggtcagggtgttat > 1:6941724‑M1/1‑17 (MQ=255) aTTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTAt > 1:17727145/1‑68 (MQ=255) aTTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTAt > 1:5417548/1‑68 (MQ=255) tGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTAtt > 1:17479709/1‑67 (MQ=255) gCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTATTTc < 1:18222729/68‑1 (MQ=255) tCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTATTTCt < 1:8758583/67‑1 (MQ=255) tCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTATTTCt < 1:4779685/67‑1 (MQ=255) tCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTATTTCt < 1:6504538/67‑1 (MQ=255) tCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTATTTCt < 1:9783869/67‑1 (MQ=255) tCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTATTTCt < 1:2297980/67‑1 (MQ=255) tCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTATTTCt < 1:10458339/67‑1 (MQ=255) tCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTATTTCt < 1:12069519/67‑1 (MQ=255) tCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTATTTCt < 1:13909404/67‑1 (MQ=255) tCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTATTTCt < 1:16566515/67‑1 (MQ=255) tCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTATTTCt < 1:2030205/67‑1 (MQ=255) tCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTATTTCt < 1:20708637/67‑1 (MQ=255) tCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTATTTCt < 1:22506274/67‑1 (MQ=255) tCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTATTTCt < 1:4173932/67‑1 (MQ=255) tCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTATTTCt < 1:24038415/67‑1 (MQ=255) tCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTATTTCt < 1:28804768/67‑1 (MQ=255) tCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTATTTCt < 1:30728909/67‑1 (MQ=255) tCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTATTTCt < 1:3110833/67‑1 (MQ=255) gCCGGACGacgatagtgccgtccggcatgagcaattaatgagaggtcagggtgttatgctgacggtg > 1:25938807‑M1/1‑8 (MQ=255) gCCGGACGacgatagtgccgtccggcatgagcaattaatgagaggtcagggtgttatgctgacggtg > 1:27635839‑M1/1‑8 (MQ=255) ccGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTAtt > 1:922833/1‑59 (MQ=255) ccGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTATTTCTATaaa > 1:25112941/1‑67 (MQ=255) | CCTGTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTATTTCTATAAACC > CP009273/3487054‑3487186 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |