| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 2747582 = | 360 (0.860) | 27 (0.080) | 8/94 | NT | 9.4% | coding (76/291 nt) | ratB | UPF0125 family protein |
| ? | CP009273 | 2747605 = | 220 (0.630) | coding (53/291 nt) | ratB | UPF0125 family protein | |||||
Only 100 of 218 total aligned reads displayed.
GCCAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCTGCAGG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP009273/2747655‑2747582‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cgctgcaggTACTGCTTCTCAGGTAGCGCATAAGCCACCTCAACGGCAATTTTACCTGGCACTGTAAACCTCTT > CP009273/2747605‑2747669 GCCAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGC < 1:9534182/68‑1GCCAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACG < 1:11207409/67‑1GCCAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACG < 1:9719083/67‑1GCCAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACG < 1:7689513/67‑1GCCAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACG < 1:34467877/67‑1GCCAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACG < 1:33374135/67‑1GCCAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACG < 1:32034413/67‑1GCCAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACG < 1:31047876/67‑1GCCAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACG < 1:25275646/67‑1GCCAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACG < 1:18509571/67‑1GCCAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACG < 1:14711459/67‑1GCCAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACG < 1:1048865/67‑1GCCAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGAC > 1:21705061/1‑66GCCAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGAC > 1:21249633/1‑66GCCAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGAC < 1:27866212/66‑1GCCAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGAC > 1:28187442/1‑66GCCAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGAC > 1:29683168/1‑66GCCAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGAC > 1:17418560/1‑66GCCAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGAC > 1:15953517/1‑66GCCAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGAC < 1:654597/66‑1GCCAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGAC > 1:5176245/1‑66 CCAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCT < 1:26183125/68‑1 CCAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGAC > 1:29051922/1‑65 CCAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGAC > 1:23386455/1‑65 ccGGTAAAATAGCCGATGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCg < 1:16113323/65‑2 catGTAAAATTTCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCT < 1:8981555/64‑1 CAGGTAAAATTGGCTTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCT < 1:11309014/67‑1 CAGGTAAAATTGCGGTTGAGGGGGCTTATGCTCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCT < 1:14061053/67‑1 CAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCTG < 1:30556125/68‑1 CAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCTG < 1:29964449/68‑1 CAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCTG < 1:8060010/68‑1 CAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCTG < 1:11729263/68‑1 CAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCTG < 1:9435071/68‑1 CAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCTG < 1:8850378/68‑1 CAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCT < 1:11237666/67‑1 CAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCT < 1:21626652/67‑1 CAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCT < 1:18747662/67‑1 CAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCT < 1:28342058/67‑1 CAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCT < 1:183562/67‑1 CAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCT < 1:1820669/67‑1 CAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCT < 1:17902833/67‑1 CAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCT < 1:27722835/67‑1 CAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCT < 1:15506149/67‑1 CAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCT < 1:6088122/67‑1 CAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCT < 1:4223337/67‑1 CAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCT < 1:3928134/67‑1 CAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCT < 1:12586977/67‑1 CAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCT < 1:32332063/67‑1 CAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCT < 1:32811254/67‑1 CAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCT < 1:22028499/67‑1 CAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCT < 1:22324348/67‑1 CAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCT < 1:7008316/67‑1 CAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCT < 1:19442659/67‑1 CAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCT < 1:20851513/67‑1 CAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCT < 1:3819182/67‑1 CAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCT < 1:24909040/67‑1 CAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCT < 1:8493219/67‑1 CAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCT < 1:2059868/67‑1 CAGGTAAAATTGCCGTTGAGGGGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCT < 1:15065123/67‑1 CAGGTAAAATTGCCGGGGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCgg < 1:2449688/68‑3 CAGGTAAAAATGCCGGTGAGGTGGCTGATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCTACTGACGCTG < 1:27211347/68‑1 gttAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCTGGAG > 1:31944166/4‑68 GTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCTGCAG > 1:7571346/1‑68 GTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCTGCAG > 1:25807190/1‑68 GTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCTGCAG > 1:23207872/1‑68 GTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCTGCAG > 1:22901361/1‑68 aAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCTGCAG < 1:27341024/66‑1 TAAAATTGCCGTTGAGGTTGCTTATGCGCTACCTGAGAACCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCTGC < 1:9239408/65‑1 TAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCTGCAG < 1:33249114/67‑1 TAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCTGC < 1:7883431/65‑1 TAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCTGC < 1:29136528/65‑1 AAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCTGCAGG < 1:4697230/67‑1 ATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCTGCAGGTACT < 1:13890390/68‑1 TGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCTGCAGGTACTGC < 1:17267776/68‑1 GCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCTGCAGGTACTGCT < 1:25078353/68‑1 CGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCTGCAGGTACTGCTT < 1:33433244/67‑1 CGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCTGCAGGTACTGCTT < 1:20268106/67‑1 CGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCTGCAGGTACTGCTT < 1:25480699/67‑1 CGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCTGCAGGTACTGCTT < 1:26661276/67‑1 CGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCTGCAGGTACTGCTT < 1:6736677/67‑1 CGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCTGCAGGTACTGCTT < 1:12645023/67‑1 CGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCTGCAGGTACTGCTT < 1:33569714/67‑1 CGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCTGCAGGTACTGCTT < 1:34819514/67‑1 CGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCTGCAGGTACTGCTT < 1:31146351/67‑1 CGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCGGCAGGTACTGCTT < 1:18877228/67‑1 GGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGGGACGCTGCAGGTACTGCTTCTCAGGTAGC < 1:30711387/68‑1 TTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCTGCAGGTACTGCTTCTCAGGTAGCGC < 1:1212477/67‑1 CGCTGCAGGTACTGCTTCTCAGGTAGCGCATAAGCCACCTCAACGGCAATTTTACCTGGCACTGTAAA < 1:4844291/68‑1 GCTGCAGGTACTGCTTCTCAGGTAGCGCATAAGCCACCTCAACGGCAATTTTACCTGGCACTGTAAA > 1:5285291/1‑67 GCTGCAGGTACTGCTTCTCAGGTAGCGCATAAGCCACCTCAACGGCAATTTTACCTGGCACTGTAAA > 1:9254534/1‑67 TGCAGGTACTGCTTCTCAGGTAGCGCATAAGCCACCTCAACGGCAATTTTACCTGGCACTGTAAACCT < 1:31456038/68‑1 TGCAGGTACTGCTTCTCAGGTAGCGCATAAGCCACCTCAACGGCAATTTTACCTGGCACTGTAAACC < 1:13109719/67‑1 TGCAGGTACTGCTTCTCAGGTAGCGCATAAGCCACCTCAACGGCAATTTTACCTGGCACTGTAAACC < 1:30833001/67‑1 TGCAGGTACTGCTTCTCAGGTAGCGCATAAGCCACCTCAACGGCAATTTTACCTGGCACTGTAAACC < 1:5967243/67‑1 GCAGGTACTGCTTCTCAGGTAGCGCATAAGCCACCTCAACGGCAATTTTACCTGGCACTGTAAACC > 1:4388080/1‑66 AGGTACTGCTTCTCAGGTAGCGCATAAGCCACCTCAACGGCAATTTTACCTGGCACTGTAAACCTCT < 1:23881504/67‑1 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |