| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | = 3701786 | 107 (0.230) | 19 (0.050) | 11/88 | NT | 18.4% | intergenic (‑721/+190) | dppA/proK | dipeptide transporter/tRNA‑Pro |
| ? | CP009273 | = 3701789 | NA (NA) | intergenic (‑724/+187) | dppA/proK | dipeptide transporter/tRNA‑Pro | |||||
Only 100 of 600 total aligned reads displayed.
GAGGTTCTCATCCTCATGAGCTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTCGGTGATAGAGGATTACTCGCCACTTCGTGGCTCGCCCTGCGGG > CP009273/3701743‑3701855 | GAGGTTCTCATCCTCATGAGCTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTgg > 1:33917612‑M2/1‑68 (MQ=255)GAGGTTCTCATCCTCATGAGCTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTgg > 1:5632987‑M2/1‑68 (MQ=255)GAGGTTCTCATCCTCATGAGCTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTgg > 1:22513389‑M2/1‑68 (MQ=255)GAGGTTCTCATCCTCATGAGCTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTgg > 1:23158432‑M2/1‑68 (MQ=255) AGGTTCTCATCCTCATGAGCTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTgg > 1:1873948‑M2/1‑67 (MQ=255) AGGTTCTCATCCTCATGAGCTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTgg > 1:31465903‑M2/1‑67 (MQ=255) GGTTCTCATCCTCATGAGCTGCAGATGCAAAAAATCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTc > 1:27223611‑M2/1‑68 (MQ=255) GGTTCTCATCCTCATGAGCTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGt < 1:35443835‑M2/67‑1 (MQ=255) GGTTCTCATCCTCATGAGCTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGt < 1:10010062‑M2/67‑1 (MQ=255) GGTTCTCATCCTCATGAGCTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGt < 1:15550469‑M2/67‑1 (MQ=255) GGTTCTCATCCTCATGAGCTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTc > 1:8357957‑M2/1‑68 (MQ=255) GGTTCTCATCCTCATGAGCTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTc > 1:22889761‑M2/1‑68 (MQ=255) GGTTCTCATCCTCATGAGCTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTc > 1:6374952‑M2/1‑68 (MQ=255) GGTTCTCATCCTCATGAGCTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTc > 1:35310185‑M2/1‑68 (MQ=255) GGTTCTCATCCTCATGAGCTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTc > 1:14301300‑M2/1‑68 (MQ=255) GGTTCTCATCCTCATGAGCTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTc > 1:10768998‑M2/1‑68 (MQ=255) TTCTCATCCTCATGAGCTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTCg < 1:33126000‑M2/67‑1 (MQ=255) TCTCATCCTCATGAGCTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTCgg < 1:32849240‑M2/67‑1 (MQ=255) TCTCATCCTCATGAGCTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTCGGt < 1:259878‑M2/68‑1 (MQ=255) TCTCATCCTCATGAGCTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTCGGt < 1:32281494‑M2/68‑1 (MQ=255) TCTCATCCTCATGAGCTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTCGGt < 1:30740815‑M2/68‑1 (MQ=255) TCTCATCCTCATGAGCTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTCGGt < 1:10398190‑M2/68‑1 (MQ=255) TCTCATCCTCATGAGCTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTCGGt < 1:27901834‑M2/68‑1 (MQ=255) TCTCATCCTCATGAGCTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTCGGt < 1:27599161‑M2/68‑1 (MQ=255) TCTCATCCTCATGAGCTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTCGGt < 1:34283369‑M2/68‑1 (MQ=255) TCTCATCCTCATGAGCTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTCGGt < 1:34578346‑M2/68‑1 (MQ=255) TCTCATCCTCATGAGCTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTCGGt < 1:35910569‑M2/68‑1 (MQ=255) TCTCATCCTCATGAGCTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTCGGt < 1:36257908‑M2/68‑1 (MQ=255) TCTCATCCTCATGAGCTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTCGGt < 1:37113846‑M2/68‑1 (MQ=255) TCTCATCCTCATGAGCTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTCGGt < 1:37480071‑M2/68‑1 (MQ=255) TCTCATCCTCATGAGCTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTCGGt < 1:39023630‑M2/68‑1 (MQ=255) TCTCATCCTCATGAGCTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTCGGt < 1:4523155‑M2/68‑1 (MQ=255) TCTCATCCTCATGAGCTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTCGGt < 1:6220472‑M2/68‑1 (MQ=255) TCTCATCCTCATGAGCTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTCGGt < 1:6956765‑M2/68‑1 (MQ=255) TCTCATCCTCATGAGCTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTCGGt < 1:7364510‑M2/68‑1 (MQ=255) TCTCATCCTCATGAGCTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTCGGt < 1:7772099‑M2/68‑1 (MQ=255) TCTCATCCTCATGAGCTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTCGGt < 1:8734949‑M2/68‑1 (MQ=255) TCTCATCCTCATGAGCTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTCGGt < 1:9133002‑M2/68‑1 (MQ=255) TCTCATCCTCATGAGCTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTCGGt < 1:9527901‑M2/68‑1 (MQ=255) TCTCATCCTCATGAGCTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTCGGt < 1:16238958‑M2/68‑1 (MQ=255) TCTCATCCTCATGAGCTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTCGGt < 1:15136673‑M2/68‑1 (MQ=255) TCTCATCCTCATGAGCTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTCGGt < 1:17416155‑M2/68‑1 (MQ=255) TCTCATCCTCATGAGCTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTCGGt < 1:18247389‑M2/68‑1 (MQ=255) TCTCATCCTCATGAGCTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTCGGt < 1:19635160‑M2/68‑1 (MQ=255) TCTCATCCTCATGAGCTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTCGGt < 1:23586677‑M2/68‑1 (MQ=255) TCTCATCCTCATGAGCTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTCGGt < 1:20132396‑M2/68‑1 (MQ=255) TCTCATCCTCATGAGCTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTCGGt < 1:21710232‑M2/68‑1 (MQ=255) TCTCATCCTCATGAGCTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTCGGt < 1:12848804‑M2/68‑1 (MQ=255) TCTCATCCTCATGAGCTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTCGGt < 1:13673657‑M2/68‑1 (MQ=255) TCTCATCCTCATGAGCTCCAGATGCAAAAAAGCCTGCGCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTCGGt < 1:28474483‑M2/68‑1 (MQ=255) TCTCATCCTCATGAGCGGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTCGGt < 1:38590295‑M2/68‑1 (MQ=255) TCTCATCCTCAGGAGCAGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTCGGt < 1:2528465‑M2/68‑1 (MQ=255) CTCATCCTCATGAGCTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTCGGTg < 1:671413‑M2/68‑1 (MQ=255) CTCATCCTCATGAGCTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTCGGTg < 1:2564901‑M2/68‑1 (MQ=255) CTCATCCTCATGAGCTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTCGGTg < 1:39523660‑M2/68‑1 (MQ=255) CTCATCCTCATGAGCTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTCGGTg < 1:25009534‑M2/68‑1 (MQ=255) CTCATCCTCATGAGCTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTCGGTg < 1:11682150‑M2/68‑1 (MQ=255) CTCATCCTCATGAGCTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTCGGTg < 1:21241668‑M2/68‑1 (MQ=255) CTCATCCTCATGAGCTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTCGGTg < 1:34815395‑M2/68‑1 (MQ=255) CTCATCCTCATGAGCTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTCGGTg < 1:14976110‑M2/68‑1 (MQ=255) CTCATCCTCATGAGCTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTCGGTg < 1:5802403‑M2/68‑1 (MQ=255) CTCATCCTCATGAACTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTCGGTg < 1:27040606‑M2/68‑1 (MQ=255) cctctatcaccgaccaaattcgAAAAGCCTGCTCGGTGGGGAGGGTTTTCGAATTTGGTCGGTGTTag < 1:13380969‑M1/46‑1 (MQ=255) gCTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTCGGTGATAGAGGATTAc > 1:24090142/1‑67 (MQ=33) gCTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTCGGTGATAGAGGATTAc < 1:22266211/67‑1 (MQ=33) gCTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTCGGTGATAGAGGATTAc < 1:20648353/67‑1 (MQ=33) gCTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTCGGTGATAGAGGATTAc < 1:17131643/67‑1 (MQ=33) gCTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTCGGTGATAGAGGATTAc > 1:35728238/1‑67 (MQ=33) gCTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTCGGTGATAGAGGATTAc > 1:29048122/1‑67 (MQ=33) 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cAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTCGGTGATAGAGGATTACTCGCCACTTCg > 1:28116684/1‑68 (MQ=255) aaaaaGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTCGGTGATAGAGGATTACTCGCCACTTCGTg < 1:6570014/68‑1 (MQ=255) AAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTCGGTGATAGAGGATTACTCGCCACTTCGTgg > 1:16695045‑M1/1‑68 (MQ=255) AAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTCGGTGATAGAGGATTACTCGCCACTTCGTGGc < 1:17943593‑M1/67‑1 (MQ=255) GCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTCGGTGATAGAGGATTACTCGCCCCTTCGTGGCTc < 1:12043364‑M1/67‑1 (MQ=255) GCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTCGGTGATAGAGGATTACTCGCCACTTCGTGGCTc < 1:39335158‑M1/67‑1 (MQ=255) GCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTCGGTGATAGAGGATTACTCGCCACTTCGTGGCTc < 1:11246236‑M1/67‑1 (MQ=255) GCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTCGGTGATAGAGGATTACTCGCCACTTCGTGGCTc < 1:4861247‑M1/67‑1 (MQ=255) GCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTCGGTGATAGAGGATTACTCGCCACTTCGTGGCTc < 1:29479674‑M1/67‑1 (MQ=255) GCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTCGGTGATAGAGGATTACTCGCCACTTCGTGGCTc < 1:30508383‑M1/67‑1 (MQ=255) 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tGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTCGGTGATAGAGGATTACTCGCCACTTCGTGGCTCGCCCTGCggg < 1:4332091/67‑1 (MQ=255) | GAGGTTCTCATCCTCATGAGCTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTCGGTGATAGAGGATTACTCGCCACTTCGTGGCTCGCCCTGCGGG > CP009273/3701743‑3701855 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |