| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 4230085 = | NA (NA) | 6 (0.020) | 5/98 | NT | NA | noncoding (1/37 nt) | REP314 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | REP314 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences |
| ? | CP009273 | 4230118 = | NA (NA) | noncoding (34/37 nt) | REP314 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | REP314 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | |||||
Only 100 of 447 total aligned reads displayed.
TTGCTGGTGGCTGGGAATCACCTGAATGGGTGATTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACGGGTAGGTATATCCGGCTTTGGTGGAGGCGC > CP009273/4230018‑4230152 | ttGCTGGTGGCTGGGAATCACCTGAATGGGTGATTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTg < 1:17410127/68‑1 (MQ=255) tGCTGGTGGCTGGGAATCACCTGAATGGGTGATTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTg > 1:24627756/1‑67 (MQ=255) tGCTGGTGGCTGGGAATCACCTGAATGGGTGATTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGc < 1:4968530/68‑1 (MQ=255) gtatgttttgttcaacctggatttggagcgcgcctccaccaaagccggatatacctacccgtagGCCg > 1:19399545‑M1/65‑68 (MQ=255) gtatgttttgttcaacctggatttggagcgcgcctccaccaaagccggatatacctacccgtagGCCg > 1:16364133‑M1/65‑68 (MQ=255) gtatgttttgttcaacctggatttggagcgcgcctccaccaaagccggatatacctacccgtagGCCg > 1:665941‑M1/65‑68 (MQ=255) ggtggCTGGGAATCACCTGAATGGGTGATTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGa > 1:30518508/1‑68 (MQ=255) ggtggCTGGGAATCACCTGAATGGGTGATTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGa > 1:29772051/1‑68 (MQ=255) ggtggCTGGGAATCACCTGAATGGGTGATTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGa > 1:3783385/1‑68 (MQ=255) atgttttgttcaacctggatttggagcgcgcctccaccaaagccggatatacctacccgtagGCCgg > 1:20181385‑M1/63‑67 (MQ=255) tgttttgttcaacctggatttggagcgcgcctccaccaaagccggatatacctacccgtagGCCGGAt < 1:12012306‑M1/7‑1 (MQ=255) tggCTGGGAATCACCTGAATGGGTGATTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGAt > 1:31148216/1‑67 (MQ=255) tggCTGGGAATCACCTGAATGGGTGATTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGAt > 1:20578997/1‑67 (MQ=255) tggCTGGGAATCACCTGAATGGGTGATTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGAt > 1:17181708/1‑67 (MQ=255) tggCTGGGAATCACCTGAATGGGTGATTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGAt > 1:24819892/1‑67 (MQ=255) tggCTGGGAATCACCTGAATGGGTGATTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGAt > 1:7406928/1‑67 (MQ=255) tggCTGGGAATCACCTGAATGGGTGATTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGAt > 1:26819280/1‑67 (MQ=255) tggCTGGGAATCACCTGAATGGGTGATTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGAt > 1:27330379/1‑67 (MQ=255) 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aTGGGTGATTTTTGAATTACGGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCtt > 1:15434338/1‑68 (MQ=255) aTGGGTGATTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCtt > 1:6136125/1‑68 (MQ=255) aTGGGTGATTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCtt > 1:23827132/1‑68 (MQ=255) aTGGGTGATTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCtt > 1:27625129/1‑68 (MQ=255) aTGGGTGATTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCtt > 1:23516297/1‑68 (MQ=255) tGGGTGATTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTa > 1:5722483/1‑68 (MQ=255) gggTGATTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTa > 1:20442859/1‑67 (MQ=255) gggTGATTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTa > 1:7990390/1‑67 (MQ=255) ggTGATATTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTAt > 1:27147218/1‑67 (MQ=255) tGATTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCg > 1:28233249/1‑68 (MQ=255) tttttGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGcc < 1:2388888/68‑1 (MQ=255) tttttGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGc < 1:9203331/67‑1 (MQ=255) tttttGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGc < 1:5323077/67‑1 (MQ=255) tttttGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGc < 1:15915954/67‑1 (MQ=255) tttttGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGc < 1:12881469/67‑1 (MQ=255) tttGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCt > 1:1339587/1‑67 (MQ=255) tGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACg < 1:1142359/68‑1 (MQ=255) tGAATAACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACg < 1:4018738/68‑1 (MQ=255) gAATTCCCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACgg < 1:14881921/68‑1 (MQ=255) gAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACgg < 1:10366652/68‑1 (MQ=255) 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aTTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACggg < 1:15152924/67‑1 (MQ=255) aTTACCGGCGGTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACggg < 1:28545292/67‑1 (MQ=255) tACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACGggtag < 1:8324527/68‑1 (MQ=255) aCCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACGggtagg < 1:9535385/68‑1 (MQ=255) aCCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACGggtagg < 1:4300867/68‑1 (MQ=255) aCCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACGggtagg < 1:459202/68‑1 (MQ=255) aCCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACGggtagg < 1:12463737/68‑1 (MQ=255) aCCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACGggtagg < 1:26354763/68‑1 (MQ=255) aCCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACGggtagg < 1:22965886/68‑1 (MQ=255) aCCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACGggtagg < 1:18823451/68‑1 (MQ=255) 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ttGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACGGGTAGGTATATCCGGCTTTGGTGGAGgc > 1:8944772/1‑68 (MQ=255) GCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACGGGTAGGTATTTCCGGCTTTGGTGGAGgcgc < 1:31895489‑M1/68‑1 (MQ=255) | TTGCTGGTGGCTGGGAATCACCTGAATGGGTGATTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACGGGTAGGTATATCCGGCTTTGGTGGAGGCGC > CP009273/4230018‑4230152 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |