| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 1505831 = | 289 (0.610) | 26 (0.070) | 9/94 | NT | 9.2% | intergenic (+165/‑80) | ydcR/ydcS | putative DNA‑binding transcriptional regulator/putative amino transferase/polyhydroxybutyrate (PHB) synthase, ABC transporter periplasmic binding protein homolog |
| ? | CP009273 | 1505880 = | 272 (0.680) | intergenic (+214/‑31) | ydcR/ydcS | putative DNA‑binding transcriptional regulator/putative amino transferase/polyhydroxybutyrate (PHB) synthase, ABC transporter periplasmic binding protein homolog | |||||
Only 100 of 170 total aligned reads displayed.
TTACTCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCGGCT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP009273/1505904‑1505831‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑acggcggctGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGACCTTATGAGCAAGACATTTGCCCGCAGCAGCCTGTGTGCG > CP009273/1505880‑1505946 TTACTCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACG > 1:20047963/1‑68 aaTCCTGTCTGAAGTCAGTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGGTTAACCATAGACGGC < 1:35962115/66‑1 CTCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCG > 1:24430435/1‑68 CTCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCG > 1:9071734/1‑68 CTCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCG > 1:22682408/1‑68 CTCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCG < 1:3732269/68‑1 TCCTGTCGTAGTTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCG > 1:39408377/1‑67 TCCTGTCGTAATTAATTGTTCCGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCG > 1:17647721/1‑67 TCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCGG < 1:14298467/68‑1 TCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCG > 1:32772427/1‑67 TCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCG > 1:16793542/1‑67 TCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCG > 1:32648940/1‑67 TCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCG > 1:32158255/1‑67 TCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCG > 1:29576149/1‑67 TCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCG > 1:18993623/1‑67 TCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCG > 1:29504960/1‑67 TCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCG > 1:28225697/1‑67 TCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCG > 1:22970516/1‑67 TCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCG > 1:25866040/1‑67 TCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCG > 1:2349085/1‑67 TCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCG > 1:24140119/1‑67 TCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCG > 1:24922737/1‑67 TCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCG > 1:33225761/1‑67 TCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCG > 1:9955774/1‑67 TCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCG > 1:9345073/1‑67 TCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCG > 1:8330241/1‑67 TCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCG > 1:7264264/1‑67 TCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCG > 1:6875423/1‑67 TCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCG > 1:12244361/1‑67 TCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCG > 1:38841244/1‑67 TCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCG > 1:38310011/1‑67 TCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCG > 1:38212590/1‑67 TCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCG > 1:13981623/1‑67 TCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCG > 1:34924409/1‑67 TCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCG > 1:34779147/1‑67 TCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCG > 1:33329912/1‑67 TCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCG > 1:17222600/1‑67 TCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCAGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCG > 1:4355605/1‑67 TCCTGTCGTAATTAATTGTTAAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTACTTGTTTAACCATAGACGGCG > 1:27566614/1‑67 TCCTGGCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAAGCATAGACGGCG > 1:28365968/1‑67 CCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCGGC < 1:28274641/68‑1 CCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCGGC < 1:24571702/68‑1 CCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCGGC < 1:11614273/68‑1 CCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCGGC < 1:12313884/68‑1 CCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCGGC < 1:17440039/68‑1 CTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCGGCT < 1:8597230/68‑1 GTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCGGCTGA < 1:36525425/68‑1 TAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCGGCTGAACAATTAA < 1:20751256/68‑1 GTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCGGCTGAACAATTAATTACG < 1:32418552/68‑1 GTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACAGCGGCTGAACAATTAATTACG < 1:2757746/68‑1 CGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCGGCTGAACAATTAATTACGACAGGAG < 1:6421751/68‑1 CGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCGGCTGAACAATTAATTACGACAGGA < 1:10471089/67‑1 CGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCGGCTGAACAATTAATTACGACAGGA < 1:28078929/67‑1 CGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCATGCATAACCATAGCCGGCGGCTGAACAATTAATTACGACAGGA < 1:12211728/67‑1 CGCCGTGCCGTAAAAAAAGCTCCATGTTTAACCATAGACGGCGGCTGAACAATTAATTACGACAGGA < 1:4278544/67‑1 GCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCGGCTGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGA < 1:34571654/67‑1 ccTAAAAATATCTCCTTCTTTAACCATAGACGCCGGCTGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGACC < 1:3601313/65‑1 CGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCGGCTGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGACCT < 1:36982473/68‑1 CGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACCGCGGCTGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGACCT < 1:36493670/68‑1 CGTAAAAATATCTCCTTGAATAACCAAAGACGGCGGCTGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGACCT < 1:14191067/68‑1 AAATATCTCCTTGTTTAACCATACACGGCGGCTGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGACCTTATGA < 1:12198904/68‑1 AAATATCTCCTTGTTTAACCAAAGACGGCGGCTGAACAATTCATTACGACAGGAGTAAGACCTTATGA < 1:37808265/68‑1 ATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCGGCTGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGACCTTATGAGC < 1:30796533/68‑1 aCTCCTTGTTTAACCATACACGGCGGCTGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGACCTTATGAGCAAG < 1:1461510/67‑1 ACGGCGGCTGATCAATTAATTACGACAGGAGTAAGACCTTATGAGCATGACATTTGCCCGGAGCTGC < 1:3764265/67‑1 ACGGCGGCTGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGACCTTATGAGCAAGACATTTGCCCGCCGCAG > 1:33635233/1‑66 ACGGCGGCTGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGACCTTATGAGCAAGACATTTGCCCGCAGCAGC < 1:3806397/67‑1 ACGGCGGCTGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGACCTTATGAGCAAGACATTTGCCCGCAGCAGC < 1:26461763/67‑1 ACGGCGGCTGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGACCTTATGAGCAAGACATTTGCCCGCAGCAGC < 1:15851428/67‑1 ACGGCGGCTGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGACCTTATGAGCAAGACATTTGCCCGCAGCAGC < 1:20176090/67‑1 ACGGCGGCTGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGACCTTATGAGCAAGACATTTGCCCGCAGCAGC < 1:1801283/67‑1 ACGGCGGCTGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGACCTTATGAGCAAGACATTTGCCCGCAGCAGC < 1:19587553/67‑1 ACGGCGGCTGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGACCTTATGAGCAAGACATTTGCCCGCAGCAGC < 1:31779382/67‑1 ACGGCGGCTGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGACCTTATGAGCAAGACATTTGCCCGCAGCAGC < 1:4589243/67‑1 ACGGCGGCTGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGACCTTATGAGCAAGACATTTGCCCGCAGCAGC < 1:31269140/67‑1 GGCGGCTGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGACCTTATGAGCAAGACATTTGCCCGCAGCAGCCTG < 1:16869495/68‑1 GGCTGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGAGCTTATGAGCAAGACATTTGCCCGCAGCAGCCTGTG < 1:23006950/67‑1 GGCTGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGACCTTATGAGCAAGACATTTGCCCGCAGCAGCCTGTGT > 1:11623169/1‑68 GGCTGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGACCTTATGAGCAAGACATTTGCCCGCAGCAGCCTGTG < 1:4142709/67‑1 GGCTGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGACCTTATGAGCAAGACATTTGCCCGCAGCAGCCTGTG < 1:8176679/67‑1 GGCTGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGACCTTATGAGCAAGACATTTGCCCGCAGCAGCCTGTG < 1:21927080/67‑1 GGCTGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGACCTTATGAGCAAGACATTTGCCCGCAGCAGCCTGTG < 1:11736395/67‑1 GGCTGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGACCTTATGAGCAAGACATTTGCCCGCAGCAGCCTGTG < 1:10412091/67‑1 GGCTGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGACCTTATGAGCAAGACATTTGCCCGCAGCAGCCTGTG < 1:2955052/67‑1 GGCTGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGACCTTATGAGCAAGACATTTGCCCGCAGCAGCCTGTG < 1:18516935/67‑1 GGCTGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGACCTTATGAGCAAGACATTTGCCCGCAGCAGCCTGTG < 1:2662154/67‑1 GGCTGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGACCTTATGAGCAAGACATTTGCCCGCAGCAGCCTGTG < 1:18473843/67‑1 GGCTGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGACCTTATGAGCAAGACATTTGCCCGCAGCAGCCTGTG < 1:16272647/67‑1 GGCTGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGACCTTATGAGCAAGACATTTGCCCGCAGCAGCCTGTG < 1:13014350/67‑1 GGCTGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGACCTTATGAGCAAGACATTTGCCCGCAGCAGCCTGTG < 1:38831645/67‑1 GGCTGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGACCTTATGAGCAAGACATTTGCCCGCAGCAGCCTGTG < 1:3714118/67‑1 GGCTGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGACCTTATGAGCAAGACATTTGCCCGCAGCAGCCTGTG < 1:13732278/67‑1 GGCTGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGACCTTATGAGCAAGACATTTGCCCGCAGCAGCCTGTG < 1:34363632/67‑1 GGCTGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGACCTTATGAGCAAGACATTTGCCCGCAGCAGCCTGTG < 1:14981277/67‑1 GGCTGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGACCTTATGAGCAAGACATTTGCCCGCAGCAGCCTGTG < 1:35335123/67‑1 GGCTGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGACCTTATGAGCAAGACAATTGCCCGCAGCAGCCTGTG < 1:26525767/67‑1 TGAACATTTAATTACGACTGGTGTAAGACCTTATGAGCAAGACATTTGGCCGCAGCAGCCTGTGTGCG < 1:31334114/68‑1 TGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGACCTTATGAGCAAGACATTTGCCCGCAGCAGCCTGTGTGC < 1:7515443/67‑1 TGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGACCTTATGAGCAAGACATTTGCCCGCAGCAGCCTGTGTGC < 1:11486712/67‑1 TGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGACCTTATGAGCAAGACATTTGCCCGCAGCAGCCTGTGTGC < 1:13200942/67‑1 TTACTCCTGTCGTAATTAATTGTTCAGCCGCCGTGCCGTAAAAATATCTCCTTGTTTAACCATAGACGGCGGCT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP009273/1505904‑1505831‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑acggcggctGAACAATTAATTACGACAGGAGTAAGACCTTATGAGCAAGACATTTGCCCGCAGCAGCCTGTGTGCG > CP009273/1505880‑1505946 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |