New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | CP009273 | 1238033 = | 523 (1.360) | 25 (0.100) | 15/76 | NT | 7.9% | coding (504/915 nt) | ldcA | murein tetrapeptide carboxypeptidase; LD‑carboxypeptidase A |
? | CP009273 | 1238051 = | 228 (0.870) | coding (486/915 nt) | ldcA | murein tetrapeptide carboxypeptidase; LD‑carboxypeptidase A |
Only 100 of 600 total aligned reads displayed.
CGATCAGTGAAATCAGCATCGCAAGATTGCCTCCCCACAACGTGCCTTCGGCCCGACATGTCGGGCCTTCCCCTTGCCATTCAATGGTGAAGGTTTCATTGCGTAACGCCAGCCAGAAATGGTGCTCGGTAAAGG > CP009273/1237984‑1238118 | gATCAGTGAAATCCGCATCGCAAGATTGCCTCCCCCCAACGTGCCATCGGCCCGTCAGGTCGGGCCt > 1:4122888/1‑67 (MQ=255) gATCAGTGAAATCAGCATCGCAAGATTGCCTCCCCACAACGTGCCTTCGGCCCGCCATGTCGGGCCt > 1:19639301/1‑67 (MQ=255) gATCAGTGAAATCAGCATCGCAAGATTGCCTCCCCACAACGTGCCTTCGGCCCGCCATGTCGGGCCt > 1:27621237/1‑67 (MQ=255) gATCAGTGAAATCAGCATCGCAAGATTGCCTCCCCACAACGTGCCTTCGGCCCGACATGTCGGGCCt > 1:13597826/1‑67 (MQ=255) gATCAGTGAAATCAGCATCGCAAGATTGCCTCCCCACAACGTGCCTTCGGCCCGACATGTCGGGCCt > 1:20289975/1‑67 (MQ=255) gATCAGTGAAATCAGCATCGCAAGATTGCCTCCCCACAACGTGCCTTCGGCCCGACATGTCGGGCCt > 1:22646545/1‑67 (MQ=255) gATCAGTGAAATCAGCATCGCAAGATTGCCTCCCCACAACGTGCCTTCGGCCCGACATGTCGGGCCt > 1:23108491/1‑67 (MQ=255) gATCAGTGAAATCAGCATCGCAAGATTGCCTCCCCACAACGTGCCTTCGGCCCGACATGTCGGGCCt > 1:23407377/1‑67 (MQ=255) gATCAGTGAAATCAGCATCGCAAGATTGCCTCCCCACAACGTGCCTTCGGCCCGACATGTCGGGCCt > 1:1539152/1‑67 (MQ=255) gATCAGTGAAATCAGCATCGCAAGATTGCCTCCCCACAACGTGCCTTCGGCCCGACATGTCGGGCCt > 1:2385670/1‑67 (MQ=255) gATCAGTGAAATCAGCATCGCAAGATTGCCTCCCCACAACGTGCCTTCGGCCCGACATGTCGGGCCt > 1:24608211/1‑67 (MQ=255) gATCAGTGAAATCAGCATCGCAAGATTGCCTCCCCACAACGTGCCTTCGGCCCGACATGTCGGGCCt > 1:1437688/1‑67 (MQ=255) gATCAGTGAAATCAGCATCGCAAGATTGCCTCCCCACAACGTGCCTTCGGCCCGACATGTCGGGCCt > 1:1409876/1‑67 (MQ=255) gATCAGTGAAATCAGCATCGCAAGATTGCCTCCCCACAACGTGCCTTCGGCCCGACATGTCGGGCCt > 1:28555073/1‑67 (MQ=255) gATCAGTGAAATCAGCATCGCAAGATTGCCTCCCCACAACGTGCCTTCGGCCCGACATGTCGGGCCt > 1:30872923/1‑67 (MQ=255) gATCAGTGAAATCAGCATCGCAAGATTGCCTCCCCACAACGTGCCTTCGGCCCGACATGTCGGGCCt > 1:31840617/1‑67 (MQ=255) gATCAGTGAAATCAGCATCGCAAGATTGCCTCCCCACAACGTGCCTTCGGCCCGACATGTCGGGCCt > 1:4355838/1‑67 (MQ=255) gATCAGTGAAATCAGCATCGCAAGATTGCCTCCCCACAACGTGCCTTCGGCCCGACATGTCGGGCCt > 1:12478810/1‑67 (MQ=255) gATCAGTGAAATCAGCATCGCAAGATTGCCTCCCCACAACGTGCCTTCGGCCCGACATGTCGGGCCt > 1:4668059/1‑67 (MQ=255) gATCAGTGAAATCAGCATCGCAAGATTGCCTCCCCACAACGTGCCTTCGGCCCGACATGTCGGGCCt > 1:11996251/1‑67 (MQ=255) gATCAGTGAAATCAGCATCGCAAGATTGCCTCCCCACAACGTGCCTTCGGCCCGACATGTCGGGCCt > 1:4948577/1‑67 (MQ=255) gATCAGTGAAATCAGCATCGCAAGATTGCCTCCCCACAACGTGCCTTCGGCCCGACATGTCGGGCCt > 1:794113/1‑67 (MQ=255) gATCAGTGAAATCAGCATCGCAAGATTGCCTCCCCACAACGTGCCTTCGGCCCGACATGTCGGGCCt > 1:8286939/1‑67 (MQ=255) gATCAGTGAAATCAGCATCGCAAGATTGCCTCCCCACAACGTGCCTTCGGCCCGACATGTCGGGCCt > 1:897995/1‑67 (MQ=255) gATCAGTGAAATCAGCATCGCAAGATTGCCTCCCCACAACGTGCCTTCGGCCCGACATGTCGGGCCt > 1:9176924/1‑67 (MQ=255) gATCAGTGAAATCAGCATCGCAAGATTGCCTCCCCACAACGTGCCTTCGGCCCGACATGTCGGGCCt > 1:9483707/1‑67 (MQ=255) tCAGTGAAATCAGCATCGCAAGATTGCCTCCCCACAACGTGCCTTCGGCCCGACATGTCGGGCCTTcc < 1:9678381/68‑1 (MQ=255) tCAGTGAAATCAGCATCGCAAGATTGCCTCCCCACAACGTGCCTTCGGCCCGACATGTCGGGCCTTcc < 1:19814225/68‑1 (MQ=255) tCAGTGAAATCAGCATCGCAAGATTGCCTCCCCACAACGTGCCTTCGGCCCGACATGTCGGGCCTTcc < 1:14813346/68‑1 (MQ=255) tCAGTGAAATCAGCATCGCAAGATTGCCTCCCCACAACGTGCCTTCGGCCCGACATGTCGGGCCTTcc < 1:11259743/68‑1 (MQ=255) tCAGTGAAATCAGCATCGCAAGATTGCCTCCCCACAACGTGCCTTCGGCCCGACATGTCGGGCCTTc > 1:17647387/1‑67 (MQ=255) tCAGTGAAATCAGCATCGCAAGATTGCCTCCCCACAACGTGCCTTCGGCCCGACATGTCGGGCCTTc < 1:12904724/67‑1 (MQ=255) tCAGTGAAATCAGCATCGCAAGATTGCCTCCCCACAACGTGCCTTCGGCCCGACATGTCGGGCCTTc > 1:30635148/1‑67 (MQ=255) tCAGTGAAATCAGCATCGCAAGATTGCCTCCCCACAACGTGCCTTCGGCCCGACAGGTCGGGCCTTc > 1:5348719/1‑67 (MQ=255) tCAGTGAAATCAGCATCGCAAGATTGCCTCCCCACAACGTGCCTTCGGCCCGACAGGTCGGGCCTTc > 1:3217368/1‑67 (MQ=255) tCAGTGAAATCAGCATCGCAAGATTGCCACCCCACAACGTGCCTTCGGCCCGACATGTCGGGCCTTc < 1:26217317/67‑1 (MQ=255) aGTGAAATCAGCATCGCAAGATTGCCTCCCCACAACGTGCCTTCGGCCCGACATGTCGGGCCTTcc > 1:6331745/1‑66 (MQ=255) gAAATCAGCATCGCAAGATTGCCTCCCCACAACGTGCCTTCGGCCCGACATGTCGGGCCTTccccgt > 1:25690931/1‑65 (MQ=255) gAAATCAGCATCGCAAGATTGCCTCCCCACAACGTGCCTTCGGCCCGACATGTCGGGCCTTCCCCTTg < 1:18360769/68‑1 (MQ=255) gttacgcaatgaaaccttcaccattgaatggcaaggggaaggcccgacatgtcgggccTTCCCCTTGc < 1:17091471‑M2/10‑1 (MQ=255) aTCAGCATCGCAAGATTGCCTCCCCACAACGTGCCTTAGGCCCGACATGTCGGGCCTTACCCTTGCCa > 1:26728994/1‑68 (MQ=255) tCAGCATCGCAAGATTGCCTCCCCACAACGTGCCTTCGGCCCGACATGTCGGGCCTTCCCCTTGCCAt < 1:28736779/68‑1 (MQ=255) tCAGCATCGCAAGATTGCCTCCCCACAACGTGCCTTCGGCCCGACATGTCGGGCCTTCCCCTTGCCAt < 1:10492569/68‑1 (MQ=255) acgcaatgaaaccttcaccattgaatggcaaggggaaGGCCCGACATGTCGGGCCTTCCCCTTGCCAt > 1:25162951‑M1/38‑68 (MQ=255) cAGCATCGCAAGATTGCCTCCCCACAACGTGCCTTCGGCCCGACATGTCGGGCCTTCCCCTTGCCAt > 1:18004109/1‑67 (MQ=255) aTCGCAAGATTGCCTCCCCACAACGTGCCTTCGTCCCGACATGTCGGGCCTTCCCCTTGCCATTCAAt < 1:6463177/68‑1 (MQ=255) aTCGCAAGATTGCCTCCCCACAACGTGCCTTCGGCCCGACATGTCGGGCCTTCCCCTTGCCATTCAAt < 1:5054589/68‑1 (MQ=255) aTCGCAAGATTGCCTCCCCACAACGTGCCTTCGGCCCGACATGTCGGGCCTTCCCCTTGCCATTCAAt < 1:15011936/68‑1 (MQ=255) aTCGCAAGATTGCCTCCCCACAACGTGCCTTCGGCCCGACATGTCGGGCCTTCCCCTTGCCATTCAAt < 1:13348140/68‑1 (MQ=255) aTCGCAAGATTGCCTCCCCACAACGTGCCTTCGGCCCGACATGTCGGGCCTTCCCCTTGCCATTCAAt < 1:12093880/68‑1 (MQ=255) aTCGCAAGATTGCCTCCCCACAACGTGCCTTCGGCCCGACATGTCGGGCCTTCCCCTTGCCATTCAAt < 1:29531095/68‑1 (MQ=255) cGCAAGATTGCCTCCCCACAACGTGCCTTCGGCCCGACATGTCGGGCCTTCCCCTTGCCATTCAATgg < 1:12666452/68‑1 (MQ=255) cGCAAGATTGCCTCCCCACAACGTGCCTTCGGCCCGACATGTCGGGCCTTCCCCTTGCCATTCAATgg < 1:8608893/68‑1 (MQ=255) cttcaccattgaatggcaaggggaaggcccgacatgtcgggccTTCCCCTTGGCATTCAATGGTGAAg > 1:21367973‑M2/44‑68 (MQ=255) aTTGCCTCCCCACAACGTGCCTTCGGCCCGCCATGTCGGGCCTTCCCCTTGCCATTCAATGGTGAAgg > 1:5756423/1‑68 (MQ=255) aTTGCCTCCCCACAACGTGCCTTCGGCCCGCCATGTCGGGCCTTCCCCTTGCCAGTCAATGGTGAAgg > 1:31713865/1‑68 (MQ=255) aTTGCCTCCCCACAACGTGCCTTCGGCCCGACATGTCGGGCCTTCCCCTTGCCATTCAATGGTGAAgg > 1:7741558/1‑68 (MQ=255) aTTGCCTCCCCACAACGTGCCTTCGGCCCGACATGTCGGGCCTTCCCCTTGCCATTCAATGGTGAAgg > 1:14487343/1‑68 (MQ=255) aTTGCCTCCCCACAACGTGCCTTCGGCCCGACATGTCGGGCCTTCCCCTTGCCATTCAATGGTGAAgg > 1:27007685/1‑68 (MQ=255) ttGCCTCCCCACACCGTGCCTTCGGCCCGACATGTCGGGCCTTCCCCTTGCCATTCAATGGTGAAg < 1:19182913/66‑1 (MQ=255) ttGCCTCCCCACAACGTGCCTTCGGCCCGACATGTCGGGCCTTCCCCTTGCCATTCAATGGTGAAg < 1:603534/66‑1 (MQ=255) ttGCCTCCCCACAACGTGCCTTCGGCCCGACATGTCGGGCCTTCCCCTTGCCATTCAATGGTGAAGGt < 1:28196235/68‑1 (MQ=255) ttGCCTCCCCACAACGTGCCTTCGGCCCGACATGTCGGGCCTTCCCCTTGCCATTCAATGGTGAAGGt < 1:21869902/68‑1 (MQ=255) ttGCCTCCCCACAACGTGCCTTCGGCCCGACATGTCGGGCCTTCCCCTTGCCATTCAATGGTGAAGGt < 1:22485800/68‑1 (MQ=255) gCCTCCCCACAACGTGCCTTCGGCCCGACAAGTCGGGCCTTCCCCTTGCCATTAAATGGTGAAGGttt > 1:19963920/1‑68 (MQ=255) ccattgaatggcaaggggaaggcccgacatgtcgggccTTCCCCTTGCCATTCAATGGTGAAGGTTTc > 1:13882225‑M2/39‑68 (MQ=255) gactggcacggggacggcccgacatgtcgggccTTCCCCTTGCCATTCAATGGTGAAGGTTTCATTGc < 1:22010943‑M2/35‑1 (MQ=255) gaatgccacggggaaggcccgacatgtcgggccGTCCCCTTGCCATTCAATGGTGAAGGTTTCATTGc < 1:19309925‑M2/35‑1 (MQ=255) gaagggcacggggacGGCCCGACATGGCGGGCCTTCCCCTTGCCATTCAATGGTGAAGGTTTCATTGc > 1:15982196‑M1/16‑68 (MQ=255) ccACAACGTGCCTTCGGCCCGACATGTCGGGCCTTCCCCTTGCCATTCAATGGTGAAGGTTTCATTGc > 1:20590176/1‑68 (MQ=255) ccACAACGTGCCTTCGGCCCGACATGTCGGGCCTTCCCCTTGCCATTCAATGGTGAAGGTTTCATTGc < 1:17478777/68‑1 (MQ=255) cacaACGTGCCTTCGGCCCGACATGTCGGGCCTTCCCCTTGCCATTCAATGGTGAAGGTTTCATTGCg > 1:21149395/1‑68 (MQ=255) atggcaaggggaaGGCCCGACATGTCGGGCCATCCCCTGGCCATTTAATGGTGAAGGTTTCATTGCGt < 1:25595736‑M1/55‑1 (MQ=255) acaACGTGCCTTCGGCCCGGCATGTCGGGCCTTCCCCTTGGCATTCAATGGTGAAGGTTTCATTGCGt > 1:26486735/1‑68 (MQ=255) acaACGTGCCTTCGGCCCGACATGTGGGGCCTTCCCCTTGCCATTCAATCGTGAAGGGTTCATTGCGt > 1:6996720/1‑68 (MQ=255) acaACGTGCCTTCGGCCCGACATGTCGGGCCTTCCCCTTGCCATTCAATGGTGAAGGTTTCATTGCGt > 1:24828621/1‑68 (MQ=255) aCGTGCCTTCGGCCCGACATGTCGGGCCTTCCCCTTGCCATTCAATGGTGAAGGTTTCATTGCGTAAc > 1:7426665/1‑68 (MQ=255) aCGTGCCTTCGGCCCGACATGTCGGGCCTTCCCCTTGCCATTCAATGGTGAAGGTTTCATTGCGTAAc > 1:29161175/1‑68 (MQ=255) cGTGCCTTCGGCCCGACATGTCGGGCCTTCCCCTTGCCATTCAATGGTGAAGGTTACATTGCGTAAc > 1:18126621/1‑67 (MQ=255) gTGCCTTCGGCCCGACATGTCGGGCCTTCCCCTTGCCATTCAATGGTGAAGGTTTCATTGCGTAACg > 1:25903838/1‑67 (MQ=255) gggaaGGCCCGACATGTCGGGCCGTCCCCTTGCCAGTCAATGGTGAAGGTTTCATTGCGTATCgccag < 1:31256555‑M1/63‑1 (MQ=255) cTTCGGCCCGACATGTCGGGCCTTCCCCTTGCCATTCAATGGTGAAGGTTTCATTGCGTAACgccag < 1:7056862/67‑1 (MQ=255) cacGGCCCGACATGGCGGGCCTCCCCCTTGCCATTCAATGGTGAAGGTTTCATTGCGTAACgccagc < 1:17807743/65‑1 (MQ=255) tCGGCCTGACATGTCGGGCCTTCCCCTTGCCATTCAATGGTGAAGGTTTCATTGCGTAACgccagcca < 1:24477194/68‑1 (MQ=255) tCGGCCCGACATGTCGGGCCTTCCCCTTGCCATTCAATGGTGAAGGTTTCATTGCGTAACgccagcca < 1:24148229/68‑1 (MQ=255) GGCCCGACATGTCGGGCCTTCCCCTTGCCATTCAATGGTGAAGGTTTCATTGCGTAACGCCAGCCAGa > 1:10281483‑M1/1‑68 (MQ=255) GCCCGACATGTCGGGCCTTCCCCTTGCCATTCAATGGTGAAGGTTTCATTGCGTAACGCCAGCCAGaa < 1:11633767‑M1/68‑1 (MQ=255) CCCGACATGTCGGGCCTTCCCCTTGCCATTCAATGGTGAAGGTTTCATTGCGTAACGCCAGCCAGaaa < 1:10809297‑M1/68‑1 (MQ=255) atgtcgggccTTCCCCTTGCCATTCAATGGTGAAGGTTTCATTGCGTAACGCCAGCCAGAAATGGt > 1:29831347‑M2/11‑66 (MQ=255) ATGTCGGGCCTTCCCCTTGCCATTCAATGGTGAAGGTTTCATTGCGTAACGCCAGCCAGAAATGGt < 1:30305301‑M1/66‑1 (MQ=255) cgggccTTCCCCTTGCCATTCAATGGAGAAGCTTTCATTGCGTAACGCCAGCCAGAAATGGTGCTCgg > 1:1634499‑M2/7‑68 (MQ=255) CGGGCCTTCCCCTTGCCATTCAATGGTGAAGGTTTCATTGCGTAACGCCAGCCAGAAATGGTGCTCg > 1:3814293‑M1/1‑67 (MQ=255) CGGGCCTTCCCCTTGCCATTCAATGGTGAAGGTTTCATTGCGTAACGCCAGCCAGAAATGGTGCTCg > 1:13171433‑M1/1‑67 (MQ=255) CGGGCCTTCCCCTTGCCATTCAATGGTGAAGGTTTCATTGCGTAACGCCAGCCAGAAATGGTGCTCg > 1:1096814‑M1/1‑67 (MQ=255) gggccTTCCCCTTGCCATTCAATGGTGAAGGTTTCATTGCGTAACGCCAGCCAGAAATGGTGCTCGGt < 1:1870505‑M2/63‑1 (MQ=255) GGGCCTTCCCCTTGCCATTCAATGGTGAAGGTTTCATTGCGTAACGCCAGCCAGAAATGGTGCTCGGt > 1:20906722‑M1/1‑68 (MQ=255) ccTTCCCCTTGCCATTCAATGGTGAAGGTTTCATTGCGTAACGCCAGCCAGAAATGGTGCTCGGTaaa > 1:17010758‑M2/3‑68 (MQ=255) ccTTCCCCTTGCCATTCAATGGTGAAGGTTTCATTGCGTAACGCCAGCCAGAAATGGTGCTCGGTaaa > 1:18981551‑M2/3‑68 (MQ=255) CCTTCCCCTTGCCATTCAATGGTGAAGGTTTCATTGCGTAACGCCAGCCAGAAATGGTGCTCGGTaaa < 1:6197870‑M1/68‑1 (MQ=255) ttCCCCTTGCCATTCAATGGTGAAGGTTTCATTGCGTAACGCCAGCCAGAAATGGTGCTCGGTAAAgg < 1:10048904/68‑1 (MQ=255) | CGATCAGTGAAATCAGCATCGCAAGATTGCCTCCCCACAACGTGCCTTCGGCCCGACATGTCGGGCCTTCCCCTTGCCATTCAATGGTGAAGGTTTCATTGCGTAACGCCAGCCAGAAATGGTGCTCGGTAAAGG > CP009273/1237984‑1238118 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |