| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 519440 = | 340 (0.820) | 18 (0.050) | 6/96 | NT | 5.1% | coding (724/4281 nt) | rhsD | Rhs family putative polymorphic toxin |
| ? | CP009273 | 519532 = | 379 (1.060) | coding (816/4281 nt) | rhsD | Rhs family putative polymorphic toxin | |||||
Only 100 of 141 total aligned reads displayed.
AGAAGATAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCCGCCC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP009273/519514‑519440‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tcccgcccTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAGGGGTATCC > CP009273/519532‑519596 tGAAGATAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACT < 1:20410605/67‑1AGAAGATAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACT < 1:29822743/68‑1 GAAGATAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACT > 1:20931638/1‑67 GAAGATAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACT > 1:18525495/1‑67 GAAGATAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACT > 1:19197151/1‑67 GAAGATAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACT > 1:19202102/1‑67 GAAGATAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACT > 1:31175923/1‑67 GAAGATAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACT > 1:4008343/1‑67 GAAGATAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACT > 1:13289941/1‑67 GAAGATAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACT > 1:6011829/1‑67 GAAGATAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACT > 1:26145063/1‑67 GAAGATAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACT > 1:25776036/1‑67 GAAGATAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACT > 1:8079735/1‑67 GAAGATAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACT > 1:8214630/1‑67 GAAGATAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACT > 1:917517/1‑67 GAAGATAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACT > 1:22590189/1‑67 GAAGATAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACT > 1:24619321/1‑67 GAAGATAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGACTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACT > 1:13941746/1‑67 GAAGATAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCAGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACT > 1:23664886/1‑67 AGATAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCC > 1:33388933/1‑68 AGATAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCC > 1:10169937/1‑68 AGATAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCC > 1:16436645/1‑68 AGATAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCC > 1:5646683/1‑68 ATAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCGCCAGACGGAACTCCCG > 1:23587685/1‑67 ATAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCCG > 1:17757248/1‑67 ATAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCCG > 1:10121956/1‑67 ATAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCCG > 1:7368920/1‑67 ATAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCCG > 1:29213446/1‑67 ATAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCCG > 1:33395808/1‑67 ATAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCCG > 1:18337499/1‑67 ATAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCCG > 1:32055008/1‑67 aAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCCGC < 1:24421281/66‑1 TAGCGACGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCCGC < 1:4789500/67‑1 TAGCGACGAGCTGCTGGCCTCATCCGCACGCTGCGCCGGCGTGGGCAGCACCAGACGGAACTCCCGC < 1:9437025/67‑1 TAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCCGC < 1:5718982/67‑1 TAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCCGC < 1:9675267/67‑1 TAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCCGC < 1:32287522/67‑1 TAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCCGC < 1:6024504/67‑1 TAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCCGC < 1:28921663/67‑1 TAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCCGC < 1:3520954/67‑1 TAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCCGC < 1:34154249/67‑1 TAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCCGC < 1:29923289/67‑1 TAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCCGC < 1:31066525/67‑1 TAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCCGC < 1:3656780/67‑1 TAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCCGC < 1:3201465/67‑1 TAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCCGC < 1:12870028/67‑1 TAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCCGC < 1:18852576/67‑1 TAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCCGC < 1:1938221/67‑1 TAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCCGC < 1:19764272/67‑1 TAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCCGC < 1:18161398/67‑1 TAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCCGC < 1:21096699/67‑1 TAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCCGC < 1:16243668/67‑1 TAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCCGC < 1:16234672/67‑1 TAGCGAAGAGGTGCGCGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCCGC < 1:1942269/67‑1 TAGCGAAGAGGGGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCCGC < 1:30725003/67‑1 TAGCGAAGAGGAGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCCGC < 1:19804262/67‑1 TTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACTC < 1:29836192/42‑1 ACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGcc > 1:23166755/1‑65 ACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGAC > 1:2682740/1‑67 ACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCCGCCCGCGCTCCGCCTCAGCGTTCCCCGAC > 1:2944857/1‑67 ACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAAATCCCGCCCTCGCTCCGCCTCAGCGTTCCCCGAC > 1:14474018/1‑67 ACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGAACCAGACGGAACTCCCGCCCTCTCTCAGACTCAGCGTTCCCCGAC > 1:1671263/1‑67 GCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACAC > 1:2375365/1‑67 GCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACAC > 1:30461261/1‑67 CGTTGTCAGCACCAGACGGAACTCCCGCCCTCTCTCCGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGT > 1:12998209/1‑67 CGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGT > 1:24575343/1‑67 TCAGCACCAGACGGAACTCCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAA > 1:11533009/1‑68 GCACCAGACGGAACTCCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATAC > 1:29141286/1‑68 ACGGAACTCCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCG > 1:10261450/1‑68 ACTCCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAGG > 1:6599882/1‑68 TCCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGCCAGGGG > 1:33216430/1‑68 TCCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAGGGG < 1:21140450/68‑1 TCCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAGGG < 1:7010942/67‑1 TCCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAGG < 1:28783903/66‑1 TCCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAGG < 1:12584682/66‑1 TCCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAGG < 1:10041590/66‑1 TCCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAGG < 1:22548887/66‑1 TCCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGAC < 1:3717326/63‑1 CCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAGGGGT > 1:16252344/1‑68 CCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAGGGGT > 1:27297637/1‑68 CCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAGGGGT < 1:4630289/68‑1 CCCTCTCTCCGCCTCAGCGTTCCCCGACCCACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGCGTGGGGTATCC > 1:8673641/1‑68 CCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAGTGGTATCC > 1:10489557/1‑68 CCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAGGGGTATCC > 1:32393384/1‑68 CCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAGGGGTATCC > 1:12080758/1‑68 CCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAGGGGTATCC > 1:12126772/1‑68 CCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAGGGGTATCC > 1:9367657/1‑68 CCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAGGGGTATCC > 1:7846708/1‑68 CCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAGGGGTATCC > 1:7889627/1‑68 CCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAGGGGTATCC > 1:12556774/1‑68 CCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAGGGGTATCC > 1:4567365/1‑68 CCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAGGGGTATCC > 1:18739028/1‑68 CCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAGGGGTATCC > 1:19228053/1‑68 CCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAGGGGTATCC > 1:3128929/1‑68 CCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAGGGGTATCC > 1:1971088/1‑68 CCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAGGGGTATCC > 1:29557026/1‑68 CCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAGGGGTATCC > 1:28592174/1‑68 CCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAGGGGTATCC > 1:2585593/1‑68 CCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAGGGGTATCC > 1:23485354/1‑68 CCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAGGGGTATCC > 1:16323878/1‑67 AGAAGATAGCGAAGAGGTGCGGGCCTCTTCCGCACGCTGCGCCTGCGTGGTCAGCACCAGACGGAACTCCCGCCC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP009273/519514‑519440‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tcccgcccTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCGACAGGGGTATCC > CP009273/519532‑519596 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |