| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | = 2955828 | 443 (0.930) | 14 (0.040) | 11/94 | NT | 5.1% | coding (296/324 nt) | ppdC | putative prepilin peptidase‑dependent protein |
| ? | CP009273 | = 2955884 | 151 (0.380) | coding (240/324 nt) | ppdC | putative prepilin peptidase‑dependent protein | |||||
Only 100 of 396 total aligned reads displayed.
ATGCAGGCGGGTCATCTCGCCTTCTCTGCCCCCGGGTGAAACTAGCGTAACGCTGATGCTGACACATCCCGCCTGCGATGTCTGCATTCGGTTGACCTGCCAGTTGGCAGGTGGCGAAATCGCGCGCAGTTGCG > CP009273/2955818‑2955951 | aTGCAGGCGGGTCATCTCGCCTTCTCTGCCCCCGGGTGAAACTAGCGTAACGCTGATGCTGACACATc > 1:39260111‑M2/1‑67 (MQ=255) cAGGCGGGTCATCTCGCCTTCTCTGCCCCCGGGTGAAACTAGCGTAACGCTGATGCTGACACATccc < 1:18159461‑M2/67‑4 (MQ=255) aGGCGGGTCATCTCGCCTTCTCTGCCCCCGGGTGAAACTAGCGTAACGCTGATGCTGACACATcccg > 1:37687372‑M2/1‑63 (MQ=255) aGGCGGGTCATCTCGCCTTCTCTGCCCCCGGGTGAAACTAGCGTAACGCTGATGCTGACACATcccg > 1:10563464‑M2/1‑63 (MQ=255) aGGCGGGTCATCTCGCCTTCTCTGCCCCCGGGTGAAACTAGCGTAACGCTGATGCTGACACATcccg > 1:4771685‑M2/1‑63 (MQ=255) aGGCGGGTCAGCTCGCCTTCTCTGCCCCCGGGTGAAACTAGCGTAACGCTGATGCTGACACATcccg > 1:30439486‑M2/1‑63 (MQ=255) ggCGGGTCATCTCGCCTTCTCTGCCCCCGGGTGAAACTAGCGTAACGCTGATGCTGACACATcccg < 1:4897801‑M2/66‑5 (MQ=255) cGGGTCATCTCGCCTTCTCTGCCCCCGGGTGAAACTAGCGTAACGCTGCTGCTGACACATcccgcct < 1:4369474‑M2/67‑8 (MQ=255) cGGGTCATCTCGCCTTCTCTGCCCCCGGGTGAAACTAGCGTAACGCTGATGCTGACACATcccgcct < 1:400259‑M2/67‑8 (MQ=255) cGGGTCATCTCGCCTTCTCTGCCCCCGGGTGAAACTAGCGTAACGCTGATGCTGACACATcccgcct < 1:39528626‑M2/67‑8 (MQ=255) cGGGTCATCTCGCCTTCTCTGCCCCCGGGTGAAACTAGCGTAACGCTGATGCTGACACATcccgcct < 1:37827584‑M2/67‑8 (MQ=255) cGGGTCATCTCGCCTTCTCTGCCCCCGGGTGAAACTAGCGTAACGCTGATGCTGACACATcccgcct < 1:25448104‑M2/67‑8 (MQ=255) cGGGTCATCTCGCCTTCTCTGCCCCCGGGTGAAACTAGCGTAACGCTGATGCTGACACATcccgcct < 1:31720510‑M2/67‑8 (MQ=255) cGGGTCATCTCGCCTTCTCTGCCCCCGGGTGAAACTAGCGTAACGCTGATGCTGACACATcccgcct < 1:2929064‑M2/67‑8 (MQ=255) cGGGTCATCTCGCCTTCTCTGCCCCCGGGTGAAACTAGCGTAACGCTGATGCTGACACATcccgcct < 1:7563048‑M2/67‑8 (MQ=255) cGGGTCATCTCGCCTTCTCTGCCCCCGGGTGAAACTAGCGTAACGCTGATGCTGACACATcccgcct < 1:24505023‑M2/67‑8 (MQ=255) cGGGTCATCTCGCCTTCTCTGCCCCCGGGTGAAACTAGCGTAACGCTGATGCTGACACATcccgcct < 1:24059502‑M2/67‑8 (MQ=255) cGGGTCATCTCGCCTTCTCTGCCCCCGGGTGAAACTAGCGTAACGCTGATGCTGACACATcccgcct < 1:14381419‑M2/67‑8 (MQ=255) cGGGTCATCTCGCCTTCTCTGCCCCCGGGTGAAACTAGCGTAACGCTGATGCTGACACATcccgcct < 1:10011653‑M2/67‑8 (MQ=255) cGGGTCATCTCGCCTTCTCTGCCCCCGGGTGAAACTAGCGTAACGCTGATGCTGACACATcccgcc > 1:35915086‑M2/1‑60 (MQ=255) cGGGTCATCTCGCCTTCTCTGCCCCCGGGTGAAACTAGCGTAACGCTGATGCTGACACATcccgcc > 1:36794731‑M2/1‑60 (MQ=255) cGGGGCATCTCGCCTTCTCTGCCCCCGGGTGAAACTAGCGTAACGCTGATGCTGACACATcccgcc > 1:14709019‑M2/1‑60 (MQ=255) gggTCATCTCGCCTTCTCTGCCCCCGGGTGAAACTAGCGTAACGCTGATGCTGACACATcccgcctgc > 1:19849394‑M2/1‑59 (MQ=255) gggTCATCTCGCCTTCTCTGCCCCCGGGTGAAACTAGCGTAACGCTGATGCTGACACATcccgcctg > 1:29650036‑M2/1‑59 (MQ=255) gggTCATCTCGCCTTCTCTGCCCCCGGGTGAAACTAGCGTAACGCTGATGCTGACACATcccgcctg > 1:18536295‑M2/1‑59 (MQ=255) cATCTCGCCTTCTCTGCCCCCGGGTGAAACTAGCGTAACGCTGATGCTGACACATCCCGCCTGCGATg > 1:15171972/1‑68 (MQ=255) aactcGCCTTCTCTGCCCCCGGGTGAAACTAGCGTAACGCTGATGCTGACACATCCCGCCTGCGATGt < 1:2589654/66‑1 (MQ=255) aTCTCGCCTTCTCTGCCCCCGGGTGAAACTAGCGTAACGCTGATGCTGACACATCCCGCCTGCGATGt < 1:26921584/68‑1 (MQ=255) aTCTCGCCTTCTCTGCCCCCGGGTGAAACTAGCGTAACGCTGATGCTGACACATCCCGCCTGCGATGt < 1:32014214/68‑1 (MQ=255) tctcGCCTTCTCTGCCCCCGTGTGAAACTAGAGTAACGCTGATGCTGACACATCCCGCCTGCGATGTc < 1:10895304/68‑1 (MQ=255) tctcGCCTTCTCTGCCCCCGGGTGAAACTAGCGTAACGCTGATGCTGACACATCCCGCCTGCGATGTc < 1:3109567/68‑1 (MQ=255) tcGCCTTCTCTGCCCCCGGGTGAAACTAGCGTAACGCTGATGCTGACACATCCCGCCTGCGATGTCt > 1:33411729/1‑67 (MQ=255) cGCCTTCTCTGCCCCCGGGTGAAACTAGCGTAACGCTGATGCTGACACATCCCGCCTGCGATGTCTGc < 1:25111766/68‑1 (MQ=255) cGCCTTCTCTGCCCCCGGGTGAAACTAGCGTAACGCTGATGCTGACACATCCCGCCTGCGATGTCTGc < 1:16378854/68‑1 (MQ=255) cGCCTTCTCTGCCCCCGGGTGAAACTAGCGTAACGCTGATGCTGACACATCCCGCCTGCGATGTCTGc < 1:20908519/68‑1 (MQ=255) cGCCTTCTCTGCCCCCGGGTGAAACTAGCGTAACGCTGATGCTGACACATCCCGCCTGCGATGTCTGc < 1:17803574/68‑1 (MQ=255) ttCTCTGCCCCCGGGTGAAACTAGCGTAACGCTGATGCTGACACATcccgcctgcattgcccgaatcg > 1:18985012‑M2/1‑46 (MQ=255) ttCTCTGCCCCCGGGTGAAACTAGCGTAACGCTGATGCTGACACATCCCGCCTGCGATGTCTGCATTc < 1:32860715/68‑1 (MQ=255) ttCTCTGCCCCCGGGTGAAACTAGCGTAACGCTGATGCTGACACATCCCGCCTGCGATGTCTGCATTc < 1:8136094/68‑1 (MQ=255) ttCTCTGCCCCCGGGTGAAACTAGCGTAACGCTGATGCTGACACATCCCGCCTGCGATGTCTGCATTc > 1:29965459/1‑68 (MQ=255) tctcTGCCCCCGGGTGAAACTAGCGTAACGCTGATGCTGACACATCCCGCCTGCGATGTCTGCATTCg < 1:27837144/68‑1 (MQ=255) tctcTGCCCCCGGGTGAAACTAGCGTAACGCTGATGCTGACACATCCCGCCTGCGATGTCTGCATTCg < 1:22478627/68‑1 (MQ=255) tctcTGCCCCCGGGTGAAACTAGCGTAACGCTGATGCTGACACATCCCGCCTGCGATGTCTGCATTCg < 1:13323791/68‑1 (MQ=255) tctcTGCCCCCGGGGGAAACTAGCGTAACGCTGATGCTGACACATCCCGCCTGCGATGTCTGCATTCg < 1:27123582/68‑1 (MQ=255) tctGCCCCCGGGTGAAACTAGCGTAACGCTGATGCTGACACATCCCGCCTGCGATGTCTGCATTCGGt > 1:34851736/1‑68 (MQ=255) tctGCCCCCGGGTGAAACTAGCGTAACGCTGATGCTGACACATCCCGCCTGCGATGTCTGCATTCGGt > 1:15954175/1‑68 (MQ=255) tGCCCCCGGGTGAAACTAGCGTAACGCTGATGCTGACACATCCCGCCTGCGATGTCTGCATTCGGTTg > 1:11759432/1‑68 (MQ=255) cccccGGGTGAAACTAGCGTAACGCTGATGCTGACACATCCCGCCTGCGATGTCTGCATTCGGTTGA > 1:38632826‑M1/1‑67 (MQ=255) cccccGGGTGAAACTAGCGTAACGCTGATGCTGACACATCCCGCCTGCGATGTCTGCATTCGGTTGA > 1:10317669‑M1/1‑67 (MQ=255) cccccGGGTGAAACTAGCGTAACGCTGATGCTGACACATCCCGCCTGCGATGTCTGCATTCGGTTGA > 1:7808732‑M1/1‑67 (MQ=255) ccccGGGTGAAACTAGCGTAACGCTGATGCTGACACATCCCGCCTGCGATGTCTGCATTCGGTTGACa > 1:7384086‑M1/1‑67 (MQ=255) ccccGGGTGAAACTAGCGTAACGCTGATGCTGACACATCCCGCCTGCGATGTCTGCATTCGGTTGACC < 1:3393992‑M1/68‑1 (MQ=255) ccccGGGTGAAACTAGCGTAACGCTGATGCTGACACATCCCGCCTGCGATGTCTGCATTCGGTTGAC < 1:37158125‑M1/67‑1 (MQ=255) ccccGGGTGAAACTAGCGTAACGCTGATGCTGACACATCCCGCCTGCGATGTCTGCATTCGGTTGAC < 1:9278933‑M1/67‑1 (MQ=255) ccccGGGTGAAACTAGCGTAACGCTGATGCTGACACATCCCGCCTGCGATGTCTGCATTCGGTTGA > 1:29026964‑M1/1‑66 (MQ=255) ccccGGGTGAAACTAGCGTAACGCTGATGCTGACACATCCCGCCTGCGATGTCTGCATTCGGTTGA > 1:8020503‑M1/1‑66 (MQ=255) ccccGGGTGAAACTAGCGTAACGCTGATGCTGACACATCCCGCCTGCGATGTCTGCATTCGGTTGA > 1:2182677‑M1/1‑66 (MQ=255) ccccGGGTGAAACTAGCGTAACGCTGATGCTGACACATCCCGCCTGCGATGTCTGCATTCGGTTGA > 1:658965‑M1/1‑66 (MQ=255) cccGGGTGAAACTAGCGTAACGCTGATGCTGACACATcccgcctgcattgcccgaatcgtcagtagtc < 1:12390799‑M2/68‑32 (MQ=255) cccGGGTGAAACTAGCGTAACGCTGATGCTGACACATCCCGCCTGCGATGTCTGCATTCGGTTGA > 1:17483512‑M1/1‑65 (MQ=255) cccGGGTGAAACTAGCGTAACGCTGATGCTGACACATCCCGCCTGCGATGTCTGCATTCGGTTGA > 1:26451066‑M1/1‑65 (MQ=255) cccGGGTGAAACTAGCGTAACGCTGATGCTGACACATCCCGCCTGCGATGTCTGCATTCGGTTGA > 1:5613508‑M1/1‑65 (MQ=255) cGGGTGAAACTAGCGTAACGCTGATGCTGACACATCCCGCCTGCGATGTCTGCATTCGGTTGACCTGC < 1:27444836‑M1/68‑1 (MQ=255) gggTGAAACTAGCGTAACGCTGATGCTGACACATCCCGCCTGCGATGTCTGCATTCGGTTGACCTGCg < 1:36425646‑M1/68‑2 (MQ=255) tGAAACTAGCGTAACGCTGATGCTGACACATCCCGCCTGCGATGTCTGCATTCGGTTGACCTGCCAg < 1:19624806/67‑1 (MQ=255) gAAACTAGCGTAACGCTGATGCTGACACATCCCGCCTGCGATGTCTGCATTCGGTTGACCTGCCAGt < 1:16625215/67‑1 (MQ=255) cTAGCGTAACGCTGATGCTGACACATCCCGCCTGCGATGTCTGCATTCGGTTGACCTGCCAGTtggca < 1:8541959‑M2/68‑6 (MQ=255) cTAGCGTAACGCTGATGCTGACACATCCCGCCTGCGATGTCTGCATTCGGTTGACCTGCCAGTtggca < 1:35587514‑M2/68‑6 (MQ=255) cGTAACGCTGATGCTGACACATCCCGCCTGCGATGTCTGCATTCGGTTGACCTGCCAGTTGGCAGGTg > 1:19380980/1‑68 (MQ=255) cGTAACGCTGATGCTGACACATCCCGCCTGCGATGTCTGCATTCGGTTGACCTGCCAGTTGGCAGGTg > 1:35341212/1‑68 (MQ=255) cGTAACGCTGATGCTGACACATCCCGCCTGCGATGTCTGCATTCGGTTGACCTGCCAGTTGGCAGGTg > 1:12631650/1‑68 (MQ=255) cGTAACGCTGATGCTGACACATCCCGCCTGCGATGTCTGCATTCGGTTGACCTGCCAGTTGGCAGGTg > 1:15291382/1‑68 (MQ=255) gTAACGCTGATGCTGACACATCCCGCCTGCGATGTCTGCATTCGGTTGACCTGCCAGTtggcaggag < 1:21992937‑M2/67‑10 (MQ=255) gTAACGCTGATGCTGACACATCCCGCCTGCGATGTCTGCATTCGGTTGACCTGCCAGTTGGCAGGTg < 1:23341601/67‑1 (MQ=255) cGCTGATGCTGACACATCCCGCCTGCGATGTCTGCATTCGGTTGACCTGCCAGTtggcaggtcaaccg > 1:9050581‑M2/1‑54 (MQ=255) cGCTGATGCTGACACATCCCGCCTGCGATGTCTGCATTCGGTTGACCTGCCAGTTGGCAGGTGGCGaa > 1:28226922/1‑68 (MQ=255) gCTGATGCTGACACATCCCGCCTGCGATGGCTGCATTCGGTTGACCTGCCAGTTGGCAGGTGGCGaaa > 1:32535871/1‑68 (MQ=255) cTGATGCTGACACATCCCGCCTGCGATGTCTGCATTCGGTTGACCTGCCAGTTGGCAGGTGGCGaaa > 1:12961968/1‑67 (MQ=255) tGATGCTGACACATCCCGCCTGCGATGTCTGCATTCGGTTGACCTGCCAGTtggcaggtcaaccgaa > 1:38359663‑M2/1‑51 (MQ=255) tGATGCTGACACATCCCGCCTGCGATGTCTGCATTCGGTTGACCTGCCAGTTGGCAGGTGGCGAAAt < 1:22794572/67‑1 (MQ=255) tGCTGACACATCCCGCCTGCGATGTCTGCATTCGGTTGACCTGCCAGTTGGGAGGTGGCGAAATcgc > 1:22217505/1‑67 (MQ=255) gCTGACACATCCCGCCTGCGATGTCTGCATTCGGTTGACCTGCCAGTtggcaggtcaaccgaatgcag > 1:5869827‑M2/1‑47 (MQ=255) gCTGACACATCCCGCCTGCGATGTCTGCATTCGGTTGACCTGCCAGTTGGCAGGTGGCGAAATcgcgc < 1:21409507/68‑1 (MQ=255) gCTGACACATCCCGCCTGCGATGTCTGCATTCGGTTGACCTGCCAGTTGGCAGGTGGCGAAATcgcgc < 1:30745406/68‑1 (MQ=255) gACACATCCCGCCTGCGATGTCTGCATTCGGTTGACCTGCCAGTTGGCAGGTGGCGAAATCGCGCGCa < 1:936083/68‑1 (MQ=255) gACACATCCCGCCTGCGATGTCTGCATTCGGTTGACCTGCCAGTTGGCAGGTGGCGAAATCGCGCGCa < 1:28885914/68‑1 (MQ=255) gACACATCCCGCCTGCGATGTCTGCATTCGGTTGACCTGCCAGTTGGCAGGTGGCGAAATCGCGCGCa < 1:13817843/68‑1 (MQ=255) gACACATCCCGCCTGCGATGTCTGCATTCGGTTGACCTGCCAGTTGGCAGGTGGCGAAATCGCGCGCa < 1:11260709/68‑1 (MQ=255) acacATCCCGCCTGCGATGTCTGCATTCGGTTGACCTGCCAGTTGGCAGGTGGGGAAATCGCGCGCAg > 1:20441252/1‑68 (MQ=255) acacATCCCGCCTGCGATGTCTGCATTCGGTTGACCTGCCAGTTGGCAGGTGGCGAAATCGCGCGCAg > 1:4581831/1‑68 (MQ=255) acacATCCCGCCTGCGATGTCTGCATTCGGTTGACCTGCCAGTTGGCAGGTGGCGAAATCGCGCGCAg > 1:3457380/1‑68 (MQ=255) acacATCCCGCCTGCGATGTCTGCATTCGGTTGACCTGCCAGTTGGCAGGTGGCGAAATCGCGCGCAg > 1:34241449/1‑68 (MQ=255) acacATCCCGCCTGCGATGTCTGCATTCGGTTGACCTGCCAGTTGGCAGGTGGCGAAATCGCGCGCAg > 1:6361568/1‑68 (MQ=255) cacaTCCCGCCTGCGATGTCTGCATTCGGTTGACCTGCCAGTTGGCAGGTGGCGAAATCGCGCGCAGt < 1:37439302/68‑1 (MQ=255) cacaTCCCGCCTGCGATGTCTGCATTCGGTTGACCTGCCAGTTGGCAGGTGGCGAAATCGCGCGCAGt < 1:31269241/68‑1 (MQ=255) cacaTCCCGCCTGCGATGTCTGCATTCGGTTGACCTGCCAGTTGGCAGGTGGCGAAATCGCGCGCAGt < 1:23775830/68‑1 (MQ=255) cacaTCCCGCCTGCGATGTCTGCATTCGGTTGACCTGCCAGTTGGCAGGTGGCGAAATCGCGCGCAGt < 1:15678965/68‑1 (MQ=255) acaTCCCGCCTGCGATGTCTGCATTCGGTTGACCTGCCAGTTGGCAGGTGGCGAAATCGCGCGCAGtt > 1:1696510/1‑68 (MQ=255) tCCCGCCTGCGATGTCTGCATTCGGTTGACCTGCCAGTTGGCAGGTGGCGAAATCGCGCGCAGTTGCg < 1:33142269/68‑1 (MQ=255) tCCCGCCTGCGATGTCTGCATTCGGTTGACCTGCCAGTTGGCAGGTGGCGAAATCGCGCGCAGTTGCg < 1:15488416/68‑1 (MQ=255) | ATGCAGGCGGGTCATCTCGCCTTCTCTGCCCCCGGGTGAAACTAGCGTAACGCTGATGCTGACACATCCCGCCTGCGATGTCTGCATTCGGTTGACCTGCCAGTTGGCAGGTGGCGAAATCGCGCGCAGTTGCG > CP009273/2955818‑2955951 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |