| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 729823 = | 54 (0.120) | 123 (0.280) | 6/110 | NT | 25.1% | pseudogene (235/1521 nt) | rhsO | pseudogene, Rhs family protein |
| ? | CP009273 | 3760581 = | 683 (1.560) | pseudogene (1/945 nt) | rhsJ | Rhs‑family protein | |||||
Only 100 of 313 total aligned reads displayed.
CGACCTCATCCCGGAAGGGGTTATCCGCACGGATGATGAGCGCACCCACCGGTACCATTACGACAGTCAGCACCGGCTGGTGCACTACACGCGGACACAATATGCAGAGCCGCTGGTCGAAAGCCGCTATCTTT > CP009273/729756‑729889 | agcggcggctttcctcactcacccggtcagccaggatttcactttccagccggtccagcatctgcacc < 1:19463273‑M1/1‑1 (MQ=255) gcggcggctttcctcactcacccggtcagccaggatttcactttccagccggtcgagcatctgcacCa < 1:526232‑M1/2‑1 (MQ=255) ggcggctttcctcactcacccggtcagccaggatttcactttccagccggtcgagcatctgcacCa > 1:37003300‑M1/65‑66 (MQ=255) ggcggctttcctcactcacccggtcagccaggatttcactttccagccggtcgagcatctgcacCAg > 1:20967487‑M1/65‑67 (MQ=255) ggcggctttcctcactcacccggtcagccaggatttcactttccagccggtcgagcatctgcacCAg > 1:13977408‑M1/65‑67 (MQ=255) ggcggctttcctcactcacccggtcagccaggatttcactttccagccggtcgagcatctgcacCAGc > 1:763379‑M1/65‑68 (MQ=255) ggcggctttcctcactcacccggtcagccaggatttcactttccagccggtcgagcatctgcacCAGc > 1:23386197‑M1/65‑68 (MQ=255) ggcggctttcctcactcacccggtcagccaggatttcactttccagccggtcgagcatctgcacCAGc > 1:24103238‑M1/65‑68 (MQ=255) ggcggctttcctcactcacccggtcagccaggatttcactttccagccggtcgagcatctgcacCAGc < 1:27921528‑M1/4‑1 (MQ=255) ggcggctttcctcactcacccggtcagccaggatttcactttccagccggtcgagcatctgcacCAGc > 1:28102663‑M1/65‑68 (MQ=255) ggcggctttcctcactcacccggtcagccaggatttcactttccagccggtcgagcatctgcacCAGc > 1:31774507‑M1/65‑68 (MQ=255) ggcggctttcctcactcacccggtcagccaggatttcactttccagccggtcgagcatctgcacCAGc < 1:12559142‑M1/4‑1 (MQ=255) ggcggctttcctcactcacccggtcagccaggatttcactttccagccggtcgagcatctgcacCAGc < 1:34485716‑M1/4‑1 (MQ=255) ggcggctttcctcactcacccggtcagccaggatttcactttccagccggtcgagcatctgcacCAGc < 1:11664457‑M1/4‑1 (MQ=255) ggcggctttcctcactcacccggtcagccaggatttcactttccagccggtcgagcatctgcacCAGc > 1:36853602‑M1/65‑68 (MQ=255) ggcggctttcctcactcacccggtcagccaggatttcactttccagccggtcgagcatctgcacCAGc > 1:6716348‑M1/65‑68 (MQ=255) ggctttcctcactcacccggtcagccaggatttcactttccagccggtcgagcatctgcacCAGCAcc > 1:32916975‑M1/62‑68 (MQ=255) ggctttcctcactcacccggtcagccaggatttcactttccagccggtcgagcatctgcacCAGCAcc > 1:3273336‑M1/62‑68 (MQ=255) ggctttcctcactcacccggtcagccaggatttcactttccagccggtcgagcatctgcacCAGCAcc > 1:12314495‑M1/62‑68 (MQ=255) ggctttcctcactcacccggtcagccaggatttcactttccagccggtcgagcatctgcacCAGCAcc > 1:36133620‑M1/62‑68 (MQ=255) ggctttcctcactcacccggtcagccaggatttcactttccagccggtcgagcatctgcacCAGCAcc > 1:27466598‑M1/62‑68 (MQ=255) ggctttcctcactcacccggtcagccaggatttcactttccagccggtcgagcatctgcacCAGCAcc > 1:26117761‑M1/62‑68 (MQ=255) ggctttcctcactcacccggtcagccaggatttcactttccagccggtcgagcatctgcacCAGCAcc > 1:23872375‑M1/62‑68 (MQ=255) ggctttcctcactcacccggtcagccaggatttcactttccagccggtcgagcatctgcacCAGCAcc > 1:16120564‑M1/62‑68 (MQ=255) ggctttcctcactcacccggtcagccaggatttcactttccagccggtcgagcatctgcacCAGCAcc > 1:17474575‑M1/62‑68 (MQ=255) ggctttcctcactcacccggtcagccaggatttcactttccagccggtcgagcatctgcacCAGCAc > 1:963160‑M1/62‑67 (MQ=255) ggctttcctcactcacccgggcagccaggatttcactttccagccggtcgagcatctgcacCAGCAcc > 1:26918776‑M1/62‑68 (MQ=255) tttcctcactcacccggtcagccaggatttctctttccagccggtcgagcatctgcacCAGCACCgg > 1:32579166‑M1/59‑67 (MQ=255) tttcctcactcacccggtcagccaggatttcactttccagccggtcgagcatctgcacCAGCACCgg > 1:12801955‑M1/59‑67 (MQ=255) tttcctcactcacccggtcagccaggatttcactttccagccggtcgagcatctgcacCAGCACCgg > 1:26019027‑M1/59‑67 (MQ=255) tttcctcactcacccggtcagccaggatttcactttccagccggtcgagcatctgcacCAGCACCgg > 1:15181278‑M1/59‑67 (MQ=255) tttcctcactcacccggtcagccaggatttcactttccagccggtcgagcatctgcacCAGCACCgg > 1:8291484‑M1/59‑67 (MQ=255) tttcctcactcacccggtcagccaggatttcactttccagccggtcgagcatctgcacCAGCACCgg > 1:28276702‑M1/59‑67 (MQ=255) tttcctcactcacccggtcagccaggatttcactttccagccggtcgagcatctgcacCAGCACCgg > 1:732437‑M1/59‑67 (MQ=255) tttcctcactcacccggtcagccaggatttcactttccagccggtcgagcatctgcacCAGCACCgg > 1:31071695‑M1/59‑67 (MQ=255) tttcctcactcacccggtcagccaggatttcactttccagccggtcgagcatctgcacCAGCACCgg > 1:13631699‑M1/59‑67 (MQ=255) tttcctcactcacccggtcagccaggatttcactttccagccggtcgagcatctgcacCAGCACCgg > 1:32314050‑M1/59‑67 (MQ=255) tttcctcactcacccggtcagccaggatttcactttccagccggtcgagcatctgcacCAGCACCgg > 1:18070751‑M1/59‑67 (MQ=255) tttcctcactcacccggtcagccaggatttcactttccagccggtcgagcatctgcacCAGCACCgg > 1:6022823‑M1/59‑67 (MQ=255) tttcctcactcacccggtcagccaggatttcactttccagccggtcgagcatctgcacCAGCACCgg > 1:34006271‑M1/59‑67 (MQ=255) tttcctcactcacccggtcagccaggatttcactttccagccggtcgagcatctgcacCAGCACCgg > 1:34126154‑M1/59‑67 (MQ=255) tttcctcactcacccggtcagccaggatttcactttccagccggtcgagcatctgcacCAGCACCgg > 1:34648480‑M1/59‑67 (MQ=255) tttcctcactcacccggtcagccaggatttcactttccagccggtcgagcatctgcacCAGCACCgg > 1:10920656‑M1/59‑67 (MQ=255) tttcctcactcacccggtcagccaggatttcactttccagccggtcgagcatctgcacCAGCACCgg > 1:35996303‑M1/59‑67 (MQ=255) tttcctcactcacccggtcagccaggatttcactttccagccggtcgagcatctgcacCAGCACCgg > 1:11943915‑M1/59‑67 (MQ=255) tttcctcactcacccggtcagccaggatttcactttccagccggtcgagcatctgcacCAGCACCgg > 1:4968691‑M1/59‑67 (MQ=255) tttcctcactcacccggtcagccaggatttcactttccagccggtcgagcatctgcacCAGCACCgg > 1:11376820‑M1/59‑67 (MQ=255) tttcctcactcacccggtcagccaggatttcactttccagccggtcgagcatctgcacCAGCACCgg > 1:4703595‑M1/59‑67 (MQ=255) tttcctcactcacccggtcagccaggatttcactttccagccggtcgagcatctgcacCAGCACCgg > 1:25358862‑M1/59‑67 (MQ=255) tttcctcactcacccggtcagccaggatttcactttccagccggtcgagcatctgcacCAGCACCgg > 1:17405841‑M1/59‑67 (MQ=255) tttcctcactcacccggtcagccaggatttcactttccagccggtcgagcatctgcacCAGCACCgg > 1:1872440‑M1/59‑67 (MQ=255) tttcctcactcacccggtcagccaggatttcactttccagccggtcgagcatctgcacCAGCACCgg > 1:19751126‑M1/59‑67 (MQ=255) tttcctcactcacccggtcagccaggatttcactttccagccggtcgagcatctgcacCAGCACCgg > 1:16584032‑M1/59‑67 (MQ=255) tttcctcactcacccggtcagccaggatttcactttccagccggtcgagcatctgcacCAGCACCgg > 1:21136425‑M1/59‑67 (MQ=255) tttcctcactcacccggtcagccaggatttcactttccagccggtcgagcatctgcacCAGCACCgg > 1:21959375‑M1/59‑67 (MQ=255) tttcctcactcacccggtcagccaggatttcactttccagccggtcgagcatctgcacCAGCACCgg > 1:22429773‑M1/59‑67 (MQ=255) tttcctcactcacccggtcagccaggatttcactttccagccggtcgagcatctgcacCAGCACCgg > 1:15969617‑M1/59‑67 (MQ=255) tttcctcactcacccggtcagccaggatttcactttccagccggtcgagcatctgcacCAGCACCgg > 1:25649960‑M1/59‑67 (MQ=255) tttcctcactcacccggtcagccaggatttcactttccagccggtcgagcatctgcacCAGCACCgg > 1:24756618‑M1/59‑67 (MQ=255) tttcctcactcacccggtcagccaggatttcactttccagccggtcgagcatctgcacCAGCACCgg > 1:15855058‑M1/59‑67 (MQ=255) tttcctcactcacccggtcagccaggatttcactttccagccgggcgagcatctgcacCAGCACCgg > 1:29266173‑M1/59‑67 (MQ=255) tttcctcactcacccggtcagccaggaattcactttccagccggtcgagcatctgcacCAGCACCgg > 1:9322009‑M1/59‑67 (MQ=255) tttcctaactcacccggtcagccaggatttcactttccagccggtcgagcatctgcacCAGCACCgg > 1:26454722‑M1/59‑67 (MQ=255) tatcctcactcacccggtcagccaggatttcactttccagccgggccagcaactgcacCAGCACCgg > 1:31906904‑M1/59‑67 (MQ=255) caggatttcactttccagccggtcgagcatctgcacCAGCACCGGCTGGTGCACTACACGCGGAcaca > 1:11117677‑M1/37‑68 (MQ=255) aTTACGACAGTCAGCACCGGCTGGTGCACTACACGCGGACACAATATGCAGAGCCGCTGGTCGAAAGc < 1:30417963/68‑1 (MQ=31) ttACGACAGTCAGCACCGGCTGGTGCACTACACGCGGACACAATATGCAGAGCCGCTGGTCGAAAGcc < 1:21513674/68‑1 (MQ=33) ttACGACAGTCAGCACCGGCTGGTGCACTACACGCGGACACAATATGCAGAGCCGCTGGTCGAAAGcc < 1:18983898/68‑1 (MQ=33) tACGACAGTCAGCACCGGCTGGTGCACTACACGCGGACACAATATGCAGAGCCGCTGGTCGAAAGcc > 1:13153732/1‑67 (MQ=33) tACGACAGTCAGCACCGGCTGGTGCACTACACGCGGACACAATATGCAGAGCCGCTGGTCGAAAGcc > 1:15735292/1‑67 (MQ=33) tACGACAGTCAGCACCGGCTGGTGCACTACACGCGGACACAATATGCAGAGCCGCTGGTCGAAAGcc > 1:5493884/1‑67 (MQ=33) gACAGTCAGCACCGGCTGGTGCACTACACGCGGACACAATATGCAGAGCCGCTGGTCGAAAGCCGcga > 1:3631541/1‑66 (MQ=25) gACAGTCAGCACCGGCTGGTGCACTACACGCGGACACAATATGCAGAGCCGCTGGTCGAAAGCCGCTa > 1:8526796/1‑68 (MQ=35) gACAGTCAGCACCGGCTGGTGCACTACACGCGGACACAATATGCAGAGCCGCTGGTCGAAAGCCGCTa > 1:4133870/1‑68 (MQ=35) gACAGTCAGCACCGGCTGGTGCACTACACGCGGACACAATATGCAGAGCCGCTGGTCGAAAGCCGCTa > 1:23509077/1‑68 (MQ=35) gACAGTCAGCACCGGCTGGTGCACTACACGCGGACACAATATGCAGAGCCGCTGGTCGAAAGCCGCTa > 1:10507978/1‑68 (MQ=35) gACAGTCAGCACCGGCTGGTGCACTACACGCGGACACAATATGCAGAGCCGCTGGTCGAAAGCCGCTa > 1:16938104/1‑68 (MQ=35) gACAGTCAGCACCGGCTGGTGCACTACACGCGGACACAATATGCAGAGCCGCTGGTCGAAAGCCGCTa > 1:12480726/1‑68 (MQ=35) 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CAGCACCGGCTGGTGCACTACACGCGGACACAATATGCAGAGCCGCTGGTCGAAAGCCGCTATCt > 1:29544207‑M1/1‑65 (MQ=255) CAGCACCGGCTGGTGCACTACACGCGGACACAATATGCAGAGCCGCTGGTCGAAAGCCGCTATCt > 1:19240860‑M1/1‑65 (MQ=255) | CGACCTCATCCCGGAAGGGGTTATCCGCACGGATGATGAGCGCACCCACCGGTACCATTACGACAGTCAGCACCGGCTGGTGCACTACACGCGGACACAATATGCAGAGCCGCTGGTCGAAAGCCGCTATCTTT > CP009273/729756‑729889 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |