| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | = 3637851 | 18 (1.080) | 6 (0.360) | 4/286 | 1.6 | 27.3% | coding (2284/2481 nt) | PP_3202 | transporter |
| ? | NC_002947 | = 3637872 | 14 (0.840) | coding (2305/2481 nt) | PP_3202 | transporter | |||||
CGCGAGCCTGTCCCAGGCGTATTACCGCGCGCTGCTGTTCACCGGCAAGGTGGTCATGCTCACCGGTATCACCCTGGCCATCGGCGTTGGTACCTGGATCTTCTCGCCGATCAAGTTCCAGGCCGACATGGGCGTGCTGCTGGCATTCATGTTCGTCTGGAACATGGTCGGCGCATTGATCCTGCTGCCGGCGTTGGCCTACTTCCTGTTACCGCACCGCAAGGCCTGCACCGAGCAGCTGGCATTGCCGGCGCATGAACACACAAGGCGC > NC_002947/3637706‑3637976 | cgcgAGCCTGTCCCAGGCGTATTACCGCGCGCTGCTGTTCACCGGCAAGGTGGTCATGCTCACCGGTATCACCCTGGCCATCGGCGTTGGTACCTGGATCTTCTCGCCGATCAAGTTCCAGGCCGACATGGGCGTGCTGCTGGCATTCAt < 2:249334/150‑1 (MQ=255)cgcgAGCCTGTCCCAGGCGTATTACCGCGCGCTGCTGTTCACCGGCAAGGTGGTCATGCTCACCGGTATCACCCTGGCCATCGGCGTTGGTACCTGGATCTTCTCGCCGATCAAGTTCCAGGCCGACATGGGCGTGCTGCTGGCATTCAt < 2:249329/150‑1 (MQ=255) gTATTACCGCGCGCTGCTGTTCACCGGCAAGGTGGTCATGCTCACCGGTATCACCCTGGCCATCGGCGTTGGTACCTGGATCTTCTCGCCGATCAAGTTCCAGGCCGACATGGGCGTGCTGCTGGCATTCATGTTCGTCTGGAACATGGt > 2:41979/1‑150 (MQ=255) tATTACCGCGCGCTGCTGTTCACCGGCAAGGTGGTCATGCTCACCGGTATCACCCTGGCCATCGGCGTTGGTACCTGGATCTTCTCGCCGATCAAGTTCCAGGCCGACATGGGCGTGCTGCTGGCATTCATGTTCGTCTGGAACATGGTc < 1:345998/150‑1 (MQ=255) gTTCACCGGCAAGGTGGTCATGCTCACCGGTATCACCCTGGCCATCGGCGTTGGTACCTGGATCTTCTCGCCGATCAAGTTCCAGGCCGACATGGGCGTGCTGCTGGCATTCATGTTCGTCt > 2:273749/1‑122 (MQ=255) gTTCACCGGCAAGGTGGTCATGCTCACCGGTATCACCCTGGCCATCGGCGTTGGTACCTGGATCTTCTCGCCGATCAAGTTCCAGGCCGACATGGGCGTGCTGCTGGCATTCATGTTCGTCt < 1:273749/122‑1 (MQ=255) aCCGGCAAGGTGGTCATGCTCACCGGTATCACCCTGGCCATCGGCGTTGGTACCTGGATCTTCTCGCCGATCAAGTTCCAGGCCGACATGGGCGTGCTGCTGGCATTCATGTTCGTCTGGAACATGGTCGGCGCATTGATCCTGCTGCCg > 1:283311/1‑150 (MQ=255) gtggtCATGCTCACCGGTATCACCCTGGCCATCGGCGTTGGTACCTGGATCTTCTCGCCGATCAAGTTCCAGGCCGACATGGGCGTGCTGCTGGCATTCATGTTCGTCTGGAACATGGTCGGCGCATTGATCCTGCTGCCGGCGTTGGcc > 1:96487/1‑150 (MQ=255) gtCATGCTCACCGGTATCACCCTGGCCATCGGCGTTGGTACCTGGATCTTCTCGCCGATCAAGTTCCAGGCCGACATGGGCGTGCTGCTGGCATtcatgttccagacgaacatgaat < 2:143244‑M1/117‑24 (MQ=255) gtCATGCTCACCGGTATCACCCTGGCCATCGGCGTTGGTACCTGGATCTTCTCGCCGATCAAGTTCCAGGCCGACATGGGCGTGCTGCTGGCATtcatgttccagacgaacatgaat > 1:143244‑M1/1‑94 (MQ=255) gCTCACCGGTATCACCCTGGCCATCGGCGTTGGTACCTGGATCTTCTCGCCGATCAAGTTCCAGGCCGACATGGGCGTGCTGCTGGCATTCATGTTCGTCTGGAACATGGTCGGCGCATTGATCCTGCTGCCGGCGTTGGCCTACTTCCt < 2:127298/150‑1 (MQ=255) ccTGGCCATCGGCGTTGGTACCTGGATCTTCTCGCCGATCAAGTTCCAGGCCGACATGGGCGTGCTGCTGGCATTCATGTTCGTCTGGAACATGGTCGGCGCATTGATCCTGCTGCCGGCGTTGGCCTACTTCCTGTTACCGCACCGCaa > 1:375116/1‑150 (MQ=255) tGGTACCTGGATCTTCACGCCGATCAAGTTCCAGGCCGACATGGGCGTGCTGCTGGCATTCATGTTCGTCTGGAACATGGTCGGCGCATTGATCCTGCTGCCGGCGTTGGCCTACTTCCTGTTACCGCACCGCAAGGCCTGCACCGagca < 1:163481/150‑1 (MQ=255) caggATCTTCTCGCCGATCAAGTTCCAGGCCGACATGGGCGTGCTGCTGGCATTCATGTTCGTCTGGAACATGGTCGGCGCATTGATCCTGCTGCCGGCGTTGGCCTACTTCCTGTTACCGCACCGCAAGGCCTGCACCGAGCAGCTGGc > 1:361294/3‑150 (MQ=255) tcttctCGCCGATCAAGTTCCAGGCCGACATGGGCGTGCTGCTGGCATTCATGTTCGTCTGGAACATGGTCGGCGCATTGATCCTGCTGCCGGCGTTGGCCTACTTCCTGTTACCGCACCGCAAGGCCTGCACCGAGCAGCTGGCATTGc < 1:198679/150‑1 (MQ=255) cGATCAAGTTCCAGGCCGACATGGGCGTGCTGCTGGCATTCATGTTCGTCTGGAACATGGTCGGCGCATTGATCCTGCTGCCGGCGTTGGCCTACTTCCTGTTACCGCACCGCAAGGCCTGCACCGAGCAGCTGGCATTGCCGGCGCATg < 1:256982/150‑1 (MQ=255) ccAGGCCGACATGGGCGTGCTGCTGGCATTCATGTTCGTCTGGAACATGGTCGGCGCATTGATCCTGCTGCCGGCGTTGGCCTACTTCCTGTTACCGCACCGCAAGGCCTGCACCGAGCAGCTGGCATTGCCGGCGCATGAACACACAAg > 1:300372/1‑150 (MQ=255) aGGCCGACATGGGCGTGCTGCTGGCATccatgttccagacgaacatgaa > 2:163338‑M1/1‑27 (MQ=255) aGGCCGACATGGGCGTGCTGCTGGCATccatgttccagacgaacatgaa > 2:163339‑M1/1‑27 (MQ=255) aGGCCGACATGGGCGTGCTGCTGGCATccatgttccagacgaacatgaa < 1:163338‑M1/49‑23 (MQ=255) aGGCCGACATGGGCGTGCTGCTGGCATccatgttccagacgaacatgaa < 1:163339‑M1/49‑23 (MQ=255) gCCGACATGGGCGTGCTGCTGGCATTCATGTTCGTCTGGAACATGGTCGGCGCATTGATCCTGCTGCCGGCGTTGGCCTACTTCCTGTTACCGCACCGCAAGGCCTGCACCGAGCAGCTGGCATTGCCGGCGCATGAACACACAAGgcgc < 2:305689/150‑1 (MQ=255) tgGCATTCATGTTCGTCTGGAACATGGTCGGCGCATTGATCCTGCTGCCGGCGTTGGCCTACTTCCTGTTACCGCACCGCAAGGCCTGCACCGAGCAGCTGGCATTGCCGGCGCATGAacacac > 1:304204/1‑124 (MQ=255) tgGCATTCATGTTCGTCTGGAACATGGTCGGCGCATTGATCCTGCTGCCGGCGTTGGCCTACTTCCTGTTACCGCACCGCAAGGCCTGCACCGAGCAGCTGGCATTGCCGGCGCATGAacacac < 2:304204/124‑1 (MQ=255) aTTCATGTTCGTCTGGAACATGAatgccagcagcacgcccatgtcggcctggaacttgatcggcgagaagatccaggtaccaacgccgatggccagggtgataccggtgagcatgac > 1:143244‑M2/1‑23 (MQ=255) aTTCATGTTCGTCTGGAACATGAatgccagcagcacgcccatgtcggcctggaacttgatcggcgagaagatccaggtaccaacgccgatggccagggtgataccggtgagcatgac < 2:143244‑M2/117‑95 (MQ=255) ttCATGTTCGTCTGGAACATGGatgccagcagcacgcccatgtcggcct < 1:163338‑M2/49‑28 (MQ=255) ttCATGTTCGTCTGGAACATGGatgccagcagcacgcccatgtcggcct > 2:163339‑M2/1‑22 (MQ=255) ttCATGTTCGTCTGGAACATGGatgccagcagcacgcccatgtcggcct > 2:163338‑M2/1‑22 (MQ=255) ttCATGTTCGTCTGGAACATGGatgccagcagcacgcccatgtcggcct < 1:163339‑M2/49‑28 (MQ=255) | CGCGAGCCTGTCCCAGGCGTATTACCGCGCGCTGCTGTTCACCGGCAAGGTGGTCATGCTCACCGGTATCACCCTGGCCATCGGCGTTGGTACCTGGATCTTCTCGCCGATCAAGTTCCAGGCCGACATGGGCGTGCTGCTGGCATTCATGTTCGTCTGGAACATGGTCGGCGCATTGATCCTGCTGCCGGCGTTGGCCTACTTCCTGTTACCGCACCGCAAGGCCTGCACCGAGCAGCTGGCATTGCCGGCGCATGAACACACAAGGCGC > NC_002947/3637706‑3637976 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |