| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 3375198 = | 314 (0.750) | 25 (0.070) | 8/94 | NT | 9.4% | coding (1097/1368 nt) | degQ | serine endoprotease, periplasmic |
| ? | CP009273 | 3375228 = | 217 (0.620) | coding (1127/1368 nt) | degQ | serine endoprotease, periplasmic | |||||
Only 100 of 550 total aligned reads displayed.
GTAGAAGTGACGCTCGATACCAGCACCTCTTCGTCGGCCAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGCTAAAAGATGGCGGCAAAGGTATTAAAATCGATGAAGTTGTC > CP009273/3375161‑3375295 | gTAGAAGTGACGCTCGATACCAGCACCTCTTCGTCGGCCAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGa > 1:31770229/1‑68 (MQ=255)gTAGAAGTGACGCTCGATACCAGCACCTCTTCGTCGGCCAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGa > 1:14129919/1‑68 (MQ=255) catcttttagctgaccatcgcgcaacgttgcaccttccagcgctggcgtgatcatttcagcgctggaa < 1:23675759‑M2/2‑1 (MQ=255) atcttttagctgaccatcgctcaacgttgcaccttccagcgcgggcgggatcatttcagcgctggAAg < 1:8547450‑M2/3‑1 (MQ=255) gAAGAGACGCTCGATACCACCACCTCAACCACCGCCAGCGCTGAAAAGATCACCCCAGCGCTGGTAgg > 1:18667980/1‑68 (MQ=255) cttttagctgaccatcgctcaacgttgcaccttccagcgctggcgtgatcatttcagcgctggAAGGt < 1:18963042‑M2/5‑1 (MQ=255) aGTGACGCTCGATACCAGCACCTCTTCGTCGGCCAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGt > 1:5802067/1‑67 (MQ=255) aGTGACGCTCGATACCAGCACCTCTTCGTCGGCCAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGt < 1:17643198/67‑1 (MQ=255) aGTGACGCTCGATACCAGCACCTCTTCGTCGGCCAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGt > 1:3941361/1‑67 (MQ=255) aGTGACGCTCGATACCAGCACCTCTTCGTCGGCCAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGt < 1:10101200/67‑1 (MQ=255) aGTGACGCTCGATACCAGCACCTCTTCGTCGGCCAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGt < 1:6640597/67‑1 (MQ=255) aGTGACGCTCGATACCAGCACCTCTTCGTCGGCCAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGt < 1:12155720/67‑1 (MQ=255) aGTGACGCTCGATACCAGCACCTCTTCGTCGGCCAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGt < 1:8501276/67‑1 (MQ=255) aGTGACGCTCGATACCAGCACCTCTTCGTCGGCCAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGt > 1:26796783/1‑67 (MQ=255) aGTCACGCGCGATACAATCACCTCTTCGTCGGCCAGCTCTGAAATGATCACGCCAGCGCTTGAAGGt < 1:20278161/67‑1 (MQ=255) gTGACGCTCGATACCAGCACCTCTTCGTCGGCCAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGc > 1:2201410/1‑68 (MQ=255) tGACGCTCGATACCAGCACCTCTTCGTCGGCCAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCa > 1:33475074/1‑68 (MQ=255) agctgaccatcgctcaacgttgcacctcccagcgctggcgtgatcatttcagcgctggAAGGTGCAAc < 1:29725990‑M2/10‑1 (MQ=255) agcggaccatcgctcaacgttgcaccttccagcgctggcgtgatcatttcagcgctggAAGGTGCAAc < 1:6830446‑M2/10‑1 (MQ=255) cGCTCGATACCAGCACCTCTTCGTCGGCCAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAAc < 1:32180418/67‑1 (MQ=255) cGCTCGATACCAGCACCTCTTCGTCGGCCAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAAc < 1:30860500/67‑1 (MQ=255) cGCTCGATACCAGCACCTCTTCGTCGGCCAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAAc < 1:5439867/67‑1 (MQ=255) gCTCGATACCAGCACCTCTTCGTCGGCCAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGt > 1:25464112/1‑68 (MQ=255) gCTCGATACCAGCACCTCATCGTCGGCCAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGt < 1:9519113/68‑1 (MQ=255) ctgaccatcgctcaacgttgcaccgtCCAGCGCTGAAATGATCACGGCCGCGCTGGAAGGTGCAAcgg < 1:8081083‑M1/42‑2 (MQ=255) tgaccatcgctcaacgttgcaccttccagcgctggcgtgatcatttcagcgctggAAGGTGCAACGtt < 1:12527141‑M2/13‑1 (MQ=255) tgaccatcgctcaacgttgcaccttccagcgctggcgtgatcatttcagcgctggAAGGTGCAACGt < 1:6000833‑M2/12‑1 (MQ=255) cGATACCAGCACCTCTTCGTCGGCCAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGa < 1:14852212/68‑1 (MQ=255) aGCACCTCTTCGTCGGCCAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCCACGTTGCGCGATgg > 1:16918990/1‑68 (MQ=255) aGCACCTCTTCGTCGGCCAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATgg > 1:32647671/1‑68 (MQ=255) cACCTCTTCGTCGGCCAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTc > 1:18793305/1‑68 (MQ=255) cACCTCTTCGTCGGCCAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTc > 1:3525042/1‑68 (MQ=255) aCCTCTTCGTCGGCCAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCa > 1:14545290/1‑68 (MQ=255) aCCTCTTCGTCGGCCAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCa > 1:24010440/1‑68 (MQ=255) aCCTCTTCGTCGGCCAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCa > 1:15707082/1‑68 (MQ=255) ccTCTTCGTCGGCCAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCa > 1:33137593/1‑67 (MQ=255) ccTCTTCGTCGGCCAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCa > 1:29012768/1‑67 (MQ=255) acgttgcaccttccagcgctggcgtgatcatttcaccgctggAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAg < 1:17256926‑M2/26‑1 (MQ=255) acgttgcaccttCCAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCGGGAAGGTGCCACGTTGAGCGATGGTCa < 1:19695634‑M1/55‑1 (MQ=255) ctctTCGTCGGCCAGCGCTTAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGc < 1:18400278/68‑1 (MQ=255) ctctTCGTCGGCCAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGc < 1:27705835/68‑1 (MQ=255) ctctCCGTCGGCCAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGc < 1:16011641/68‑1 (MQ=255) cgttgcaccttcccgcgctggcgtgatcatttcagcgctggAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGc < 1:15398657‑M2/27‑1 (MQ=255) cgttgcaccttccagcgctggcgtgatcatttcagcgctggAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGc < 1:26626785‑M2/27‑1 (MQ=255) cgttgcaccttCCAGCGCTGAAATGATCCCGCCAGCGCGGGAAGGTGCAACGTTGGGCGCTGGTCa < 1:25004757‑M1/55‑1 (MQ=255) cgttccaccttcccgcgctggcgtcatcatagcagcgctggAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGc < 1:11136902‑M2/27‑1 (MQ=255) gttgcaccttCCAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCGGGAAGGTGCAACGTTGAGCGAGGGTCAGCt < 1:13642388‑M1/58‑1 (MQ=255) ttCGTCGGCCAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGCTaa < 1:28093794/68‑1 (MQ=255) gtcgGCCAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGCTAAAAg < 1:5649408/68‑1 (MQ=255) ggcgGCCAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGCTAAAAg < 1:27490753/66‑1 (MQ=255) accttCCAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTGAGCTAAAAg < 1:33897040‑M1/63‑1 (MQ=255) accttCCAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGCTAAAAg < 1:34607019‑M1/63‑1 (MQ=255) accttCCAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGCGAAAAg < 1:24774762‑M1/63‑1 (MQ=255) accttCCAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGGTGAGCGATGGTCAGCTAAAAg < 1:26241099‑M1/63‑1 (MQ=255) CCAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGCTAAAAGATggc < 1:11553858‑M1/68‑1 (MQ=255) CAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGCTAAAAGATggcg > 1:10382338‑M1/1‑68 (MQ=255) GCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGCTAAAAGATggcggc < 1:347040‑M1/68‑1 (MQ=255) GCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGCTAAAAGATggcggc < 1:22885911‑M1/68‑1 (MQ=255) GCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGTAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGCTAAAAGATGGCGGCaa < 1:9282442‑M1/68‑1 (MQ=255) GCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGCTAAAAGATGGCGGCaa < 1:6190014‑M1/68‑1 (MQ=255) GCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGCTAAAAGATGGCGGCaa < 1:13116622‑M1/68‑1 (MQ=255) GCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGCTAAAAGATGGCGGCaa < 1:33742192‑M1/68‑1 (MQ=255) GCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGCTAAAAGATGGCGGCaa < 1:30620655‑M1/68‑1 (MQ=255) GCTGAAATGATCACGCCAGCGCGGGAAGGTGCAACCTAGAGCGATGGTCAGCTAAAAGATGGCGGCaa < 1:21368305‑M1/68‑1 (MQ=255) aaTGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGCTAAAAGATGGCGGCAAAGGt < 1:8868251/67‑1 (MQ=255) aaTGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGCTAAAAGATGGCGGCAAAGGTa < 1:19913675/68‑1 (MQ=255) aaTGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGCTAAAAGATGGCGGCAAAGGTa > 1:16515164/1‑68 (MQ=255) aaTGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGCTAAAAGATGGCGGCAAAGGTa > 1:20493661/1‑68 (MQ=255) aaTGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGCTAAAAGATGGCGGCAAAGGTa < 1:21657299/68‑1 (MQ=255) aaTGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGCTAAAAGATGGCGGCAAAGGTa > 1:26856873/1‑68 (MQ=255) aaTGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGCTAAAAGATGGCGGCAAAGGTa < 1:2945228/68‑1 (MQ=255) tGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCGACGTTGAGCGATGGTCAGCGAAAAGATGGCGGCAAAGGTAtt > 1:23410987/1‑68 (MQ=255) tGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGCTAAAAGATGGCGGCAAAGGTAtt > 1:29152533/1‑68 (MQ=255) gATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGCTAAAAGATGGCGGCAAAGGTATTa > 1:19469628/1‑68 (MQ=255) gATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGAGGGTCAGCTAAAAGATGGCGGCAAAGGTATTa > 1:23124789/1‑68 (MQ=255) tCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGCTAAAAGATGGCGGCAAAGGTATTaaa < 1:1526014/68‑1 (MQ=255) tCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGCTAAAAGATGGCGGCAAAGGTATTaaa > 1:10951665/1‑68 (MQ=255) tCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGCTAAAAGATGGCGGCAAAGGTATTaaa > 1:8231925/1‑68 (MQ=255) tCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGCTAAAAGATGGCGGCAAAGGTATTaaa > 1:11840952/1‑68 (MQ=255) tCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGCTAAAAGATGGCGGCAAAGGTATTaaa > 1:31517666/1‑68 (MQ=255) tCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGCTAAAAGATGGCGGCAAAGGTATTaaa < 1:20887864/68‑1 (MQ=255) gCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGCTAAAAGATGGCGGCAAAGGTATTAAAATCg < 1:12459386/68‑1 (MQ=255) ccAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGCTAAAAGATGGCGGCAAAGGTATTAAAATCGa > 1:25789817/1‑68 (MQ=255) ccAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGCTAAAAGATGGCGGCAAAGGTATTAAAATCGa > 1:22469272/1‑68 (MQ=255) ccAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGCTAAAAGATGGCGGCAAAGGTATTAAAATCGa > 1:28352720/1‑68 (MQ=255) ccAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGCTAAAAGATGGCGGCAAAGGTATTAAAATCGa > 1:7825991/1‑68 (MQ=255) ccAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGCTAAAAGATGGCGCCAAAGGTATTAAAATCGa > 1:18089619/1‑68 (MQ=255) ccAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGATAAAAGATGGCGGCAAAGGTATTAAAATCGa > 1:30072071/1‑68 (MQ=255) 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aaGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGCTAAAAGATGGCGGCAAAGGTATTAAAATCGATGAAGTTGTc > 1:34326651/1‑68 (MQ=255) aaGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGCTAAAAGATGGCGGCAAAGGTATTAAAATCGATGAAGTTGTc > 1:4924826/1‑68 (MQ=255) | GTAGAAGTGACGCTCGATACCAGCACCTCTTCGTCGGCCAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGCTAAAAGATGGCGGCAAAGGTATTAAAATCGATGAAGTTGTC > CP009273/3375161‑3375295 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |