| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913_3_pae_tpiA | 2700550 = | 25 (0.740) | 4 (0.140) | 4/244 | 3.7 | 14.9% | noncoding (31/77 nt) | ohsC | sRNA antisense regulator of shoB toxin |
| ? | NC_000913_3_pae_tpiA | 2700601 = | 24 (0.830) | intergenic (+5/+17) | ohsC/acpS | sRNA antisense regulator of shoB toxin/holo‑[acyl‑carrier‑protein] synthase 1 | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
CGTTAATCTTTCCATCAATATTGCTTTCTTCGTAAAGGCTCGAGTTTTTATGCTAAAGATTGCAAGTTGCTTGTAAAAGATAAGTACACTGATCCATAATCGCTGTTGTTGAGGGTGCATGCTGCACAAAATTAAAGTTAAAAAGTAAAACCCCCGTTCCTTACCAGTTCGGGGGTTTTACTTTTTAAAGAGAACGGTATTATTTTTAACTTTCAATAATTACCGTGGCACAAGCATAGTGCCGCTCATCTGCCAGCGTTACATGCATATTTGCAACGCC > NC_000913_3_pae_tpiA/2700413‑2700692 | cGTTAATCTTTCCATCAATATTGCTTTCTTCGTAAAGGCTCGAGTTTTTATGCTAAAGATTGCAAGTTGCTTATAAAAGATAAGTACACTGATCCATAATCGCTGTTGTTGAGGGTGCATGCTGCACAAAATTAAAGTTAAAAAGTaaaa > 2:454361/1‑150 (MQ=255) ttAATCTTTCCATCAATATTGCTTTCTTCGTAAAGGCTCGAGTTTTTATGCTAAAGATTGCAAGTTGCTTGTAAAAGATAAGTACACTGATCCATAATCGCTGTTGTTGAGGGTGCATGCTGCACAAAATTAAAGTTAAAAAGTAAAAcc > 2:148439/1‑150 (MQ=255) gcttgcttCGTAAAGGCTCGAGTTTTTATGCTAAAGATTGCAAGTTGCTTGTAAAAGATAAGTACACTGATCCATAATCGCTGTTGTTGAGGGTGCATGCTGCACAAAATTAAAGTTAAAAAGTAAAACCCCCGTTCCTTACCAGTTCgg < 1:169671/150‑1 (MQ=255) cTTTCTTCGTAAAGGGTCGAGATATTATGTTAAAGATTGCAAGTTGCGTGTAAAAGATAAGGACACTGATCCATAATCGCTCTTGTTGAGGGTGCATGCTGCACAAAATTAAAGTTAAAAAGTAAAACCCCCGTTCCTTACCAGTTCggg < 2:84017/150‑1 (MQ=255) tttCTTGGTAAAGGCTCGAGTTTTTAGCCTAAAGATTGCAAGTTGCTTGTAAAAGATAAGTACACTGATCCATAATCGCTGTTGTTGAGGGTGCATGCTGCACAAAATTAAAGTTAAAAATTAAAACCCCCGTTCCTTACCAGTTCgggg < 2:124850/150‑1 (MQ=255) ttcGTAAAGGCTCGAGTTTTTATGCTAAAGATTGCAAGTTGCTTGTAAAAGATAAGTACACTGATCCATAATCGCTGTTGTTGAGGGTGCATGCTGCACAAAATTAAAGTTAAAAAGTAAAACCCCCGTTCCTTACCAGTTCGGGGGttt > 2:319906/1‑150 (MQ=255) ttcGTAAAGGCTCGAGTTTTTATGCTAAAGATTGCAAGTTGCTTGTAAAAGATAAGTACACTGATCCATAATCGCTGTTGTTGAGGGTGCATGCTGCACAAAATTAAAGTTAAAAAGTAAAACCCCCGTTCCTTACCAGTTCGGGGGttt > 2:34866/1‑150 (MQ=255) tAAAGGCTCGAGTTTTTATGCTAAAGATTGCAAGTTGCTTGTAAAAGATAAGTACACTGATCCATAATCGCTGTTGTTGAGGGTGCATGCTGCACAAAATTAAAGTTAAAAAGTAAAACCCCCGTTCCTTACCAGTTCGGGGGTTTTCCt > 2:412811/1‑150 (MQ=255) tCGAGTTTTTATGCTAAAGATAGCAAGTTGTTTGGATAAGATAAGTACCCTGATCCATAATCGCTGTTGTTGAGGGTGCATGCTGCACAACATTAAAGTTAAAAAGTAAAACCCCCGTTCCTTACAAGTTCGCGGGGTTTACTGCTTaaa > 2:130946/1‑150 (MQ=255) cgaaaGATTGCAAGTTGCTTGTAAAAGATAAGTACACTGATCCATAATCGCTGTTGTTGAAGGTGCATGCTGCACAAAATTAAAGTTAAAAAGTAAAACAAAGGATCTTTACTATATCGTCGGATTTACTTTTTAAAGAGAACGGtatta > 2:568744/3‑150 (MQ=255) aaGATTGCAAGTTGCTTGTAAAAGATAAGTACACTGATCCATAATCGCTGTTGTTGAGGGTGCATGCTGCACAAAATTAAAGTTAAAAAGTAAAACCCCCGTTCCTTACCAGTTCGGGGGTTTTACTTTTTAAAGAGAACGGTATTAttt > 2:287263/1‑150 (MQ=255) gATTGCAAGTTGCTTGTAAAAGATAAGTACACTGATCCATAATCGCTGTTGTTGAGGGTGCATGCTGCACAAAATTAAAGTTAAAAAGTAAAACCCCCGTTCCTTACCAGTTCGGGGATTTTACTTTTTAAAGAGAACGGAATTAttttt > 1:272130/1‑150 (MQ=255) aTTGCAAGTTGCTTGTAAAAGATAAGTACACTGATCCATAATCGCTGTTGTTGAGGGTGCATGCTGCACAAAATTAAAGTTAAAAAGTAAAACCCCCGTTCCTTACCAGTTCGGGGGTTTTACTTTTTAAAGAGAACGGTATTATTTTTa < 2:10506/150‑1 (MQ=255) ttGCCAATTGCTGATGAAAGATAAGAAAACCGTTCCATAATAGCTGTAGCTGAGGGTGCATGCTGAACAAAATTAAAGTTAAAAAGTAAAACCCCCGTTCCTTACCAGTTCGGGGGTTTTACTTTTTAAAGAGAACGGTATTATTTTTaa < 1:568744/150‑1 (MQ=255) ttGCAAGTTGCTTGTAAAAGCTAAGTACACTGATCCATAATCGCTGTTGTTGAGGGTGCATGCTGCACAACATTAAAGTTAAAAAGTAAAACCCCCGTTCCTTAACAGTTCGGGGGTTTTACTTTTTAAAGAGAAACGTATTAttttcac > 2:12695/1‑147 (MQ=255) ttGCGTGTAAAAGATAAGTACACTGATCCATAACCGCTGTTGTTGAGGGTGCATGCGGAACAAAATTAAAGTTAAAAAGTAAAACCCCCGTTCCTTACCAGTTCGGGGGTTTTACTTTTTAAAGAGAACGGTATTATTTTTAACTTTCaa < 1:345891/150‑1 (MQ=255) ttGTAAAAGATAAGTACACTGATCCATAATCGCTGTTGTTGAGGGTGCATGCTGCACAAAATTAAAGTTAAAAAGTAAAACCCCCGTTCCTTACCAGCTCCGGGGTGTGACTTTTTAAAGAGAACGGTATTATTTTTAACTTTCaataat > 1:492599/1‑150 (MQ=255) gTACACTGATCCATAATCGCTGTTGTTGAGGGTGCATGCTGAACAAAATTAAAGTTAAAAAGTAAAACCCCCGTTCCTTACCAGTTCGGGGGTTTTACTTTTTAAAGAGAACGGTATTATTTTTAACTTTCAATAATTACCGTGGCACaa < 2:2186/150‑1 (MQ=255) cATAATCGCTGTTGTTGAGGGTGCATGCTGCACAAAATTAAAGTTAAAAAGTAAAACCCCCGTTCCTTACCAGTTCGGGGGTTTTACTTTTTAAAGAGAACGGTATTATTTTTAACTTTCAATAATTACCGTGGCACAAGCATAGTGCCg < 1:10710/150‑1 (MQ=255) gCTGTTGTTGAGGGTGCATGCTGCACAAAATTAAAGTTAAAAAGTAAAACCCCCGTTCCTTACCAGTTCGGGGGTTTTACTTGTGAAAGAGAACGGTATTATTTTTAACTTTCAATAATTACCGTGGCACAAGCATAGTGCCGCTCATCt < 1:412811/150‑1 (MQ=255) aTGCTGCACAAAATTAAAGTTAAAAAGTAAAACCCCCGTTCCTTACCAGTTCGGGGGTTTTACTTTTTAAAGAGAACGGTATTATTTTTAACTTTCAATAATTACCGTGGCACAAGCATAGTGCCGCTCATCTGCCAGCGTTa > 2:446279/1‑143 (MQ=255) aTGCTGCACAAAATTAAAGTTAAAAAGTAAAACCCCCGTTCCTTACCAGTTCGGGGGTTTTACTTTTTAAAGAGAACGGTATTATTTTTAACTTTCAATAATTACCGTGGCACAAGCATAGTGCCGCTCATCTGCCAGCGTTa < 1:446279/143‑1 (MQ=255) aaaaTTAAAGTTAAAAAGTAAAACCCCCGTTCCTTACCAGTTCGGGGGTTTTACTTTTTAAAGAGAACGGTATTATTTTTAAc < 1:565910/83‑1 (MQ=255) aaaaTTAAAGTTAAAAAGTAAAACCCCCGTTCCTTACCAGTTCGGGGGTTTTACTTTTTAAAGAGAACGGTATTATTTTTAAc > 2:565910/1‑83 (MQ=255) aTTAAAGTTAAAAAGTAAACGCCCCTTTCCTTAGCATTTGGGGTGGTTTACTTTTTAAAGAGAACTTTATTAGTTTTAACTTTCAATGATTACCGTGGCACAAGCATAGTGCCGCTCATCTGCCAGCGTTACATGCATATTTGCAACGcc < 2:525082/150‑1 (MQ=255) | CGTTAATCTTTCCATCAATATTGCTTTCTTCGTAAAGGCTCGAGTTTTTATGCTAAAGATTGCAAGTTGCTTGTAAAAGATAAGTACACTGATCCATAATCGCTGTTGTTGAGGGTGCATGCTGCACAAAATTAAAGTTAAAAAGTAAAACCCCCGTTCCTTACCAGTTCGGGGGTTTTACTTTTTAAAGAGAACGGTATTATTTTTAACTTTCAATAATTACCGTGGCACAAGCATAGTGCCGCTCATCTGCCAGCGTTACATGCATATTTGCAACGCC > NC_000913_3_pae_tpiA/2700413‑2700692 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |