| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 1958516 = | 325 (0.730) | 21 (0.060) | 8/96 | NT | 7.6% | coding (792/2079 nt) | flhA | putative flagellar export pore protein |
| ? | CP009273 | 1958598 = | 229 (0.600) | coding (710/2079 nt) | flhA | putative flagellar export pore protein | |||||
Only 100 of 460 total aligned reads displayed.
CACCAGCGCCGGAATTTGTGCCACCAGACCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGACCATGA > CP009273/1958531‑1958664 | aCCAGCGCCGGAATTTGTGCCACCAGCCCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCgtg > 1:24748381/1‑68 (MQ=255) aCCAGCGCCGGAATTTGTGCCACCAGACCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCgtg < 1:19243272/68‑1 (MQ=255) aCCAGCGCCGGAATTTGTGCCACCAGACCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCgtg < 1:31518041/68‑1 (MQ=255) aCCAGCGCCGGAATTTGTGCCACCAGACCGTCGCCAATGGGCAATAGCGTATAACATTCCGCCGCgtg < 1:12339411/68‑1 (MQ=255) cgctattgaccattggcgacggtctggtggcacaaattccggcgctggtgatttctaccgccgcgtgt < 1:9631262‑M2/3‑1 (MQ=255) ccAGCGCCGTAATTTGTGCCACCAGACCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCgtgt < 1:34943172/68‑1 (MQ=255) ccAGCGCCGGAATTTGTGCCACCAGACCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCgtgt < 1:37141657/68‑1 (MQ=255) ccAGCGCCGGAATTTGTGCCACCAGACCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCgtgt < 1:8337627/68‑1 (MQ=255) ccAGCGCCGGAATTTGTGCCACCAGACCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCgtgt < 1:26917735/68‑1 (MQ=255) ccAGCGCCGGAATTTGTGCCACCAGACCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCgtgt < 1:7593902/68‑1 (MQ=255) ccAGCGCCGGAATTTGTGCCACCAGACCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCgtgt < 1:3181457/68‑1 (MQ=255) ccAGCGCCGGAATTTGTGCCACCAGACCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCgtg > 1:21464699/1‑67 (MQ=255) ccAGCGCCGGAATTTGAGCCACCAGACCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCgtgt < 1:29586859/68‑1 (MQ=255) gctattgaccattggcgacggtctggtggcacaaattccggcgctggtgatttctaccgccgcgTGTc < 1:34140099‑M2/4‑1 (MQ=255) cAGCGCCGGAATTTGTGCCACCAGACCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTc < 1:15394995/68‑1 (MQ=255) cAGCGCCGGAATTTGTGCCACCAGACCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTc < 1:28918807/68‑1 (MQ=255) aGCGCCGGAATTTGTGCCACCAGACCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTc > 1:26553576/1‑67 (MQ=255) tattgaccattggcgacggtctggtggcacaaattccggcgctggtgatttctaccgccgcgTGTcc < 1:27954984‑M2/5‑1 (MQ=255) tattgaccattggcgacggtctggtggcacaaattccggcgctggtgatttctaccgccgcgTGTcc < 1:16784683‑M2/5‑1 (MQ=255) tattgaccatcggcgaccggctggtggcacaaattccggcgctggtgatttctaccgccgcgTGTcc < 1:20996857‑M2/5‑1 (MQ=255) gcCGGAATTTGTGCCACCAGACCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTcc < 1:30005919/65‑1 (MQ=255) gcCGGAATTTGTGCCACCAGACCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTcc < 1:19687479/65‑1 (MQ=255) gcCGGAATTTGTGCCACCAGACCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCAt < 1:13740923/68‑1 (MQ=255) gaccaatcgcgacggtctggttgcacaaattccggcgctggtgatttctaccgccgcgTGTCCCATGc < 1:22934667‑M2/10‑1 (MQ=255) cGGAATTTGTGCCACCAGACCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATg < 1:27338202/67‑1 (MQ=255) cGGAATTTGTGCCACCAGACCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGc < 1:22020861/68‑1 (MQ=255) cGGAATTTGTGCCACCAGACCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGc < 1:22262526/68‑1 (MQ=255) cGGAATTTGTGCCACCAGACCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGc < 1:11946721/68‑1 (MQ=255) cGGAATTTGTGCCACCAGACCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGc < 1:16338777/68‑1 (MQ=255) 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gCCACCAGACCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCAt < 1:27620345/67‑1 (MQ=255) gCCACCAGACCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCAt < 1:30847968/67‑1 (MQ=255) caccaGACCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGtt < 1:19993025/68‑1 (MQ=255) caccaGACCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGt < 1:10228042/67‑1 (MQ=255) aCCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTgcagc > 1:33439447/1‑67 (MQ=255) aCCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTgcagc > 1:3572905/1‑67 (MQ=255) aCCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTgcagc > 1:36455612/1‑67 (MQ=255) aCCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTgcagc > 1:23941162/1‑67 (MQ=255) aCCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTgcagc > 1:12160065/1‑67 (MQ=255) aCCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTgcagc > 1:424351/1‑67 (MQ=255) aCCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTgcagc > 1:4458929/1‑67 (MQ=255) cGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACg < 1:15550759/68‑1 (MQ=255) cGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGcc < 1:2370187/67‑1 (MQ=255) gCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCg > 1:30517023/1‑67 (MQ=255) gCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGa < 1:5919211/68‑1 (MQ=255) cAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGAc < 1:24524935/67‑1 (MQ=255) cAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGAc < 1:34672894/67‑1 (MQ=255) cAATCGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCGCATGCCATGTTGCAGCACGCCGAcc < 1:32255626/68‑1 (MQ=255) ggTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCa > 1:25625068/1‑68 (MQ=255) ggTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCa > 1:19460954/1‑68 (MQ=255) cAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAAcc < 1:24085398/68‑1 (MQ=255) cAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAAcc < 1:31179018/68‑1 (MQ=255) aTAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAAccc > 1:8771185/1‑67 (MQ=255) aTAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAAccc > 1:10039457/1‑67 (MQ=255) aTAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAAccc > 1:25445246/1‑67 (MQ=255) aTAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAAccc > 1:20225645/1‑67 (MQ=255) aGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCCGCAACccgcc > 1:14320092/1‑68 (MQ=255) aGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCACCccgcc > 1:21770912/1‑68 (MQ=255) aGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACccgcc > 1:17493448/1‑68 (MQ=255) aGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACccgcc > 1:25278415/1‑68 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |