| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | ? | NC_000913_3_pae_pgi | = 4235485 | 1299 (16.950) | 47 (0.660) | 32/268 | 1.6 | 3.6% | intergenic (+77/‑37) | yjbE/yjbF | extracellular polysaccharide production threonine‑rich protein/extracellular polysaccharide production lipoprotein |
| ? | NC_000913_3_pae_pgi | = 4235489 | 1317 (18.480) | intergenic (+81/‑33) | yjbE/yjbF | extracellular polysaccharide production threonine‑rich protein/extracellular polysaccharide production lipoprotein | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 216 total aligned reads displayed.
GTGTCGCGCTTGCGGCAACCGGTGGCGGTGATGGTTCTAATACCGGGACCACCACAACCACGACCACCAGTACCCAGTAATAAAGTATGTATCCCCAAAATAATTCGAGTCATTGCATCTGTGGCTAGAAGTATGAAGGGATTAACCATAACCACAC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913_3_pae_pgi/4235329‑4235485‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ataaccacacCGGAGTGTGGTTATGGTTAATCCCTTCATACTTCTAGCCACAGATGCAATGACTCGAATTATTTTGGGGATACATACTTTATTACTGGGTACTGGTGGTCGTGGTTGTGGTGGTCCCGGTATTAGAACCATCACCGCCACCGGTTGCC < NC_000913_3_pae_pgi/4235489‑4235342 GTGTCGCGCTTGCGGCAACCGGTGGCGGTGATGGTTCTAATACCGGGACCACCACAACCACGACCACCAGTACCCAGTAATAAAGTATGTATCCCCAAAATAATTCGAGTCATTGCATCTGTGGCTAGAAGTATGAAGGGATTAACCAT > 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ACACCGGAGTGTGGTTATGGTTAATCCCTTCATACTTCTAGCCACAGATGCAATGACTCGAATTATTTTGGGGATACATACTTTATTACTGGGTACTGGTGGTCGTGGTTGTGGTGGTCCCGGTATTAGAACCATCACCGCCACCGGTT < 2:437411/149‑1 ACACCGGAGTGTGGTTATGGTTAATCCCTTCATACTTCTAGCCACAGATGCAATGACTCGAATTATTTTGGGGATACATACTTTATTACTGGGTACTGGTGGTCGTGGTTGTGGTGGTCCCGGTATTAGAACCATCACCGCCACCGGTT > 1:1183309/1‑149 ACACCGGAGTGTGGTTATGGTTAATCCCTTCATACTTCTAGCCACAGATGCAATGACTCGAATTATTTTGG < 2:959200/71‑1 CACCGGAGTGTGGTTATGGTTAATCCCTTCATACTTCTAGCCACAGATGCAATGACTCGAATTATTTTGGGGATACATACTTTATTACTGGGTACTGGTGGTCGTGGTTGTGGTGGTCCCGGTATTAGAACCATCACCGCCACCGGTTG > 1:205579/1‑149 CACCGGAGTGTGGTTATGGTTAATCCCTTCATACTTCTAGCCACAGATGCAATGACTCGAATTATTTTGGGGATACATACTTTATTACTGGGTACTGGTGGTCGTGGTTGTGGTGGTCCCGGTATTAGAACCATCACCGCCACCGGTTG < 1:1149720/149‑1 CACCGGAGTGTGGTTATGGTTAATCCCTTCATACTTCTAGCCACAGATGCAATGACTCGAATTATTTTGGGGATACATACTTTATTACTGGGTACTGGTGGTCGTGGTTGTGGTGGTCCCGGTATTAGAACCATCACCGCCACCGGTTG > 1:1015923/1‑149 ACCGGAGTGTGGTTATGGTTAATCCCTTCATACTTCTAGCCACAGATGCAATGACTCGAATTATTTTGGGGATACATACTTTATTACTGGGTACTGGTGGTCGTGGTTGTGGTGGTCCCGGTATTAGAAC > 1:889993/1‑130 ACCGGAGTGTGGTTATGGTTAATCCCTTCATACTTCTAGCCACAGATGCAATGACTCGAATTATTTTGGGGATACATACTTTATTACGGGGTACTGGTCGTCGTGGTTGTGGTGGTCCCGGTAGTAGAACCATCACCGCCACCAGTTGC > 2:548665/1‑149 CCGGAGTGTGGTTATGGTTAATCCCTTCATACTTCTAGCCACGGCTGCAATGACTCGAATTATTTTGGGGATACATACTTTATTACTGGGTACTGGTGGTCGTGGTTGTGGTGGTCCCGGTATTAGAACCATCACCGCCACCGGTTGCC < 1:1230471/149‑1 CCGGAGTGTGGTTATGGTTAATCCCTTCATACTTCTAGCCACAGATGCAATGACTCGAATTATTTTGGGGATACATACTTTATTACTGGGTACTGGTGGTCGTGGTTGTGGTGGTCCCGGTATTAGAACCATCACCGCCACCGGTTGCC < 2:670740/149‑1 CCGGAGTGTGGTTATGGTTAATCCCTTCATACTTCTAGCCACAGATGCAATGACTCGAATTATTTTGGGGATACATACTTTATTACTGGGTACTGGTGGTCGTGGTTGTGGTGGTCCCGGTATTAGAACCATCACCGCCACCGGTTGCC < 2:505147/149‑1 CCGGAGTGTGGTTATGGTTAATCCCTTCATACTTCTAGCCACAGATGCAATGACTCGAATTATTTTGGGGATACATACTTTATTACTGGGTACTGGTGGTCGTGGTTGTGGTGGTCCCGGTATTAGAACCATCACCGCCACCGGTTGCC > 2:921149/1‑149 CCGGAGTGTGGTTATGGTTAATCCCTTCATACTTCTAGCCACAGATGCAATGACTCGAATTATTTTGGGGATACATACTTTATTACTGGGTACTGGTGGTCGTGGTTGTGG < 2:346269/111‑1 CCGGAGTGTGGTTATGGTTAATCCCTTCATACTTCTAGCCACAGATGCAATGACTCGAATTATTTTGGGGATACATACTTTATTACTGGGTACTGGTGGTCGTGGTTGTGG > 1:346269/1‑111 CCGGAGTGTGGTTATGGTTAATCCCTTCATACTTCTAGCCACAGATGCAATGACTCGAATTATTTTGGGGAT < 2:928699/72‑1 CCGGAGGGTGGTTATGGTTAATCCCTTCATACTTCTAGCCACAGATGCAATTACTCGAATTATTTTGGGGATACATACTTTATTACTGGGTACTGGTGGTCGTGGTTGTGGTGGTCCCGGTATTAGAACCATCACCGCCACCGGTTGCC < 2:1196813/149‑1 GTGTCGCGCTTGCGGCAACCGGTGGCGGTGATGGTTCTAATACCGGGACCACCACAACCACGACCACCAGTACCCAGTAATAAAGTATGTATCCCCAAAATAATTCGAGTCATTGCATCTGTGGCTAGAAGTATGAAGGGATTAACCATAACCACAC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913_3_pae_pgi/4235329‑4235485‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ataaccacacCGGAGTGTGGTTATGGTTAATCCCTTCATACTTCTAGCCACAGATGCAATGACTCGAATTATTTTGGGGATACATACTTTATTACTGGGTACTGGTGGTCGTGGTTGTGGTGGTCCCGGTATTAGAACCATCACCGCCACCGGTTGCC < NC_000913_3_pae_pgi/4235489‑4235342 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |