| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 964816 = | 139 (0.290) | 19 (0.050) | 7/94 | NT | 13.3% | intergenic (+8/‑29) | lpxK/ycaQ | lipid A 4'kinase/DUF1006 family protein with C‑terminal wHTH domain |
| ? | CP009273 | 964858 = | 132 (0.330) | coding (14/1233 nt) | ycaQ | DUF1006 family protein with C‑terminal wHTH domain | |||||
Only 100 of 236 total aligned reads displayed.
CTGGCTTCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTGCCGCACAAGGCCTGTTAAACAAACCCCGCCGT > CP009273/964791‑964925 | ttacgcgcatcagcaagggagaggtgcggcagcgacattcatgactccatcaatcgaacgctgccgca < 1:38357299‑M2/1‑1 (MQ=255) tGGCTTCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCa < 1:27561348/67‑1 (MQ=255) tGGCTTCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCa > 1:13731340/1‑67 (MQ=255) tGGCTTCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCa > 1:33438079/1‑67 (MQ=255) tGGCTTCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCAc < 1:30352353/68‑1 (MQ=255) tGGCTGCTGGCAACTACTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCa < 1:17107832/67‑1 (MQ=255) ggCTTCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGCTGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCAcc < 1:26591713/68‑1 (MQ=255) ggCTTCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCa > 1:34598374/1‑66 (MQ=255) ggCTTCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCa > 1:5941684/1‑66 (MQ=255) ggCTTCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCAcc < 1:15278588/68‑1 (MQ=255) ggCTTCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCAcc < 1:31782030/68‑1 (MQ=255) acgcgcatcagcatgggagaggtgcggcagcgacattcatgactccatcaatcgaacgctgccgcAcc < 1:17825724‑M2/3‑1 (MQ=255) cTTCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCa > 1:8288190/1‑64 (MQ=255) cTTCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCAcc > 1:3019563/1‑66 (MQ=255) ttCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACctct < 1:8415958/68‑1 (MQ=255) ttCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACctct < 1:3398294/68‑1 (MQ=255) ttCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACctct < 1:8002506/68‑1 (MQ=255) ttCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACctct < 1:11514750/68‑1 (MQ=255) ttCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACctct < 1:35815115/68‑1 (MQ=255) ttCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACctct < 1:37705441/68‑1 (MQ=255) cgcatcagcaagggagaggtGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACctc < 1:29269763‑M1/47‑1 (MQ=255) tCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCtctc < 1:37887393/68‑1 (MQ=255) cTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTcc < 1:2726467/68‑1 (MQ=255) cTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTcc < 1:14048069/68‑1 (MQ=255) cagcaagggagaggtgcggcagcgacattcatgactccatcaatcgaacgctgccgcACCTCTCCCtt < 1:24895649‑M2/11‑1 (MQ=255) cagcaagggagaggtgcggcagcgacattcatgactccatcaatcgaacgctgccgcACCTCTCCCtt < 1:28228167‑M2/11‑1 (MQ=255) cagcaagggagaggtgcggcagcgacattcatgactccatcaatcgaacgctgccgcACCTCTCCCtt < 1:18618753‑M2/11‑1 (MQ=255) cagcaagggagaggtgcggcagcgacattcatgactccatcaatcgaacgctgccgcACCTCTCCCtt < 1:18622179‑M2/11‑1 (MQ=255) cAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCtt < 1:16412041/67‑1 (MQ=255) cAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCtt < 1:6505414/67‑1 (MQ=255) accaagggagaggcgcggcagcgacattcatgactccatcaatcgaacgctgccgcACCTCTCCCtt < 1:17623922‑M2/11‑1 (MQ=255) gcaagggagaggtGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCCctcccgt < 1:4953423‑M1/53‑3 (MQ=255) ccaagggagaggggcggcagccacattcatgactccatcaatcgaacgctgccgcACCTCGCCCTTGc < 1:39060270‑M2/13‑1 (MQ=255) aaCTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGGCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGc < 1:19625699/68‑1 (MQ=255) aagggagaggtgcggcagcgacattcatgactccatcaatcgaacgctgccgcACCTCTCCCTTGc < 1:24010632‑M2/13‑1 (MQ=255) aagggagaggtgcggcagcgacattcatgactccatcaatcgaacgctgccgcACCTCTCCCTTGc < 1:20966993‑M2/13‑1 (MQ=255) aagggagaggtGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTg < 1:21164226‑M1/57‑1 (MQ=255) ggagaggtGCGGCAGCGTTCGCTTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGAt < 1:38789077‑M1/59‑1 (MQ=255) ggagaggtGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGAt < 1:38957694‑M1/59‑1 (MQ=255) ttACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATgc > 1:19220821/1‑68 (MQ=255) tACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATgcg < 1:25948985/68‑1 (MQ=255) tACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATgcg < 1:12212820/68‑1 (MQ=255) cgccgcGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGcgcg > 1:23202374/1‑68 (MQ=255) cgccgcGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGcgcg > 1:13258573/1‑68 (MQ=255) ggtgcggcagcgacattcatcactccatcaatcgaacgctgccgcACCTCTCCCTTGCTGATgcgc < 1:20011852‑M2/21‑1 (MQ=255) gccgcGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGt > 1:30648395/1‑68 (MQ=255) cctCGGCAGCGTTCGATTGATGGATTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGCTGCGCGTa < 1:38291403‑M1/65‑1 (MQ=255) ccgcGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTa > 1:36336984/1‑68 (MQ=255) ccgcGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTa > 1:28040764/1‑68 (MQ=255) ccgcGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTa > 1:20798933/1‑68 (MQ=255) ccgcGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTa > 1:120132/1‑68 (MQ=255) tgcggcagccacattcatgactccatcaatcgaccgctgccgcACCTCTCCCTTGCTGATgcg < 1:38704406‑M2/20‑1 (MQ=255) cgcgGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTaa < 1:8854314/68‑1 (MQ=255) gctgCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAAt < 1:29880054/65‑1 (MQ=255) GCGGCGGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAAt > 1:15919872‑M1/1‑68 (MQ=255) GCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAAt > 1:26881511‑M1/1‑68 (MQ=255) GCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAAt > 1:25000027‑M1/1‑68 (MQ=255) GCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAAt > 1:7526667‑M1/1‑68 (MQ=255) GCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAAt > 1:17588386‑M1/1‑68 (MQ=255) GCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAAt > 1:11167404‑M1/1‑68 (MQ=255) cggcagctacattcatgactccaccaatccaacgctgccgcACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAAt < 1:10169472‑M2/26‑1 (MQ=255) cggcagcgacattcatcaccccatcaatccaccgctgccgcACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAAt < 1:10797503‑M2/26‑1 (MQ=255) AGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTc > 1:38396337‑M1/1‑67 (MQ=255) AGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTc < 1:9304913‑M1/67‑1 (MQ=255) AGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTc < 1:5753210‑M1/67‑1 (MQ=255) tCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCACCtt < 1:25364798/67‑1 (MQ=255) ttGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTGCCGc < 1:415319/68‑1 (MQ=255) ttGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTGCCGc < 1:10885243/68‑1 (MQ=255) ttGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTGCCGc < 1:1852210/68‑1 (MQ=255) tGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTGCCGca < 1:32531309/68‑1 (MQ=255) tGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTGCCGca < 1:12555588/68‑1 (MQ=255) tGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTGCCGca < 1:36035648/68‑1 (MQ=255) tGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTGCCGca < 1:26354286/68‑1 (MQ=255) tGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTGCCGca < 1:29297075/68‑1 (MQ=255) tGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTGCCGca < 1:33122055/68‑1 (MQ=255) tGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTGCCGc > 1:3528624/1‑67 (MQ=255) tGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTGCCGc > 1:28668450/1‑67 (MQ=255) tGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTGCCGc > 1:39608990/1‑67 (MQ=255) aGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTGCCGCACAAgg < 1:3690133/67‑1 (MQ=255) aGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTGCCGCACAAgg < 1:1799495/67‑1 (MQ=255) aGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTGCCGCACAAgg < 1:12736733/67‑1 (MQ=255) aGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTGCCGCACAAgg < 1:30124604/67‑1 (MQ=255) cATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTGCCGCACAAGGCCt < 1:9396911/67‑1 (MQ=255) cATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTGCCGCACAAGGCCt < 1:15617094/67‑1 (MQ=255) cATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTGCCGCACAAGGCCt < 1:25781373/67‑1 (MQ=255) cATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTGCCGCACAAGGCCt < 1:23647178/67‑1 (MQ=255) cATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTGCCGCACAAGGCCTg < 1:2949124/68‑1 (MQ=255) aTGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTGCCGCACAAGGCCTGt < 1:8596475/68‑1 (MQ=255) aTGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTGCCGCACAAGGCCTGt < 1:22495141/68‑1 (MQ=255) 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aCCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTGCCGCACAAGGCCTGTTAAACAAACCCCGCCGt < 1:35788727/68‑1 (MQ=255) | CTGGCTTCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTGCCGCACAAGGCCTGTTAAACAAACCCCGCCGT > CP009273/964791‑964925 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |