| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | = 776704 | 486 (1.170) | 65 (0.160) +AAC |
4/106 | NT | 12.4% | intergenic (+26/‑121) | lysY/lysZ | tRNA‑Lys/tRNA‑Lys |
| ? | CP009273 | = 777108 | NA (NA) | noncoding (76/76 nt) | lysQ | tRNA‑Lys | |||||
Only 100 of 182 total aligned reads displayed.
GCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAGTTTTAACATCAAACTCAGATGTTAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP009273/776651‑776704‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGC < CP009273/777108‑777042 ||| AGTTTTAACATCAAACTCAGATGTTAAAACTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGA > 1:29081098/1‑68 tttATGTTAAAACTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGC < 1:21448505/63‑1 tATGTTAAAACTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTA < 1:32141145/67‑1 GATGTTAAAACTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTA < 1:2848672/68‑1 GATGTTAAAACTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTA < 1:4569771/68‑1 GATGTTAAAACTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTA < 1:30132825/68‑1 GATGTTAAAACTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTA < 1:30280462/68‑1 GATGTTAAAACTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTA < 1:19823165/68‑1 GATGTTAAAACTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTA < 1:3315719/68‑1 GATGTTAAAACTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTA < 1:5681134/68‑1 GATGTTAAAACTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTA < 1:6484158/68‑1 GATGTTAAAACTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTA < 1:32262011/68‑1 GATGTTAAAACTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTA < 1:23770930/68‑1 GATGTTAAAACTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTA < 1:12441879/68‑1 GATGTTAAAACTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTA < 1:7824135/68‑1 GATGTTAAAACTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTA < 1:27332232/68‑1 GATGTTAAAACTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATAGATTAAAAGTCAACTGCTCTA < 1:26772210/68‑1 ATGTTAAAACTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGCCCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTA > 1:24602376/1‑67 ATGTTAAAACTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTA > 1:16182223/1‑67 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TGTTAAAACTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACC < 1:29441665/68‑1 TGTTAAAACTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACC < 1:267125/68‑1 TGTTAAAACTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACC > 1:6572550/1‑68 TGTTAAAACTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACC < 1:12919447/68‑1 TGTTAAAACTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACT < 1:33655897/60‑1 TGTTAAAACTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAA < 1:34325338/52‑1 TGTTAAAACTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAAT < 1:14644117/44‑1 tTTAAAACTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCA < 1:14807458/67‑1 GTTAAAACTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCA < 1:10237018/68‑1 GTTAAAACTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCA < 1:16991362/68‑1 TAAAACTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAAC < 1:3854847/68‑1 TAAAACTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAAC < 1:16680382/68‑1 TAAAACTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAA < 1:18778952/67‑1 TAAAACTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAA < 1:17128966/67‑1 AAACTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTG < 1:7374418/68‑1 AAACTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTG < 1:8537105/68‑1 tACTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGA < 1:10578149/67‑1 AACTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGA > 1:31953752/1‑68 AACTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGA > 1:3295574/1‑68 AACTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGA > 1:25502895/1‑68 AACTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGA < 1:484952/68‑1 AACTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGA < 1:5112100/68‑1 AACTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGA > 1:6710675/1‑68 AACTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGA < 1:8166954/68‑1 AACTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGA > 1:918376/1‑68 AACTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGA < 1:25731746/68‑1 AACTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGA > 1:18502781/1‑68 AACTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGA > 1:26233339/1‑68 AACTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGA > 1:13976994/1‑68 AACTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGA > 1:1374824/1‑68 AACTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGA > 1:12790212/1‑68 AACTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGA > 1:23133501/1‑68 AACTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGA < 1:12108862/68‑1 AACTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGA < 1:25187073/68‑1 AACTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGA > 1:25347539/1‑68 AACTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGA > 1:25614730/1‑68 AACTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACT > 1:12218123/1‑66 AACTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAA > 1:5928591/1‑47 AACTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGAT > 1:23959687/1‑42 AACTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGAGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAAATGA > 1:1316296/1‑68 AACTGGTGGGTCGTGCAGGATTCCAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGA > 1:2063578/1‑68 ACTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGc > 1:30603729/1‑66 ACTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGA > 1:18658502/1‑67 ACTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGA > 1:11798482/1‑67 ACTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGA > 1:16917994/1‑67 ACTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGA > 1:14638806/1‑67 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |