| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 2542825 = | NA (NA) | 10 (0.030) | 6/98 | NT | NA | noncoding (1/98 nt) | RIP176 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 2 REP sequences and 1 IHF site | RIP176 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 2 REP sequences and 1 IHF site |
| ? | CP009273 | 3556967 = | NA (NA) | noncoding (26/98 nt) | RIP256 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 2 REP sequences and 1 IHF site | RIP256 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 2 REP sequences and 1 IHF site | |||||
Only 100 of 799 total aligned reads displayed.
CAGATTTCAATCTGGCCTGAGACTGATGACAAACACAAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGCAATATATTGAATTTGCATGGTCTTGTAGGCCAGATAAGACGTTCACGTCGCA > CP009273/3556900‑3557033 | cAGATTTCAATCTGGCCTGAGACTGATGACAAACACAAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGcc < 1:7223041/68‑1 (MQ=255)cAGATTTCAATCTGGCCTGAGACTGATGACAAACACAAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGcc < 1:36263673/68‑1 (MQ=255)cAGATTTCAATCTGGCCTGAGACTGATGACAAACACAAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGcc < 1:13253067/68‑1 (MQ=255) tttCAATCTGGCCTGAGACTGATGACAAACACAAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTa < 1:8284396/66‑1 (MQ=255) tttCAATCTGGCCTGAGACTGATGACAAACACAAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTa < 1:20501348/66‑1 (MQ=255) tttCAATCTGGCCTGAGACTGATGACAAACACAAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTa < 1:15149163/66‑1 (MQ=255) tttCAATCTGGCCTGAGACTGATGACAAACACAAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTa < 1:33855646/66‑1 (MQ=255) tttCAATCTGGCCTGAGACTGATGACAAACACAAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACg < 1:11700959/68‑1 (MQ=255) tttCAATCTGGCCTGAGACTGATGACAAACACAAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACg > 1:31106832/1‑68 (MQ=255) tttCAATCTGGCCTGAGACTGATGACAAACACAAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACg > 1:423473/1‑68 (MQ=255) tttCAATCTGGCCTGAGACTGATGACAAACACAAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACg > 1:26436963/1‑68 (MQ=255) tttCAATCTGGCCTGAGACTGATGACAAACACAAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGG‑CTACGt > 1:34775841/1‑68 (MQ=255) ttCAATCTGGCCTGAGACTGATGACAAACACAAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGt > 1:13489716/1‑68 (MQ=255) cAATCTTGCCTGTGACTGATGACAAACACAAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTgg < 1:26894157/68‑1 (MQ=255) cAATCTGGCCTGAGACTGATGACAAACACAAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTgg < 1:33624172/68‑1 (MQ=255) cAATCTGGCCTGAGACTGATGACAAACACAAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTgg < 1:32792581/68‑1 (MQ=255) cAATCTGGCCTGAGACTGATGACAAACACAAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTgg < 1:10318086/68‑1 (MQ=255) cAATCTGGCCTGAGACTGATGACAAACACAAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTgg < 1:16464978/68‑1 (MQ=255) cAATCTGGCCTGAGACTGATGACAAACACAAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTgg < 1:1216567/68‑1 (MQ=255) cAATCTGGCCTGAGACTGATGACAAACACAAAACTGCCTCATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTgg < 1:35894805/68‑1 (MQ=255) cAATCTGGCCTGAGACTGATGACAAACACAAAAATGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTgg < 1:18214912/68‑1 (MQ=255) cAATCTGACCTGAGACTGATGACAAACACAAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTgg < 1:11053976/68‑1 (MQ=255) aTCTGGCCTGAGACTGATGACAAACACAAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGtt > 1:6960802/1‑68 (MQ=255) tGGCCTGAGACTGATGACAAACACAAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTAt < 1:25130554/68‑1 (MQ=255) tGGCCTGAGACTGATGACAAACACAAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTAt < 1:19215122/68‑1 (MQ=255) tGGCCTGAGACTGATGACAAACACAAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTAt < 1:30012968/68‑1 (MQ=255) tGGCCTGAGACTGATGACAAACACAAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTAt < 1:22162383/68‑1 (MQ=255) ccTGAGACTGATGACAAACACAAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGCa > 1:15438152/1‑68 (MQ=255) gagaCTGATGACAAACACAAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGCAata < 1:6795273/68‑1 (MQ=255) gaCTGATGACAAACACAAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGCAatata > 1:3046548/1‑68 (MQ=255) gaCTGATGACAAACACAAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGCAatata > 1:3838934/1‑68 (MQ=255) gaCTGATGACAAACACAAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGCAatata > 1:22291418/1‑68 (MQ=255) gaCTGATGACAAACACAAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGCAatat < 1:9351892/67‑1 (MQ=255) gaCTGATGACAAACACAAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGCAatat < 1:31569520/67‑1 (MQ=255) gaCTGATGACAAACACAAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGCAatat < 1:21248314/67‑1 (MQ=255) gaCTGATGACAAACACAAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGCAatat < 1:15835584/67‑1 (MQ=255) gaCTGATGACAAACACAAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGCAatat < 1:30173366/67‑1 (MQ=255) aCTGATGACAAACACAAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGCAatatat > 1:8721906/1‑68 (MQ=255) aCTGATGACAAACACAAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGCAatatat > 1:29163312/1‑68 (MQ=255) aCTGATGACAAACACAAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGCAatatat > 1:2721222/1‑68 (MQ=255) cTGATGACAAACACAAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGCAatatat < 1:1471002/67‑1 (MQ=255) gatgaCAAACACAAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGCAATATATTGa < 1:28674057/68‑1 (MQ=255) gatgaCAAACACAAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGCAATATATTGa < 1:29502782/68‑1 (MQ=255) gatgaCAAACACAAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGCAATATATTGa < 1:19945225/68‑1 (MQ=255) tgaCAAACACAAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGCAATATATTGaa < 1:19554951/67‑1 (MQ=255) gaCAAACACAAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGCAATATATTGAAtt > 1:23039818/1‑68 (MQ=255) aCAAACACAAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGCAATATATTGAAttt > 1:18856178/1‑68 (MQ=255) cAAACACAAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGCAATATATTGAAttt < 1:33340859/67‑1 (MQ=255) cAAACACAAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGCAATATATTGAATTTg < 1:36904553/68‑1 (MQ=255) cacaAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGCAATATATTGAATTTGCATg < 1:34160155/68‑1 (MQ=255) acaAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGCAATATATTGAATTTGCATgg > 1:8971092/1‑68 (MQ=255) cacgtaggcctgataagcgtagcgcatcaggcCTACGTGGTTTATGCAATATATTGAATTTGCATGGt < 1:14296914‑M2/36‑1 (MQ=255) caAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTTGTTTATGCAATATATTGAATTTGCATGGt < 1:13966530/68‑1 (MQ=255) caAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGCAATATATTGAATTTGCATGGt < 1:5457462/68‑1 (MQ=255) caAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGCAATATATTGAATTTGCATGGt < 1:17562951/68‑1 (MQ=255) caAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGCAATATATTGAATTTGCATGGt < 1:18012897/68‑1 (MQ=255) caAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGCAATATATTGAATTTGCATGGt < 1:20764543/68‑1 (MQ=255) caAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGCAATATATTGAATTTGCATGGt < 1:10062165/68‑1 (MQ=255) caAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGCAATATATTGAATTTGCATGGt < 1:753507/68‑1 (MQ=255) caAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGCAATATATTGAATTTGCATGGt < 1:6280933/68‑1 (MQ=255) caAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGCAATATATTGAATTTGCATGGt < 1:25368146/68‑1 (MQ=255) caAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGCAATATATTGAATTTGCATGGt < 1:26135564/68‑1 (MQ=255) cgtaggcctgataagcgtagcgcatcaggcCTACGTGGTTTATGCAATATATTGAATTTGCATGGTCt < 1:17143569‑M2/38‑1 (MQ=255) aaaCTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGCAATATATTGAATTTGCATGGTCt < 1:18604351/68‑1 (MQ=255) aaaCTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGCAATATATTGAATTTGCATGGTCt < 1:10812748/68‑1 (MQ=255) aaCTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGCAATATATTGAATTTGCATGGTCtt < 1:20988210/68‑1 (MQ=255) aaCTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGCAATATATTGAATTTGCATGGTCtt < 1:35541779/68‑1 (MQ=255) acagCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTTTGCAATATATTGAATTTGCATGGTCTTg > 1:3643123/4‑68 (MQ=255) aCTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGCAATATATTGAATTTGCATGGTCTTg > 1:35010680/1‑68 (MQ=255) aCTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGCAATATATTGAATTTGCATGGTCTTg > 1:9576910/1‑68 (MQ=255) cggATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGCAATATATTGAATTTGCATGGTCTTGTAgg < 1:28189074/65‑1 (MQ=255) gATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGCAATATATTGAATTTGCATGGTCTTGTAGGCCa < 1:27470000/68‑1 (MQ=255) tGCGCTTCGCTTATCAGGCCTACTTGGTTTATGCAATATATTGAATTTGCATGGTCTTGTAGGCCAg < 1:35198562/67‑1 (MQ=255) tGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGCAATATATTGAATTTGCATGGTCTTGTAGGCCAg < 1:26328191/67‑1 (MQ=255) tGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGCAATATATTGAATTTGCATGGTCTTGTAGGCCAGa < 1:20181822/68‑1 (MQ=255) gcgcTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGCAATATATTGAATTTGCATGGTCTTGTAGGCCAGAt > 1:3190598/1‑68 (MQ=255) gcgcTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGCAATATATTGAATTTGCATGGGCTTGTAGGCAAGAt > 1:32053737/1‑68 (MQ=255) cgcTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGCAATATATTGAATTTGCATGGt < 1:23719520/53‑1 (MQ=255) gcTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGCAATATATTGAATTTGCATGGTCTTGTAGGCCAGATaa > 1:5713104/1‑68 (MQ=255) tACGCTTATCTGGCAAACGTGGTTTATGGAATATATTTAATTTGCATGGTCTTGTAGGCCAGATAAGa < 1:32304859/68‑1 (MQ=37) tACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGCAATATATTGAATTTGCATGGTCTTGTAGGCCAGATAAGa < 1:6551839/68‑1 (MQ=255) tACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGCAATATATTGAATTTGCATGGTCTTGTAGGCCAGATAAGa < 1:4510750/68‑1 (MQ=255) gCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGCAATATATTGAATTTGCATGGTCTTGTAGGCCAGATAAGACGt < 1:24134739/68‑1 (MQ=255) gCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGCAATATATTGAATTTGCATGGTCTTGTAGGCCAGATAAGACGt > 1:21802369/1‑68 (MQ=255) tcaggcCTACGTGGTTTATGCAATATATTGAATTTGCATGGTCTTGTAGGCCAGATAAGACGTTCACg > 1:2791458‑M2/7‑68 (MQ=255) tcaggcCTACGTGGTTTATGCAATATATTGAATTTGCATGGTCTTGTAGGCCAGATAAGACGTTCACg > 1:23299071‑M2/7‑68 (MQ=255) tcaggcCTACGTGGTTTATGCAATATATTGAATTTGCATGGTCTTGTAGGCCAGATAAGACGTTCACg > 1:16944090‑M2/7‑68 (MQ=255) ggcCTACGTGGTTTATGCAATATATTGAATTTGCATGGTCTTGTAGGCCAGATAAGACGTTCACGTc > 1:4960579‑M2/4‑67 (MQ=255) ggcCTACGTGGTTTATGCAATATATTGAATTTGCATGGTCTTGTAGGCCAGATAAGACGTTCACGTc > 1:23506096‑M2/4‑67 (MQ=255) 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cTACGTGGTTTATGCAATATATTGAATTTGCATGGTCTTGTAGGCCAGATAAGACGTTCACGTCGCa < 1:17749308/67‑1 (MQ=255) | CAGATTTCAATCTGGCCTGAGACTGATGACAAACACAAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGCAATATATTGAATTTGCATGGTCTTGTAGGCCAGATAAGACGTTCACGTCGCA > CP009273/3556900‑3557033 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |