| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 4230085 = | NA (NA) | 5 (0.010) | 4/98 | NT | NA | noncoding (1/37 nt) | REP314 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | REP314 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences |
| ? | CP009273 | 4230118 = | NA (NA) | noncoding (34/37 nt) | REP314 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | REP314 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | |||||
Only 100 of 483 total aligned reads displayed.
TTGCTGGTGGCTGGGAATCACCTGAATGGGTGATTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACGGGTAGGTATATCCGGCTTTGGTGGAGGCGC > CP009273/4230018‑4230152 | ttGCTGGTGGCTGGGAATCACCTGAATGGGTGATTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTg < 1:21063031/68‑1 (MQ=255) tGCTGGTGGCTGGGAATCACCTGAATGGGTGATTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGc < 1:23613743/68‑1 (MQ=255) tgtatgttttgttcaacctggatttggagcgcgcctccaccaaagccggatatacctacccgtagGcc < 1:12993929‑M1/3‑1 (MQ=255) gtatgttttgttcaacctggatttggagcgcgcctccaccaaagccggatatacctacccgtagGCCg > 1:2655169‑M1/65‑68 (MQ=255) ggtggCTGGGAATCACCTGACTGGGTGATTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGa < 1:8190548/68‑1 (MQ=255) ggtggCTGGGAATCACCTGAATGGGTGATTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGa > 1:30187782/1‑68 (MQ=255) atgttttgttcaacctggatttggagcgcgcctccaccaaagccggatatacctacccgtagGCCGGa < 1:5703800‑M1/6‑1 (MQ=255) atgttttgttcaacctggatttggagcgcgcctccaccaaagccggatatacctacccgtagGCCGGa > 1:1354738‑M1/63‑68 (MQ=255) tggCTGGGAATCACCTGAATGGGTGATTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGAt > 1:26258294/1‑67 (MQ=255) tggCTGGGAATCACCTGAATGGGTGATTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGAt > 1:2004639/1‑67 (MQ=255) tggCTGGGAATCACCTGAATGGGTGATTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGAt > 1:7227447/1‑67 (MQ=255) tggCTGGGAATCACCTGAATGGGTGATTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGAt > 1:27138788/1‑67 (MQ=255) tggCTGGGAATCACCTGAATGGGTGATTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGAt > 1:23944884/1‑67 (MQ=255) gCTGGGAATCGCCTGAATGGGTGATTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATgc > 1:25590795/1‑67 (MQ=255) gCTGGGAATCACCTGAATGGGTGATTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATgc > 1:11031979/1‑67 (MQ=255) cTGGGAATCACCTGAATGGGTGATTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATgcg < 1:8830401/67‑1 (MQ=255) gAATCACCTGAATGGGTGATTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGcgccgc < 1:32651544/67‑1 (MQ=255) aTCACCTGAATGGGTGATTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAg > 1:26850911/1‑68 (MQ=255) aTCACCTGAATGGGTGATTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAg < 1:4064170/68‑1 (MQ=255) aTCACCTGAATGGGTGATTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAg < 1:1562961/68‑1 (MQ=255) aTCACCTGAATGGGTGATTTTTGAATTACCGGCTCTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGTCGCCAg > 1:20758156/1‑68 (MQ=255) tCACCTGAATGGGTGATTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAgg < 1:10014774/68‑1 (MQ=255) tCACCTGAATGGGTGATTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAg > 1:27443094/1‑67 (MQ=255) aCCTGAATGGGTGATTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGgc > 1:28557515/1‑67 (MQ=255) aCCTGAATGGGTGATTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGgc > 1:11441510/1‑67 (MQ=255) ccTGAATGGGTGATTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGgcgc > 1:34519806/1‑68 (MQ=255) ccTGAATGGGTGATTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGgcgc > 1:19813459/1‑68 (MQ=255) cTGAATGGGTGATTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGcgcg < 1:19016793/68‑1 (MQ=255) cTGAATGGGTGATTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGcgcg < 1:1282913/68‑1 (MQ=255) tGAATGGGTGATTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCgg < 1:32945615/68‑1 (MQ=255) tGAATGGGTGATTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCgg < 1:5523736/68‑1 (MQ=255) tGAATGGGTGATTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCgg < 1:13699633/68‑1 (MQ=255) gAATGGGTGATTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGc < 1:3586559/68‑1 (MQ=255) aaTGGGTGATTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCt > 1:4334049/1‑68 (MQ=255) tGGGTGATTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTa < 1:30516/68‑1 (MQ=255) tGGGTGATTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTa > 1:11162175/1‑68 (MQ=255) gggTGATTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTa > 1:25378776/1‑67 (MQ=255) gggTGATTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTa > 1:28395492/1‑67 (MQ=255) gggTGATTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTa > 1:32443259/1‑67 (MQ=255) tGATTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCg > 1:21660173/1‑68 (MQ=255) tGATTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCg > 1:22265216/1‑68 (MQ=255) tGATTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCg > 1:12338412/1‑68 (MQ=255) gATTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCg < 1:21262355/67‑1 (MQ=255) tttttGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGcc < 1:15856882/68‑1 (MQ=255) tttttGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGc < 1:2054030/67‑1 (MQ=255) tttttGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGc < 1:19325660/67‑1 (MQ=255) ttttGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCt > 1:14599568/1‑68 (MQ=255) ttGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTAc < 1:2585922/68‑1 (MQ=255) ttGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTAc < 1:9619231/68‑1 (MQ=255) ttGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTAc < 1:22794939/68‑1 (MQ=255) tGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACg < 1:10297435/68‑1 (MQ=255) tGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACg < 1:17872255/68‑1 (MQ=255) tGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACg < 1:18639145/68‑1 (MQ=255) gAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACgg < 1:11811624/68‑1 (MQ=255) gAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACgg < 1:6481950/68‑1 (MQ=255) gAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACgg < 1:4637784/68‑1 (MQ=255) gAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACgg < 1:7961365/68‑1 (MQ=255) gAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACgg < 1:29755899/68‑1 (MQ=255) aaTTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACggg > 1:5975837/1‑68 (MQ=255) accaaagccggatatacctacccgtagGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATGCGGCCTTcgggg < 1:16622461‑M1/41‑2 (MQ=255) aTTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACggg < 1:14901011/67‑1 (MQ=255) aTTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACggg < 1:2459795/67‑1 (MQ=255) aTTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACggg < 1:31373328/67‑1 (MQ=255) aTTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACggg < 1:30615854/67‑1 (MQ=255) aTTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACggg < 1:17660066/67‑1 (MQ=255) aTTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACggg < 1:16908271/67‑1 (MQ=255) aTTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACggg < 1:29967780/67‑1 (MQ=255) aTTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACggg < 1:18919617/67‑1 (MQ=255) tACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACGggtag < 1:29350938/68‑1 (MQ=255) tACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACGggtag < 1:7698458/68‑1 (MQ=255) tACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACGggtag < 1:4533316/68‑1 (MQ=255) tACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACGggtag < 1:18471978/68‑1 (MQ=255) tACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACGggtag < 1:30949009/68‑1 (MQ=255) tACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACGggtag < 1:28702566/68‑1 (MQ=255) aCCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACGggtagg < 1:31999150/68‑1 (MQ=255) aCCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACGggtagg < 1:27735925/68‑1 (MQ=255) aCCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACGggtagg < 1:16147403/68‑1 (MQ=255) aCCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACGggtagg < 1:34003460/68‑1 (MQ=255) aCCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACGggtagg < 1:31111521/68‑1 (MQ=255) aCCGGCTTTGGTGCGGTTTGCCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACGggtagg < 1:26178994/68‑1 (MQ=255) aCCGGCGTTGGTGCGGTTTGTCATGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACGggtagg < 1:27920081/68‑1 (MQ=255) cGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACGggtaggta > 1:10428080/1‑68 (MQ=255) ggCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACGGGTAGGtat < 1:2304690/68‑1 (MQ=255) gCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACGGGTAGGtata > 1:14086359/1‑68 (MQ=255) cTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACGGGTAGGtata < 1:15120735/67‑1 (MQ=255) ttGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACGGGTAGGTATATcc > 1:19530656/1‑68 (MQ=255) ggTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACGGGTAGGTATATCCgg < 1:21482383/68‑1 (MQ=255) tGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACGGGTAGGTATATCCGGc < 1:31757169/67‑1 (MQ=255) tGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACGGGTAGGTATATCCGGc < 1:9315973/67‑1 (MQ=255) tGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACGGGTAGGTATATCCGGCt > 1:22426125/1‑68 (MQ=255) tGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACGGGTAGGTATATCCGGCt > 1:7427832/1‑68 (MQ=255) tGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACGGGTAGGTATATCCGGCt > 1:33392396/1‑68 (MQ=255) gCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACGGGTAGGTATATCCGGCtt < 1:4960886/68‑1 (MQ=255) gCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACGGGTAGGTATATCCGGCt < 1:24127648/67‑1 (MQ=255) ggTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCTCGGCTTATCCGGCCTACGGGTAGGTATATCCGGCTTtg > 1:33194035/1‑68 (MQ=255) ggTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACGGGTAGGTATATCCGGCTTtg > 1:15404396/1‑68 (MQ=255) ggTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACGGGTAGGTATATCCGGCTTtg < 1:10833638/68‑1 (MQ=255) tttGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACGGGTAGGTATATCCGGCTTtggt > 1:34094822/1‑68 (MQ=255) ttGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACGGGTAGGTATATCCGGCTTtggtg > 1:12044167/1‑68 (MQ=255) cTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACGGGTAGGTATATCCGGCTTTGGTGGAg > 1:14229195/1‑67 (MQ=255) | TTGCTGGTGGCTGGGAATCACCTGAATGGGTGATTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACGGGTAGGTATATCCGGCTTTGGTGGAGGCGC > CP009273/4230018‑4230152 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |