| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | = 438477 | NA (NA) | 7 (0.020) | 3/88 | NT | NA | noncoding (4/32 nt) | REP39 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | REP39 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences |
| ? | CP009273 | = 438479 | NA (NA) | noncoding (6/32 nt) | REP39 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | REP39 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | |||||
Only 100 of 456 total aligned reads displayed.
CGCGAGCAGGGCTTTAACAATGTGAAGGTATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACACTACTCGTAATAATTATAAATCCCTGCCGCCATCACCAGT > CP009273/438412‑438546 | cgAGCAGGGCTTTAACAATGTGAAGGTATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTca < 1:10142776‑M2/68‑3 (MQ=255) cgAGCAGGGCTTTAACAATGTGAAGGTATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTca < 1:21870903‑M2/68‑3 (MQ=255) cgAGCAGGGCTTTAACAATGTGAAGGTATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTca < 1:2622194‑M2/68‑3 (MQ=255) cgAGCAGGGCTTTAACAATGTGAAGGTATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTca < 1:5696677‑M2/68‑3 (MQ=255) cgAGCAGGGCTTTAACAATGTGAAGGTATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTca < 1:31002304‑M2/68‑3 (MQ=255) cgAGCAGGGCTTTAACAATGTGAAGGTATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTca < 1:32724851‑M2/68‑3 (MQ=255) cgAGCAGGGCTTTAACAATGTGAAGGTATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTca < 1:8395248‑M2/68‑3 (MQ=255) cgAGCAGGGCTTTAACAATGTGAAGGTATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTca < 1:12255466‑M2/68‑3 (MQ=255) gCAGGGCGTTAACAATGAGACGGTATATCGCCCGTAATTTGTGGCTTTTACGGCGCATCTGGTcaga > 1:36987826‑M2/1‑63 (MQ=255) cAGGGCTTTAACAATGTGAAGGTATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTcagat < 1:4929531‑M2/67‑6 (MQ=255) cTTTAACAATGTGAAGGTATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTccgatgcgacg < 1:18492683‑M2/68‑12 (MQ=255) tttAACAATGTGAAGGTATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTcagatgcgacgt > 1:20653980‑M2/1‑56 (MQ=255) aaCAATGTGAAGGTATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGttt > 1:21526063/1‑67 (MQ=255) aaCAATGTGAAGGTATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGttt > 1:25219259/1‑67 (MQ=255) aaCAATGTGAAGGTATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGttt > 1:10919028/1‑67 (MQ=255) aaCAATGTGAAGGTATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGttt > 1:19061680/1‑67 (MQ=255) aCAATGTGAAGGTATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTg > 1:20949186/1‑67 (MQ=255) aCAATGTGAAGGTATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTg > 1:1561055/1‑67 (MQ=255) aCAATGTGAAGGTATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTg > 1:34443231/1‑67 (MQ=255) cAATGTGAAGGTATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGcc > 1:13403119/1‑68 (MQ=255) cAATGTGAAGGTATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGcc > 1:36734127/1‑68 (MQ=255) aaTGTGAAGGTATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGcc > 1:5079144/1‑67 (MQ=255) tgtgAAGGTATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCa > 1:4468765/1‑68 (MQ=255) tgtgAAGGTATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCa > 1:14504556/1‑68 (MQ=255) tgtgAAGGTATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCa < 1:32986952/68‑1 (MQ=255) gtgAAGGTATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCAt < 1:27716293/68‑1 (MQ=255) gtgAAGGTATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCAt < 1:28688003/68‑1 (MQ=255) gtgAAGGTATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCAt < 1:36238410/68‑1 (MQ=255) gtgAAGGTATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCAt < 1:26800199/68‑1 (MQ=255) gtgAAGGTATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCAt < 1:4333028/68‑1 (MQ=255) gtgAAGGTATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCAt < 1:25452873/68‑1 (MQ=255) gtgAAGGTATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCAt < 1:22534234/68‑1 (MQ=255) gtgAAGGTATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCAt < 1:3593393/68‑1 (MQ=255) gtgAAGGTATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCAt < 1:4159465/68‑1 (MQ=255) gtgAAGGTATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCAt < 1:610739/68‑1 (MQ=255) gAAGGTATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATcc < 1:26001597/68‑1 (MQ=255) aGGTATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTTCGTCTCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCg < 1:21410621/67‑1 (MQ=255) aGGTATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCg < 1:2041530/67‑1 (MQ=255) aGGTATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCg < 1:11975692/67‑1 (MQ=255) ggTATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGac > 1:9360563/1‑68 (MQ=255) ggTATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGac > 1:24265647/1‑68 (MQ=255) ggTATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGac > 1:14202714/1‑68 (MQ=255) ggTATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGac > 1:7325778/1‑68 (MQ=255) ggTATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGac > 1:19374713/1‑68 (MQ=255) gTATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGac > 1:29559624/1‑67 (MQ=255) tataTCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTGCGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGac > 1:24384973/1‑66 (MQ=255) tataTCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGac > 1:27500647/1‑66 (MQ=255) tataTCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGac < 1:23485667/66‑1 (MQ=255) tataTCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGac > 1:2971582/1‑66 (MQ=255) tataTCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGac > 1:13766457/1‑66 (MQ=255) atatCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACact < 1:6257770/68‑1 (MQ=255) atatCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACact < 1:13944658/68‑1 (MQ=255) atCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGCCact > 1:8793777/1‑66 (MQ=255) atCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACactac < 1:17857727/68‑1 (MQ=255) atCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACactac < 1:8167243/68‑1 (MQ=255) atCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACact > 1:32634549/1‑66 (MQ=255) atCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACact > 1:1624489/1‑66 (MQ=255) atCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGCCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACact > 1:14359446/1‑66 (MQ=255) tCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACactac > 1:31350734/1‑67 (MQ=255) tCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTATGCCGCAACCGACactac > 1:23185709/1‑67 (MQ=255) cGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGTACAGATGCGCCGTTTGCCGCAACCGCCactaa > 1:29324171/1‑65 (MQ=255) cGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTcagatgcgacgtaaaaaccacaaattacgggcg > 1:26411791‑M2/1‑35 (MQ=255) cGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACACTACTc > 1:31145248/1‑68 (MQ=255) cGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACACTACTc > 1:1586730/1‑68 (MQ=255) cGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACACTACTc > 1:30123113/1‑68 (MQ=255) cGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACACTACTc > 1:19957079/1‑68 (MQ=255) gCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACACTACTCg > 1:15903931/1‑68 (MQ=255) ccGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACACTACTCGta < 1:18706369/68‑1 (MQ=255) ccGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACACTACTCGta < 1:30877427/68‑1 (MQ=255) ccGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACACTACTCGta < 1:2489525/68‑1 (MQ=255) ccGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACACTACTCGta < 1:28998157/68‑1 (MQ=255) aTTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACACTACTCGTaataat > 1:30508334/1‑68 (MQ=255) tttGTGGTTTTTACGTCGCATCTTGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACACTACTCGTAATAAtt < 1:17440376/68‑1 (MQ=255) tttGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACACTACTCGTAATAAtt < 1:10657169/68‑1 (MQ=255) tttGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACACTACTCGTAATAAtt < 1:34814218/68‑1 (MQ=255) tttGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACACTACTCGTAATAAtt < 1:27173589/68‑1 (MQ=255) tttGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACACTACTCGTAATAAtt < 1:3152350/68‑1 (MQ=255) tttGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACACTACTCGTAATAAtt < 1:3367648/68‑1 (MQ=255) tttGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTGTGCCGCATCCGACACTACTCGGAATAAtt > 1:12393539/1‑68 (MQ=255) ttGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACACTACTCGTAATAATta < 1:5397459/68‑1 (MQ=255) ttGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACACTACTCGTAATAATta < 1:19618087/68‑1 (MQ=255) ttGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACACTACTCGTAATAATta < 1:15344177/68‑1 (MQ=255) tgtgGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACACTACTCGTAATAATtat < 1:7590098/68‑1 (MQ=255) ggTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACACTACTCGTAATAATTATaa < 1:34095224/67‑1 (MQ=255) ttttACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACACTACTCGTAATAATTATAAATc < 1:30212043/67‑1 (MQ=255) ttttACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACACTACTCGTAATAATTATAAATc < 1:28188964/67‑1 (MQ=255) cGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACTCTACTCGTAATAATTATTATTCCCTgcc > 1:9195485/1‑68 (MQ=39) cGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACACTACTCGTAATAATTATAAATCCCTgcc > 1:4673198/1‑68 (MQ=255) gTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACACTACTCGTAATAATTATAAATCCCTgccg < 1:3932563/68‑1 (MQ=255) cGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACACTACTCGTAATAATTATAAATCCCTgccgc < 1:11755178/67‑1 (MQ=255) cGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACACTACTCGTAATAATTATAAATCCCTgccgc < 1:6600713/67‑1 (MQ=255) aTCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCGGACACTAGTCGTAATAATTATAAATCCCTGCCGCCAt < 1:33456399/67‑1 (MQ=255) tCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACACTACTCGTAATAATTATAAATCCCTGCCGCCATCa < 1:18172143/68‑1 (MQ=255) tCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACACTACTCGTAATAATTATAAATCCCTGCCGCCATCa < 1:7698507/68‑1 (MQ=255) tCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACACTACTCGTAATAATTATAAATCCCTGCCGCCATCa < 1:16912215/68‑1 (MQ=255) tCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACACTACTCGTAATAATTATAAATCCCTGCCGCCATCa < 1:33964839/68‑1 (MQ=255) tCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCAGACACTACTCGTAATAATTATAAATCCCTGCCGCCATCa < 1:6834300/68‑1 (MQ=255) tGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACACTACTCGTAATAATTATAAATCCCTGCCGCCATCAcc < 1:35754168/68‑1 (MQ=255) tCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACACTACTCGTAATAATTATAAATCCCTGCCGCCATCACCAGt > 1:32012492/1‑68 (MQ=255) tCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACACTACTCGTAATAATTATAAATCCCTGCCGCCATCACCAGt > 1:11286844/1‑68 (MQ=255) | CGCGAGCAGGGCTTTAACAATGTGAAGGTATATCGCCCGTAATTTGTGGTTTTTACGTCGCATCTGGTCAGATGCGACGTTTGCCGCATCCGACACTACTCGTAATAATTATAAATCCCTGCCGCCATCACCAGT > CP009273/438412‑438546 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |