| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | = 1909026 | 264 (0.590) | 16 (0.040) | 10/92 | NT | 6.4% | coding (48/2049 nt) | prc | carboxy‑terminal protease for penicillin‑binding protein 3 |
| ? | CP009273 | = 1909032 | 252 (0.690) | coding (42/2049 nt) | prc | carboxy‑terminal protease for penicillin‑binding protein 3 | |||||
Only 100 of 484 total aligned reads displayed.
CCTTTAATACCGGAATTTGATCAGCACGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGTTCATGCCTGGCCCGGCCTCCGTTTCAGAAC > CP009273/1908965‑1909099 | tttAATACCGGAATTTGATCAGCACGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAa < 1:22995470‑M2/67‑2 (MQ=255) ttAATACCGGAATTTGATCAGCACGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAagc < 1:36986713‑M2/68‑4 (MQ=255) aTACCGGAATTTGATCCGCACGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAagcagg > 1:4305019‑M2/1‑62 (MQ=255) aTACCGGAATTTGATCAGCACGCGTGATATCTTCTACAGCGACGGGCTGGCCTGCTATTGCAagcagg > 1:7646407‑M2/1‑62 (MQ=255) aTACCGGAATTTGATCAGCACGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAagcagg > 1:11484177‑M2/1‑62 (MQ=255) aTACCGGAATTTGATCAGCACGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAagcag < 1:25248963‑M2/67‑6 (MQ=255) aTACCGGAATTTGATCAGCACGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAagcag < 1:4853277‑M2/67‑6 (MQ=255) tACCGGAATTTGATCAGCACGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAagcagg < 1:35060088‑M2/67‑7 (MQ=255) tACCGGAATTTGATCAGCACGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAagcagg < 1:22273993‑M2/67‑7 (MQ=255) aCCGGAATTTGATCAGCACGCGTGATATCTTCTACTGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAagcaggcc < 1:6894783‑M2/68‑9 (MQ=255) aCCGGAATTTGATCAGCACGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAagcaggcc < 1:9278640‑M2/68‑9 (MQ=255) aCCGGAATTTGATCAGCACGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAagcaggcc < 1:7199445‑M2/68‑9 (MQ=255) aCCGGAATTTGATCAGCACGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAagcaggcc < 1:16189168‑M2/68‑9 (MQ=255) ccGGAATTTGATCAGCACGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAagcaggcca > 1:19382288‑M2/1‑59 (MQ=255) cctaaTTTGATCAGCACGCTTGATATCTTCTACAGGGAAGGTCTGGCCGGCTATTGCAAGCAGGCCAg < 1:30008143/65‑1 (MQ=255) cGGAATTTGATCAGCACGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAagcaggccag > 1:14673016‑M2/1‑58 (MQ=255) gtaattTGATCAGCACGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAagcaggccaga > 1:28553362‑M2/3‑57 (MQ=255) aaTTTGATCAGCACGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCt < 1:28858994/67‑1 (MQ=255) tttGATCAGCACGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAAc > 1:24194021/1‑68 (MQ=255) tGATCAGCACGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAAcgc < 1:28203566/68‑1 (MQ=255) aTCAGCACGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCgg > 1:31379709/1‑68 (MQ=255) aTCAGCACGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCgg > 1:27169829/1‑68 (MQ=255) aTCAGCACGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCgg > 1:1004696/1‑68 (MQ=255) aTCAGCACGCGTGATATCTTCTACACCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCgg > 1:34249719/1‑68 (MQ=255) aCGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCCGGCCCGCTAACGCGGTAAg > 1:6269538/1‑66 (MQ=255) aCGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGcc < 1:7798052/68‑1 (MQ=255) aCGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGc < 1:20768844/67‑1 (MQ=255) aCGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGc < 1:5653903/67‑1 (MQ=255) aCGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGc < 1:3195745/67‑1 (MQ=255) aCGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGc < 1:18655687/67‑1 (MQ=255) aCGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGc < 1:3945203/67‑1 (MQ=255) aCGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGc < 1:11701494/67‑1 (MQ=255) aCGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGc < 1:31031879/67‑1 (MQ=255) aCGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACCCGGTAAGc < 1:6112254/67‑1 (MQ=255) cgTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTaa > 1:4186067/1‑68 (MQ=255) gTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTaa < 1:14115061/67‑1 (MQ=255) tGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGTCCTGCTAATGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTaaaa > 1:30717858/1‑68 (MQ=255) tatCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTaaaaaa < 1:5245949/67‑1 (MQ=255) tcttctACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACAt > 1:27642450/1‑68 (MQ=255) tcttctACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACAt > 1:17367473/1‑68 (MQ=255) tcttctACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACAt > 1:2008867/1‑68 (MQ=255) cttctACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATg < 1:7512486/68‑1 (MQ=255) ttctACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGt < 1:32161585/68‑1 (MQ=255) ttctACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGt < 1:11921169/68‑1 (MQ=255) ttctACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGt < 1:25628754/68‑1 (MQ=255) tctACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGtt < 1:26802732/68‑1 (MQ=255) gcttaccgcgttagCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGt < 1:26536102‑M1/53‑1 (MQ=255) aCAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACAt > 1:3638737/1‑62 (MQ=255) aCAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGTTCAt > 1:34014546/1‑68 (MQ=255) aCAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGTTCAt > 1:24468286/1‑68 (MQ=255) aCAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGTTCAt > 1:23754462/1‑68 (MQ=255) aCAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGTTCAt > 1:16681499/1‑68 (MQ=255) aCAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGTTCAt > 1:13470380/1‑68 (MQ=255) catcGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCGCGACAGCTAACGCGGTAAGCCTCAAAAACATGTTCATg < 1:34745733/65‑1 (MQ=255) aGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGTTCCTg > 1:21796178/1‑67 (MQ=255) aGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGTTCATg > 1:2593216/1‑67 (MQ=255) aGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGTTCATg > 1:10643949/1‑67 (MQ=255) aGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGTTCATg > 1:19921626/1‑67 (MQ=255) aGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGTTCATg > 1:2947089/1‑67 (MQ=255) aGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGTTCATg > 1:15930374/1‑67 (MQ=255) aGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGTTCATg > 1:3016698/1‑67 (MQ=255) aGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGTTCATg > 1:13638580/1‑67 (MQ=255) aGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGTTCATg > 1:12606050/1‑67 (MQ=255) gAAGGTCTTGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGTTCATg < 1:35941821/64‑1 (MQ=255) gAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGTTCATg < 1:32575585/64‑1 (MQ=255) gAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGTTCATg < 1:8340797/64‑1 (MQ=255) gAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGTTCATg < 1:33463093/64‑1 (MQ=255) gAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGTTCATGCCTg > 1:29662755/1‑68 (MQ=255) aGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGTTCATGCCTgg < 1:9693311/67‑1 (MQ=255) aGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGTTCATGCCTgg < 1:12319045/67‑1 (MQ=255) ggTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACCTGTTCATGCCTGGc > 1:24778848/1‑67 (MQ=255) tCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGTTCATGCCTGGCCCg > 1:27408358/1‑68 (MQ=255) tCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGTTCATGCCTGGCCCg > 1:22686437/1‑68 (MQ=255) tCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGTTCATGCCTGGCCCg > 1:22059450/1‑68 (MQ=255) tCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGTTCATGCCTGGCCCg > 1:20913469/1‑68 (MQ=255) tCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGTTCATGCCTGGCCCg > 1:14863388/1‑68 (MQ=255) TGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGTTCATGCCTGGCCCGGc > 1:19061860‑M1/1‑68 (MQ=255) TGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGTTCATGCCTGGCCCGGc > 1:9012561‑M1/1‑68 (MQ=255) CCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGTTCATGCCTGGCCCGGCCt < 1:26968200‑M1/67‑1 (MQ=255) CCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGTTCATGCCTGGCCCGGCCt < 1:13204825‑M1/67‑1 (MQ=255) CCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGTTCATGCCTGGCCCGGCCt < 1:19646162‑M1/67‑1 (MQ=255) CCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGTTCATGCCTGGCCCGGCCt < 1:31794595‑M1/67‑1 (MQ=255) CCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGTTCATGCCTGGCCCGGCCt < 1:20325195‑M1/67‑1 (MQ=255) CCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGTTCATGCCTGGCCCGGCCt < 1:29108833‑M1/67‑1 (MQ=255) CCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGTTCATGCCTGGCCCGCCCt < 1:30941767‑M1/67‑1 (MQ=255) CCTGCGATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGTTCATGCCTGGCCCGGCCt < 1:34578812‑M1/67‑1 (MQ=255) CTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGTTCATGCCTGGCCCGGCCTcc < 1:4641281‑M1/68‑1 (MQ=255) CTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGTTCATGCCTGGCCCGGCCTcc > 1:18473891‑M1/1‑68 (MQ=255) CTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGTTCATGCCTGGCCCGGCCTcc > 1:17769802‑M1/1‑68 (MQ=255) GCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGTTCATGCCTGGCCCGGCCTCCGt < 1:30669496‑M1/68‑1 (MQ=255) TATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGTTCATGCCTGGCCCGGCCTCCGtt < 1:35491849‑M1/67‑1 (MQ=255) tGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGTTCATGCCTGGCCCGGCCTCCGTTTCAg > 1:12773020/1‑68 (MQ=255) cAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGTTCATGCCTGGCCCGGCCTCCGTTTCAGa > 1:17046471/1‑67 (MQ=255) cAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGTTCATGCCTGGCCCGGCCTCCGTTTCAGa > 1:15386676/1‑67 (MQ=255) aaGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGTTCATGCCTGGCCCGGCCTCCGTTTCAGaa < 1:33129249/67‑1 (MQ=255) aaGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGTTCATGCCTGGCCCGGCCTCCGTTTCAGAac < 1:21206505/68‑1 (MQ=255) aaGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGTTCATGCCTGGCCCGGCCTCCGTTTCAGAac > 1:15074698/1‑68 (MQ=255) aaGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGTTCATGCCTGGCCCGGCCTCCGTTTCAGAac > 1:11044255/1‑68 (MQ=255) aaGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGTTCATGCCTGGCCCGGCCTCCGTTTCAGAac < 1:10362426/68‑1 (MQ=255) aaGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGTTCATGCCTGGCCCGGCCTCCGTTTCAGAac > 1:10221414/1‑68 (MQ=255) | CCTTTAATACCGGAATTTGATCAGCACGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGTTCATGCCTGGCCCGGCCTCCGTTTCAGAAC > CP009273/1908965‑1909099 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |