New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913_3_hsa_tpiA | 2373111 = | 41 (1.060) | 4 (0.110) | 4/278 | 5.3 | 8.8% | coding (220/387 nt) | arnF | undecaprenyl phosphate‑alpha‑L‑ara4N exporter; flippase ArnEF subunit |
? | NC_000913_3_hsa_tpiA | 2373131 = | 43 (1.150) | coding (240/387 nt) | arnF | undecaprenyl phosphate‑alpha‑L‑ara4N exporter; flippase ArnEF subunit | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
GAGTCATCTGCCGCCGATGACGCACTTATGGGATTTTATCGCGGCTCTGTTAGCTTTTGGCCTGGATGCCCGGATACTGTTACTCGGGCTGCTGGGTTATCTGCTTTCCGTTTTTTGTTGGTATAAAACGCTTCATAAACTTGCGCTAAGCAAAGCCTATGCCTTGCTCAGTATGAGTTATGTGCTGGTATGGATTGCTTCAATGGTACTTCCCGGCTGGGAAGGGACTTTTTCGCTGAAAGCACTACTGGGAGTAGCCTGTATTATGAGCGGGTTGATGCTGATTTTC > NC_000913_3_hsa_tpiA/2372963‑2373251 | gactCAGCTGCCGCCGATCACGCACTTATGGGATCTTATCGCGGCTCTGTTAGCTTTTGGCCTTGATGCCCGGATACTGTTACCCGGGCTGCTGGGTTATCTGCTGGCCGTTTTTTGTTGGTATAAAACGCTTCATAAACTTGCGCTaa < 2:53809/146‑1 (MQ=255) aTCTGGCGGCGATGATGGACTTTGGGGAGTTTAGCGCGGCTCTGTTAGCTTTTGGCCTGGATGCCCGGATACTGTTACTCGGGCTGCTGGGTTATCTGCTTTCCGTTTTTTGTTGGTATAAAACGCTTCATAAACTTGCGCTAAGCaaa < 2:49667/149‑1 (MQ=255) tCTGCCGCCGATGACGCACTTATGGGATTTTATCGCGGCTCTGTTAGCTTTTGGCCTGGATGCCCGGATACTGTTACTCGGGCTGCTGGGTTATCTGCTTTCCGTTTTTTGTTGGTATAAAACGCTTCATACACTTGCGCTAAGCAAAg > 1:264881/1‑149 (MQ=255) gCACTTATGGGATTTTATCGCGGCTCTGTTAGCTTTTGGCCTGGATGCCCGGATACTGTTACTCGGGCTGCTGGGTTATCTGCTTTCCGTTTTTTGTTGGTATAAAACGCTTCATAAACTTGCGCTAAGCAAAGCCTATGCCTTGCTCa < 1:665618/149‑1 (MQ=255) cTTATGGTATTTTATCGCGGCTCTGTTAGCTTTTGGCCTGGATGCCCGGATACTGTTACTCGGGCTGCTGGGTTATCTGCTTTCCGTTTTTTGTTGGTATAAAACGCTTCATAAACTTGCGCTAAGCAAAGCCTATGCCTTGCTCAGTa < 2:402221/149‑1 (MQ=255) aTGGGATTTTATCGCGGCTCTGTTGGCTTGTGGCCTGGATGCCCGGATACTGTTACTCGGGCTGCTGGGTTATCTGCTTTCCGTTTTTTGTTGGTATAAAACGCTTCATAAACTTGCGCTAAGCAAAGCCTATGCCTTGCTCAGTATGa < 2:638835/149‑1 (MQ=255) aTGGGATTTTATCGCGGCTCTGTTAGCTTTTGGCCTGGATGCCCGGATACTGTTACTCGGGCTGCTGGGTTACCTGCTTTCCGTTTTTTGTTGGTATAAAACGCTTCATAAACTTGCGCTAAGCAAAGCCTATGCCTTGCTCAGTATGa < 1:196402/149‑1 (MQ=255) aTCGCGGCTCTGTTAGCTTTTGGCCTGGATGCCCGGATACTGTTACTCGGGCTGCTGGGTTATCTGCTTTCCGTTTTTTGTTGGTATAAAACGCTTCATAAACTTGCGCTAAGCGAAGCCTATGCCTTGCTCAGTATGAGTTATGTGCt > 1:286405/1‑149 (MQ=255) tCGCGGCTCTGATATCTTTGGGCCTGGATGCCCGGATACTGTTACTCGCGCTGCTGGGTTATCTGCTTGCCGTTTTTTGTTGGTATAAAACGCTTCATAAACTTGCGCTAAGCAAAGCCTATGCCTTGCTCAGTATGAGTTATGTGCTg < 1:231284/149‑1 (MQ=255) gcgGCTCTGTTAGCTTTTGGCCTGGATGCCCGGATACTGTTACTCGGGCTGCTGGGTTATCTGCTTTCCGTTTTTTGTTGGTATAAAACGCTTCATAAACTTGCGCTAAGCAAAGCCTATGCCTTGCTCAGTATGAGTTATGTGCTGGt > 1:632486/1‑149 (MQ=255) ttAGCTTTTGGCCTGGATGCCCGGATACTGTTACTCGGGCTGCTGGGTTATCTGCTTTCCGTTTTTTGTTGGTATAAAACGCTTCATAAACTTGCGCTAAGCAAAGCCTATGCCTTGCTCAGTATGAGTTATGTGCTGGTATGGATTGc > 1:668731/1‑149 (MQ=255) aGCTTTTGGCCTGGATGCCCGGATACTGTTACTCGGGCTGCTGGGTTATCTGCTTTCCGTTTTTTGTTGGTATAAAACGCTTCATAAACTTGCGCTAAGCAAAGCCTATGCCTTGCTCAGTATGAGTTATGTGCTGGTATGGATTGCtt < 2:584734/149‑1 (MQ=255) gCTTTTGGCCTGGATGCCCGGATACTGTTACTCGGGCTGCTGGGTTATCTGCTTTCCGTTTTTTGTTGGTATAAAACGCTTCATAAACTTGCGCTAAGCAAAGCATGTGCCTTGCGCAGTATGAGTTATGTGCTGGTATGGATTGCTTc > 1:353582/1‑149 (MQ=255) tGGCCTGGATGCCCGGATACTGTTACTCGGGCTGCTGGGTTATCTGCTTTCCGTTTTTTGTTGGTATAAAACGCTTCATAAACTTGCGCTAAGCAAAGCCTATGCCTTGCTCAGTATGAGTTATGTGCTGGTATGGATTGCTTCAATgg < 2:178020/149‑1 (MQ=255) gCCTGGATGCCCGGATACTGTTACTCGGGCTGCTGGGTTATCTGCTTTCCGTTTTTTGTTGGTATAAAACGCTTCATAAACTTGCGCTAAGCAAAGCCTATGCCTTGCTCAGTATGAGTTATGTGCTGGTATGGATTGCTTCAATGGTa < 1:288842/149‑1 (MQ=255) gCCTGGATGCCCGGATACTGGTACTCGGGCTGCTGGGTTATCTGCTTTCCGTTTTTTGTTGGTATAAAACGTTTCATAAACTTGCGCTCAGCAAAGCCTATGCCTTGCTCAGTATGAGTTATGTGCTGGTATGGATTGCTTCAATGGtc < 2:544116/149‑2 (MQ=255) gCCCGGCCACTGTTCCTAGGGCATCTTGGTGATCTGCTGTCCGTTTTTTGTTGGTATAAAACGCTTCATAAACTTGCGCTAAGCAAAGCCTATGCCTTGCTCAGTATGAGTTATGTGCTGGTATGGATTGCTTCAATGGTACTTCCCgg < 2:671507/149‑1 (MQ=255) ccGGATACTGTTACTCGGGCTGCTGGGTTATCTGCTTTCCGTTTTTTGTTGGTATAAAACGCTTCATAAACTTGCGCTAAGCAAAGCCTATGCCTTGCTCAGTATGAGTTATGTGCTGGTATGGATTGCTTCAATGGTACTTCCCGGCt > 1:450267/1‑149 (MQ=255) aCTTTTACTCGGGCTGCTGGGTTATCTGCTTTCCGTTTTTTGTTGGTATAAAACGCTTCATAAACTTGCGCTAAGCAAAGCCTATGCCTTGCTCAGTATGAGTTATGTGCTGGTATGGATTGCTTCAATGGTACTTCCCGGCTGGGAAg < 1:367099/149‑1 (MQ=255) aCTTTTACTCGGGCTGCTGGGTTATCTGCTTTCCGTTTTTTGTTGGTATAAAACGCTTCATAAACTTGCGCTAAGCAAAGCCTATGCCTTGCTCAGTATGAGTTATGTGCTGGTATGGATTGCTTCAATGGTACTTCCCGGCTGGGAAg < 2:36718/149‑1 (MQ=255) gTTACTCGGGCTGCTGGGTTATCTGCTTTCCGTTTTTTGTTGGTATAAAACGCTTCATAAACTTGCGCTAAGCAAAGCCTATGCCTTGATCAGAATGAATTATGTGCTGGTATGGATTGCTTCAATGGTACTTCCCGGCTGGGAAGGGa < 1:528380/149‑1 (MQ=255) ttACTCGGGCTGCTGGGTTATCTGCTTTCCGTTTTTTTTTTTTTTTTTCCGCTTCATAAACTTTCGCTAAGAAACGCCTATGCCTTGCTTAGTATGAGTTATGTTCTGGTATGGATTGCTGCACTGGTTCTTCCCGGCTgggccgggtc > 2:336495/1‑142 (MQ=255) gagctgctGGGTTATCTGCTTTCCGATTTTTGTTGGTATAAAACGCTTCATAAACTTGCGCTAAGCAAAGCTGATGCCTTGCTCAGTATGAGTTATGTGCTGGTATGGATTGCTTCAATGGTACTTCACGGCTGGGAAGGAACTTTTTc > 2:225253/3‑149 (MQ=255) gTTATCTGGTTTCCGTTTTTTGTGGGTATAAAACGCTTCATGAACTTGCGCTAGGCAAAGCCGATGCCTTTCTCAGTATGAGTTATGTGCTTGTATGGATTGCTTCAATGGTACTTCCCGGCTGGGAAGGGACTTTTTCGCTGAAAGCa < 2:596784/149‑1 (MQ=255) tCTGCTTTCCGTTTTTTTTTGGTATAAAACGCTTCATAAACTTGCGCTAAGCAAAGCCTATGCCTTGCTCAGTATGAGTTATGTGCTGGTATGGATTGCTTCAATGGTACTTCCCGGCTGGGAAGGGACTTTTTCGCTGAAAGCactac < 1:670859/149‑1 (MQ=255) tCTGCTTTCCGTTTTTTGTTGGTATAAAACGCTTCATAAACTTGCGCTAAGCAAAGCCTATGCCTTGCTCAGTATGAGTTATGTGCTGGTATGGATTGCTTCAATGGTACTTCCCGGCTGGGAAGGGACTTTTTCGCTGAAAGCactac < 1:670853/149‑1 (MQ=255) tCCGTTTTTTGTTGGTATAAAACGCTTCATAAACTTGCGCTAAGCAAAGCCTATGCCTTGCTCAGTATGAGTTATGTGCTGGTATGGa < 2:165735/88‑1 (MQ=255) tCCGTTTTTTGTTGGTATAAAACGCTTCATAAACTTGCGCTAAGCAAAGCCTATGCCTTGCTCAGTATGAGTTATGTGCTGGTATGGa > 1:165735/1‑88 (MQ=255) gttgGTATAAAACGCTTCATAAACTTGCGCTAAGCAAAGCCTATGCCTTGCTCAGTATGAGTTATGTGCTGGTATGGATTGCTTCAATGGTACTTCCCGGCTGGGAAGGGACTTTTTCGCTGAAAGCACTACTGGGAGTAGCCTGtatt > 1:609275/1‑149 (MQ=255) gttgGTATAAAACGCTTCATAAACTTGCGCTAAGCAAAGCCTATGCCTTGCTCAATATGAGTTATGTGCTGGTATGGATTGCTTCAATGGTACTTCCCGGCTGGGAAGGGACTTTTTCGCTGAAAGCACTACTGGGAGTAGCCTGtatt < 1:579040/149‑1 (MQ=255) tataAAACGTTTCATAAACTTGCGCTAAGCAAAGCCTATTCCTTGGTCAGTATGAGTTATGTGCTGGGATGGATTGCTTCAATGGTACTTCCCGGCTGGGAAGGGACTTTTTCGCTGAAAGCACTACTGGGAGTAGCCTGTATTATGAg < 2:561244/149‑1 (MQ=255) ataAAACGCTTCATATACTTGCGGTAAGCAAAGCCTATGCCTTGCTCAGTATGAGTTATGTGCTGGTATGGATTGCTTCAATGGTACTTCCCGGCTGGGAAGGGATTTTTTCGCTGAAAGCACTACTGGGAGTAGCCTGTATTATGAGc < 2:346109/149‑1 (MQ=255) taAAACGCTTCATAAACTTGCGCTAAGCAAAGCCTATGCCTTGCTCAGTATGAGTTATGTGCTGGTATGGATTGCTTCAATGGTACTTCCCGGCTGGGAAGGGACTTTTTCGCTGAAAGCACTCCTGGGAGGAGCCTGTATTATGAGCg > 2:16555/1‑149 (MQ=255) aaacCGCTTCGTAAACTTGCGCTAAGCAAAGCCTATGCCTTGCTCAGTATGAGTTATGTGCTGGTATGGATTGCTTCAATGGTACTTCCCGGCTGGGAAGGGACTTTTTCGCTGAAAGCACTACTGGGAGTAGCCTGTATTATGAGCgg < 2:53772/149‑1 (MQ=255) aaaaCGCTTCATAAACTTGCGCTAAGCAAAGCCTATGCCTTGCTCAGTATGAGTTATGTGCTGGTATGGATTGCTTCAATGGTACTTCCCGGCTGGGAAGGGACTTTTTCGCTGAAAGCACTACTGGGAGTAGCCTGTATTATGAGCgg > 2:258618/1‑149 (MQ=255) gctgcctAAACGTGCGCTAAGCAAGGCGTGTGCCTTGGTCAGTGGTAGTTGTGTGCTGGTATGGATTGCTTCAATGGTACTTCCCGGCTGGGAAGGTACTTTTTCGTTGAAAGCACTACTGGGAGTAGCGTGTATTATGAGCGGGTTGa < 2:558857/143‑1 (MQ=255) ttCATAAACTTGCACTAAGCAAAGCCTATGCCTTGCTCAGTATGAGTTATGTGCTGGTATGGATTGCTTCAATGGTACTTCCCGGCTGGGAAGGGACTTTTTCGCTGAAAGCACTACTGGGAGTAGCCTGTATTATGAGCGGGTTGATg > 1:544315/1‑149 (MQ=255) tCATAAGCGTGCGATAAGCAAAGCCTATGCCTTGCTCAGTATGAGTTATGTGGTGGTATGGATTGCTTCAATGGTACTTCCCGGCTGGGAAGGGACTTTTTCGCTGAAAGCACTACTGGGAGTAGCCTGTATTATGAGCGGGTTGATGc < 2:89105/149‑1 (MQ=255) aTAAACTTGCGCTAAGCAAAGCCTATGCCTTGCTCAGTATGAGTTATGTGCTGGTATGGATTGCTTCAATGGTACTTCCCGGCTGGGAAGGGACTTTTTCGCTGAAAGCACTACTGGGAGTAGc > 2:572357/1‑124 (MQ=255) aTAAACTTGCGCTAAGCAAAGCCTATGCCTTGCTCAGTATGAGTTATGTGCTGGTATGGATTGCTTCAATGGTACTTCCCGGCTGGGAAGGGACTTTTTCGCTGAAAGCACTACTGGGAGTAGc < 1:572357/124‑1 (MQ=255) ttGCGCTAAGCAAAGCCTATGCCTTGCTCAGTATGAGTTATGTGCTGGTATGGATTGCTTCAATGGTACTTCCCGGCTGGGAAGGGACTTTTTCGCTGAAAGCACTACTGGGAGTAGCCTGTATTATGAGCGGGTTGATGCTGATTTTc > 2:390667/1‑149 (MQ=255) | GAGTCATCTGCCGCCGATGACGCACTTATGGGATTTTATCGCGGCTCTGTTAGCTTTTGGCCTGGATGCCCGGATACTGTTACTCGGGCTGCTGGGTTATCTGCTTTCCGTTTTTTGTTGGTATAAAACGCTTCATAAACTTGCGCTAAGCAAAGCCTATGCCTTGCTCAGTATGAGTTATGTGCTGGTATGGATTGCTTCAATGGTACTTCCCGGCTGGGAAGGGACTTTTTCGCTGAAAGCACTACTGGGAGTAGCCTGTATTATGAGCGGGTTGATGCTGATTTTC > NC_000913_3_hsa_tpiA/2372963‑2373251 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |