| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 4328027 = | 250 (0.650) | 22 (0.070) | 9/96 | NT | 8.1% | intergenic (‑281/+44) | adiY/adiA | adi system transcriptional activator/arginine decarboxylase |
| ? | CP009273 | 4328055 = | 284 (0.860) | intergenic (‑309/+16) | adiY/adiA | adi system transcriptional activator/arginine decarboxylase | |||||
Only 100 of 493 total aligned reads displayed.
TGAAAACGTTGCCATACTCAAAAGGCCTAAGGCCAGGCGGCGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATAACGTGGTAAATACCGTCAATAATTTCAGTCCCT > CP009273/4327989‑4328122 | tatgtgcgtgaaagcgtaaccactattccgctgaaggcgtaattgtttaaataacattacgccTTCa < 1:10363989‑M2/4‑1 (MQ=255) tatgtgcgtgaaagcgtaaccactattccgctgaaggcgtaattgtttaaataacattacgccTTCa < 1:22643249‑M2/4‑1 (MQ=255) aaaCGTTGCCATACTCAAAAGGCCTAAGGCCAGGCGGCGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCa < 1:6076184/67‑1 (MQ=255) aaCGTTGCCATACTCAAAAGGCCTAAGGCCAGGCGGCGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGc < 1:31441497/68‑1 (MQ=255) aaCGTTGCCATACTCAAAAGGCCTAAGGCCAGGCGGCGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGc < 1:4972135/68‑1 (MQ=255) cGTTGCCATACTCAAAAGGCCTAAGGCCAGGCGGCGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCgg > 1:19277330/1‑68 (MQ=255) tgcgtgaaagcgtaaccactattccgctgaaGGCGTAATGTTTTTTAAAGAATTACGCCTTCAGcggc < 1:27429923‑M1/37‑2 (MQ=255) tgcgtgaaagcgtaaccactattccgctgaaGGCGTAATGTTTTTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGa < 1:20596732‑M1/37‑1 (MQ=255) gTTGCCATACTCAAAAGGCCTAAGGCCAGGCGGCGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGa < 1:18507732/68‑1 (MQ=255) gTTGCCATACTCAAAAGGCCTAAGGCCAGGCGGCGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGa < 1:6830883/68‑1 (MQ=255) gTTGCCATACTCAAAAGGCCTAAGGCCAGGCGGCGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGa < 1:12793631/68‑1 (MQ=255) gcgtgaaagcgtaaccactattccgctgaaggcgtaattgtttaaataacattacgccTTCAGCGGa < 1:9569398‑M2/9‑1 (MQ=255) cATACTCAAAAGGCCTAAGGCCAGGCGGCGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGt < 1:26112331/68‑1 (MQ=255) cATACTCAAAAGGCCTAAGGCCAGGCGGCGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGt < 1:1574799/68‑1 (MQ=255) aTACTCAAAAGGCCTAAGGCCAGGCGGCGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTg < 1:30881058/68‑1 (MQ=255) aCTCAAAAGGCCTAAGGCCAGGCGGCGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGt > 1:14761269/1‑68 (MQ=255) tCAAAAGGCCTAAGGCCAGGCGGCGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGtt > 1:13482823/1‑67 (MQ=255) tCAAAAGGCCTAAGGCCAGGCGGCGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGtt > 1:3838640/1‑67 (MQ=255) aaaGGCCTAAGGCCAGGCGGCGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGc < 1:5268312/68‑1 (MQ=255) aaGGCCTAAGGCCAGGCGGCGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCt > 1:24053956/1‑68 (MQ=255) aaGGCCTAAGGCCAGGCGGCGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCt < 1:303623/68‑1 (MQ=255) aGGCCTAAGGCCAGGCGGCGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCtt > 1:2564680/1‑68 (MQ=255) aGGCCTAAGGCCAGGCGGCGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCtt > 1:6293607/1‑68 (MQ=255) aGGCCTAAGGCCAGGCGGCGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTACAGCGGAATAGTGGTTACGCtt > 1:20688986/1‑68 (MQ=255) ggCCTAAGGCCAGGCGGCGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCtt > 1:4531732/1‑67 (MQ=255) ggCCTAAGGCCAGGCGGCGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCtt > 1:8893417/1‑67 (MQ=255) ccTAAGGCCAGGCGGCGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCttt < 1:20822209/66‑1 (MQ=255) tAAGGCCAGGCGGCGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACg < 1:22797779/68‑1 (MQ=255) tcccgctgaaggcgtaattgtttaaataacataacgccTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGc < 1:24825415‑M2/30‑1 (MQ=255) aGGCCAGGCGGCGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGca < 1:26519970/68‑1 (MQ=255) aGGCCAGGCGGCGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGca < 1:31643899/68‑1 (MQ=255) aGGCCAGGCGGCGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGca < 1:25059405/68‑1 (MQ=255) ggCCAGGCGGGGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGcac > 1:23661256/1‑68 (MQ=255) ggCCAGGCGGCGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGcac > 1:1092272/1‑68 (MQ=255) ggCCAGGCGGCGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGcac > 1:1251937/1‑68 (MQ=255) ggCCAGGCGGCGTAATGTAATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGcac > 1:23924255/1‑68 (MQ=255) gCCAGGCGGCGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGcaca > 1:27232735/1‑68 (MQ=255) gCCAGGCGGCGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGcaca > 1:24386554/1‑68 (MQ=255) gCCAGGCGGCGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGcaca > 1:32060665/1‑68 (MQ=255) gCCAGGCGGCGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGcaca > 1:20061810/1‑68 (MQ=255) gCCAGGCGGCGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGcaca > 1:19094984/1‑68 (MQ=255) gCCAGGCGGCGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGcaca > 1:31045470/1‑68 (MQ=255) gctgaaGGCGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACAt < 1:4760347‑M1/62‑1 (MQ=255) cAGGCGGCGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACAt < 1:11271801/67‑1 (MQ=255) cAGGCGGCGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATa < 1:6637096/68‑1 (MQ=255) tgaaGGCGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATa < 1:7165527‑M1/63‑1 (MQ=255) gcggcgTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATAACg > 1:28363046/1‑68 (MQ=255) gcggcgTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATAACg > 1:1023974/1‑68 (MQ=255) gcggcgTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATAACg > 1:15085642/1‑68 (MQ=255) cggcgTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATAAc < 1:28749333/66‑1 (MQ=255) cggcgTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATAAc < 1:7500486/66‑1 (MQ=255) cggcgTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATAAc < 1:17715237/66‑1 (MQ=255) cggcgTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATAAc < 1:21790380/66‑1 (MQ=255) cggcgTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATAAc < 1:11751117/66‑1 (MQ=255) cggcgTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATAAc < 1:7261679/66‑1 (MQ=255) cggcgTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATAAc < 1:18785869/66‑1 (MQ=255) cggcgTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATAACGt > 1:21093292/1‑68 (MQ=255) cggcgTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATAACGt > 1:27663421/1‑68 (MQ=255) GGCGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATAACGt > 1:12003452‑M1/1‑67 (MQ=255) GGCGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATAACGt > 1:22380643‑M1/1‑67 (MQ=255) GGCGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATAACGt > 1:3382641‑M1/1‑67 (MQ=255) GGCGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATAACGTg < 1:16282037‑M1/68‑1 (MQ=255) CGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATAACGTgg > 1:13043263‑M1/1‑67 (MQ=255) GTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATAACGTGGTa < 1:9142628‑M1/68‑1 (MQ=255) AATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATAACGTGGTaaa > 1:15941807‑M1/1‑68 (MQ=255) ATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATAACGTGGTAAAt > 1:22263819‑M1/1‑68 (MQ=255) gTTATTTAAACAATTACTCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGATTTCAAGCAAATAACTTTGTAAATAc > 1:22989110/1‑68 (MQ=255) gTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATAACGTGGTAAATa > 1:17009734/1‑67 (MQ=255) gTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATAACGTGGTAAATa > 1:29660890/1‑67 (MQ=255) gTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATAACGTGGTAAATa > 1:10730538/1‑67 (MQ=255) gTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATAACGTGGTAAATa > 1:11875634/1‑67 (MQ=255) gTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATAACGTGGTAAATa > 1:10111408/1‑67 (MQ=255) gTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATAACGTGGTAAATa > 1:23482317/1‑67 (MQ=255) gTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATAACGTGGTAAATa > 1:145087/1‑67 (MQ=255) gTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATAACGTGGTAAATa > 1:4203379/1‑67 (MQ=255) gTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATAACGTGGTAAATa > 1:8025981/1‑67 (MQ=255) tATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATAACGTGGTAAATACCg > 1:8438275/1‑68 (MQ=255) tATTTAAAAAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATAACGTGGTAAATACCg > 1:8748339/1‑68 (MQ=255) aTTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATAACGTGGTAAATACCGt < 1:21225142/68‑1 (MQ=255) ttAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATAACGTGGTAAATACCGTCa > 1:5612459/1‑68 (MQ=255) ttAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATAACGTGGTAAATACCGTCa > 1:115867/1‑68 (MQ=255) ttAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATAACGTGGTAAATACCGTCa < 1:21535264/68‑1 (MQ=255) aCAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATAACGTGGTAAATACCGTCaataa > 1:13415916/1‑68 (MQ=255) aCAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATAACGTGGTAAATACCGTCaataa > 1:30576652/1‑68 (MQ=255) aCAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATAACGTGGTAAATACCGTCaataa > 1:16537435/1‑68 (MQ=255) aCAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATAACGTGGTAAATACCGTCaataa > 1:18016873/1‑68 (MQ=255) aCAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATAACGTGGTAAATACCGTCaataa > 1:26241040/1‑68 (MQ=255) aCAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATAACGTGGTAAATACCGTCaataa > 1:20949675/1‑68 (MQ=255) cAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATAACGTGGTAAATACCGTCaataat > 1:30031728/1‑68 (MQ=255) cAATTACGCCCTCCGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATAACGTGGTAAATACCGTCaatact < 1:23265035/68‑3 (MQ=255) gccTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATAACGTGGTAAATACCGTCAATAATTTCAGt > 1:12247492‑M2/4‑67 (MQ=255) gccTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATAACGTGGTAAATACCGTCAATAATTTCAGt > 1:12661261‑M2/4‑67 (MQ=255) gccTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATAACGTGGTAAATACCGTCAATAATTTCAGt > 1:7767353‑M2/4‑67 (MQ=255) gccTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATAACGTGGTAAATACCGTCAATAATTTCAGt > 1:26964463‑M2/4‑67 (MQ=255) gccTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATAACGTGGTAAATACCGTCAATAATTTCAGt > 1:21914239‑M2/4‑67 (MQ=255) ccTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATAACGTGGTAAATACCGTCAATAATTTCAGTc > 1:9018045‑M2/3‑67 (MQ=255) cTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATAACGTGGTAAATACCGTCAATAATTTCAGTc > 1:27890996‑M2/2‑66 (MQ=255) cTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATAACGTGGCAAATACCGTCAATAATTTCAGTc > 1:14323574‑M2/2‑66 (MQ=255) cTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATAACGAGGTAAATACCGTCAATAATTTCAGTc > 1:13861518‑M2/2‑66 (MQ=255) ttCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATAACGTGGTAAATACCGTCAATAATTTCAGTCCCt < 1:15277174/68‑1 (MQ=255) | TGAAAACGTTGCCATACTCAAAAGGCCTAAGGCCAGGCGGCGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATAACGTGGTAAATACCGTCAATAATTTCAGTCCCT > CP009273/4327989‑4328122 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |