| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 4334630 = | NA (NA) | 6 (0.020) | 5/94 | NT | NA | intergenic (+23/+116) | melB/yjdF | melibiose:sodium symporter/DUF2238 family inner membrane protein |
| ? | CP009273 | 4334659 = | NA (NA) | noncoding (28/95 nt) | RIP327 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 2 REP sequences and 1 IHF site | RIP327 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 2 REP sequences and 1 IHF site | |||||
Only 100 of 1051 total aligned reads displayed.
CATGCTGATATTCCGGTCGGTGCAGTGAGTGATGTGAAAGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACGTCTTAATGTAATGCTTTGGATTTGCAAATTTTGTAGA > CP009273/4334563‑4334697 | ccggatgcggcgtgaattccttatccggtctacaaaatttgcaaatccaaagcattacattaagacgt < 1:13748855‑M1/1‑1 (MQ=255)ccggatgcggcgtgaattccttatccggtctacaaaatttgcaaatccaaagcattacattaagacgt < 1:16688998‑M1/1‑1 (MQ=255) tGCTGATATTCCGGTCGGTGCAGTGAGTGATGTGAAAGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATgg < 1:24582205/68‑1 (MQ=255) ggatgcggcgtgaattccttatccggtctacaaaatttgcaaatccaaagcattacattaagacgTgg > 1:20029793‑M1/66‑68 (MQ=255) cTGATATTCCGGTCGGTGCAGTGAGTGATGTGAAAGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATgg > 1:5398607/1‑66 (MQ=255) cTGATATTCCGGTCGGTGCAGTGAGTGATGTGAAAGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATgg > 1:4698473/1‑66 (MQ=255) atgcggcgtgaattccttatccggtctacaaaatttgcaaatccaaagcattacattaagacgTgg < 1:33328880‑M1/3‑1 (MQ=255) atgcggcgtgaattccttatccggtctacaaaatttgcaaatccaaagcattacattaagacgTGGc > 1:23737162‑M1/64‑67 (MQ=255) tgcggcgtgaattccttatcgggtctacaaaatttgcaaatccaaagcattacattaagacgTGGCCt > 1:34670490‑M1/63‑68 (MQ=255) cggcgtgaattccttatccggtctacaaaatttgcaaatccaaagcattacattaagacgTGGCCTGa < 1:21189514‑M1/8‑1 (MQ=255) tatTCCGGTCGGTGCAGTGAGTGATGTGAAAGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGa < 1:5025855/67‑1 (MQ=255) ggcgtgaattccttatccggtctacaaaatttgcaaatccaaagcattacattaagacgTGGCCTGa > 1:30120264‑M1/60‑67 (MQ=255) ggcgtgaattccttatccggtctacaaaatttgcaaatccaaagcattacattaagacgTGGCCTGa > 1:22422401‑M1/60‑67 (MQ=255) ggcgtgaattccttatccggtctacaaaatttgcaaatccaaagcattacattaagacgTGGCCTGa > 1:33571746‑M1/60‑67 (MQ=255) ggcgtgaattccttatccggtctacaaaatttgcaaatccaaagcattacattaagacgTGGCCTGa > 1:35388378‑M1/60‑67 (MQ=255) atTCCGGTCGGTGCAGTGAGTGATGTGAAAGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGAt > 1:4138459/1‑67 (MQ=255) atTCCGGTCGGTGCAGTGAGTGATGAGAAAGCCTGACGTGGCCAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATg < 1:1258579/68‑1 (MQ=255) ttCCGGTCGGTGCAGTGAGTGATGTGAAAGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGc < 1:34017871/68‑1 (MQ=255) ttCCGGTCGGTGCAGTGAGTGATGTGAAAGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGc < 1:29975726/68‑1 (MQ=255) tCCGGTCGGTGCAGTGAGTGATGTGAAAGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCg > 1:36192054/1‑68 (MQ=255) tCCGGTCGGTGCAGTGAGTGATGTGAAAGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCg > 1:31365307/1‑68 (MQ=255) tCCGGTCGGTGCAGTGAGTGATGTGAAAGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCg > 1:6204170/1‑68 (MQ=255) tCCGGTCGGTGCAGTGAGTGATGTGAAAGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCg > 1:36421370/1‑68 (MQ=255) tCCGGTCGGTGCAGTGAGTGATGTGAAAGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCg > 1:34355186/1‑68 (MQ=255) tCCGGTCGGTGCAGTGAGTGATGTGAAAGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCg > 1:4508004/1‑68 (MQ=255) tCCGGTCGGTGCAGTGAGTGATGTGAAAGCCAGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCg > 1:16021287/1‑68 (MQ=255) tCCGGTCGGTACAGTGAGTGATGTGAAAGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCg > 1:24823111/1‑68 (MQ=255) ccGGTCGGTGCAGTGAGTGATGTGAAAGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGa < 1:30669975/68‑1 (MQ=255) ggtcggtGCAGTGAGTGATGTGAAAGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGata < 1:25635710/68‑1 (MQ=255) tcggtGCAGTGAGTGATGTGAAAGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGatat < 1:14947087/67‑1 (MQ=255) tcggtGCAGTGAGTGATGTGAAAGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGatat < 1:22780681/67‑1 (MQ=255) tcggtGCAGTGAGTGATGTGAAAGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATg > 1:18588166/1‑68 (MQ=255) tcggtGCAGTGAGTGATGTGAAAGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATg > 1:32081049/1‑68 (MQ=255) cggtGCAGTGATTGATGTGAAAGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGt < 1:3309922/68‑1 (MQ=255) cggtGCAGTGAGTGATGTGAAAGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGt < 1:27813200/68‑1 (MQ=255) cggtGCAGTGAGTGATGTGAAAGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGt < 1:1152667/68‑1 (MQ=255) cggtGCAGTGAGTGATGTGAAAGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGt < 1:29696151/68‑1 (MQ=255) tgagtgaTGTGAAAGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAg > 1:11276504/1‑67 (MQ=255) gagtgaTGTGAAAGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAgg < 1:28912125/67‑1 (MQ=255) gagtgaTGTGAAAGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAgg > 1:30265861/1‑67 (MQ=255) gagtgaTGTGAAAGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAgg > 1:866216/1‑67 (MQ=255) gagtgaTGTGAAAGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAgg < 1:27048046/67‑1 (MQ=255) gagtgaTGTGAAAGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAgg > 1:22025932/1‑67 (MQ=255) gagtgaTGTGAAAGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAgg > 1:19167136/1‑67 (MQ=255) gagtgaTGTGAAAGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAgg > 1:1319498/1‑67 (MQ=255) gagtgaTGTGAAAGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAgg < 1:6594340/67‑1 (MQ=255) gagtgaTGTGAAAGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAg < 1:27526888/66‑1 (MQ=255) gagtgaTGTGAAAGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGc > 1:35776147/1‑68 (MQ=255) gaTGTGAAAGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCat < 1:36691803/67‑2 (MQ=255) gaTGTGAAAGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCAc < 1:31856320/67‑1 (MQ=255) gaTGTGAAAGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCAc < 1:20608711/67‑1 (MQ=255) gaTGTGAAAGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACg < 1:20332628/68‑1 (MQ=255) gaTGTGAAAGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACg < 1:7323211/68‑1 (MQ=255) tgtgAACGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACGTc < 1:19543005/68‑1 (MQ=255) tgtgAACGACTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACGTc < 1:20781403/68‑1 (MQ=255) tgtgAAAGCCTGACGTGGACTATTGCTAAGGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACGtg < 1:10394701/68‑2 (MQ=37) tgtgAAAGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCAcat < 1:19803909/67‑3 (MQ=255) tgtgAAAGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACGt < 1:96376/67‑1 (MQ=255) tgtgAAAGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACGt < 1:8036065/67‑1 (MQ=255) tgtgAAAGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACGt < 1:15304683/67‑1 (MQ=255) tgtgAAAGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACGt < 1:24326667/67‑1 (MQ=255) tgtgAAAGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACGt < 1:2346584/67‑1 (MQ=255) tgtgAAAGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACGt < 1:35022581/67‑1 (MQ=255) tgtgAAAGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACGTc < 1:17376781/68‑1 (MQ=255) tgtgAAAGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACGTc < 1:838972/68‑1 (MQ=255) tgtgAAAGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACGTc < 1:7679766/68‑1 (MQ=255) tgtgAAAGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACGTc < 1:5871284/68‑1 (MQ=255) tgtgAAAGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACGTc < 1:37076739/68‑1 (MQ=255) tgtgAAAGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACGTc < 1:16347284/68‑1 (MQ=255) tgtgAAAGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACGTc < 1:18152259/68‑1 (MQ=255) tgtgAAAGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACGTc < 1:18762623/68‑1 (MQ=255) tgtgAAAGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACGTc < 1:28514284/68‑1 (MQ=255) tgtgAAAGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACGTc < 1:23063726/68‑1 (MQ=255) tgtgAAAGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACGTc < 1:28211393/68‑1 (MQ=255) tgtgAAAGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACGTc < 1:21618627/68‑1 (MQ=255) gtgAAAGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACGTCt > 1:2625262/1‑68 (MQ=255) gtgAAAGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACGTCt > 1:1768102/1‑68 (MQ=255) gtgAAAGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACGTCt > 1:26071871/1‑68 (MQ=255) gAAAGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACGTCTta > 1:17058514/1‑68 (MQ=255) aaGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACGTCTtaat < 1:14660780/68‑1 (MQ=255) aaGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACGTCTtaat < 1:10000521/68‑1 (MQ=255) aaGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACGTCTtaat < 1:10717192/68‑1 (MQ=255) aaGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACGTCTtaat < 1:6879867/68‑1 (MQ=255) aaGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACGTCTtaat < 1:25205519/68‑1 (MQ=255) aaGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACGTCTtaat < 1:32432708/68‑1 (MQ=255) gCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACGTCTtaatgt > 1:15750476/1‑68 (MQ=255) gCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACGTCTtaatgt > 1:12000157/1‑68 (MQ=255) ccTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACGTCTtaatgta > 1:9245492/1‑68 (MQ=255) ccTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACGTCTtaatgta > 1:26584082/1‑68 (MQ=255) ccTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGACTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACGTCTtaatgta > 1:33855212/1‑68 (MQ=255) cGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACGTCTTAATGTAATGCt > 1:29203962/1‑68 (MQ=255) aCAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACGTCTTAATGTAATGCTTTGGa > 1:12288128/1‑68 (MQ=255) aTAGCTAACGAAAATGGCCTGAGGCGATATGTTTATCAGGCCACGTCTTAATGTAATGCTTTGGAttt > 1:31021006/1‑68 (MQ=255) aGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACGTCTTAATGTAATGCTTTGGATTTGc > 1:327104/1‑68 (MQ=255) aGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACGTCTTAATGTAATGCTTTGGATTTGc > 1:8944516/1‑68 (MQ=255) gCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACGTCTTAATGTAATGCTTTGGATTTGCa > 1:13426736/1‑68 (MQ=255) cGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACGTCTTAATGTAATGCTTTGGATTTGCAAAttt < 1:19340731/68‑1 (MQ=255) cGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACGTCTTAATGTAATGCTTTGGATTTGCAAAttt < 1:15471224/68‑1 (MQ=255) gAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACGTCTTAATGTAATGCTTTGGATTTGCAAAtttt < 1:14190153/68‑1 (MQ=255) gacgTGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACGTCTTAATGTAATGCTTTGGATTTGCAAATTTTg < 1:32277271‑M1/64‑1 (MQ=255) | CATGCTGATATTCCGGTCGGTGCAGTGAGTGATGTGAAAGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACGTCTTAATGTAATGCTTTGGATTTGCAAATTTTGTAGA > CP009273/4334563‑4334697 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |