Missing coverage evidence...
   seq id start end size ←reads reads→ gene description
* * ÷ CP009273 246563 247250 688 106 [95] [99] 107 lafU pseudogene, lateral flagellar motor protein fragment

Only 100 of 107 total aligned reads displayed.

TCCGATACGCTGTATCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCTTTCGCAGCGAACGCGTTAAATGC  >  CP009273/247210‑247318
                                         |                                                                   
tCCGATACGCTGTATCAATACTTTTGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCaaaa                                              >  1:23062713/1‑65 (MQ=255)
tCCGATACGCTGTATCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCaaaa                                              >  1:18374744/1‑65 (MQ=255)
tCCGATACGCTGTATCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCaaaa                                              >  1:28439832/1‑65 (MQ=255)
tCCGATACGCTGTATCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCaaaa                                              >  1:6625305/1‑65 (MQ=255)
tCCGATACGCTGTATCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCaaaa                                              >  1:26377796/1‑65 (MQ=255)
tCCGATACGCTCTATCAAAACTTTCGTCAGCATCGTGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTTCaaaa                                              >  1:8627011/1‑65 (MQ=255)
 ccGATACGCTGTATCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTg                                          <  1:19985472/68‑1 (MQ=255)
 ccGATACGCTGTATCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTg                                          <  1:26324525/68‑1 (MQ=255)
  cGATACGCTGTATCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTgg                                         <  1:28084257/68‑1 (MQ=255)
    aTACGCTGTATCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGAt                                       >  1:8876585/1‑68 (MQ=255)
    aTACGCTGTATCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGAt                                       >  1:22009763/1‑68 (MQ=255)
    aTACGCTGTATCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGAt                                       >  1:20049838/1‑68 (MQ=255)
    aTACGCTGTATCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGAt                                       >  1:17414480/1‑68 (MQ=255)
      aCGCTGTATCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATaa                                     >  1:9404053/1‑68 (MQ=255)
       cGCTGTATCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATaa                                     >  1:8751215/1‑67 (MQ=255)
       cGCTGTATCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATaa                                     >  1:1013461/1‑67 (MQ=255)
        gCTGTATCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAagc                                   >  1:191576/1‑68 (MQ=255)
        gCTGTATCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAagc                                   >  1:18316062/1‑68 (MQ=255)
        gCTGTATCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAagc                                   >  1:28810066/1‑68 (MQ=255)
        gCTGTATCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAagc                                   >  1:20835230/1‑68 (MQ=255)
        gCTGTATCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAagc                                   >  1:27258369/1‑68 (MQ=255)
        gCTGTATCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAagc                                   >  1:15382795/1‑68 (MQ=255)
        gCTGTATCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAagc                                   >  1:22948341/1‑68 (MQ=255)
        gCTGTATCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAagc                                   >  1:12825314/1‑68 (MQ=255)
          tGTATCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAagcag                                 <  1:3767673/68‑1 (MQ=255)
          tGTATCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAagca                                  <  1:609594/67‑1 (MQ=255)
           gTATCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAagcagc                                <  1:18746972/68‑1 (MQ=255)
             aTCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGcagcag                              >  1:25747071/1‑68 (MQ=255)
             aTCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGcagcag                              >  1:21391737/1‑68 (MQ=255)
              tCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAgg                             >  1:17753368/1‑68 (MQ=255)
               cAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGt                            <  1:6248028/68‑1 (MQ=255)
                aaTTCTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTTGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTg                           <  1:12952267/68‑1 (MQ=255)
                aaTACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGt                            >  1:9608503/1‑67 (MQ=255)
                aaTACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGt                            >  1:5541785/1‑67 (MQ=255)
                  tACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTTGATAAGCAGCAGGTTCt                         >  1:22151331/1‑68 (MQ=255)
                  tACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATGAGGAGCAGGTGCt                         >  1:23278940/1‑68 (MQ=255)
                  tACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCTGCAGGTGCt                         >  1:13996604/1‑68 (MQ=255)
                  tACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCt                         >  1:5591467/1‑68 (MQ=255)
                  tACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCt                         >  1:24170752/1‑68 (MQ=255)
                  tACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCt                         >  1:8804442/1‑68 (MQ=255)
                  tACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCt                         >  1:26389385/1‑68 (MQ=255)
                  tACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCt                         >  1:26748744/1‑68 (MQ=255)
                  tACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCt                         >  1:3593291/1‑68 (MQ=255)
                  tACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCt                         >  1:3997627/1‑68 (MQ=255)
                  tACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCt                         >  1:3957429/1‑68 (MQ=255)
                  tACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCt                         >  1:29503665/1‑68 (MQ=255)
                  tACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCt                         >  1:3593305/1‑68 (MQ=255)
                  tACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCt                         >  1:24154579/1‑68 (MQ=255)
                  tACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCt                         >  1:29517403/1‑68 (MQ=255)
                  tACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCt                         >  1:30980215/1‑68 (MQ=255)
                  tACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCt                         >  1:10007509/1‑68 (MQ=255)
                  tACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCt                         >  1:19583593/1‑68 (MQ=255)
                  tACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCt                         >  1:20189802/1‑68 (MQ=255)
                  tACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCt                         >  1:18148320/1‑68 (MQ=255)
                  tACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCt                         >  1:21495765/1‑68 (MQ=255)
                  tACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCt                         >  1:21796685/1‑68 (MQ=255)
                  tACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCt                         >  1:16387157/1‑68 (MQ=255)
                  tACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCt                         >  1:23091482/1‑68 (MQ=255)
                  tACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCt                         >  1:23414522/1‑68 (MQ=255)
                  tACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCt                         >  1:13498052/1‑68 (MQ=255)
                  tACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCt                         >  1:15314321/1‑68 (MQ=255)
                  tACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGAGCAGCCCCTGGTCCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCt                         >  1:27761172/1‑68 (MQ=255)
                   aCTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCtt                        >  1:2717725/1‑68 (MQ=255)
                     tttGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCTTTc                      >  1:3746770/1‑68 (MQ=255)
                        ggTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCTTTCGCa                   >  1:13744893/1‑68 (MQ=255)
                        ggTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCTTTCGCa                   >  1:8632108/1‑68 (MQ=255)
                          tCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCTTTCGCAg                  >  1:15425277/1‑67 (MQ=255)
                          tCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCTTTCGCAGc                 >  1:15097261/1‑68 (MQ=255)
                          tCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCTTTCGCAGc                 >  1:19302057/1‑68 (MQ=255)
                             gCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCTTTCGCAGCGa               >  1:4728122/1‑67 (MQ=255)
                             gCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCTTTCGCAGCGa               >  1:25274742/1‑67 (MQ=255)
                             gCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCTTTCGCAGCGa               >  1:30658643/1‑67 (MQ=255)
                               aTGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAATGCTGGATAAGCAGCAGGTGCTTTCGCAGCGAAc             >  1:19100642/1‑67 (MQ=255)
                               aTGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCTTTCGCAGCGAAcg            <  1:25982334/68‑1 (MQ=255)
                               aTGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCTTTCGCAGCGAAc             >  1:17716120/1‑67 (MQ=255)
                               aTGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCTTTCGCAGCGAAc             >  1:24035579/1‑67 (MQ=255)
                                tGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCTTTCGCAGCGAAcgc           <  1:15131108/68‑1 (MQ=255)
                                 ggggATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCTTTCGCAGCGAAcgcg          <  1:23704740/68‑1 (MQ=255)
                                   ggATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCTTTCGCAGCGAACGCGt         <  1:20545691/67‑1 (MQ=255)
                                    gATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCTTTCGCAGCGAACGCGTTa       >  1:25455007/1‑68 (MQ=255)
                                    gATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCTTTCGCAGCGAACGCGTTa       >  1:9639881/1‑68 (MQ=255)
                                    gATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCTTTCGCAGCGAACGCGTTa       >  1:13649289/1‑68 (MQ=255)
                                    gATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCTTTCGCAGCGAACGCGTTa       >  1:24840792/1‑68 (MQ=255)
                                    gATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCTTTCGCAGCGAACGCGTTa       >  1:29841778/1‑68 (MQ=255)
                                    gATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCTTTCGCAGCGAACGCGTTa       >  1:22107355/1‑68 (MQ=255)
                                    gATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCTTTCGCAGCGAACGCGTTa       >  1:5400450/1‑68 (MQ=255)
                                    gATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCTTTCGCAGCGAACGCGTTa       >  1:27985772/1‑68 (MQ=255)
                                    gATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCTTTCGCAGCGAACGCGTTa       >  1:17919692/1‑68 (MQ=255)
                                    gATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCTTTCGCAGCGAACGCGTTa       >  1:21289531/1‑68 (MQ=255)
                                    gATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCTTTCGCAGCGAACGCGTTa       >  1:20134032/1‑68 (MQ=255)
                                    gATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCTTTCCCAGCGATCGCGTTa       >  1:16586857/1‑68 (MQ=255)
                                        aaGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCTTTCGCAGCGAACGCGTTAAATg   <  1:17530172/68‑1 (MQ=255)
                                         aGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCTTTCGCAGCGAACGCGTTAAAt    >  1:27476772/1‑66 (MQ=255)
                                         aGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCTTTCGCAGCGAACGCGTTAAAt    >  1:7654202/1‑66 (MQ=255)
                                         aGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCTTTCGCAGCGAACGCGTTAAAt    >  1:8180346/1‑66 (MQ=255)
                                         aGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCTTTCGCAGCGAACGCGTTAAAt    >  1:25035090/1‑66 (MQ=255)
                                         aGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCTTTCGCAGCGAACGCGTTAAAt    >  1:24564598/1‑66 (MQ=255)
                                         aGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCTTTCGCAGCGAACGCGTTAAAt    >  1:24340807/1‑66 (MQ=255)
                                         aGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCTTTCGCAGCGAACGCGTTAAAt    >  1:11846047/1‑66 (MQ=255)
                                         aGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCTTTCGCAGCGAACGCGTTAAATGc  <  1:10545087/68‑1 (MQ=255)
                                         |                                                                   
TCCGATACGCTGTATCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCTTTCGCAGCGAACGCGTTAAATGC  >  CP009273/247210‑247318

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑