New junction evidence | |||||||||||
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seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913_3_hsa_tpiA | 3186096 = | NA (NA) | 155 (0.740) | 104/258 | 1.5 | 88.1% | intergenic (+6/‑91) | yqiG/insC1 | pseudogene; fimbrial export usher family;putative membrane; Not classified; putative membrane protein/IS2 repressor TnpA |
? | NC_000913_3_hsa_tpiA | = 3291501 | 21 (0.100) | coding (161/1092 nt) | yraK | putative fimbrial‑like adhesin protein |
Only 100 of 358 total aligned reads displayed.
TCTTATAACAGGTCTTTTGTTGATATCCACATCCTGCGCTTATGCCTCCTCAGGAGGGTGTGGAGCCGACAGCACTAGCGGTGCGACAAATTACAGCAGTGTGGTTGATGATGTTACGGTGAACCAGACAGATAACGTGACAGGACGGGAGTTTACCTCTGCAACGCTAAGTAGCACTAACTGGCAATACGCCTGTTCCTGCTCTGCGGGTAAGGCAGTTAAACTTGTCTATATGGTCAGCCCCGTACTTACCACCACTGGACATCAGACAGGATATTACAAACTCAATGACAGCC > NC_000913_3_hsa_tpiA/3291355‑3291650 | accttgcagaggcgttcgagcattataacgaatggcatccgcatagtgcgctgggttatcgctcgccacgggaatatctgcggcagcgggcttgtaatgggttaagtgataacagatgtctggaaatataggggcaaatcCAGGACGGGa < 1:1300499‑M2/10‑1 (MQ=255) gcgttcgagcattataacgaatggcatccgcatagtgcgctgggttatcgctcgccacgggaatatctgcggcagcgggcttgtaatgggttaagtgataacagatgtctggaaatataggggcaaatcCAGGACGGGAGTTTACCTCTg < 4:342298‑M2/21‑1 (MQ=255) gttcgagcattataacgaatggcatccgcatagtgcgctgggttatcgctcgccacgggaatatctgcggcagcgggcttgtaatgggttaagtgataacagatgtctggaaatataggggcaaatcCAGGACGGGAGTTTACCTCTGCa > 2:515864‑M2/128‑150 (MQ=255) agcattataacgaatggcatccgcatagtgcgctgggttatcgctcgccacgggaatatctgcggcagcgggcttgtaatgggttaagtgataacagatgtctggaaatataggggcaaatcCAGGACGGGAGTTTACct > 4:133405‑M2/123‑140 (MQ=255) gcattataacgaatggcatccgcatagtgcgctgggttatcgctcgccacgggaatatctgcggcagcgggcttgtaatgggttaagtgataacagatgtctggaaatataggggcaaatcCAGGACGGGAGTTTACCTCTGCAACGCTa < 2:1433700‑M2/29‑1 (MQ=255) gATATCCACATCCTGCGCTTATGCCTCCTCAGGAGGGTGTGGAGCCGACAGCACTAGCGGTGCGACAAATTACAGCAGTGTGGTTGATGATGTTACGGTGAAGCAGACAGATAACGTGACAGGACGtagactggccccctgaatctccag > 2:1503886‑M2/1‑126 (MQ=255) atatCCACATCCTGCGCTTATGCCTCCTCAGGAGGGTGTGGAGCCGACAGCACTAGCGGTGCGACAAATTACAGCAGTGTGGTTGATGATGTTACGGTGAACCAGACAGATAACGTGACAGGACGtagactggccccctgaatctccaga > 2:2262299‑M2/1‑125 (MQ=255) ataacgaatggcatccgcatagtgcgctgggttatcgctcgccacgggaatatctgcggcagcgggcttgtaatgggttaagtgataacagatgtctggaaatataggggcaaatcCAGGACGGGAGTTTACCTCTGCAACGCTAAGTAg < 3:837209‑M2/34‑1 (MQ=255) 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caTCCTGCGCTTATGCCTCCTCAGGAGGGTGTGGAGCCGACAGCACTAGCGGTGCGACAAATTACAGCAGTGTGGTTGATGATGTTACGGTGAACCAGACAGATAACGTGACAGGACGtagactggccccctgaatctccagacaaccaa > 1:1001700‑M2/1‑118 (MQ=255) caCCCTGCGCTTATGCCTCCTCAGGAGGGTGTGGAGCCGACAGCACTAGCGGTGCGACAAATTACAGCAGTGTGGTTGATGATGTTACGGTGAACCAGACAGACAACGTGACAGGACGtagactggccccctgaatctccagaccaccaa > 2:2411683‑M2/1‑118 (MQ=255) aatggcatccgcatagtgcgctgggttatcgctcgccacgggaatatctgcggcagcgggcttgtaatgggttaagtgataacagatgtctggaaatataggggcaaatcCAGGACg < 1:971429‑M2/7‑1 (MQ=255) ccTGCGCTTATGCCTCCTCAGGAGGGTGTGGAGCCGACAGCACTAGCGGTGCGACAAATTACAGCAGTGTGGTTGATGATGTTACGGTGAACCAGACAGATAACGTGACAGGACGtagactggccccctgaatctccagacaaccaatat > 1:321503‑M2/1‑115 (MQ=255) ggcatccgcatagtgcgctgggttatcgctcgccacgggaatatctgcggcagcgggcttgtaatgggttaagtgataacagatgtctagaaatataggggcaaatcCAGGACGGTAGTTTACCTCTGCAACGCTAAGTAGCACTAACTg < 1:240061‑M2/43‑1 (MQ=255) 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atcgctcgccacgggaatatctgcggcagcgggcttgtaatgggttaagtgataacagatgtctggaaatataggggcaaatcCAGGACGGGAGTTTACCTCTGCAACGCTAAGTAGCACTAACTGGCAATACGCCTGTTCCTGCTCTGc > 2:1759526‑M2/84‑150 (MQ=255) tgtgGAGCCGACAGCACTAGCGGTGCGACAAATTACAGCAGTGTGGTTGATGATGTTACGGTGAACCAGACAGATAACGTGACAGGACGtagactggccccctgaatctccagacaaccaataccacttaaataagtgatagtcttaata < 1:1788707‑M2/150‑62 (MQ=255) gtgGAGCCGACAGCACTAGCGGTGCGACAAATTACAGCAGTGTGGTTGATGATGTTACGGTGAACCAGACAGATAACGTGACAGGACGtagactggccccctgaatctccagacaaccaatatcacttaaataagtgatagtcttaatac < 1:501592‑M2/150‑63 (MQ=255) ctcgccacgggaatatctgcggcagcgggcttgtaatgggttaagtgataacagatgtctggaaatataggggcaaatcCAGGACGGGAGTTTACCTCTGCAACGCTAAGTAGCACTAACTGGCAATACGCCTGTTCCTGCTCTGCGGGt > 1:1840240‑M2/80‑150 (MQ=255) gccccgggaatatctgcggcagcgggcttgtaatgggttaagtgataacagatgtctggaaatataggggcaaatcCAGGACGGGAGTTTAc > 4:1261852‑M2/77‑92 (MQ=255) cacgggaatatctgcggcagcgggcttgtaatgggttaagtgataacagatgtctggaaatataggggcaaatcCAGGACGGGAGTTTACCTCTGCAACGCTAAGTAGCACTAACTGGCAATACGCCTGTTCCTGCTCTGCGGGTAAGGc > 1:1506789‑M2/75‑150 (MQ=255) cacgggaatatctgcggcagcgggcttgtaatgggttaagtgataacagatgtctggaaatataggggcaaatcCAGGACGGGAGTTTACCTCTGCAACGCTAAGTAGCACTAACTGGCAATACGCCTGTTCCTGCTCTGCGGGTAAGGc > 1:572065‑M2/75‑150 (MQ=255) acgggaatatctgcggcagcgggcttgtaatgggttaagtgataacagatgtctggaaatataggggcaaatcCAGGACGGGAGTTTACCTCTGCAACGCTAAGTAGCACTAACTGGCAATACGCCTGTTCCTGCTCTGCGGGTAAGGCa > 1:993196‑M2/74‑150 (MQ=255) aCAGCACTAGCGGTGCGACAAATTACAGCAGTGTGGTTGATGATGTTACGGTGAACCAGACAGATAACGTGACAGGACGtagactggccccctgaatctccagacaaccaatatcacttaaataagtgatagtcttaatactagttttta < 3:1263274‑M2/150‑72 (MQ=255) aCAGCACTAGCGGTGCGACAAATTACAGCAGTGTGGTTGATGATGTTACGGTGAACCAGACAGATAACGTGACAGGACGtagactggccccctgaatctccagacaaccaatatcacttaaataagtgatagtcttaatactagttttta > 2:1223156‑M2/1‑79 (MQ=255) atatctgcggcagcgggcttgtaatgggttaagtgataacagatgtctggaaatataggggcaaatcCAGGACGGGAGTTTACCTCTGCAACGCTAAGTAGCACTAACTGGCAATACGCCTGTTCCTGCTCTGCGGGTAAGGCAGTTaaa < 1:170423‑M2/83‑1 (MQ=255) 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1:1189797‑M2/150‑89 (MQ=255) aaaTTACAGCAGTGTGGTTGATGATGTTACGGTGAACCAGACAGATAACGTGACAGGACGtagactggccccctgaatctccagacaaccaatatcacttaaataagtgatagtcttaatactagtttttagactagtcattggagaaca < 4:1023729‑M2/150‑91 (MQ=255) aaaTTACAGCAGTGTGGTTGATGATGTTACGGTGAACCAGACAGATAACGTGACAGGACGtagactggccccctgaatctccagacaaccaatatcacttaaataagtgatagtcttaatactagtttttagactagtcattggagaaca > 4:568559‑M2/1‑60 (MQ=255) aaaTTACAGCAGTGTGGTTGATGATGTTACGGCGAACCAGACAGATAACGTGACAGGACGtagactggccccctgaatctccagacaaccaatatcacttaaataagtgatagtcttaatactagtttttagactagtcattggagaaca < 1:632831‑M2/150‑91 (MQ=255) ggcttgtaatgggttaagtgataacagatgtctggaaatataggggcaaatcCAGGACGGGAGTTTACCTCTGCAACGCTAAGTAGCACTAACTGGCAATACGCCTGTTCCTGCTCTGCGGGTAAGGCAGTTAAACTTGTCTATATGGTc < 4:1183286‑M2/98‑1 (MQ=255) cttgtaatgggttaagtgataacagatgtctggaaatataggggcaaatcCAGGACGGGAGTTTACCTCTGCAACGCTAAGTAGCACTAACTGGCAATACGc < 3:683978‑M2/52‑1 (MQ=255) 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cagaTAACGTGACAGGACGtagactggccccctgaatctccagacaaccaatatcacttaaataagtgatagtcttaatactagtttttagactagtcattggagaacagatgattgatgtcttagggccggagaaacgcagacggcgta > 3:931578‑M2/1‑19 (MQ=255) agaTAACGTGACAGGACGtagactggccccctgaatctccagacaaccaatatcacttaaataagtgatagtcttaatactagtttttagactagtcattggagaacagatgattgatgtcttagggccggagaaacgcagacggcgtac > 4:957672‑M2/1‑18 (MQ=255) aTAACGTGACAGGACGtagactggccccctgaatctccagacaaccaatatcacttaaataagtgatagtcttaatactagtttttagactagtcattggagaacagatgattgatgtcttagggccgga > 4:82748‑M2/1‑16 (MQ=255) aTAACGTGACAGGACGtagactggccccctgaatctc > 2:872446‑M2/1‑16 (MQ=255) ggcaaatcCAGGACGGGAGTTTACCTCTGCAACGCTAAGTAGCACTAACTGGCAATACGCCTGTTCCTGCTCTGCGGGTAAGGCAGTTAAACTTGTCTATATGGTCAGCCCCGTACTTACCACCACTGGACATCAGACAGGATATTACaa < 3:1052036‑M2/142‑1 (MQ=255) ggcaaatcCAGGACGGGAGTGTACCTCTGCAACGCTAAGTAGCACTAACTGGCAATACGCCTGTTCCTGCTCTGCGGGTAAGGCAGTTAAACTTGTCTATATGGTCAGCCCCGTACTTACCACCACTGGACATCAGACAGGATATTACaa < 2:974362‑M2/142‑1 (MQ=255) gcaaatcCAGGACGGGAGTTTACCTCTGCAACGCTAAGTAGCACTAACTGGCAATACGCCTGTTCCTGCTCTGCGGGTAAGGCAGTTa > 2:609293‑M2/8‑88 (MQ=255) aCGTGACAGGACGtagactggccccctgaatctccagacaaccaatatcacttaaataagtgatagtct > 2:700856‑M2/1‑13 (MQ=255) aCGTGACAGGACGtagactggccccctgaatctccagacaaccaatatcacttaaataagtgatagtct < 1:700856‑M2/69‑57 (MQ=255) gTGACAGGACGtagactggccccctgaatctccagacaaccaatatcacttaaataagtga > 2:110104‑M2/1‑11 (MQ=255) tcCAGGACGGGAGTTTACCTCTGCAACGCTAAGTAGCACTAACTGGCAATACGCCTGTTCCTGCTCTGCGGGTAAGGCAGTTAAACTTGTCTATATGGTCAGCCCCGTACTTACCACCACTGGACATCAGACAGGATATTACAAACTCaa < 2:366541‑M2/148‑1 (MQ=255) CAGGACGGGAGTTTACCTCTGCAACGCTAAGTAGCACTAACTGGCAATACGCCTGTTCCTGCTCTGCGGGTAAGGCAGTTAAAc > 1:422959‑M2/1‑84 (MQ=255) aGGACGtagactggccccctgaatctccagacaaccaatatcacttaaataagtgatagtcttaatactagtttttagactagtcattggagaacagatgattgatgtcttagggccggagaaacgcagacggcgtaccacacaggaaaa < 3:467556‑M2/150‑145 (MQ=255) AGGACGGGAGTTTACCTCTGCAACGCTAAGTAGCACTAACTGGCAATACGCCTGTTCCTGCTCTGCGGGTAAGGCAGTTAAACTTGTCTATATGGTCAGcccc > 2:168518‑M2/1‑103 (MQ=255) AGGACGGGAGTTTACCTCTGCAACGCTAAGTAGCACTAACTGGCAATACGCCTGTTCCTGCTCTGCGGGTAAGGCAGTTAAACTTGTCTATATGGTCAGCCCCGTACTTACCACCACTGGACATCAGACAGGATATTACAAACTCAATGa < 2:2386906‑M2/150‑1 (MQ=255) gACGGGAGTTTACCTCTGCAACGCTAAGTAGCACTAACTgg > 1:2291968/1‑41 (MQ=255) gtagactggccccctgaatctccagacaaccaatatcacttaaataagtgatagtcttaatactagtttttagactagtcattggagaacagatgattgatgtcttagggccggagaaacgcagacggcgtaccacacaggaaaagatcg > 3:1234280‑M2/1‑1 (MQ=255) gtagactggccccctgaatctccagacaaccaatatcacttaaataagtgatagtcttaatactagtttttagactagtcattggagaacagatgattgatgtcttagggccggagaaacgcagacggcgtaccacacaggaaaagatcg > 4:748490‑M2/1‑1 (MQ=255) | TCTTATAACAGGTCTTTTGTTGATATCCACATCCTGCGCTTATGCCTCCTCAGGAGGGTGTGGAGCCGACAGCACTAGCGGTGCGACAAATTACAGCAGTGTGGTTGATGATGTTACGGTGAACCAGACAGATAACGTGACAGGACGGGAGTTTACCTCTGCAACGCTAAGTAGCACTAACTGGCAATACGCCTGTTCCTGCTCTGCGGGTAAGGCAGTTAAACTTGTCTATATGGTCAGCCCCGTACTTACCACCACTGGACATCAGACAGGATATTACAAACTCAATGACAGCC > NC_000913_3_hsa_tpiA/3291355‑3291650 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |