New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | CP009273 | 964816 = | 137 (0.330) | 22 (0.060) | 10/94 | NT | 14.7% | intergenic (+8/‑29) | lpxK/ycaQ | lipid A 4'kinase/DUF1006 family protein with C‑terminal wHTH domain |
? | CP009273 | 964858 = | 141 (0.400) | coding (14/1233 nt) | ycaQ | DUF1006 family protein with C‑terminal wHTH domain |
Only 100 of 242 total aligned reads displayed.
GGTGATGAACCAGCGAAACTGCTTACGCAACTAACCTTGCTGGCTTCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAAT > CP009273/964752‑964883 | ggTGATGAACCAGCGAAACTGCTTACGCAACTAACCTTGCTGGCTTCTGGCAACTAGTTACGCcgcg > 1:20419960/1‑67 (MQ=255) ggTGATGAACCAGCGAAACTGCTTACGCAACTAACCTTGCTGGCTTCTGGCAACTAGTTACGCcgcg > 1:24546805/1‑67 (MQ=255) ggTGATGAACCAGCGAAACTGCTTACGCAACTAACCTTGCTGGCTTCTGGCAACTAGTTACGCcgcg > 1:25111510/1‑67 (MQ=255) ggTGATGAACCAGCGAAACTGCTTACGCAACTAACCTTGCTGGCTTCTGGCAACTAGTTACGCcgcg > 1:17586840/1‑67 (MQ=255) ggTGATGAACCAGCGAAACTGCTTACGCAACTAACCTTGCTGGCTTCTGGCAACTAGTTACGCcgcg > 1:12350053/1‑67 (MQ=255) ggTGATGAACCAGCGAAACTGCTTACGCAACTAACCTTGCTGGCTTCTGGCAACTAGTTACGCcgcg > 1:274378/1‑67 (MQ=255) ggTGATGAACCAGCGAAACTGCTTACGCAACTAACCTTGCTGGCTTCTGGCAACTAGTTACGCcgcg > 1:4570612/1‑67 (MQ=255) ggTGATGAACCAGCGAAACTGCTTACGCAACTAACCTTGCTGGCTTCTGGCAACTAGTTACGCcgcg > 1:5238739/1‑67 (MQ=255) ggTGATGAACCAGCGAAACTGCTTACGCAACTAACCTTGCTGGCTTCTGGCAACTAGTTACGCcgcg > 1:13997877/1‑67 (MQ=255) ggggtttgtttaacaggccttgtgcggcaaggtgaagattacgcgcatcagcaagggagaggtGCGGc < 1:10390133‑M1/5‑1 (MQ=255) ggggtttgtttaacaggccttgtgcggcaaggtgaagattacgcgcatcagcaagggagaggtGCGGc < 1:25481329‑M1/5‑1 (MQ=255) ggtttgtttaacaggccttgtgcggcaaggtgaagattacgcgcatcagcaagggagaggtGCGGCa < 1:1811151‑M1/6‑1 (MQ=255) aaCCAGCGAAACTGCTTACGCAACTAACCTTGCTGGCTTCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGt > 1:2362174/1‑67 (MQ=255) aaCCAGCGAAACTGCTTACGCAACTAACCTTGCTGGCTTCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGt > 1:7056134/1‑67 (MQ=255) aaCCAGCGAAACTGCTTACGCAACTAACCTTGCTGGCTTCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGt > 1:8069622/1‑67 (MQ=255) aaCCAGCGAAACTGCTTACGCAACTAACCTTGCTGGCTTCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGt > 1:24684544/1‑67 (MQ=255) aCCAGCGAAACTGCTTACGCAACTAACCTTGCTGGCTTCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTc > 1:27796835/1‑68 (MQ=255) gCTTACGCAACTAACCTTGCTGGCTTCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGt < 1:15720148/68‑1 (MQ=255) ttACGCAACTACCCTTGCTGGCGTCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCa < 1:16047704/68‑1 (MQ=255) ttACGCAACTAACCTTGCTGGTTTCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCa < 1:23379080/68‑1 (MQ=255) ttACGCAACTAACCTTGCTGGCTTCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCa < 1:15372486/68‑1 (MQ=255) gCAACTAACCTTGCTGGCTTCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGaa > 1:4317027/1‑68 (MQ=255) gCAACTAACCTTGCTGGCTTCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGaa > 1:7694813/1‑68 (MQ=255) cAACTAACCTTGCTGGCTTCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAAt > 1:19359270/1‑68 (MQ=255) cAACTAACCTTGCTGGCTTCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAAt > 1:11360285/1‑68 (MQ=255) aaCTAACCTTGCTGGCTTCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATg < 1:288865/68‑1 (MQ=255) aaCCTTGCTGGCTTCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTc > 1:5779821/1‑66 (MQ=255) aCCTAGCTGGCTTCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCt < 1:4956692/68‑1 (MQ=255) ccTTGCTGGCTTCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCt > 1:10295173/1‑67 (MQ=255) ccTTGCTGGCTTCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCt > 1:34095667/1‑67 (MQ=255) ccTTGCTGGCTTCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCt > 1:4143027/1‑67 (MQ=255) ccTTGCTGGCTTCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCt > 1:9389553/1‑67 (MQ=255) ccTTGCTGGCTTCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCt > 1:15082227/1‑67 (MQ=255) ccTTGCTGGCTTCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCt > 1:12290468/1‑67 (MQ=255) cTTGCTGGCTTCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTg > 1:29610147/1‑67 (MQ=255) ttGCTGGCTTCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGcc < 1:25326213/68‑1 (MQ=255) ttGCTGGCTTCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGcc < 1:6124751/68‑1 (MQ=255) cTGGCTTCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGc > 1:28527589/1‑67 (MQ=255) cTGGCTTCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGc > 1:18954908/1‑67 (MQ=255) cTGGCTTCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGc > 1:17772914/1‑67 (MQ=255) tGGCTTCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCAc < 1:14531789/68‑1 (MQ=255) tGGCTTCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGGTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCa < 1:32859064/67‑1 (MQ=255) ggCTTCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGcggc < 1:21333052/68‑4 (MQ=255) ggCTTCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCa > 1:16315615/1‑66 (MQ=255) ggCTTCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCa > 1:2767471/1‑66 (MQ=255) ggCTTCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCa > 1:34729143/1‑66 (MQ=255) cTTCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCAcc > 1:8365552/1‑66 (MQ=255) ttCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACctct < 1:15334481/68‑1 (MQ=255) ttCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACctct < 1:10579058/68‑1 (MQ=255) ttCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACctct < 1:16767431/68‑1 (MQ=255) ttCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACctct < 1:32429947/68‑1 (MQ=255) ttCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACctct < 1:8889366/68‑1 (MQ=255) cgcatcagcaagggtgaggtGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACctc < 1:14205702‑M1/47‑1 (MQ=255) cgcatcagcaagggagaggtGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACctc < 1:3861303‑M1/47‑1 (MQ=255) tCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATTGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACctct < 1:33561619/67‑1 (MQ=255) tCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACctct > 1:7953428/1‑67 (MQ=255) tCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCtctc < 1:13696635/68‑1 (MQ=255) tCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCtctc < 1:19863727/68‑1 (MQ=255) tCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCtctc < 1:29741893/68‑1 (MQ=255) tGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTccc < 1:27847300/68‑1 (MQ=255) tGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTccc < 1:7836283/68‑1 (MQ=255) ggCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCt > 1:28046069/1‑68 (MQ=255) cAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCtt > 1:16899808/1‑67 (MQ=255) cAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCtt > 1:3367074/1‑67 (MQ=255) cAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCtt < 1:14758783/67‑1 (MQ=255) cAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCtt < 1:13413563/67‑1 (MQ=255) gcaagggagaggtGCGGCAGCGTTGGATTGATGGTGTGATGCATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGc < 1:1162913‑M1/55‑1 (MQ=255) aaCTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGc < 1:26134036/68‑1 (MQ=255) aaCTAGGTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGc < 1:33530713/68‑1 (MQ=255) aagggagaggtGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTg < 1:5446521‑M1/57‑1 (MQ=255) aGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCCCCTCTCCCTTGCTGAt > 1:28326678/1‑68 (MQ=255) aGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGAt > 1:31846428/1‑68 (MQ=255) ggagaggtGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGAt < 1:3012011‑M1/59‑1 (MQ=255) tACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATgcg < 1:12903199/68‑1 (MQ=255) aCGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATgcgc < 1:30478865/68‑1 (MQ=255) aCGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATgcgc < 1:31644376/68‑1 (MQ=255) aCGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATgcgc < 1:32731338/68‑1 (MQ=255) aCGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATgcgc < 1:31379685/68‑1 (MQ=255) aCGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATgcgc < 1:19944472/68‑1 (MQ=255) aCGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATgcgc < 1:2394270/68‑1 (MQ=255) aCGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATgcgc < 1:17379130/68‑1 (MQ=255) cgccgcGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGcgcg > 1:21687260/1‑68 (MQ=255) cgccgcGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGcgcg > 1:22264542/1‑68 (MQ=255) cgccgcGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGcgcg > 1:26813180/1‑68 (MQ=255) gccgcGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGt > 1:2075479/1‑68 (MQ=255) gccgcGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGt > 1:22695882/1‑68 (MQ=255) gccgcGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGt > 1:24366571/1‑68 (MQ=255) gccgcGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGt > 1:18060647/1‑68 (MQ=255) gccgcGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGt > 1:31147073/1‑68 (MQ=255) gccgcGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGt > 1:33998985/1‑68 (MQ=255) ccgcGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTa > 1:5746939/1‑68 (MQ=255) ccgcGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTa > 1:29027944/1‑68 (MQ=255) ccgcGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTa > 1:8209362/1‑68 (MQ=255) tGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTaa < 1:22523008‑M1/67‑1 (MQ=255) cgcgGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTaa < 1:24158262/68‑1 (MQ=255) cgcgGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTaa < 1:29146265/68‑1 (MQ=255) GCGGCAGCGTTCGATTGTTGGAGTCATGAATGTCGCTTCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAAt > 1:25057269‑M1/1‑68 (MQ=255) GCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAAt > 1:26951981‑M1/1‑68 (MQ=255) GCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAAt > 1:20131551‑M1/1‑68 (MQ=255) GCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGGCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAAt > 1:7242014‑M1/1‑68 (MQ=255) | GGTGATGAACCAGCGAAACTGCTTACGCAACTAACCTTGCTGGCTTCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAAT > CP009273/964752‑964883 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |