| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 964816 = | 148 (0.330) | 13 (0.030) | 6/94 | NT | 7.9% | intergenic (+8/‑29) | lpxK/ycaQ | lipid A 4'kinase/DUF1006 family protein with C‑terminal wHTH domain |
| ? | CP009273 | 964858 = | 178 (0.480) | coding (14/1233 nt) | ycaQ | DUF1006 family protein with C‑terminal wHTH domain | |||||
Only 100 of 305 total aligned reads displayed.
TGGCTTCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTGCCGCACAAGGCCTGTTAAACAAACCCCGCCGT > CP009273/964792‑964925 | tGGCTTCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCa > 1:10635263/1‑67 (MQ=255)tGGCTTCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCa > 1:16099264/1‑67 (MQ=255)tGGCTTCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCa < 1:30430956/67‑1 (MQ=255)tGGCTTCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCa < 1:31684026/67‑1 (MQ=255)tGGCTTCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCa < 1:1700715/67‑1 (MQ=255)tGGCTTCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCAc < 1:24321218/68‑1 (MQ=255) ggCTTCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCa > 1:30249916/1‑66 (MQ=255) ggCTTCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCa > 1:35767940/1‑66 (MQ=255) acgcgcatcagcaagggagaggtgcggcagcgacattcatgactccatcaatctaacgctgccgcAcc < 1:15240992‑M2/3‑1 (MQ=255) ttCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACctct < 1:35933400/68‑1 (MQ=255) ttCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACctc < 1:4159887/67‑1 (MQ=255) ttCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACctc < 1:31459103/67‑1 (MQ=255) ttCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACctc > 1:22657539/1‑67 (MQ=255) ttCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTGCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACctct < 1:11061543/68‑1 (MQ=255) gtCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGGCATGAATGTCGCTGCCGCACcgct < 1:14305699/67‑1 (MQ=255) cgcatcagcaagggagaggtGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGcaccac < 1:35688276‑M1/47‑3 (MQ=255) tCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACctct > 1:36739278/1‑67 (MQ=255) cTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTcc < 1:32413669/68‑1 (MQ=255) cTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTcc < 1:14973694/68‑1 (MQ=255) tGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTccc < 1:9435356/68‑1 (MQ=255) tGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTccc < 1:92376/68‑1 (MQ=255) atcagcaagggagaggtgcggcagcgacattcttgtctccatcaatctaacgctgccgcACCTCTcc < 1:16183769‑M2/8‑1 (MQ=255) gCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCtt > 1:16785280/1‑68 (MQ=255) cagcaagggagaggtgcggcagctacattcatgactccttcaatctaacgctgccgcACCTCTCCCtt < 1:36489223‑M2/11‑1 (MQ=255) ctaCTAGTTACGCCGCGCCAGCGTTCGATTGATGGCGTCATGAATGGCGCTGCCGCACCTCTCCCtt < 1:21068826/65‑1 (MQ=38) cAACTAGTTACGCCGCGGCAGGGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCtt < 1:7363678/67‑1 (MQ=255) cAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCtt < 1:8246886/67‑1 (MQ=255) cAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCtt < 1:26901426/67‑1 (MQ=255) cAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCtt < 1:27164699/67‑1 (MQ=255) cAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCtt < 1:13144823/67‑1 (MQ=255) gcaagggagaggtGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGc < 1:1585143‑M1/55‑1 (MQ=255) aCTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCtt > 1:29278711/1‑65 (MQ=255) cTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTg > 1:30965390/1‑68 (MQ=255) aGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGAt > 1:2205160/1‑68 (MQ=255) tACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATgcg < 1:31983003/68‑1 (MQ=255) tACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATgcg < 1:32600394/68‑1 (MQ=255) agaggtGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTtgctgctgc < 1:13634337‑M1/61‑1 (MQ=255) agaggtGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATgc < 1:31243878‑M1/61‑1 (MQ=255) aCGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATgcgc > 1:7504603/1‑68 (MQ=255) cgccgcGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGcgcg > 1:4427090/1‑68 (MQ=255) cgccgcGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGcgcg > 1:10023312/1‑68 (MQ=255) ggtgcggcagcgacattcatgactccatcaatcgaacgctgccgcACCTCTCCCTTGCTGATgcgc < 1:11092031‑M2/21‑1 (MQ=255) ggtgcggcagcgacattcatgactccatcaatccaccgctgccgcACCTCTCCCTTGCTGATgcgc < 1:22984025‑M2/21‑1 (MQ=255) ggggcggcagcgacattcttgactccatcaatcgaacgctgccgcACCTCTCCCTTGCTGATgcgc < 1:23933730‑M2/21‑1 (MQ=255) gccgcGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATTCGCGt > 1:26230869/1‑68 (MQ=255) gccgcGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGt > 1:28895872/1‑68 (MQ=255) gccgcGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGt > 1:26113375/1‑68 (MQ=255) gccgcGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGt > 1:174535/1‑68 (MQ=255) gccgcGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGt < 1:21500920/68‑1 (MQ=255) ccgcGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTa > 1:3544089/1‑68 (MQ=255) ccgcGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTa > 1:11922910/1‑68 (MQ=255) ccgcGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTa > 1:18692255/1‑68 (MQ=255) tGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTaa < 1:21389364‑M1/67‑1 (MQ=255) tGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTACCTTGCTGATGCGCGTaa < 1:6970785‑M1/67‑1 (MQ=255) cgcgGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTaa < 1:23561359/68‑1 (MQ=255) GCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAAt > 1:6729934‑M1/1‑68 (MQ=255) GGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGcgtaagct > 1:8699347‑M1/1‑65 (MQ=255) GGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATc > 1:27803814‑M1/1‑67 (MQ=255) GGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCt > 1:33187640‑M1/1‑68 (MQ=255) GGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCt > 1:23398071‑M1/1‑68 (MQ=255) CAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTc < 1:13704796‑M1/68‑1 (MQ=255) AGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTc < 1:14483253‑M1/67‑1 (MQ=255) AGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTc < 1:11367953‑M1/67‑1 (MQ=255) AGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTc < 1:10237640‑M1/67‑1 (MQ=255) tCGATTGATGGAGTCATGTATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCACCtt < 1:36102670/67‑1 (MQ=255) tCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTg < 1:8488930/68‑1 (MQ=255) cGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTGc < 1:21169468/68‑1 (MQ=255) cGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTGc < 1:15964236/68‑1 (MQ=255) cGATTGATCGCGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTGc < 1:20031467/68‑1 (MQ=255) gATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTGcc < 1:19704782/68‑1 (MQ=255) gATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCCTGCCGATGCGCGTAATCTTCACCTTGcc < 1:35890264/68‑1 (MQ=255) aTTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTGcc > 1:20299032/1‑67 (MQ=255) ttGATGGAGTCATCAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCCTGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTGCCg < 1:34490830/67‑1 (MQ=255) tGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTGCCGca < 1:24800354/68‑1 (MQ=255) ggAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTGCCGCACAAg < 1:2564542/68‑1 (MQ=255) ggAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTGCCGCACAAg < 1:37061972/68‑1 (MQ=255) aGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTGCCGCACAAgg < 1:6253439/67‑1 (MQ=255) aGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTGCCGCACAAgg < 1:5536961/67‑1 (MQ=255) aGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTGCCGCACAAgg < 1:12989298/67‑1 (MQ=255) aGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTGCCGCACAAgg < 1:20779523/67‑1 (MQ=255) aGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTGCCGCACAAgg < 1:2224658/67‑1 (MQ=255) cATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTGCCGCACAAGGCCt < 1:30384723/67‑1 (MQ=255) cATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTGCCGCACAAGGCCt < 1:5869080/67‑1 (MQ=255) cATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTGCCGCACAAGGCCt < 1:23714854/67‑1 (MQ=255) cATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTGCCGCACAAGGCCt < 1:16630466/67‑1 (MQ=255) cATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTGCCGCACAAGGCCt < 1:1232200/67‑1 (MQ=255) cATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTGCCGCACAAGGCCTg < 1:19141071/68‑1 (MQ=255) aTGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTGCCGCACAAGGCCTGt < 1:35035446/68‑1 (MQ=255) aTGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTGCCGCACAAGGCCTGt < 1:27349852/68‑1 (MQ=255) aTGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTGCCGCACAAGGCCTGt < 1:12556058/68‑1 (MQ=255) aTGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTGCCGCACAAGGCCTGt < 1:5589850/68‑1 (MQ=255) aTGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTGCCGCACAAGGCCTGt < 1:16911068/68‑1 (MQ=255) aTGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTGCCGCACAAGGCCTGTTaaa < 1:3744871/68‑1 (MQ=255) aTGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTGCCGCACAAGGCCTGTTaaa < 1:17656854/68‑1 (MQ=255) aTGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTGCCGCACAAGGCCTGTTaa < 1:25218959/67‑1 (MQ=255) aTGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTGCCGCACAAGGCCTGTTaa > 1:2827176/1‑67 (MQ=255) gTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTGCCGCACAAGGCCTGTTaaaca > 1:30055154/1‑68 (MQ=255) gctgccgcACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTGCCGCACAAGGCCGGGTaaacaaa > 1:33605727‑M2/9‑67 (MQ=255) tgccgcACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTGCCGCACAAGGCCTGTTAAACAAAcc < 1:1291508‑M2/61‑1 (MQ=255) cgcACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTGCCGCACAAGGCCTGTTAAACAAACCccgc < 1:27725992‑M2/65‑1 (MQ=255) | TGGCTTCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTGCCGCACAAGGCCTGTTAAACAAACCCCGCCGT > CP009273/964792‑964925 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |