New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 5594119 | 44 (0.790) | 5 (0.110) | 5/220 | 6.2 | 11.6% | intergenic (‑66/+79) | PP_4921/thiC | NCS1 family transporter/phosphomethylpyrimidine synthase |
? | NC_002947 | = 5594156 | 41 (0.930) | intergenic (‑103/+42) | PP_4921/thiC | NCS1 family transporter/phosphomethylpyrimidine synthase | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
AGTGAAAACAGGTCGCGAGCACCGAAAATGCGCTGCTGGATGGGGATTGGATGGTCGGGAGAGAACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACC‑CTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCG‑AACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTTGTGGTACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCATGCCTTGCTC > NC_002947/5593971‑5594266 | aGTGAAAACAGGTCGCGAGCACCGAAAATGCGCTGCTGGATGGGGATTGGATGGTCGGGAGAGAACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACC‑CTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCG‑aa > 5:222189/1‑149 (MQ=255) aaaaCAGGTCGCGAGCACCGAAAATGCGCTGCTGGATGGGGATTGGATGGTCGGGAGAGAACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACC‑CTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCG‑AACAcc < 6:342569/149‑1 (MQ=255) aaCAGGTCGCGAGCACCGAAAATGCGCTGCTGGATGGGGATTGGATGGTCGGGAGAGAACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACC‑CTGTGGGAGCGGGCTTGGCCGCG‑AACAcccg > 5:305058/1‑147 (MQ=255) aCAGGTCGCGAGCACCGAAAATGCGCTGCTGGATGGGGATTGGATGGTCGGGAGAGAACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACC‑CTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCG‑AACACCGGc < 5:293727/149‑1 (MQ=255) tCGCGAGCACCGAAAATGCGCTGCTGGATGGGGATTGGATGGTCGGGAGAGAACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACC‑CTGTGGGAGCGGGCTTGGCCGCG‑CACACCGGCAAAGc > 1:322844/1‑149 (MQ=255) tCGCGAGCACCGAAAATGCGCTGCTGGATGGGGATTGGATGGTCGGGAGAGAACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACC‑CTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCG‑AACACCGGCAAAGc < 1:153351/149‑1 (MQ=255) cgcgAGCACCGAAAATGCGCTGCTGGATGGGGATTGGATGGTCGGGAGAGAACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACC‑CTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCG‑AACACCGGCAAAGcc > 1:103936/1‑149 (MQ=255) gAGCACCGAAAATGCGCTGCTGGATGGGGATTGGATGGTCGGGAGAGAACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACC‑CTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCG‑AACACCGGCAAAGCCGGt < 6:222189/149‑1 (MQ=255) gAGCACCGAAAATGCGCTGCTGGATGGGGATTGGATGGTCGGCAGAGAACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACC‑CTGGGGGAGCGGGCTTGCCCGCG‑AACACCGGCAAAGCCGGt < 5:233371/149‑1 (MQ=255) aGCACCGAAAATGCGCTGCTGGATGGGGATTGGATGGTCGGGAGAGAACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACC‑CTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCG‑AACACCGGCAAAGCCGGTg < 2:233955/149‑1 (MQ=255) cACCGAAAATGCGCTGCTGGATGGGGATTGGATGGTCGGGAGAGAACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACC‑CTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCG‑AACACCGGCAAAGCCGGTGcc < 6:224613/149‑1 (MQ=255) cACCGAAAATGCGCTGCTGGATGGGGATTGGATGGTCGGGAGAGAACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACC‑CTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCG‑AACACCGGCAAAGCCGGTGc > 7:187157/1‑148 (MQ=255) gtaaaTGCGCTGCTGGATGGGGTTTGGATGGTCGGGATAGAACTGGGTGGGTGATGTCATGGTCATTTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACC‑CTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGTAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATg < 7:54621/147‑1 (MQ=38) ctgGATGGGGATTGGATGGTCGGGAGAGAACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACC‑CTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCG‑AACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGtgc < 7:304012/147‑1 (MQ=255) ggggATTGGATGGTCGGGAGAGAACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACC‑CTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCG‑AACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTTCTTcg > 7:146000/1‑149 (MQ=255) gATTGGATGGTCGGGAGAGAACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACC‑CTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCG‑AACACCGGCAAAGCCGGTGcc < 7:318271/124‑1 (MQ=255) ttGGATGGTCGGGAGAGAACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCGTACACCACC‑CTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCG‑AACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGc < 4:229053/149‑1 (MQ=255) cGGGAGAGAACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACC‑CTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCG‑AACACCGGCAAAGCCGGTGCCAAGCACCGCAGTGCTTGCTTAGCGGGCAAGCCCGca > 3:141425/1‑148 (MQ=255) ctggctggTTGAGGTCATGGTCATGGCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACC‑CTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCG‑AACACCGGCAAAGCGGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGt < 6:305058/149‑1 (MQ=255) ctggctggGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACC‑CTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCG‑AACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCgg < 4:153301/128‑1 (MQ=255) ctggctggGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACC‑CTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCG‑AACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCgg > 3:153301/1‑128 (MQ=255) gATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACC‑CTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCG‑AACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGtgctgc > 7:181603/1‑149 (MQ=255) tGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACC‑CTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCG‑AACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCCAAGGGTAAGGTGGTGCgg > 5:106614/1‑149 (MQ=255) gtcatggtcatgTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCTCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCG‑AACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCgg > 1:82931/1‑149 (MQ=255) gtcatggtcatgTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACC‑CTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCG‑AACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGtgc > 2:265510/1‑104 (MQ=255) tcctggtcatgGCCGCAGGAGTGATGTTAAGGGCCATACCCCACC‑CTGGGGGAGCGGGCTCGCCCGCG‑AACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGt < 3:308855/145‑1 (MQ=25) catggtcatgTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACC‑CTGTGGGAGCGGGCTTTCCCCCG‑AACACCGGCAAAGCCCGTGCCATGCACCCCAGTGCTTGCTTAGCGGGCAAGCCCCCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCgggt > 3:370272/1‑146 (MQ=38) atggtcatgTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACC‑CTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCG‑AACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTa > 7:6347/1‑149 (MQ=255) ggtcatgTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACC‑CTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCG‑AACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGa > 2:52143/1‑149 (MQ=255) tCCGCTGGTTTGATGTTACGGGGCATACACCACC‑CTGGGGTTGGGGGGGTGCCCGCG‑AACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCCCCGCCGTGCTTGCTGCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTtgtg < 6:106614/149‑1 (MQ=21) cGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACC‑CTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCG‑AACACCGGCAAAGCCgg > 6:322486/1‑72 (MQ=255) cGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACC‑CTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCG‑AACACCGGCAAAGCCCGTGCCATGCACCGCAGTGCGTGCTTAGCGGGGAAGCCCGCGCCCCCAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTTGGGGt > 7:317699/1‑149 (MQ=37) gCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACC‑CTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCG‑AACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTTGTGGt > 7:81411/1‑148 (MQ=255) accacc‑CTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCG‑AACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTTGTGGTACAGCTGGCTGCCTTCCTGGc < 1:225598/144‑1 (MQ=255) accacc‑CTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCG‑AACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTAGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGGTTAGACTTTGTGGTACAGCTGGCTGCCTTACGGGc > 2:225598/1‑144 (MQ=255) acc‑CTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCG‑AACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCACCCACAg > 7:307074/1‑90 (MQ=255) tgGGAGCGGGCTTGCCCGCG‑AACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTTGTGGTACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCGGcc > 6:365185/1‑149 (MQ=255) ttGCCCGCG‑AACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAATGTGCTGCTGTTTAGACTTTGTGGTAGAGCTGGCTGCCTTc < 5:301624/119‑1 (MQ=255) ttGCCCGCG‑AACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGCGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTTGTGGTACAGCTGCCTGCCTTc > 6:301624/1‑119 (MQ=255) gCCCGCG‑AACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTTGTGGTACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCATGc > 5:87008/1‑149 (MQ=255) ccGCG‑AACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGtgctg < 4:108091/81‑1 (MQ=255) ccGCG‑AACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGtgctg > 3:108091/1‑81 (MQ=255) ccGCG‑AACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTtgt < 6:67106/96‑1 (MQ=255) ccGCG‑AACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTtgt > 5:67106/1‑96 (MQ=255) acacCGGAAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTTGTGGTACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCATGCCTTGCTc < 2:103936/148‑1 (MQ=255) | AGTGAAAACAGGTCGCGAGCACCGAAAATGCGCTGCTGGATGGGGATTGGATGGTCGGGAGAGAACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACC‑CTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCG‑AACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTTGTGGTACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCATGCCTTGCTC > NC_002947/5593971‑5594266 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |