| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 4311466 = | 440 (1.050) | 24 (0.070) | 10/94 | NT | 7.4% | coding (48/453 nt) | phnG | ribophosphonate triphosphate synthase subunit |
| ? | CP009273 | 4311493 = | 233 (0.670) | coding (21/453 nt) | phnG | ribophosphonate triphosphate synthase subunit | |||||
Only 100 of 533 total aligned reads displayed.
GCGCGTTCAGGCGTGCTGCCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCAC‑GGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGTGCTCCATAGTGAATTCAATCATGTCGGCGCGCGTCAGGCTG > CP009273/4311426‑4311559 | gcgcGTTCAGGCGTGCTGCCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCAC‑GGACATCCAGTGCTGGCgg > 1:19849822/1‑68 (MQ=255) cgcgTTCAGGCGTGCTGCCAGTTCAGCCTGTTGGCTGAGCGCCAGCAC‑GGACATCCAGTGCTGGCggg > 1:26077810/1‑68 (MQ=255) cgcgTTCAGGCGTGCTGCCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCAC‑GGACATCCAGTGCTGGCggg > 1:7195665/1‑68 (MQ=255) cgcgTTCAGGCGTGCTGCCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCAC‑GGACATCCAGTGCTGGCggg > 1:29181414/1‑68 (MQ=255) cgcgTTCAGGCGTGCTGCCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCAC‑GGACATCCAGTGCTGGCggg > 1:14633377/1‑68 (MQ=255) cgcgTTCAGGCGTGCTGCCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCAC‑GGACATCCAGTGCTGGCggg > 1:5651597/1‑68 (MQ=255) gcgTTCAGGCGTGCTGCCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCAC‑GGACATCCAGTGCTGGCggg > 1:24518203/1‑67 (MQ=255) gcgTTCAGGCGTGCTGCCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCAC‑GGACATCCAGTGCTGGCggg > 1:21132463/1‑67 (MQ=255) gcgTTCAGGCGTGCTGCCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCAC‑GGACATCCAGTGCTGGCggg > 1:20666023/1‑67 (MQ=255) gcgTTCAGGCGTGCTGCCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCAC‑GGACATCCAGTGCTGGCggg < 1:34782684/67‑1 (MQ=255) tCAGGCGTGCTGCCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCAC‑GGACATCCAGTGCTGGCGGGTcgcg < 1:10225560/68‑1 (MQ=255) tCAGGCGTGCTGCCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCAC‑GGACATCCAGTGCTGGCGGGTcgcg < 1:11676408/68‑1 (MQ=255) tCAGGCGTGCTGCCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCAC‑GGACATCCAGTGCTGGCGGGTcgcg < 1:7392384/68‑1 (MQ=255) tCAGGCGTGCTGCCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCAC‑GGACATCCAGTGCTGGCGGGTcgcg < 1:1286488/68‑1 (MQ=255) tCAGGCGTGCTGCCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCAC‑GGACATCCAGTGCTGGCGGGTcgcg < 1:20000613/68‑1 (MQ=255) tctggagcactgaatgcacgcagatcccgcgacccgcccgcactggatggccgggcgggcgGGTcgcg < 1:22792128‑M2/7‑1 (MQ=255) tatggagcactgaatgcacgcagataccgcgacccgccagcactggatgtccgtgcgggcgGGTcgcg < 1:22127637‑M2/7‑1 (MQ=255) cAGGCGTGCTGCCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCAC‑GGACATCCAGTGCTGGCGGGTcgcg < 1:24923516/67‑1 (MQ=255) tggagcactgaatgcacgcagataccgcgacccgccagcactggatggccgtgctggcgGGTCGCGGt < 1:15508135‑M2/9‑1 (MQ=255) tcCGTGCTGCCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCAC‑GGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTa < 1:8387350‑M1/66‑1 (MQ=255) gCGTGCTGCCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCAC‑GGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTa > 1:20239048/1‑67 (MQ=255) gCGTGCTGCCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCAC‑GGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTa > 1:2650101/1‑67 (MQ=255) CGTGCTGCCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCAC‑GGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGt > 1:3880827‑M1/1‑65 (MQ=255) CGTGCTGCCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCAC‑GGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGt > 1:24183044‑M1/1‑65 (MQ=255) CGTGCTGCCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCAC‑GGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGt > 1:6320796‑M1/1‑65 (MQ=255) CGTGCTGCCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCAC‑GGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTa < 1:6099093‑M1/66‑1 (MQ=255) CGTGCTGCCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCAC‑GGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTAt > 1:10746517‑M1/1‑67 (MQ=255) CGTGCTGCCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCAC‑GGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTAt > 1:1309561‑M1/1‑67 (MQ=255) GTGCTGCCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCAC‑GGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCt > 1:8002253‑M1/1‑68 (MQ=255) TGCCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCACTGGATGTCC‑GTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCg > 1:29753239‑M1/1‑67 (MQ=255) TGCCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCAC‑GGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCg > 1:4996120‑M1/1‑67 (MQ=255) TGCCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCAC‑GGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCg > 1:19690836‑M1/1‑67 (MQ=255) TGCCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCAC‑GGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCg > 1:14133185‑M1/1‑67 (MQ=255) TGCCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCAC‑GGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCg > 1:29583822‑M1/1‑67 (MQ=255) TGCCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCAC‑GGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGt < 1:21499602‑M1/68‑1 (MQ=255) TGCCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCAC‑GGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGt < 1:18859062‑M1/68‑1 (MQ=255) GCCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCAC‑GGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTg > 1:13795344‑M1/1‑68 (MQ=255) GCCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCAC‑GGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTg > 1:31823112‑M1/1‑68 (MQ=255) ccAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCAC‑GGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTg < 1:18285506/67‑1 (MQ=255) ccAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCAC‑GGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCATGc > 1:25871642/1‑68 (MQ=255) cAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCAC‑GGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGCa > 1:3199428/1‑68 (MQ=255) atgcacgcagataccgcgaccCGCCAGCAC‑GGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGCa < 1:25227552‑M1/47‑1 (MQ=255) aGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCAC‑GGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGCAt > 1:3515399/1‑68 (MQ=255) ttCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCAC‑GGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTc > 1:14949428/1‑68 (MQ=255) ttCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCAC‑GGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTc > 1:2568637/1‑68 (MQ=255) tCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCAC‑GGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTc < 1:30306067/67‑1 (MQ=255) tCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCAC‑GGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTc < 1:30703518/67‑1 (MQ=255) cgcagataccgcgaccCGCCAGCCC‑GGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAg < 1:17571981‑M1/52‑1 (MQ=255) cGGTTTGCTGTGCTCCAGGAG‑GGAAATCCTGTTCTGGCGGGTAGCTGTATCTGCGTGCATTCAGTGc < 1:7074186/67‑1 (MQ=255) cGGTTGGCTGTGCGCCAGCAC‑GGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGt < 1:20971866/65‑1 (MQ=255) cGGTTGGCTGTGCGCCAGCAC‑GGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGt < 1:26936401/65‑1 (MQ=255) cGGTTGGCTGTGCGCCAGCAC‑GGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGt < 1:32657892/65‑1 (MQ=255) cGGTTGGCTGTGCGCCAGCAC‑GGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGTGc < 1:33649262/67‑1 (MQ=255) cGGTTGGCTGTGCGCCAGCAC‑GGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGTGc < 1:33978301/67‑1 (MQ=255) cGGTTGGCTGTGCGCCAGCAC‑GGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGTGc > 1:6886659/1‑67 (MQ=255) cGGTTGGCTGTGCGCCAGCAC‑GGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGTGc < 1:8908818/67‑1 (MQ=255) cGGTTGGCTGTGCGCCAGCAC‑GGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGTGc < 1:28347718/67‑1 (MQ=255) cGGTTGGCTGTGCGCCAGCAC‑GGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGTGc < 1:28845904/67‑1 (MQ=255) cGGTTGGCTGTGCGCCAGCAC‑GGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGTGc < 1:23595501/67‑1 (MQ=255) cGGTTGGCTGTGCGCCAGCAC‑GGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGTGc > 1:9609166/1‑67 (MQ=255) cGGTGGGCTGTGCGCCAGCAC‑GGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGTGCt < 1:31554873/68‑1 (MQ=255) ggTTGGCTGTGCGCCAGCAC‑GGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGTGCTc < 1:32271836/68‑1 (MQ=255) ggTTGGCTGTGCGCCAGCAC‑GGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGTGCTc < 1:23396397/68‑1 (MQ=255) ataccgcgaccCGCCAGCAC‑GGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGTGCt < 1:3335446‑M1/56‑1 (MQ=255) ttGGCTGTGCGCCAGCAC‑GGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGTGCTcc < 1:10522488/67‑1 (MQ=255) ttGGCTGTGCGCCAGCAC‑GGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTAAGTGCTCCa > 1:32714946/1‑68 (MQ=255) tgggCTGTGCGCCAGCAC‑GGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGGGCATTCAGTGCTcc < 1:15913026/65‑1 (MQ=255) accgcgaccCGCCAGCAC‑GGCCATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCGGCGTGCATTCAGTGCTCCa < 1:55267‑M1/59‑1 (MQ=255) tGGCTGTGCGCCAGCAC‑GGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGTGCTCCAt < 1:4676338/68‑1 (MQ=255) tGGCTGTGCGCCAGCAC‑GGACATCCAGTGCTGGCGGGGCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGTGCTCCAt < 1:13261973/68‑1 (MQ=255) gggCTGTGCGCCAGCAC‑GGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGTGCTCCAt < 1:16418810/67‑1 (MQ=255) ggCTGTGCGCCAGCAC‑GGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGTGCTCCATa > 1:12107616/1‑68 (MQ=255) cTGTGCGCCAGCAC‑GGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGTGCTCCATAg < 1:22672907/67‑1 (MQ=255) gtgCGCCAGCAC‑GGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGTGCTCCATAGTGa < 1:21877797/68‑1 (MQ=255) GCCAGCAC‑GGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGTGCTCCATAGTGAATTc < 1:2257364‑M1/68‑1 (MQ=255) GCCAGCAC‑GGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGTGCTCCATAGTGAATTc < 1:4118429‑M1/68‑1 (MQ=255) GCCAGCAC‑GGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGTGCTCCATAGTGAATTc < 1:31100967‑M1/68‑1 (MQ=255) CAGCAC‑GGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGTGCTCCATAGTGAATTCa > 1:28137779‑M1/1‑67 (MQ=255) AGCAC‑GGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGTGCTCCATAGTGAATTCaa < 1:27372841‑M1/67‑1 (MQ=255) AGCAC‑GGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGTGCTCCATAGTGAATTCaa < 1:7599361‑M1/67‑1 (MQ=255) AC‑GGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGTGCTCCATAGTGAATTCAATCAt < 1:25350441‑M1/68‑1 (MQ=255) AC‑GGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGTGCTCCATAGTGAAGTCAATCAt < 1:10069780‑M1/68‑1 (MQ=255) atgtccgtgctggcgGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGTGCTCCATAGTGAATTCAATCATGTCg > 1:19055084‑M2/16‑67 (MQ=255) atgtccgtgctggcgGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGTGCTCCATAGTGAATTCAATCATGTCg > 1:19433884‑M2/16‑67 (MQ=255) tccgtgctggcgGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGTGCTCCATAGTGAATTCAATCATGTCGgcgc > 1:23204492‑M2/13‑68 (MQ=255) ccAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGTGCTCCATAGTGAATTCAATCATGTCGgcgc > 1:20462825/1‑68 (MQ=255) aGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGTGCTCCATAGTGAATTCAATCATGTCGgcgcgc > 1:24660028/1‑68 (MQ=255) gtgctggcgGGGCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGTGCTCCATAGTGAATTCAATCATGTCGGcgcgcg < 1:27675184‑M2/59‑1 (MQ=255) tgctggcgGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGTGCTCCATAGTGAATTCAATCATGTCGGcgcgcg > 1:17687245‑M2/9‑67 (MQ=255) tgctggcgGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGTGCTCCATAGTGAATTCAATCATGTCGGcgcgcg > 1:13554996‑M2/9‑67 (MQ=255) tgctggcgGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGTGCTCCATAGTGAATTCAATCATGTCGGcgcgcg > 1:6613454‑M2/9‑67 (MQ=255) tgctggcgGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGTGCTCCATAGTGAATTCAATCATGTCGGcgcgcg > 1:1725709‑M2/9‑67 (MQ=255) tgctggcgGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGTGCTCCATAGTGAATTCAATCATGTCGGcgcgcg > 1:8224565‑M2/9‑67 (MQ=255) ctggcgGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGTGCTCCATAGTGAATTCAATAATGTCGGCGCGCGTCa > 1:29906935‑M2/7‑68 (MQ=255) ggcgGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGTGCTCCATAGTGAATTCAATCATGTCGGCGCGCGTCAgg < 1:26368383‑M2/64‑1 (MQ=255) cgGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGTGCTCCATAGTGAATTCAATCATGTCGGCGCGCGTCAg > 1:16823905‑M2/3‑65 (MQ=255) cgGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGTGCTCCATAGTGAATTCAATCATGTCGGCGCGCGTCAg > 1:7781098‑M2/3‑65 (MQ=255) gGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGTGCTCCATAGTGAATTCAATCATGTCGGCGCGCGTCAGGCTg > 1:11517246‑M2/2‑68 (MQ=255) gGGGCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGTGCTCCATAGTGAATTCAATCATGTCGGCGCGCGTCAGGCt < 1:9272389‑M2/66‑1 (MQ=255) ggTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGTGCTCCATAGTGAATTCAATCATGTCGGCGCGCGTCAGGCTg > 1:34247522/1‑67 (MQ=255) | GCGCGTTCAGGCGTGCTGCCAGTTCAGCCGGTTGGCTGTGCGCCAGCAC‑GGACATCCAGTGCTGGCGGGTCGCGGTATCTGCGTGCATTCAGTGCTCCATAGTGAATTCAATCATGTCGGCGCGCGTCAGGCTG > CP009273/4311426‑4311559 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |