| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | = 438477 | NA (NA) | 7 (0.020) | 7/88 | NT | NA | noncoding (4/32 nt) | REP39 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | REP39 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences |
| ? | CP009273 | = 438479 | NA (NA) | noncoding (6/32 nt) | REP39 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | REP39 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | |||||
Only 100 of 517 total aligned reads displayed.
TGCGCGAGCAGGGCTTTAACAATGTGAAGGTATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACACTACTCGTAATAATTATAAATCCCTGCCGCCATCACCA > CP009273/438410‑438544 | tGCGCGAGCAGGGCTTTAACAATGTGAAGTTAGATCGCCGGTAATTTGTGTTTTTTACGTCGCATCTG > 1:19415699‑M1/1‑68 (MQ=255)tGCGCGAGCAGGGCTTTAACAATGTGAAGGTATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTG > 1:29343130‑M1/1‑68 (MQ=255)tGCGCGAGCAGGGCTTTAACAATGTGAAGGTATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTG > 1:15723312‑M1/1‑68 (MQ=255)tGCGCGAGCAGGGCTTTAACAATGTGAAGGTATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTG > 1:14056177‑M1/1‑68 (MQ=255)tGCGCGAGCAGGGCTTTAACAATGTGAAGGTATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTG > 1:5431404‑M1/1‑68 (MQ=255)tGCGCGAGCAGGGCTTTAACAATGTGAAGGTATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTG > 1:33132180‑M1/1‑68 (MQ=255)tGCGCGAGCAGGGCTTTAACAATGTGAAGGTATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTG > 1:4254313‑M1/1‑68 (MQ=255) gcgcGAGCAGGGCTTTAACAATGTGAAGGTATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTgg < 1:5803992/68‑1 (MQ=255) cgcgAGCAGGGCTTTAACAATGTGAAGGTATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTgg > 1:23013993/1‑67 (MQ=255) cgcgAGCAGGGCTTTAACAATGTGAAGGTATATCGCCCGTAAATTGTGGTTTTTACGTCGCATCTgg > 1:23782484/1‑67 (MQ=255) cgAGCAGGGCTTTAACAATGTGAAGGTATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTca < 1:13222512‑M2/68‑3 (MQ=255) cgAGCAGGGCTTTAACAATGTGAAGGTATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTca < 1:11235645‑M2/68‑3 (MQ=255) cgAGCAGGGCTTTAACAATGTGAAGGTATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTca < 1:22118350‑M2/68‑3 (MQ=255) cgAGCAGGGCTTTAACAATGTGAAGGTATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTca < 1:33373439‑M2/68‑3 (MQ=255) gAGCAGGGCTTTAACAATGTGAAGGTATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTca > 1:24770739‑M2/1‑65 (MQ=255) cAGGGCTTTAACAATGTGAAGGTATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTccgat < 1:23427558‑M2/67‑6 (MQ=255) gCTTTAACAATGTGAAGGTATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTcagatgcga > 1:17938089‑M2/1‑58 (MQ=255) cTTTAACAATGTGAAGGTATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTcagatgcgacg < 1:4474179‑M2/68‑12 (MQ=255) tttAACAATGTGAAGGTATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTcagatgcgacgt > 1:946960‑M2/1‑56 (MQ=255) aaCAATGTGAAGGTATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCCGATGCGACGttt > 1:15857818/1‑67 (MQ=255) aaCAATGTGAAGGTATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGttt > 1:11394892/1‑67 (MQ=255) aaCAATGTGAAGGTATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGttt > 1:21467113/1‑67 (MQ=255) aCAATGTGAAGGTATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTg > 1:764738/1‑67 (MQ=255) aCAATGTGAAGGTATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTg > 1:30362032/1‑67 (MQ=255) tgtgAAGGTATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCa > 1:10064025/1‑68 (MQ=255) gtgAAGGTATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCAt < 1:34133308/68‑1 (MQ=255) gtgAAGGTATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGGCAGAAGCGACGTTTGCCGCAt < 1:16329778/68‑1 (MQ=255) gtgAAGGTATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCCGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCAt < 1:20005990/68‑1 (MQ=255) 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ggTATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGac > 1:1811634/1‑68 (MQ=255) ggTATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGac > 1:7155986/1‑68 (MQ=255) tataTCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGac > 1:19161766/1‑66 (MQ=255) tataTCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGac < 1:27277225/66‑1 (MQ=255) tataTCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGGCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGac < 1:16044375/66‑1 (MQ=255) atatCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACact < 1:18518794/68‑1 (MQ=255) atatCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACact < 1:983050/68‑1 (MQ=255) atatCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACact < 1:5921728/68‑1 (MQ=255) tatCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACact > 1:12733693/1‑67 (MQ=255) atCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACactac < 1:4922915/68‑1 (MQ=255) atCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACactac < 1:29645300/68‑1 (MQ=255) atCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACactac < 1:15125040/68‑1 (MQ=255) atCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACactac < 1:11814806/68‑1 (MQ=255) atCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACactac < 1:22655739/68‑1 (MQ=255) atCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACactac < 1:6768891/68‑1 (MQ=255) atCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACact > 1:8183412/1‑66 (MQ=255) atCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACact > 1:26150816/1‑66 (MQ=255) tCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACactac > 1:34725201/1‑67 (MQ=255) cGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACACTACTc > 1:20329311/1‑68 (MQ=255) cGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACACTACTc > 1:9178845/1‑68 (MQ=255) cGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACACTACTc > 1:21694504/1‑68 (MQ=255) gCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACACTACTCg > 1:30942970/1‑68 (MQ=255) gCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACACTACTCg < 1:26890475/68‑1 (MQ=255) gCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACACTACTCg > 1:16949085/1‑68 (MQ=255) gCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACACTACTCg > 1:651158/1‑68 (MQ=255) gCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACACTACTCg > 1:25784536/1‑68 (MQ=255) gCCAGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACACTACTCg > 1:25003339/1‑68 (MQ=255) cccGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTcagatgcgacgtaaaaaccacaaattacgggcgat > 1:32092550‑M2/1‑33 (MQ=255) ccGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACACTACTCGta < 1:8589771/68‑1 (MQ=255) aaTTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACACTACTCGtaataa > 1:25383943/1‑68 (MQ=255) aTTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTcagatgcgacgtaaaaaccacaaattacgggcgatatacct > 1:22881179‑M2/1‑27 (MQ=255) aTTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACACTACTCGTaataat < 1:10784820/68‑1 (MQ=255) tttGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACACTACTCGTAATAAtt < 1:31377497/68‑1 (MQ=255) tttGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACACTACTCGTAATAAtt < 1:12226734/68‑1 (MQ=255) tttGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACACTACTCGTAATAAtt < 1:28373209/68‑1 (MQ=255) tttGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACACTACTCGTAATAAtt < 1:11585357/68‑1 (MQ=255) tttGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACACTACTCGTAATAAtt < 1:33297465/68‑1 (MQ=255) tttGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACACTACTCGTAATAAtt < 1:2131815/68‑1 (MQ=255) tttGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACACTACTCGTAATAAtt < 1:34496907/68‑1 (MQ=255) tttGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGGCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACACTACTCGTAATAAtt < 1:31791702/68‑1 (MQ=255) tttGTGGTTTTTACGACGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACACTACTCGTAATAAtt < 1:7469412/68‑1 (MQ=255) aatcgtaGCATCTGaccagatgctatgtaaaaaccacaaattacgggcgatataccttcacattgtt < 1:31285418‑M1/64‑54 (MQ=255) tACGTCGCTTCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACACTACTCGTAATAATTATTAATCCCt > 1:10249/1‑67 (MQ=255) cGTCGCATCTGaccagatgcgacgtaaaaaccacaaattacgggcgatataccttcacattgttaaag < 1:30749095‑M1/68‑58 (MQ=255) cGTCGCATCTGaccagatgcgacgtaaaaaccacaaattacgggcgatataccttcacattgttaaag < 1:2195903‑M1/68‑58 (MQ=255) cGTCGCATCTGaccagatgcgacgtaaaaaccacaaattacgggcgatataccttcacattgttaaag < 1:6378021‑M1/68‑58 (MQ=255) cGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACACTACTCGTAATAATTATAAATCCCTgcc > 1:14538444/1‑68 (MQ=255) cGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACACTACTCGTAATAATTATAAATCCCTgcc > 1:8946900/1‑68 (MQ=255) gCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACACTACTCGTAATAATTATAAATCCCTGCCGCCa < 1:19671366/68‑1 (MQ=255) aTCTGaccagatgcgacgtaaaaaccacaaattacgggcgatataccttcacattgttaaagccctg < 1:32994772‑M1/67‑63 (MQ=255) aTCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACACTACTCGTAATAATTATAAATCCCTGCCGCCAt < 1:32741863/67‑1 (MQ=255) aTCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACACTACTCGTAATAATTATAAATCCCTGCCGCCAt < 1:17207712/67‑1 (MQ=255) tCTGaccagatgcgacgtaaaaaccacaaattacgggcgatataccttcacattgttaaagccctgc > 1:26001805‑M1/1‑4 (MQ=255) tCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACACTACTCGTAATAATTATAAATCCCTGCCGCCATc > 1:22406341/1‑67 (MQ=255) tCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACACTACTCGTAATAATTATAAATCCCTGCCGCCATc > 1:3849970/1‑67 (MQ=255) tCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACACTACTCGTAATAATTATAAATCCCTGCCGCCATCa < 1:30164501/68‑1 (MQ=255) tCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACACTACTCGTAATAATTATAAATCCCTGCCGCCATCa < 1:18844613/68‑1 (MQ=255) tGaccagatgcgacgtaaaaaccacaaattacgggcgatataccttcacattgttaaagccctgctcg < 1:26481731‑M1/68‑67 (MQ=255) tGaccagatgcgacgtaaaaaccacaaattacgggcgatataccttcacattgttaaagccctgctcg < 1:19083853‑M1/68‑67 (MQ=255) tGaccagatgcgacgtaaaaaccacaaattacgggcgatataccttcacattgttaaagccctgctcg < 1:18235099‑M1/68‑67 (MQ=255) tGGGCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACACTACTCGTAATAATTATAAATCCCTGCCGCCATCAc < 1:29805575/67‑1 (MQ=255) ggTCATATGCGACGTTTGCCGCATCCGACACTACTCGTAATAATTATAAATCCCTGCCGCCATCACCa < 1:21034818/68‑1 (MQ=255) | TGCGCGAGCAGGGCTTTAACAATGTGAAGGTATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACACTACTCGTAATAATTATAAATCCCTGCCGCCATCACCA > CP009273/438410‑438544 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |