| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | = 3808465 | NA (NA) | 4 (0.010) | 3/92 | NT | NA | noncoding (9/22 nt) | REP275 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | REP275 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences |
| ? | CP009273 | = 3808469 | NA (NA) | noncoding (13/22 nt) | REP275 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | REP275 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | |||||
Only 100 of 126 total aligned reads displayed.
AATACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGACGCCGGATGA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP009273/3808389‑3808465‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cgccggatgaAAAGTCATCCGGCGTCATATTACTGCAACTGTGCCGCAATTAGCGGCCAGCGGGCGTCAAAATCA < CP009273/3808469‑3808405 AATACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGAC > 1:751854/1‑68 ATACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGACG < 1:12924248/68‑1 ATACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGACG < 1:17037834/68‑1 ATACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGAC > 1:20732798/1‑67 ATACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGAC > 1:33424657/1‑67 ATACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGAC > 1:14642306/1‑67 ATACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGAC > 1:16435251/1‑67 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |