| New junction evidence | |||||||||||
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| ? | NC_002947 | 1780171 = | 137 (0.410) | intergenic (+88/+18) | PP_1587/dapC | NhaP‑type Na+(K+)/H+ antiporter/N‑succinyl‑L,L‑diaminopimelate aminotransferase | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Only 100 of 146 total aligned reads displayed.
CCTGAGGGCGCAGCGGTTGGAGCTGTACAACCTGCATCGTCAGCACCTGGTGGGGGATGAGGTGGTGCGGCAAGTACTGGGTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCG‑AAGGGGTTGATCAGCGGTTTTGCAGGAAGGCGCGAATGCGCTCCGCCGCTTCGATGCATTCGGCCAGCGGTGCAAC > NC_002947/1779960‑1780254 | ccTGAGGGCGCAGCGGTTGGAGCTGTACAACCTGCATCGTCAGCACCTGGTGGGGGATGAGGTGGTGCGGCAAGTACTGGGTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGgcg < 1:729043/149‑1 (MQ=255)ccTGAGGGCGCAGCGGTTGGAGCTGTACAACCTGCATCGTCAGCACCTGGTGGGGGATGAGGTGGTGCGGCAAGTACTGGGTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGgcg < 1:2000415/149‑1 (MQ=255)ccTGAGGGCGCAGCGGTTGGAGCTGTACAACCTGCATCGTCAGCACCTGGTGGGGGATGAGGTGGTGCGGCAAGTACTGGGTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGgcg > 1:625437/1‑149 (MQ=255) 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atatGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCGCCCACAGGTAATGCGCTGCGCGTGAAAACAGCGCTGTACCTGGGGGAGCGGGCGTGCCCGCG‑CAGGGGTTTGTCAGCCGtt > 2:1929513/1‑149 (MQ=255) atGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCGCCCCCACGTACGGCGCGGCGCGTGCAAACAGCCCTGTAACAGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCG‑GAGGGGGTTGTCAGGGGtttt > 1:2911666/1‑149 (MQ=255) atGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCCCTCCCACAGGGACGGCGCTGCGCGTGTAAAAAGCGCGGTACCGGTGGGAGCGGGCGGGCCCGCG‑CAGGGGGTGATCAGCGGtttt > 1:6752826/1‑149 (MQ=255) tgagtgagGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCGCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCACCCCGGTACCGGGGGGCGCGGGCGTGCCCGCG‑AAGGGGGTGATGCGCGGTTTTg > 2:149800/1‑149 (MQ=37) gagtgagGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCCCCGGTAATGCGCTGGGGTTGTAAACAGCGCTGTTCCGGTGGGGGCGGGGGTGCCCGCG‑GCGGGGTTGGTAAGCGGGTTTGc > 2:215593/1‑149 (MQ=255) tGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCGCCCCCAGGTACAGCGCGGCGCGTGAAAACCGCCCGGTACCCGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCG‑CCGGGGTTGATCAGCCGGTTTGCAGGAAGGCGCGAAt > 1:1835271/1‑149 (MQ=37) gTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCGCCCACAGGTACTGCGGTGCGGGTGGAATCAGCGCTGTACCTGTGGGGGCGGGGGTGGCCGCG‑GCCGGGGTGTTCAGCGGGTTTTCAGGAAGGCGCGAAGGCGCAccg > 2:2651348/1‑149 (MQ=255) cAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCGCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAAACAGCGCGGTTCCGGTGGGCGCGGGCGTGCCCGCGCACGGGGTTG‑TCAGCGGTTTTTCAGGAAGGCGCGCCGGCGCTccgcc > 2:4120765/1‑149 (MQ=255) gttgACCCTATCACGGCCCTGGGGGGGGGGGCCCGCACCCCCGGGTACTGGGGTGCGTTTTAAATCCGGGCTGAACGGGGGGGCGCGGGCGTGCCCGCG‑AAGGGGTTGATCAGCGGTTTTGCAGGAAGGCGCGAATGCGCTCCGCCGCt < 2:4248491/146‑1 (MQ=255) gACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCACTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGGGCCCGCG‑AAGGGGTTGATCAGCGGTTTTGCAGGAAGGCGCGAATGCGCTCCGCCGCTTCg < 2:4041230/149‑1 (MQ=255) aCCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCACCGCTGTACCAGTGGGACCGGGCGTGCCCGCG‑AAGGGGATGATCAGCGGTTTTGCAGGAAGGCGCGAATGCGCTCCGCCGCTTCGa > 2:7526336/1‑149 (MQ=255) aCCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACAGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCG‑AAGGGGGTGATCAGCGGTTTTGCAGGAAGGCGCGAAGGCGCTCCGCCGCTTCGa > 2:4803981/1‑149 (MQ=255) cTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCG‑AAGGGGTTGTTCAGCGGTTTTGCCGGGAGGCGCGAATGCGCTCCGCCGCGTCGATGc > 2:7076015/1‑149 (MQ=255) aGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCGCCCACCGGGACTGCGCTGCGCTGGGAATCAGCGCTGTACCGGGGGGAGCGGGCGGGCCCGCG‑AAGGGGGTGGTCAGCGGGTTTGCAGGAAGGCGCGAAGGCGCGCCGCCGCTTCGCTGCCGTCgg > 2:7350787/1‑149 (MQ=255) gCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTTCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCG‑AAGGGGTTGATCAGCGGTTTTGCAGGAAGGCGCGAATGCGCTCCGCCGCGTCGAAGCATTCGGcc > 2:7492414/1‑149 (MQ=255) ggCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCGTGAAAACAGCGCTGTACCGGGGGGAGCGGGCGTGCCCGCG‑AACGGGTTGATAAGCCGTTTTGCAGGAAGGCCCGAAATCGCACCGCCGCGTCGATGCATTCGGCCACCGGTGCaa > 2:3941775/1‑149 (MQ=37) gcgcgcCCGCGCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATAAGCCCGGTACCTGTGGGAGCGGGCCAGCCCGCG‑AAGGGGTTGAACAGCGGTTTTGGAGGAAGGCGCGAATTCGCTCCCCCCCTTCGATGCATTCGGCCCGCGGTGCAAc > 2:3406364/1‑149 (MQ=255) | CCTGAGGGCGCAGCGGTTGGAGCTGTACAACCTGCATCGTCAGCACCTGGTGGGGGATGAGGTGGTGCGGCAAGTACTGGGTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCG‑AAGGGGTTGATCAGCGGTTTTGCAGGAAGGCGCGAATGCGCTCCGCCGCTTCGATGCATTCGGCCAGCGGTGCAAC > NC_002947/1779960‑1780254 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |