| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | = 2749471 | 330 (0.740) | 18 (0.050) | 8/90 | NT | 7.2% | intergenic (+734/‑47) | smpB/intA | trans‑translation protein/CP4‑57 prophage; integrase |
| ? | CP009273 | = 2749488 | 200 (0.560) | intergenic (+751/‑30) | smpB/intA | trans‑translation protein/CP4‑57 prophage; integrase | |||||
Only 100 of 210 total aligned reads displayed.
GTGCCCTCAATTTGTCCCGCGAAGTCCGAAGAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAGGCCCAACG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP009273/2749394‑2749471‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑taggcccaacgTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGTTCTCT < CP009273/2749488‑2749423 GTGCCCTCAATTTGTCCCGCGAAGTCCGAAGAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCACATTGAT > 1:63548/1‑68 GCCCTCAATTTGTCCCGCGAAGTCCGAAGAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAG > 1:30766975/1‑68 GCCCTCAATTTGTCCCGCGAAGTCCGAAGAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAG > 1:27570430/1‑68 GCCCTCAATTTGTCCCGCGAAGTCCGAAGAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAG > 1:37065577/1‑68 CCCTCAATTTGTCCCGCGAAGTCCGAAGAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAG > 1:36903636/1‑67 CCTCAATTTGTCCCGCGAAGTCCGAAGAGAACTAATTAAATCCTAACCTTTTAGGCCCATTGATAGGC < 1:16108194/68‑1 CCTCAATTTGTCCCGCGAAGTCCGAAGAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAGGC < 1:9829699/68‑1 CCTCAATTTGTCCCGCGAAGTCCGAAGAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAGGC < 1:17269123/68‑1 CCTCAATTTGTCCCGCGAAGTCCGAAGAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAGGC < 1:20086158/68‑1 CCTCAATTTGTCCCGCGAAGTCCGAAGAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAGGC < 1:3106477/68‑1 CCTCAATTTGTCCCGCGAAGTCCGAAGAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAGGC < 1:32593161/68‑1 CCTCAATTTGTCCCGCGAAGTCCGAAGAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAGGC < 1:32955446/68‑1 CCTCAATTTGTCCCGCGAAGTCCGAAGAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAGGC < 1:14387390/68‑1 CCTCAATTTGTCCCGCGAAGTCCGAAGAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAGGC < 1:14153949/68‑1 CCTCAATTTGTCCCGCGAAGTCCGAAGAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAGGC < 1:13479563/68‑1 CCTCAATTTGTCCCGCGAAGTCCGAAGAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAGGC < 1:34643945/68‑1 CCTCAATTTGTCCCGCGAAGTCCGAAGAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAGGC < 1:36016258/68‑1 CCTCAATTTGTCCCGCGAAGTCCGAAGAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAGGC < 1:27146754/68‑1 CCTCAATTTGTCCCGCGAAGTCCGAAGAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAGGC < 1:8732225/68‑1 CCTCAATTTGTCCCGCGAAGTCCGAAGAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAGGC < 1:8886433/68‑1 CCTCAATTTGTCCCGCGAAGTCCGAAGAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAGG < 1:29682472/67‑1 CCTCAATTTGTCCCGCGAAGTCCGAAGAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAGG < 1:29210638/67‑1 CCTCAATCTGTCCCGCGAAGTCCGAAGAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAGG < 1:21645000/67‑1 ATTTGTCCCGCGAAGTCCGAAGAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAGGCCCAAC > 1:25675810/1‑68 ATTTGTCCCGCGAAGTCCGAAGAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAGGCCCAAC > 1:27844961/1‑68 ATTTGTCCCGCGAAGTCCGAAGAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAGGCCCAAC < 1:23320446/68‑1 ATTTGTCCCGCGAAGTCCGAAGAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAGGCCCAAC < 1:23572653/68‑1 ATTTGTCCCGCGAAGTCCGAAGAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAGGCCCAAC > 1:18286576/1‑68 ATTTGTCCCGCGAAGTCCGAAGAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAGGCCCAAC < 1:16863540/68‑1 ATTTGTCCCGCGAAGTCCGAAGAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAGGCCCAAC > 1:9697569/1‑68 TTTGTCCCGCGAAGTCCGAAGAGAACTAATTAACTCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAGGCCCAACG > 1:3785055/1‑68 TTTGTCCCGCGAAGTCCGAAGAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAGGCCCAACG > 1:28811128/1‑68 CTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAGGCCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGC < 1:4829436/68‑1 TCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAGGCCCAACGTAACCAATAGCGCTTTTGGTTGGGGCTGTCAATG > 1:28124930/1‑68 GGCCCATTGATAGGCCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTTAAAGGT > 1:25286696/1‑67 GGCCCATTGATAGGCCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGT > 1:10069689/1‑67 GGCCCATTGATAGGCCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGT > 1:6789717/1‑67 CCCATTGATAGGCCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCG > 1:15544512/1‑68 CCCATTGATAGGCCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCG > 1:11367823/1‑68 TGATAGGCCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTT > 1:27445883/1‑68 TAGGCCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAAT > 1:30929386/1‑68 TAGGCCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAAT > 1:29953344/1‑68 AGGCCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATT < 1:23008838/68‑1 AGGCCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATT > 1:13412903/1‑68 AGGCCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATT > 1:495957/1‑68 AGGCCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATT < 1:30148612/68‑1 AGGCCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATT > 1:18909734/1‑68 GGCCCAACGTAAACAATAGATCTTTTCGTTGGGCCTATCAATTGGCGTAAAAGGTTCGGATTTAATTA > 1:30794142/1‑68 GGCCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTA > 1:30970205/1‑68 GGCCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTA > 1:8456707/1‑68 GGCCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTA > 1:20620019/1‑68 GCCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAG > 1:2418743/1‑68 GCCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAG > 1:14497202/1‑68 GCCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAG > 1:33457664/1‑68 GCCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAG > 1:17410745/1‑68 GCCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAG > 1:11527479/1‑68 GCCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAG > 1:26415984/1‑68 GCCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAG > 1:26178528/1‑68 GCCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAG > 1:25834298/1‑68 GCCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAG > 1:22702402/1‑68 GCCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAG > 1:10749075/1‑68 CCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGT > 1:12226399/1‑68 CCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGT > 1:36660009/1‑68 CCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGT > 1:36259924/1‑68 CCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGT > 1:37133326/1‑68 CCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGT > 1:3532759/1‑68 CCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGT > 1:34968108/1‑68 CCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGT > 1:34525825/1‑68 CCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGT > 1:24568127/1‑68 CCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGT > 1:31184946/1‑68 CCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGT > 1:28565201/1‑68 CCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGT > 1:16451434/1‑68 CCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGT > 1:10238676/1‑67 CCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGT < 1:11346566/67‑1 CCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGT > 1:21789269/1‑67 CCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGT > 1:20817482/1‑67 CCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGT > 1:12334509/1‑67 CCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGT < 1:16246795/67‑1 CCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGT > 1:10940691/1‑67 CCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGT < 1:26878122/67‑1 CCAACGTAAACAATAGACCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGT < 1:31540323/67‑1 ACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAACGGTTCGGATTTAATTAGTTCTC < 1:10910450/68‑1 ACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGTTCTC < 1:6492195/68‑1 ACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGTTCTC < 1:24811673/68‑1 ACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGTTCTC < 1:391910/68‑1 ACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGTTCTC < 1:22375340/68‑1 ACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGTTCTC < 1:4592312/68‑1 ACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGTTCTC < 1:4086888/68‑1 ACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGTTCTC < 1:1470906/68‑1 ACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGTTCTC < 1:36831179/68‑1 ACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGTTCTC < 1:13265794/68‑1 ACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGTTCTC < 1:15782779/68‑1 ACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGTTCTC < 1:14832273/68‑1 ACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGTTCTC < 1:31921186/68‑1 CGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGTTCTCT > 1:11387157/1‑68 CGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGTTCTCT < 1:5050351/68‑1 CGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGTTCTCT > 1:5518147/1‑68 CGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGTTCTCT > 1:7427123/1‑68 CGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGTTCTCT > 1:33816935/1‑68 CGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGTTCTCT > 1:10672149/1‑68 GTGCCCTCAATTTGTCCCGCGAAGTCCGAAGAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAGGCCCAACG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP009273/2749394‑2749471‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑taggcccaacgTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGTTCTCT < CP009273/2749488‑2749423 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |