| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | = 3808465 | NA (NA) | 4 (0.010) | 3/92 | NT | NA | noncoding (9/22 nt) | REP275 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | REP275 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences |
| ? | CP009273 | = 3808469 | NA (NA) | noncoding (13/22 nt) | REP275 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | REP275 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | |||||
Only 100 of 192 total aligned reads displayed.
AATACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGACGCCGGATGA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP009273/3808389‑3808465‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cgccggatgaAAAGTCATCCGGCGTCATATTACTGCAACTGTGCCGCAATTAGCGGCCAGCGGGCGTCAAAATCAT < CP009273/3808469‑3808404 AATACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGAC < 1:20516276/68‑1AATACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGAC < 1:12071897/68‑1AATACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGAC > 1:26239563/1‑68 ATACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGACG < 1:29876348/68‑1 ATACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGAC > 1:9435153/1‑67 ATACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGAC > 1:21351470/1‑67 ATACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGAC > 1:19781099/1‑67 ATACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGAC > 1:34019920/1‑67 ATACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGAC > 1:33363681/1‑67 ATACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGAC > 1:38822037/1‑67 ATACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGAC > 1:5379170/1‑67 ATACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGAC > 1:6584165/1‑67 ATACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGAC > 1:12162398/1‑67 TACCGCCCGACGGGTGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGACG > 1:33024378/1‑67 TACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGACG > 1:30648501/1‑67 TACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGACG > 1:24935930/1‑67 TACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGACG > 1:12573573/1‑67 ACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCTGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGACGCC > 1:20865773/1‑68 ACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTTCGGCACAGTTGAAGTAATATGACGCC > 1:18110639/1‑68 ACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCTCAGTTGCAGTAATATGACGCC > 1:36509666/1‑68 ACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGACGCC > 1:29291187/1‑68 ACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGACGCC > 1:31749359/1‑68 ACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGACGCC > 1:28528326/1‑68 ACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGACGCC > 1:30403766/1‑68 ACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGACGCC > 1:34329656/1‑68 ACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGACGCC > 1:34104177/1‑68 ACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGACGCC > 1:30455335/1‑68 ACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGACGCC > 1:32899961/1‑68 ACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGACGCC > 1:32604681/1‑68 ACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGACGCC > 1:32557874/1‑68 ACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGACGCC > 1:32447412/1‑68 ACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGACGCC > 1:32307610/1‑68 ACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGACGCC > 1:31292818/1‑68 ACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGACGCC > 1:4612351/1‑68 ACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGACGCC > 1:9304347/1‑68 ACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGACGCC > 1:9124733/1‑68 ACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGACGCC > 1:8182247/1‑68 ACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGACGCC > 1:7311945/1‑68 ACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGACGCC < 1:7127465/68‑1 ACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGACGCC > 1:6971631/1‑68 ACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGACGCC > 1:6780760/1‑68 ACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGACGCC > 1:6303724/1‑68 ACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGACGCC > 1:5720254/1‑68 ACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGACGCC > 1:34787603/1‑68 ACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGACGCC > 1:438876/1‑68 ACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGACGCC > 1:38997837/1‑68 ACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGACGCC > 1:38695297/1‑68 ACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGACGCC > 1:37038535/1‑68 ACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGACGCC > 1:35766875/1‑68 ACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGACGCC < 1:35620824/68‑1 ACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGACGCC > 1:35265443/1‑68 ACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGACGCC > 1:35254858/1‑68 ACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGACGCC > 1:18302604/1‑68 ACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGACGCC > 1:10314520/1‑68 ACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGACGCC > 1:11777877/1‑68 ACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGACGCC < 1:12678043/68‑1 ACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGACGCC > 1:13579479/1‑68 ACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGACGCC > 1:13880592/1‑68 ACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGACGCC > 1:14834528/1‑68 ACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGACGCC > 1:15387939/1‑68 ACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGACGCC > 1:16044633/1‑68 ACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGACGCC > 1:16629672/1‑68 ACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGACGCC > 1:16951310/1‑68 ACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGACGCC > 1:17312681/1‑68 ACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGACGCC < 1:17680258/68‑1 ACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGACGCC > 1:19099148/1‑68 ACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGACGCC > 1:19284242/1‑68 ACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGACGCC > 1:22050280/1‑68 ACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGACGCC > 1:25795357/1‑68 ACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGACGCC > 1:28625980/1‑68 ACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGACGCC > 1:1028340/1‑68 ACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGACGCC > 1:27845683/1‑68 ACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGACGCC > 1:27524226/1‑68 ACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGACGCC > 1:27307803/1‑68 ACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGACGCC > 1:26752707/1‑68 ACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGACGCC > 1:26579000/1‑68 ACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGACGCC > 1:24794740/1‑68 ACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGACGCC > 1:24625001/1‑68 ACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGACGCC < 1:23296069/68‑1 ACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGACGCC > 1:23620169/1‑68 ACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGACGC > 1:37225617/1‑67 ACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCAAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGACGCC > 1:22338729/1‑68 ACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCAGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGACGac > 1:34973237/1‑66 ACCGCCCGACGGATGATATTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGACGCC > 1:22071228/1‑68 CGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGACGCCGG > 1:32578400/1‑68 CGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGACGCCGG < 1:13073079/68‑1 GCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGACGCCGGA < 1:18667264/68‑1 GCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGACGCCGGA < 1:1762128/68‑1 GCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGACGCCGGA < 1:11275910/68‑1 CCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGACGCCGGATG > 1:36818681/1‑68 CCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGACGCCGGATG > 1:14316570/1‑68 CCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGACGCCGGATG > 1:11300042/1‑68 CGGCACAGTTGCAGTAATATGACGCCGGATGAAAAGTCATCCGGCGTCATATTACTGCAACTGTGCC > 1:10891766/1‑67 ATGACGCCGGATGAAAAGTCATCCGGCGTCATATTACTGCAACTGTGCCGCAATTAGCGGCCAGCGG > 1:28870069/1‑67 ATGACGCCGGATGAAAAGTCATCCGGCGTCATATTACTGCAACTGTGCCGCAATTAGCGGCCAGCGG > 1:3316146/1‑67 CGGATGAAAAGTCATCCGGCGTCATATTACTGCAACTGTGCCGCAATTAGCGGCCAGCGGGCGTCAAA < 1:1376634/68‑1 CGGATGAAAAGTCATCCGGCGTCATATTACTGCAACTGTGCCGCAATTAGCGGCCAGCGGGCGTCAA < 1:23133199/67‑1 CGGATGAAAAGTCATCCGGCGTCATATTACTGCAACTGTGCCGCAATTAGCGGCCAGCGGGCGTCAA < 1:1523283/67‑1 ATGAAAAGTCATCCGGCGTCATATTACTGCAACTGTGCCGCAATTAGCGGCCAGCGGGCGTCAAAAT < 1:24482020/67‑1 AAAAGTCATCCGGCGTCATATTACTGCAACTGTGCCGCAATTAGCGGCCAGCGGGCGTCAAAATCAT > 1:6664936/1‑67 AATACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGACGCCGGATGA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP009273/3808389‑3808465‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cgccggatgaAAAGTCATCCGGCGTCATATTACTGCAACTGTGCCGCAATTAGCGGCCAGCGGGCGTCAAAATCAT < CP009273/3808469‑3808404 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |