| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 4334630 = | NA (NA) | 6 (0.020) | 5/94 | NT | NA | intergenic (+23/+116) | melB/yjdF | melibiose:sodium symporter/DUF2238 family inner membrane protein |
| ? | CP009273 | 4334659 = | NA (NA) | noncoding (28/95 nt) | RIP327 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 2 REP sequences and 1 IHF site | RIP327 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 2 REP sequences and 1 IHF site | |||||
Only 100 of 839 total aligned reads displayed.
TGATGTGAAAGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACGTCTTAATGTAATGCTTTGGATTTGCAAATTTTGTAGACCGGATAAGGAATTCACGCCGCATCCGG > CP009273/4334592‑4334725 | taTGTGAAAGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACg < 1:23598205/67‑1 (MQ=255) gttgtgAAAGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACg < 1:17463105/66‑1 (MQ=255) gaTGTGAAAGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACg < 1:33163430/68‑1 (MQ=255) gaTGTGAAAGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACg > 1:664979/1‑68 (MQ=255) gaTGTGAAAGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACg < 1:15633708/68‑1 (MQ=255) gaTGTGAAAGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACg < 1:34375400/68‑1 (MQ=255) tgtgAAAGCCTGCCGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACGTc < 1:35929119/68‑1 (MQ=255) tgtgAAAGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACGt < 1:35022581/67‑1 (MQ=255) tgtgAAAGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACGt < 1:22196249/67‑1 (MQ=255) tgtgAAAGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACGt < 1:22458822/67‑1 (MQ=255) tgtgAAAGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACGt < 1:18681929/67‑1 (MQ=255) tgtgAAAGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACGt < 1:26421422/67‑1 (MQ=255) tgtgAAAGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACGt < 1:14195695/67‑1 (MQ=255) tgtgAAAGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACGt < 1:85315/67‑1 (MQ=255) tgtgAAAGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACGt < 1:13710913/67‑1 (MQ=255) tgtgAAAGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACGt < 1:9202958/67‑1 (MQ=255) tgtgAAAGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACGt < 1:11390494/67‑1 (MQ=255) tgtgAAAGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACGt < 1:31242143/67‑1 (MQ=255) tgtgAAAGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACGTc < 1:33884506/68‑1 (MQ=255) tgtgAAAGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACGTc < 1:627889/68‑1 (MQ=255) tgtgAAAGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACGTc < 1:20729691/68‑1 (MQ=255) tgtgAAAGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACGTc < 1:5922839/68‑1 (MQ=255) tgtgAAAGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACGTc < 1:20288908/68‑1 (MQ=255) tgtgAAAGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACGTc < 1:1056982/68‑1 (MQ=255) tgtgAAAGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACGTc < 1:31555094/68‑1 (MQ=255) tgtgAAAGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACGTc < 1:23264985/68‑1 (MQ=255) tgtgAAAGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACGTc < 1:12234319/68‑1 (MQ=255) tgtgAAAGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACGTc < 1:24718878/68‑1 (MQ=255) tgtgAAAGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACGTc < 1:7783655/68‑1 (MQ=255) tgtgAAAGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACGTc < 1:8906974/68‑1 (MQ=255) tgtgAAAGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACGTc < 1:34656181/68‑1 (MQ=255) tgtgAAAGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACGTc < 1:15117808/68‑1 (MQ=255) gAAAGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACGTCtt < 1:5185790/67‑1 (MQ=255) gAAAGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACGTCtt < 1:33653123/67‑1 (MQ=255) aaGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACGTCTtaat < 1:2376838/68‑1 (MQ=255) aaGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACGTCTtaat < 1:10000521/68‑1 (MQ=255) aaGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACGTCTtaat < 1:19432086/68‑1 (MQ=255) aaGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACGTCTtaat < 1:14660780/68‑1 (MQ=255) aGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACGTCTtaatg > 1:32911319/1‑68 (MQ=255) aGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACGTCTtaatg > 1:32597818/1‑68 (MQ=255) aGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACGTCTtaatg > 1:25447004/1‑68 (MQ=255) gCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACGTCTtaatgt > 1:11731663/1‑68 (MQ=255) ccTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACGTCTtaatgta > 1:19986193/1‑68 (MQ=255) ccTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACGTCTtaatgta > 1:23009574/1‑68 (MQ=255) cTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACGTCTtaatgt < 1:738375/66‑1 (MQ=255) cGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACGTCTTAATGTAATGc < 1:10919675/67‑1 (MQ=255) cGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACGTCTTAATGTAATGc < 1:28434101/67‑1 (MQ=255) cGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACGTCTTAATGTAATGCt > 1:29138353/1‑68 (MQ=255) cGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACGTCTTAATGTAATGCt > 1:15416709/1‑68 (MQ=255) cGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACGTCTTAATGTAATGCt > 1:28131821/1‑68 (MQ=255) gTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACGTCTTAATGTAATGCtt > 1:17826677/1‑68 (MQ=255) gTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACGTCTTAATGTAATGCtt > 1:15949108/1‑68 (MQ=255) cAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACGTCTTAATGTAATGCTTTGGa < 1:19176880/67‑1 (MQ=255) cAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACGTCTTAATGTAATGCTTTGGAt > 1:29962503/1‑68 (MQ=255) cAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACGTCTTAATGTAATGCTTTGGAt > 1:703709/1‑68 (MQ=255) aaTAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACGTCTTAATGTAATGCTTTGGAtt < 1:33444368/68‑1 (MQ=255) aGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACGTCTTAATGTAATGCTTTGGATTTGc > 1:20546678/1‑68 (MQ=255) gCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACGTCTTAATGTAATGCTTTGGATTTGCa > 1:14927772/1‑68 (MQ=255) gCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACGTCTTAATGTAATGCTTTGGATTTGCa > 1:30316661/1‑68 (MQ=255) aaCGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACGTCTTAATGTAATGCTTTGGATTTGCAAAt < 1:25131969/68‑1 (MQ=255) gacgTGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACGTCTTAATGTAATGCTTTGGATTTGCAAATTTTg < 1:32277271‑M1/64‑1 (MQ=255) aTGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACGTCTTAATGTAATGCTTTGGATTTGCAAATTTTGTAg > 1:16941746/1‑68 (MQ=255) GCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACGTCTTAATGTAATGCTTTGGATTTGCAAATTTTGTAGAcc < 1:12562247‑M1/68‑1 (MQ=255) CCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACGTCTTAATGAAATGCTTTGGATTTGCAAATTATGTAGACCg < 1:18384227‑M1/68‑1 (MQ=255) CTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACGTCTTAATGTAATGCTTTGGATTTGCAAATTTTGTAGACCgg > 1:16133467‑M1/1‑68 (MQ=255) CTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACGTCTTAATGTAATGCTTTGGATTTGCAAATTTTGTAGACCgg > 1:26126014‑M1/1‑68 (MQ=255) CTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACGTCTTAATGTAATGCTTTGGATTTGCAAATTTTGTAGACCgg > 1:3825521‑M1/1‑68 (MQ=255) CTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACGTCTTAATGTAATGCTTTGGATTTGCAAATTTTGTAGACCg > 1:22851837‑M1/1‑67 (MQ=255) TGATGCGATATGTTTATCAGGCCACGTCTTAATGTAATGCTTTGGATTTGCAAATTTTGTAGACCGGa > 1:36860560‑M1/1‑68 (MQ=255) TGATGCGATATGTTTATCAGGCCACGTCTTAATGTAATGCTTTGGATTTGCAAATTTTGTAGACCGGa > 1:5564430‑M1/1‑68 (MQ=255) TGATGCGATATGTTTATCAGGCCACGTCTTAATGTAATGCTTTGGATTTGCAAATTTTGTAGACCGGa > 1:10196452‑M1/1‑68 (MQ=255) TGATGCGATATGTTTATCAGGCCACGTCTTAATGTAATGCTTTGGATTTGCAAATTTTGTAGACCGGa > 1:13083625‑M1/1‑68 (MQ=255) TGATGCGATATGTTTATCAGGCCACGTCTTAATGTAATGCTTTGGATTTGCAAATTTTGTAGACCGGa > 1:1663953‑M1/1‑68 (MQ=255) TGATGCGATATGTTTATCAGGCCACGTCTTAATGTAATGCTTTGGATTTGCAAATTTTGTAGACCGGa > 1:19312618‑M1/1‑68 (MQ=255) TGATGCGATATGTTTATCAGGCCACGTCTTAATGTAATGCTTTGGATTTGCAAATTTTGTAGACCGGa > 1:25838919‑M1/1‑68 (MQ=255) TGCGATATGTTTATCAGGCCACGTCTTAATGTAATGCTTTGGATTTGCAAATTTTGTAGACCGGATaa < 1:27410504‑M1/68‑1 (MQ=255) TGCGATATGTTTATCAGGCCACGTCTTAATGTAATGCTTTGGATTTGCAAATTTTGTAGACCGGATa > 1:9538127‑M1/1‑67 (MQ=255) gCGATATGTTTATCAGGCCACGTCTTAATGTAATGCTTTGGATTTGCAAATTTTGTAGACCGGATAAg > 1:4608949/1‑68 (MQ=255) gATATGTTTATCAGGCCACGTCTTAATGTAATGCTTTGGATTTGCAAATTTTGTAGACCGGATAAgg < 1:26729029/67‑1 (MQ=255) tatGTTTATCAGGCCACGTCTTAATGTAATGCTTTGGATTTGCAAATTTTGTAGACCGGATAAGGAAt > 1:4336259/1‑68 (MQ=255) tGTTTATCAGGCCACGTCTTAATGTAATGCTATGGATTTGCAAATTTTGTAGACCGGa < 1:19717756/58‑1 (MQ=255) gTTTATCAGGCCACGTCTTAATGTAATGCTTTGGATTTTCAAATTTTGTAGCCCGGATAAGGAATTc > 1:17067504/1‑67 (MQ=255) gTTTATCAGGCCACGTCTTAATGTAATGCTTTGGATTTGCAAATTTTGTAGACCGGATAAGGAATTc > 1:30117174/1‑67 (MQ=255) ttATCAGGCCACGTCTTAATGTAATGCTTTGGATTTGCAAATTTTGTAGACCGGATAAGGAATTCAcg < 1:28727294/68‑1 (MQ=255) ttATCAGGCCACGTCTTAATGTAATGCTTTGGATTTGCAAATTTTGTAGACCGGATAAGGAATTCAc > 1:27057511/1‑67 (MQ=255) tcaggccaCGTCTTAATGTAATGCTTTGGATTTGCAAATTTTGTAGACCGGATAAGTAATTAAcgcc > 1:31989892‑M2/9‑67 (MQ=255) tcaggccaCGTCTTAATGTAATGCTTTGGATTTGCAAATTTTGTAGACCGGATAAGGAATTCAcgccg < 1:21189514‑M2/60‑1 (MQ=255) tcaggccaCGTCTTAATGTAATGCTTTGGATTTGCAAATTTTGTAGACCGGATAAGGAATTCAcgcc > 1:21738083‑M2/9‑67 (MQ=255) tcaggccaCGTCTTAATGTAATGCTTTGGATTTGCAAATTTTGTAGACCGGATAAGGAATTCAcgcc > 1:828793‑M2/9‑67 (MQ=255) tcaggccaCGTCTTAATGTAATGCTTTGGATTTGCAAATTTTGTAGACCGGATAAGGAATTCAcgcc > 1:2969249‑M2/9‑67 (MQ=255) tcaggccaCGTCTTAATGTAATGCTTTGGATTTGCAAATTTTGTAGACCGGATAAGGAATTCAcgcc > 1:35388378‑M2/9‑67 (MQ=255) tcaggccaCGTCTTAATGTAATGCTTTGGATTTGCAAATTTTGTAGACCGGATAAGGAATTCAcgcc > 1:4925828‑M2/9‑67 (MQ=255) tcaggccaCGTCTTAATGTAATGCTTTGGATTTGCAAATTTTGTAGACCGGATAAGGAATTCAcgcc > 1:36262260‑M2/9‑67 (MQ=255) tcaggccaAGTCTTAATGTAATGCTTTGGATTTGCAAATTTTGTAGACCGGATAAGGAATTCAcgcc > 1:2450444‑M2/9‑67 (MQ=255) caggccaCGTCTTAATGTAATGCTTTGGATTTGCAAATTTTGTAGACCGGATAAGGAATTCAcgccgc > 1:27819338‑M2/8‑68 (MQ=255) aggccaCGTCTTGATGTAATGCTTTGGATTTGCAAATTTTGTAGACCGGATAAGGAATTCACGCCGCa > 1:24229320‑M2/7‑68 (MQ=255) aggccaCGTCTTAATGTAATGCTTTGGATTTGCAAATTTTGTAGACCGGATAAGGAATTCACGCCGCa > 1:36579255‑M2/7‑68 (MQ=255) aggccaCGTCTTAATGTAATGCTTTGGATTTGCAAATTTTGTAGACCGGATAAGGAATTCACGCCGCa > 1:30790011‑M2/7‑68 (MQ=255) ccaCGTCTTAATGTAATGCTTTGGATTTGCAAATTTTGTAGACCGGATAAGGAATTCACGCCGCAt < 1:13945935‑M2/63‑1 (MQ=255) aCGTCTTAATGTAATGCTTTGGATTTGCAAATTTTGTAGACCGGATAAGGAATTCACGCCGCATCCgg < 1:13405750‑M2/67‑1 (MQ=255) | TGATGTGAAAGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACGTCTTAATGTAATGCTTTGGATTTGCAAATTTTGTAGACCGGATAAGGAATTCACGCCGCATCCGG > CP009273/4334592‑4334725 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |