New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 1114894 | 46 (0.830) | 8 (0.180) | 6/226 | 5.9 | 17.8% | intergenic (‑88/+91) | rlmF/valS | ribosomal RNA large subunit methyltransferase F/valine‑‑tRNA ligase |
? | NC_002947 | = 1114920 | 36 (0.790) | intergenic (‑114/+65) | rlmF/valS | ribosomal RNA large subunit methyltransferase F/valine‑‑tRNA ligase | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
TCGTAGCGACCCTGGTGGCGGTTGCGCGGGTGCAGGGTGGGTTTGTTCGGGGTCATGGCAGTGT‑CCAGCCCTATACGAGCGGTGGCTTGAAGACCCTGGGGCTGCTGCGCAGCCCTTTTGCGACACAAGGCCGCTCCCACAGGAGGGTGGC‑GCCTTGAAGGTTGGCGCCGTCCTGTGGGAGCGGCCTTGTGTCGCGAAAGGGCCGT‑‑‑ACAGCGGCCCCAACGGTCTCTCTAGTGATTACAGCGCTGCAATCCGCGCATGCTGCTCGGTGAAGTTGGCCAGGGCCTGTTC > NC_002947/1114751‑1115038 | tCGTAGCGACCCTGGTGGCGGTTGCGCGGGTGCAGGGTGGGTTTGTTCGGGGTCATGGCAGTGT‑CCAGCCCTATACGAGCGGTGGCTTGAAGACCCTGGGGCTGCTGCGCAGCCCTTTTGCGACACAAGGCCGCTCCCACaggagg > 3:272986/1‑146 (MQ=255) tCGTAGCGACCCTGGTGGCGGTTGCGCGGGTGCAGGGTGGGTTTGTTCGGGGTCATGGCAGTGT‑CCAGCCCTATACGAGCGGTGGCTTGAAGACCCTGGGGCTGCTGCGCAGCCCTTTTGCGACACAAGGCCGCTCCCACaggagg < 4:272986/146‑1 (MQ=255) tCGTAGCGACCCTGGTGGCGGTTGCGCGGGTGCAGGGTGGGTTTGTTCGGGGTCATGGCAGTGT‑CCAGCCCTATACGAGCGGTGGCTTGAAGACCCTGGGGCTGCTGCGCAGCCCTTTTGCGACACAAGGCCGCTCCCACAGGAGGGTg < 6:314670/149‑1 (MQ=255) cGTAGCGACCCTGGTGGCGGTTGCGCGGGTGCAGGGTGGGTTTGTTCGGGGTCATGGCAGTGT‑CCAGCCCTATACGAGCGGTGGCTTGAAGACCCTGGGGCTGCTGCGCAGCCCTTTTGCGACACAAGGCCGCTCCCACAGGAcggcgc > 2:191763/1‑146 (MQ=255) gCGACCCTGGTGGCGGTTGCGCGGGTGCAGGGTGGGTTTGTTCGGGGTCATGGCAGTGT‑CCAGCCCTATACGAGCGGTGGCTTGAAGACCCTGGGGCTGCTGCGCAGCCCTTTTGCGACACAAGGCCGCTCCCACAGGAGGGTGgc‑gc < 3:347861/148‑1 (MQ=255) gCGACCCTGGTGGAGGTTGCGC‑GGTGCAGGGTGGGTTTGTTCGGGGTCATGGAAGTGT‑CCAGCCCTATACGAGCGGTGGATTGAAGACCCTGGGGCTGCTGCGCAGCCCTTTTGAGACACAAGTCCGCTCCCACAGGAGGGTGGC‑GCCt > 5:50047/1‑149 (MQ=255) ccTGGTGGCGGTTGCGCGGGTGCAGGGTGGGTTTGTTCGGGGTCATGGCAGTGT‑CCAGCCCTATACGAGCGGTGGCTTGAAGACCCTGGGGCTGCTGCGCAGCCCTTTTGCGACACAAGGCCGCTCCCACagga < 5:295209/134‑1 (MQ=255) ccTGGTGGCGGTTGCGCGGGTGCAGGGTGGGTTTGTTCGGGGTCATGGCAGTGT‑CCAGCCCTATACGAGCGGTGGCTTGAAGACCCTGGGGCTGCTGCGCAGCCCTTTTGCGACACAAGGCCGCTCCCACagga > 6:295209/1‑134 (MQ=255) gtggCGGTTGCGCGGGTGCAGGGTGGGTTTGTTCGGGGTCATGGCAGTGT‑CCAGCCCTATACGAGCGGTGGCTTGAAGACCCTGGGGCTGCTGCGCAGCCCTTTTGCGACACAAGGCCGCTCCCACAGGAGGGTGGC‑GCCTTGAAgg < 6:1875/147‑1 (MQ=255) tggCGGTTGCGCGGGTGCAGGGTGGGTTTGTTCGGGGTCATGGCAGTGT‑CCAGCCCTATACGAGCGGTGGCTTGAAGACCCTGGGGCTGCTGCGCAGCCCTTTTGCGACACAAGGCCGCTCCCACAGGAGGGTGGC‑GCCTTGAAGGTTg > 1:228325/1‑149 (MQ=255) cgcgGGTGCAGGGTGGGTTTGTTCGGGGTCATGGCAGTGT‑CCAGCCCTATACGAGCGGTGGCTTGAAGACCCTGGGGCTGCTGCGCAGCCCTTTTGCGACACAAGGCCGCTCCCACAGGAGGGTGGC‑GCCTTGAAGGTTGGCGCCGTc < 2:119535/148‑1 (MQ=255) gcgGGTACAGGGTGGGTTTGTTCGGGGTCATGGCAGTGT‑CCAGCCCTATACGAGCGGTGGCTTGAAGACCCTGGGGCTGCTGCGCAGCCCTTTTGCGACACAAGGCCGCTCCCACAGGAGGGTGGC‑GCCTTGAAGGTTGGCGCCGTCCt > 2:21005/1‑149 (MQ=255) tGCAGGGTGGGTTTGTTCGGGGTCATGGCAGTGT‑CCAGCCCTATACGAGCGGTGGCTTGAAGACCCTGGGGCTGCTGCGCAGCCCTTTTGCGACACAGGGCCGCTCCCACAGGAGGGTGGC‑GCCTTGAAGGTTGGCGCCGTCCTGTggg < 3:59629/149‑1 (MQ=255) gCAGGGTGGGTTTGTTCGGGGTCATGGCAGTGT‑CCAGCCCTATACGAGCGGTGGCTTGAAGACCCTGGGGCTGCTGCGCAGCCCTTTTGCGACACAAGGCCGCTCCCACAGGAGGGTGGC‑GCCTTGAAGGTTGGCGCCGTCCTGTgg > 6:172406/1‑147 (MQ=255) aGGGTGGGTTTGTTCGGGGTCATGGCAGTGT‑CCAGCCCTATACGAGCGGTGGCTTGAAGACCCTGGGGCTGCTGCGCAGCCCTTTTGCGACACAAGGCCGCTCCCACAGGACGGCGCCAACCTTCAAGG‑CGCCACCCTCCTGTGGGAGc < 1:191763/149‑1 (MQ=18) aGGGTGGGTTTGTTCGGGGTCATGGCAGTGT‑CCAGCACTATACGAGCGGTGGCTTGAAGACCCTGGGGCTGCTGCGCAGCCCTTTTGCGACACAAGGCCGCTCCCACAGGAGGGTGGC‑GCCTTGAAGGTTGGCGCCGTCCTGTGGGAGc > 3:350796/1‑149 (MQ=255) gggtgggtTTGTTCGGGGTCATGGCAGTGT‑CCAGCCCTATACGAGCGGTGGCTTGAAGACCCTGGGGCTGCTGCGCAGCCCTTTTGCGACACAAGGCCGCTCCCACAGGAGGGTGGC‑GCCTTGAAGGTTGGCGCCGTCCTGTGGGAGCg < 1:170628/149‑1 (MQ=255) gggtgggtTTGTTCGGGGTCATGGCAGTGT‑CCAGCCCTATACGAGCGGTGGCTTGAAGACCCTGGGGCTGCTGCGCAGCCCTTTTGCGACACAAGGCCGCTCCCACAGGAGGGTGGC‑GCCTTGAAGGTTGGCGCCGTCCTGTGGGAGCg < 5:195662/149‑1 (MQ=255) ggtgggtTTGTTCGGGGTCATGGCAGTGTCCCAGCCCTATACGAGCGGTGGCTTGAAGACCCTGGGGCTGCTGCGCAGCCCTTTTGCGACACAAGGCCGCTCCCACAGGAGGGTGgc‑gc > 1:217828/1‑119 (MQ=255) ggtgggtTTGTTCGGGGTCATGGCAGTGT‑CCAGCCCTATACGAGCGGTGGCTTGAAGACCCTGGGGCTGCTGCGCAGCCCTTTTGCGACACAAGGCCGCTCCCACAGGAGGGTGgc‑gc < 2:217828/118‑1 (MQ=255) ggtTTGTTCGGGGTCATGGCAGTGT‑CCAGCCCTATACGAGCGGTGGCTTGAAGACCCTGGGGCTGCTGCGCAGCCCTTTTGCGACACAAGGCCGCTCCCACAGGAGGGTGGC‑GCCTTGAAGGTTGGCGCCGTCCTGTGGGAGCGGCCtt > 5:156689/1‑149 (MQ=255) ttCGGGGTCATGGCAGTGT‑CCAGCCCTATACGAGCGGTGGCTTGAAGACCCTGGGGCTGCTGCGCAGCCCTTTTGCGACACAAGGCCGCTCCCACAGGAGGGTGGC‑GCCTTGAAGGTTGGCGCCGTCCTGTGGGAGCGGCCTTgtgttg < 1:21005/149‑3 (MQ=255) cGGGGTCATGGCAGTGT‑CCAGCCCTATACGAGCGGTGGCTTGAAGACCCTGGCGCTGCTGCGCAGCCCTTTTGCGACACAAGGCCGCTCCCACAGGAGGGTGGC‑GCCTTGAAGGTTGGCGCCGTCCTGTGGGAGCGGCCTTGTGTcgc < 1:305321/148‑1 (MQ=255) ggggTCATGGCAGTGT‑CCAGCCCTATACGAGCGGTGGCTTGAAGACCCTGGGGCTGCTGCGCAGCCCTTTTGCGACACAAGGCCGCTCCCACAGGAGGGTGGC‑GCCTTGAAGGTTGGCGCCGTCCTGTGGGAGCGGCCTTGTGTcgcg > 5:185023/1‑148 (MQ=255) gTCATGGCAGTGT‑CCAGCCCTATACGAGCGGTGGCTTGAAGACCCTGGGGCTGCTGCGCAGCCCTTTTGCGACACAAGGCCGCTCCCACAGGAGGGTGGC‑GCCTTGAAGGTTGGCGCCGTCCTGTGGGAGCGGCCTTGTGTc > 4:229311/1‑142 (MQ=255) gTCATGGCAGTGT‑CCAGCCCTATACGAGCGGTGGCTTGAAGACCCTGGGGCTGCTGCGCAGCCCTTTTGCGACACAAGGCCGCTCCCACAGGAGGGTGGC‑GCCTTGAAGGTTGGCGCCGTCCTGTGGGAGCGGCCTTGTGTc < 3:229311/142‑1 (MQ=255) tGGCAGTGT‑CCAGCCCTATACGAGCGGTGGCTTGAAGACCCTGGGGCTGCTGCGCAGCCCTTTTGCGACACAAGGCCGCTCCCACAGGAGGGTGGC‑GCCTTGAAGGTTGGCGCCGTCCTGTGGGAGCGGCCTTGTGTCGCGAAAGGGcc < 2:228325/149‑1 (MQ=255) ggCTGTGT‑CTAGCCCTTTACGAGGGGTGGGTTGAAGACCCTGGGGCTGCTGCGCAGCCTTTTTGCTACACATGGCCTCTCCAAGAGTTGGGTGGG‑GCGTTGAAGGTTGGCGCGGTCCTGTGGGAGGGGCCTTGTGTCGCGAAAGGGcc < 4:350796/148‑1 (MQ=255) ggCAGTGT‑CCAGCCCTATACGAGCGGTGGCTTGAAGACCCTGGGGCTGCTGCGCAGCCCTTTTGCGACACAAGGCCGCTCCCACAGGAGGGTGGC‑GCCTTGAAGGTTGGCGCCGTCCTGTGGGAGCGGCCTtgt > 1:221291/1‑134 (MQ=255) ggCAGTGT‑CCAGCCCTATACGAGCGGTGGCTTGAAGACCCTGGGGCTGCTGCGCAGCCCTTTTGCGACACAAGGCCGCTCCCACAGGAGGGTGGC‑GCCTTGAAGGTTGGCGCCGTCCTGTGGGAGCGGCCTtgt < 2:221291/134‑1 (MQ=255) ggCAGTGT‑CCAGCCCTATACGAGCGGTGGCTTGAAGACCCTGGGGCTGCTGCGCAGCCCTTTTGCGACACAAGGCCGCTCCCACAGGAGGGTGGC‑GCCTTGAAGGTTGGCGCCGTCCTGTGGGAGCGGCCTTGTGTCGCGAAAGGGCCg > 2:26854/1‑149 (MQ=255) ggCAGTGT‑CCAGCCCTATACGAGCGCTGGCTTGAAGACCCTGGGGCTGCTGCGCAGCCCTTTTGCGACACAAGGCCGCTCCCACAGCAGGGTGGC‑GCCTTGAAGGTTGGCGCCCTCCTGTGGGAGCGGCCTAGTGTCGCGAAAGGGcc > 7:240011/1‑148 (MQ=255) cAGCCCTATACGAGCGGTGGCTTGAAGACCCTGGGGCTGCTGCGCAGCCCTTTTGCGACACAAGGCCGCTCCCACAGGAGGGTGGC‑GCCTTGAAGGTTGGCGCCGTCCTGTGGGAGCGGCCTTGTGTCGCGAAAGGGCCGT‑‑‑ACAGCGGc < 5:267153/149‑1 (MQ=255) aGCCCTATACGAGCGGTGGCTTGAAGACCCTGGGGCTGCTGCGCAGCCCTTTTGCGACACAAGGCCGCTCCCACAGGAGGGTGGC‑GCCTTGAAGGTTGGCGCCGTCCTGTGGGAGCGGCCTTGTGTCGCGAAAGGGCCGT‑‑‑ACAGCGGcc > 5:22502/1‑149 (MQ=255) cTATACGAGCGGTGGCTTGAAGACCCTGGGGCTGCTGCGCAGCCCTTTTGCGACACAAGGCCGCTCCCACAGGAGGGTGGC‑GCCTTGAAGGTTGGCGCCGTCCTGTGGGAGCGGCCTTGTGTCGCGAAAGGGCCGt < 7:91859/136‑1 (MQ=255) ggTGTCTTGAAGACCCTGTGGCTGCTGCGCAGCCGTTTTGCGAAACAAGGCCGCTCCCACAGGTGGGTGGC‑GCCTTGATTGTGGGCGCCGTCCTGTGGGAGCGGCCTTGTGTCGCGAAAGGGCCGT‑‑‑ACAGCGGCCCCAACGGTctctct < 6:156689/149‑1 (MQ=38) gTGGCTTGAAGACCCTGGGGCTGCTGCGCAGCCCTTTTGCGACACAAGGCCGCTCCCACAGGAGGGTGGC‑GCCTTGAAGGTTGGCGCCGTCCTGTGGGAGCGGCCTTGTGTCGCGAAAGGGCCGT‑‑‑ACAGCGGCCCCAACGGTCTCTCTa < 5:172406/149‑1 (MQ=255) ccTGGGGCTGCTGCTCAGCCCTTTTGCGACACAAGGCCGCTCCCACAGGAGGGTGGC‑GCCTTGAAGGTTGGCGCCGTCCTGTGGGAGCGGCCTTGTGTCGCGAAAGGGCCGT‑‑‑ACAGCGGCCCCAACGGTCTCTCTAGTGATTACAgcgc > 7:259408/1‑149 (MQ=255) cccTTTTGCGACACAAGGCCGCTCCCACAGGAGGGTGGC‑GCCTTGAAGGTTGGCGCCGTCCTGTGGGAGCGGCCTTGTGTCGCGAAAGGGCCGT‑‑‑ACAGCGGCCCCAACGGTCTCTCTAGTGATTACAGCGCTGCAATCCGCGCAtgctg < 6:185023/149‑1 (MQ=255) tttcGCGACACAAGGCCGCTCCCACAGGAGGGTGGC‑GCCTTGAAGGTTGGCGCCGTCCTGTGGGAGCGGCCTTGTGTCGCGAAAGGGCCGT‑‑‑ACAGCGGCCCCAACGGTCTCTCTAGTGATTACAGCGCTGCAATCCGCGCATGCTGCTc > 6:349287/1‑149 (MQ=255) ttGCGACACAAGGCCGCTCCCACAGGAGGGTGGC‑GCCTTGAAGGTTGGCGCCGTCCTGTGGGAGCGGCCTTGTGTCGCGAAAGGGCCGT‑‑‑ACAGCGGCCCCAACGGTCTCTCTAGTGATTACAGCGCTGCAATCCGCGCATGCTGCTCg < 5:165117/148‑1 (MQ=255) tggCGACACACGGCCGCTCCCACAGGAGGGTGGC‑GCCTTGAAGGTGGGCGCCGTCCTGTGGGAGCGGCCTTGTGTCGCGAAAGGGCCGT‑‑‑ACAGCGGCCCCAACGGTCTCTCTAGTGATTACAGCGCTGCAATCCGCGCATGCTGCTCg < 7:319124/146‑1 (MQ=255) caAGGCCGCGCCCACAGGAGGGGGGC‑GCCTTGAAGGTTGGCGCCGTCCTGTGGGAGCGGCCTTGTGTCGCGAAAGGGCCGT‑‑‑ACAGCGGCCCCAACGGTCTCTCTAGTGATTACAGCGCTGCAATCCGCGCATGCTGCTCGGTGAAGTTg < 7:357330/149‑1 (MQ=255) ccGCTCCCACAGGAGGGTGGC‑GCCTTGAAGGTTGGCGCCGTCCTGTGGGAGCGGCCTTGTGTCGCGAAAGGGCCGT‑‑‑ACAGCGGCCCCAACGGTCTCTCTAGTGATTACAGCGCTGCAATCCGCGCATGCTGCTCGGTGAAGTTGGCCAg > 2:336110/1‑149 (MQ=255) tCCCACAGGAGGGTGGC‑GCCTTGAAGGTTGGCGCCGTCCTGTGGGAGCGGCCTTGTGTCGCGAAAGGCCCGT‑‑‑ACAGCGGCCCCAACGGTCTCTCTAGTGATTACAGCGCTGCAATCCGCGCATGCTGCTCGGTGAAGTTGGCCAGGGcc > 3:178582/1‑149 (MQ=255) cccACAGGAGGGTGGC‑GCCTTGAAGGTTGGCGCCGTCCTGTGGGAGCGGCCTTGTGTCGCGAAAGGGCCGT‑‑‑ACAGCGGCCCCAACGGTCTCTCTAGTGATTACAGCGCTGCAATCCGCGCATGCTGCTCGGTGAAGTTGGCCAGGGCCt > 3:275178/1‑149 (MQ=255) acaGGAGGGTGGC‑GCCTTGAAGGTTGGCGCCGTCCTGTGGGAGCGGCCTTGTGTCGCGAAAGGGCCGT‑‑‑ACAGCGGCCCCAACGGTCTCTCTAGTGATTACAGCGCTGCAATCCGCGCATTCTGCTCGGTGAAGTTGGCCAGGGCCTGtt < 1:26854/149‑1 (MQ=255) acaGGAGGGTGGC‑GCCTTGAAGGTTGGCGCCGTCCTGTGGGAGCGGCCTTGTGTCGCGAAAGGGCCGT‑‑‑ACAGCGGCCCCAACGGTCTCTCTAGTGATTACAGCGCTGCAATCCGCGCATGCTGCTCGGTGAAGTTGGCCAGGGCCTGtt > 4:4152/1‑149 (MQ=255) caGGAGGGTGGC‑GCCTTGAAGGTTGGCGCCGTCCTGTGGGAGCGGCCTTGTGTCGCGAAAGGGCCGTTAGACAGCGGCCCCAACGGTCTCTCTAGTGATTACAGCGCTGCAATCCGCGCATGCTGCTCGGAGAAGTTGGCCAGGGCCTg > 1:110762/1‑149 (MQ=255) caGGAGGGTGGC‑GCCTTGAAGGTTGGCGCCGTCCTGTGGGAGCGGCCTTGTGTCGCGAAAGGGCCGT‑‑‑ACAGCGGCCCCAACGGTCTCTCTAGTGATTACAGCGCTGCAATCCGCGCATGCTGCTCGGTGAAGTTGGCCAGGGCCTGTTc > 3:247803/1‑149 (MQ=255) | TCGTAGCGACCCTGGTGGCGGTTGCGCGGGTGCAGGGTGGGTTTGTTCGGGGTCATGGCAGTGT‑CCAGCCCTATACGAGCGGTGGCTTGAAGACCCTGGGGCTGCTGCGCAGCCCTTTTGCGACACAAGGCCGCTCCCACAGGAGGGTGGC‑GCCTTGAAGGTTGGCGCCGTCCTGTGGGAGCGGCCTTGTGTCGCGAAAGGGCCGT‑‑‑ACAGCGGCCCCAACGGTCTCTCTAGTGATTACAGCGCTGCAATCCGCGCATGCTGCTCGGTGAAGTTGGCCAGGGCCTGTTC > NC_002947/1114751‑1115038 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |