| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | = 1909026 | 264 (0.590) | 16 (0.040) | 10/92 | NT | 6.4% | coding (48/2049 nt) | prc | carboxy‑terminal protease for penicillin‑binding protein 3 |
| ? | CP009273 | = 1909032 | 252 (0.690) | coding (42/2049 nt) | prc | carboxy‑terminal protease for penicillin‑binding protein 3 | |||||
Only 100 of 564 total aligned reads displayed.
TCTCTTCCTTTAATACCGGAATTTGATCAGCACGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGTTCATGCCTGGCCCGGCCTCCGTTT > CP009273/1908959‑1909093 | tctcTTCCTTTAATACCGGAATTTGATCAGCACGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCT > 1:33570203‑M1/1‑68 (MQ=255) ctctTCCTTTAATACCGGAATTTGATCAGCACGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCT < 1:36619531‑M1/67‑1 (MQ=255) tctTCCTTTAATACCGGAATTTGATCAGCACGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTAt > 1:15095080/1‑68 (MQ=255) tctTCCTTTAATACCGGAATTTGATCAGCACGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTAt < 1:20652197/68‑1 (MQ=255) tctTCCTTTAATACCGGAATTTGATCAGCACGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTAt > 1:3094304/1‑68 (MQ=255) ccTTTAATACCGGAATTTGATCAGCACGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCa < 1:9189142/68‑1 (MQ=255) tttAATACCGGAATTTGATCAGCACGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAa < 1:22995470‑M2/67‑2 (MQ=255) ttAATACCGGAATTTGATCAGCACGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAagc < 1:36986713‑M2/68‑4 (MQ=255) tAATACCGGAATTTGATCAGCACGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAagca < 1:30081448‑M2/68‑5 (MQ=255) aaTACCGGAATTTGATCAGCACGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAagcag > 1:31828654‑M2/1‑63 (MQ=255) aTACCGGAATTTGATCAGCCCGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAagcagg > 1:7605243‑M2/1‑62 (MQ=255) aTACCGGAATTTGATCAGCACGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTtgcaatagcagg < 1:2863545‑M1/68‑13 (MQ=255) aTACCGGAATTTGATCAGCACGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAagcag < 1:28461624‑M2/67‑6 (MQ=255) aTACCGGAATTTGATCAGCACGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAagcag < 1:2882447‑M2/67‑6 (MQ=255) aTACCGGAATTTGATCAGCACGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAagcag < 1:1753856‑M2/67‑6 (MQ=255) aTACCGGAATTTGATCAGCACGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAagcag < 1:15421442‑M2/67‑6 (MQ=255) aTACCGGAATTTGATCAGCACGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAagcag < 1:30794257‑M2/67‑6 (MQ=255) aTACCGGAATTTGATCAGCACCCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAagcagg > 1:18855429‑M2/1‑62 (MQ=255) tACCGGAATTTGATCAGCACGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAagcagg < 1:7862516‑M2/67‑7 (MQ=255) tACCGGAATTTGATCAGCACGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAagcagg < 1:6281255‑M2/67‑7 (MQ=255) aggccgggccaggcatgaacatgttttttaggcttaccgcgttagCTGGCCTGCTATTGCAAGCAgg > 1:15938109‑M1/46‑67 (MQ=255) aCCGGAATTTGATCAGCACGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAagcaggcc < 1:10980405‑M2/68‑9 (MQ=255) aCCGGAATTTGATCAGCACGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAagcaggcc < 1:32671383‑M2/68‑9 (MQ=255) aCCGGAATTTGATCAGCACGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAagcaggcc < 1:7199445‑M2/68‑9 (MQ=255) ccGGAATTTGATCAGCACGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAagcaggcca > 1:25419593‑M2/1‑59 (MQ=255) cGGAATTTGATCAGCACGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAagcaggccag > 1:24004501‑M2/1‑58 (MQ=255) cGGAATTTGATCAGCACGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAagcaggccag > 1:33895947‑M2/1‑58 (MQ=255) aaTTTGATCAGCACGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCt < 1:31149486/67‑1 (MQ=255) aTCAGCACGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCgg > 1:1004696/1‑68 (MQ=255) aTCAGCACGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCgg > 1:27511424/1‑68 (MQ=255) aTCAGCACGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCgg > 1:12719213/1‑68 (MQ=255) aTCAGCACGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCgg > 1:7757314/1‑68 (MQ=255) aTCAGCACGCGTGATATCTTCTACACCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCgg > 1:34249719/1‑68 (MQ=255) tCAGCACGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAagcaggccagaccttcgct > 1:28089714‑M2/1‑48 (MQ=255) tCAGCACGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGt > 1:30303931/1‑68 (MQ=255) tCAGCACGCGGGATATCTTCTACAGCGAAGGGCTGGCCTGCTATTGCAagcaggccagaccttcgct > 1:27760512‑M2/1‑48 (MQ=255) cACGCGTCATATCTTCTCCAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAagcaggccagaccttcgctgtaga > 1:13221508‑M2/1‑44 (MQ=255) aCGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGc < 1:4740870/67‑1 (MQ=255) aCGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGc < 1:25689750/67‑1 (MQ=255) aCGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGc < 1:35623627/67‑1 (MQ=255) aCGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGc < 1:11723793/67‑1 (MQ=255) gTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTaa < 1:14115061/67‑1 (MQ=255) gTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTaa < 1:27083917/67‑1 (MQ=255) tatCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAAc > 1:4234239/1‑68 (MQ=255) ttctACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGt < 1:16812821/68‑1 (MQ=255) ttctACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGt < 1:23741359/68‑1 (MQ=255) aCAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGTTCAt > 1:31400646/1‑68 (MQ=255) aGCGAAGGTCTGGCCTGCTtgcaatagcaggccagaccttcgctgtagaagatatcacgcgggctga > 1:27358346‑M1/1‑19 (MQ=255) aGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCt > 1:5162946/1‑37 (MQ=255) aGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGTTCAtt > 1:34606987/1‑66 (MQ=255) aGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGTTCATg > 1:29119777/1‑67 (MQ=255) aGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGTTCATg > 1:2947089/1‑67 (MQ=255) aGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGTTCATg > 1:5849728/1‑67 (MQ=255) aGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGTTCATg > 1:3963300/1‑67 (MQ=255) aGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGTTCATg > 1:33341548/1‑67 (MQ=255) aGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGTTCATg > 1:34935223/1‑67 (MQ=255) aGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGTTCATg > 1:10326254/1‑67 (MQ=255) aGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGTTCATg > 1:10643949/1‑67 (MQ=255) aGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGTTCATg > 1:2593216/1‑67 (MQ=255) aGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGTTCATg > 1:13638580/1‑67 (MQ=255) aGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGTTCATg > 1:22715884/1‑67 (MQ=255) aGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGTTCATg > 1:19325058/1‑67 (MQ=255) aGCGAAGGTCTGGCCGGCTtgcaatagcaggccagaccttcgctgtagaagatatcacgcgtgctga > 1:7070439‑M1/1‑19 (MQ=255) cGAAGGTCTGGCCTGCTtgcaatagcaggccagaccttcgctgtagaagatatcacgcgtgctga < 1:22260088‑M1/65‑49 (MQ=255) gAAGGTCTTGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGTTCATg < 1:35941821/64‑1 (MQ=255) gAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAACCATGTTCATGCCTg > 1:19399895/1‑68 (MQ=255) gAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGTTCATg < 1:20892958/64‑1 (MQ=255) gAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGTTCATg < 1:35302014/64‑1 (MQ=255) gAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGTTCATg < 1:14833148/64‑1 (MQ=255) gAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGTTCATg < 1:24819692/64‑1 (MQ=255) gAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGTTCATg < 1:8340797/64‑1 (MQ=255) gAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGTTCATGCCTg > 1:29662755/1‑68 (MQ=255) gAAGGGCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGTTCATg < 1:32146838/64‑1 (MQ=255) aGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGTTCATGCCTgg < 1:9693311/67‑1 (MQ=255) cTGGCCTGCTtgcaatagcaggccagaccttcgctgtagaagatatcacgcgtgctgatcaaattccg > 1:14673016‑M1/1‑10 (MQ=255) cTGGCCTGCTtgcaatagcaggccagaccttcgctgtagaagatatcacgcgtgctgatcaaattccg > 1:32491407‑M1/1‑10 (MQ=255) cTGGCCTGCTtgcaatagcaggccagaccttcgctgtagaagatatcacgcgtgctgatcaaattccg > 1:22504038‑M1/1‑10 (MQ=255) CTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTTACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGTTCATGCCTGGCCCg < 1:21827663‑M1/67‑1 (MQ=255) tGGCCTGCTtgcaatagcaggccagaccttcgctgtagaagatatcacgcgtgctgatcaaattccgg > 1:24545615‑M1/1‑9 (MQ=255) TGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGTTCATGCCTGGCCCGGc > 1:12576334‑M1/1‑68 (MQ=255) TGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGTTCATGCCTGGCCCGGc > 1:16267169‑M1/1‑68 (MQ=255) TGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGTTCATGCCTGGCCCGGc > 1:17247398‑M1/1‑68 (MQ=255) TGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGTTCATGCCTGGCCCGGc > 1:9012561‑M1/1‑68 (MQ=255) gCCTGCTtgcaatagcaggccagaccttcgctgtagaagatatcacgcgtgctgatcaaattccggta > 1:26417086‑M1/1‑7 (MQ=255) ccTGCTtgcaatagcaggccagaccttcgctgtagaagatatcacgcgtgctgatcaaattccggtat > 1:18535802‑M1/1‑6 (MQ=255) ccTGCTtgcaatagcaggccagaccttcgctgtagaagatatcacgcgtgctgatcaaattccggtat > 1:11484177‑M1/1‑6 (MQ=255) ccTGCTtgcaatagcaggccagaccttcgctgtagaagatatcacgcgtgctgatcaaattccggtat > 1:24289004‑M1/1‑6 (MQ=255) ccTGCTtgcaatagcaggccagaccttcgctgtagaagatatcacgcgtgctgatcaaattccggtat > 1:30684086‑M1/1‑6 (MQ=255) ccTGCTtgcaatagcaggccagaccttcgctgtagaagatatcacgcgtgctgatcaaattccggta < 1:4629200‑M1/67‑62 (MQ=255) ccTGCTtgcaatagcaggccagaccttcgctgtagaagatatcacgcgtgcggatcaaattccggtat > 1:4305019‑M1/1‑6 (MQ=255) ccTGCTtgcaatagcaggccagacattcgctgtagaagatatcccgcgtgctgatcaaattccggtat > 1:26950709‑M1/1‑6 (MQ=255) CCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGTTCATGCCTGGCCCGGCCt < 1:18297837‑M1/67‑1 (MQ=255) CCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGTTCATGCCTGGCCCGGCCt < 1:20281199‑M1/67‑1 (MQ=255) CCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGTTCAAGCCTGGCCCGGCCt < 1:2663682‑M1/67‑1 (MQ=255) CTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGTTCATGCCTGGCCCGGCCTcc > 1:21286823‑M1/1‑68 (MQ=255) CTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGTTCATGCCTGGCCCGGCCTcc > 1:20047116‑M1/1‑68 (MQ=255) GCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGTTCATGCCTGGCCCGGCCTCCGt < 1:19886036‑M1/68‑1 (MQ=255) ttgcaatagcaggccagaccttcgctgtagaagatatcacgcgtgctgatcaaattccggtattaaag > 1:6212486‑M1/1‑1 (MQ=255) ttgcaatagcaggccagaccttcgctgtagaagatatcacgcgtgctgatcaaattccggtattaaa < 1:13191851‑M1/67‑67 (MQ=255) ttgcaatagcaggccagaccttcgctgtagaagatatcacgcgtgctgatcaaattccggtattaaa < 1:1229608‑M1/67‑67 (MQ=255) | TCTCTTCCTTTAATACCGGAATTTGATCAGCACGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGTTCATGCCTGGCCCGGCCTCCGTTT > CP009273/1908959‑1909093 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |