| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | = 1843381 | 17 (0.240) | 34 (0.500) | 32/270 | 1.9 | 67.1% | coding (1413/2754 nt) | gacS | sensor protein GacS |
| ? | NC_002947 | 1843390 = | 17 (0.250) | coding (1404/2754 nt) | gacS | sensor protein GacS | |||||
ATCGTCATGAGCCTTGGGCAGGTTGAGGCTGATCCAGAACTGCGAACCTTCGCCCGGGGTACTGTCGACACCGATCTCGCCGCCCATCTGTTCGATCAGGCGCTTGGAAATCACCAGCCCCAGACCGGTGCCGCCGGGCTGGCGGGCCAGTGAGTTGTCAGCCTGGCTGAAGGCCTGGAACAGTGTGCGCACATCCTGAGGTGACAGGCCGATGCCGGTGTCCTGCACGCTGATGCGCAACTGCGCGCAGTCTTCGTGCTCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGT > NC_002947/1843243‑1843533 | aTCGTCATGAGCCTTGGGCAGGTTGAGGCTGATCCAGAACTGCGAACCTTCGCCCGGGGTACTGTCGACACCGATCTCGCCACCCATCTGTTCGATCAGGCGCTTGGAAATCACCAGCCCCAGACCGGTGCCGCCGGGCTGGCGGGCCa < 5:399763/149‑1 (MQ=255) ggcatcgtcatgagccttgggcaggttgaggctgatccagtactgcgaaccttcgcccggggtactgtcgacaccgatctcgccgcccatctgttcgatcaggcgcttggaaatcaccagccccagaccggtgccgccgggcCAGTGAg > 4:265325‑M2/143‑149 (MQ=255) tGAGCCTTGGGCAGGTTGAGGCTGATCCAGAACTGCGAACCTTCGCCCGGGGTACTGTCGACACCGATCTCGCCGCCCATCTGTTCGATCAGGCGCTTGGAAATCACCAGCCCCAGACCGTTGCCGCCGGGCTGGCGGGCCAGTGAGtt < 7:26366/149‑1 (MQ=255) catcgtcatgagccttgggcaggttgaggctgatccagaactgcgaaccttcgcccggggtactgtcgacaccgatctcgccgcccatctgttcgatcaggcgcttggaaatcaccagccccagaccggtgccgccgggcCAGTGAGtt < 2:18849‑M2/9‑1 (MQ=255) tcatgagccttgggcaggttgaggctgatccagaactgcgaaccttcgcccggggtactgtcgacaccgatctcgccgcccatctgttcgatcaggcgcttggaaatcaccagccccagaccggtgccgccgggcCAGTGAGTTGTc < 1:326411‑M2/12‑1 (MQ=255) tcatgagccttgggcaggttgaggctgatccagaactgcgaaccttcgcccggggtactgtcgacaccgatctcgccgcccatctgttcgatcaggcgcttggaaatcaccagccccagaccggtgccgccgggcCAGTGAGTTGTc > 2:326411‑M2/136‑147 (MQ=255) agccttgggcaggttgaggctgatccagaactgcgaaccttcgcccggggtactgtcgacaccgatctcgccgcccatctgttcgatcaggcgcttggaaatcaccagccccagaccggtgccgccgggcCAGTGAGTTGTCAGCCTgg < 3:265325‑M2/19‑1 (MQ=255) agccttgggcaggttgaggctgatccagaactgcgaaccttcgcccggggtactgtcgacaccgatctcgccgcccatctgttcgatcaggcgcttggaaatcaccagccccagaccggtgccgccgggcCAGTGAGTTGTCAGCCTg < 6:32685‑M2/18‑1 (MQ=255) gccttgggcaggttgaggctgatccagaactgcgaaccttcgcccggggtactgtcgacaccgatctcgccgcccatctgttcgatcaggcgcttggaaatcaccagccccagaccggtgccgccgggcCAGTGAGtt < 5:52518‑M2/9‑1 (MQ=255) gccttgggcaggttgaggctgatccagaactgcgaaccttcgcccggggtactgtcgacaccgatctcgccgcccatctgttcgatcaggcgcttggaaatcaccagccccagaccggtgccgccgggcCAGTGAGtt > 6:52518‑M2/130‑138 (MQ=255) gCTGATCCAGAACTGCGAACCTTCGCCCGGGGTACTGTCGACACCGATCTCGCCGCCCATCTGTTCGATCAGGCGCTTGGAAATCACCAGCCCCAGACCGGTGCCGCCGGGCTGGCGGGCCAGTGAGTTGTCAGCCTGGCTGAAGGcc < 3:67742/148‑1 (MQ=255) ccAGAACTGCGAACCTTCGCCCGGGGTACTGTCGACACCGATCTCGCCGCCCATCTGTTCGATCAGGCGCTTGGAAATCACCAGCCCCAGACCGGTGCCGCCGGGCTGGCGGGCCAGTGAGTTGTCAGCCTGGCTGAAGGCCTGGaa > 4:290141/1‑147 (MQ=255) ccagaactgcgaaccttcgcccggggtactgtcgacaccgatctcgccgcccatctgttcgatcaggcgcttggaaatcaccagccccagaccggtgccgccgggcCAGTGAGTTGTCAGCCTGGCTGAAGGCCTGGAACAGTGTgcg > 3:404987‑M2/107‑148 (MQ=255) agaactgcgaaccttcgcccggggtactgtcgacaccgatctcgccgcccatctgttcgatcaggcgcttggaaatcaccagccccagaccggtgccgccgggcCAGTGAGTTGTCAGCCTGGCTGAAGGCCTGGAACAGTGTGCGcac < 4:355766‑M2/45‑1 (MQ=255) cgaaccttcgcccggggtactgtcgacaccgatctcgccgcccatctgttcgatcaggcgcttggaaatcaccagccccagaccggtgccgccgggcCAGTGAGTTGTCAGCCTGGCTGAAGGCCTGGAACAGTGTGCGCACATCCTGa < 7:347814‑M2/52‑1 (MQ=255) cccGGGGTACTGTCGACACCGATCTCGCCGCCCATCTGTTCGATCAGGCGCTTGGAAATCACCAGCCCCAGACCGTTGCCGCCGGGCTGGCGGGCCAGTGAGTTGTCAGCCTGGCTGAAGGCCTGGAACAGTGTGCGCACATCCTGAgg > 8:185852/1‑149 (MQ=255) ggTACTGTCGACACCGATCTCGCCGCCCATCTGTTCGATCCGGCGCTTGGAAATCACCAGCCCCAGACCGGTGCCGCCGGGCTGGCGGGCCAGTGAGTAGTCAGCCTGGCTGAAGGCCAGGAACAGTGTGCGCACATCCTGAGGTGa > 7:7927/1‑147 (MQ=255) gggtactgtcgacaccgatctcgccgcccatctgttcgatcaggcgcttggaaatcaccagccccagaccggtgccgccgggcCAGTGAGTTGTCAGCCTGGCTGAAGGCCTGGAACAGTGTGCGCACATCCTGa < 7:93009‑M2/52‑1 (MQ=255) gggtactgtcgacaccgatctcgccgcccatctgttcgatcaggcgcttggaaatcaccagccccagaccggtgccgccgggcCAGTGAGTTGTCAGCCTGGCTGAAGGCCTGGAACAGTGTGCGCACATCCTGa > 8:93009‑M2/84‑135 (MQ=255) acacCGATCTCGCCGCCCATCTGTTCGATCAGGCGCTTGGAAATCACCAGCCCCAGACCGTTGCCGCCGGGCTGGCGGGCCAGTGAGTTGTCAGCCTGGCTGAAGGCCTGGAACAGTGTGCGCACATc < 3:351246/128‑1 (MQ=255) acacCGATCTCGCCGCCCATCTGTTCGATCAGGCGCTTGGAAATCACCAGCCCCAGACCGTTGCCGCCGGGCTGGCGGGCCAGTGAGTTGTCAGCCTGGCTGAAGGCCTGGAACAGTGTGCGCACATc > 4:351246/1‑128 (MQ=255) tcgacaccgatctccccccccatctgatcgatcaggcgcttcgaaatcaccagccccagaccggtgccgccgggcCACTGAGTTGTCAGCCTGGATGAACGCCTGGAACAGTGTGCGCACATCCAGACCTCACAGGCCGATGCCGctgt > 4:43563‑M2/76‑149 (MQ=255) gccgccCATCTGTTCGATCAGGCGCTTGGAAATCACCAGCCCCAGACCGTTGCCGCCGGGCTGGCGGGCCAGTGAGTTGTCAGCCTGGCTGAAGGCCTGGAACAGTGTGCGCACATCCTGAGGTGACAGGCCGATGCCGgtgt < 5:27497/143‑1 (MQ=255) ttCGATCAGGCGCTTGGAAATCACCAGCCCCAGACCGTTGCCGCCGGGCTGGCGGGCCAGTGAGTTGTCAGCCTGGCTGAAGGCCTGGAACAGTGTGCGCACATCCTGAGGTGACAGGCCGATGCCGGTGTCCTGCACGCTGATg < 2:32953/145‑1 (MQ=255) ccatctgttcgatcaggcgcttggaaatcaccagccccagaccggtgccgccgggcCAGTGAGTTGTCAGCCTGGCTGAAGGCCTGGAACAGTGTGCGCACATCCTGAGGTGACAGGCCGATGCCGGTGTCCTGCACGCTGATGCGCaa > 4:194477‑M2/57‑149 (MQ=255) cGATCAGGCGCTTGGAAATCACCAGCCCCAGACCGTTGCCGCCGGGCTGGCGGGCCAGTGAGTTGTCAGCCTGGCTGAAGGCCTGGAACAGTGTGCGCACATCCTGAGGTGACAGGCCGATGCCGGTGTCCTGCACGCTGATGCGCaa < 7:185852/148‑1 (MQ=255) gATCAGGCGCTTGGAAATCACCAGCCCCAGACCGTTGCCGCCGGGCTGGCGGGCCAGTGAGTTGTCAGCCTGGCTGAAGGCCTGGAACAGTGTGCGCACATCCTGAGGTGACAGGCCGATGCCGGTGTCCTGCACGCTGATGCGCAACt > 7:361534/1‑149 (MQ=255) gatcaggcgcttggaaatcaccagccccagaccggtgccgccgggcCAGTGAGTTGTCAGCCTCGCTGAAGGCCTGGAACAGTGTGCGCACATCCTGAGGTGACAGGCCGATGCCGGTGTCCTGCACGCTGATGCGCAACTGCGCGCAg > 2:37527‑M2/47‑149 (MQ=255) atcaggcgcttggaaatcaccagccccagaccggtgccgccgggcCAGTGAGTTGTCAGCCTGGCTGAAGGCCTGGAACAGTGTGCGCACATCCTGAg > 5:255679‑M2/46‑98 (MQ=255) atcaggcgcttggaaatcaccagccccagaccggtgccgccgggcCAGTGAGTTGTCAGCCTGGCTGAAGGCCTGGAACAGTGTGCGCACATCCTGAg < 6:255679‑M2/53‑1 (MQ=255) tcaggcgcttggaaatcaccagccccagaccggtgccgccgggcCAGTGAGTTGTCAGCCTGGCTGAAGGCCTGGAACAGTGTGCCCACATCCTGAGGTGACAGGCCGATGCCGGTGTCCTGCACGCTGATGCGCAACTGCGCGCAGTc > 1:341165‑M2/45‑149 (MQ=255) gcttggaaatcacctgccccagacgggtgccgccgggcCAGTGAGTTGTCAGGCTTGCTGAAGGCCTGGAACAGTGTGCGCACATCCTGAGGTGACAGGCCGATGCCGGTGTCGTGCACGCTGATGCGCAACTGCGCGCAGTCTTCGTg < 3:43563‑M2/111‑1 (MQ=255) aaatcaccagccccagaccggtgccgccggggcCAGTGAGTTGTCAGCCTGGCTGAAGGCCTGGAACAGTGTGCGCACATCCTGAGGTGACAGGCCGATGCCGGTGTCCTGCACGCTGATGCGCAACTGCGCGCAGTCTTCGTGCTCGt > 1:251074‑M2/34‑149 (MQ=255) atcaccagccccagaccggtgccgccgggcCAGTGAGTTGTCAGCCTGGCTGAAGGCCTGGAACAGTGTGCGCACATCCTGAGGTGACAGGCCGATGCCGGTGTCCTGCACGCTGATGCGCAACTGCGCGCAGTCTTCGTGCTCGTCtt > 8:175938‑M2/31‑149 (MQ=255) cccAGACCGTTGCCGCCGGGCTGGCGGGCCAGTGAGTTGTCAGCCTGGCTGAAGGCCTGGAACAGTGTGCGCACATCCTGAGGTGACAGGCCGATGCCGGTGTCCTGCACGCTGATGCGCAACTGCGCGCAGTCTTCGTGCTCGTCTTc > 7:330395/1‑149 (MQ=255) accagccccagaccggtgccgccgggcCAGTGAGTTGTCAGCCTGGCTGAAGGCCTGGAACAGTGTGCGCACATCCTGAGGTGACAGGCCGATGCCGGTGTCCTGCACGCTGATGCGCAACTGCGCGCAGTCTTCGTGCTCGTCTTc > 2:287527‑M2/28‑147 (MQ=255) ccagccccagaccggtgccgccgggcCAGTGAGTTGTCAGCCTGGCTGAAGGCCTGGAACAGTGTGCGCACATCCTGAGGTGACAGGCCGATGCCGGTGTCCTGCACGCTGATGCGCAACTGCGCGCAGTCTTCGTGCTCGTCTTCCAg > 4:401813‑M2/27‑149 (MQ=255) ccccagaccggtgccgccgggcCAGTGAGTTGTCAGCCTGGCTGAAGGCCTGGAACAGTGTGCGCTCATCCTGAGGTGACAGGCCGATGCCGGTGTCCTGCACGCTGATGCGCAACTGCGCGCAGTCTTCGTGCTCGTCTTCCAGCATg > 1:339482‑M2/23‑149 (MQ=255) ccccagaccggtgccgccgggcCAGTGAGTTGTCAGCCTGGCTGAAGGCCTGGAACAGTGTGCGCACATCCTGAGGTAACAGGCCGATGCCGGTGTCCTGCACGCTGATGCGCAACTGCGCGCAGTCTTCGTGCTCGTCTTCCAGCATg < 4:404987‑M2/127‑1 (MQ=255) cagaccggtgccgccgggcCAGTGAGTTGTCAGCCTGGCTGAAGGCCTGGAACAGTGTGCGCACATCCTGAGGTGACAGGCCGATGCCGGTGTCCTGCACGCTGATgcgc > 8:278255‑M2/20‑110 (MQ=255) cagaccggtgccgccgggcCAGTGAGTTGTCAGCCTGGCTGAAGGCCTGGAACAGTGTGCGCACATCCTGAGGTGACAGGCCGATGCCGGTGTCCTGCACGCTGATgcgc < 7:278255‑M2/91‑1 (MQ=255) ccgccgGGCTGGCGGGCCAGTGAGTTGTCAGCCTGGCTGAAGGCCTGGAACAGTGTGCGCACATCCTGAGGTGACAGGCCGATGCCGGTGTCCTGCACGCTGATGCGCAACTGCGCGCAGTCTTCGTGCTCGTCTTCCAGCATGgcgcg < 8:361534/149‑1 (MQ=255) gccgGGCTGGCGGGCCAGTGAGTTGTCAGCCTGGCTGAAGGCCTGGGACAGTGTgcg > 8:335102/1‑57 (MQ=255) gccgGGCTGGCGGGCCAGTGAGTTGTCAGCCTGGCTGAAGGCCTGGGACAGTGTgcg < 7:335102/57‑1 (MQ=255) cggtgccgccgggcCAGTGAGTTGTCAGCCTGGCTGAAGGCCTGGAACAGTGTGCGCACATCCTGAGGTGACAGGCCGATGCCGGTGTCCTGCACGCTGATGCGCAACTGCGCGCAGTCTTCGTGCTc > 4:223722‑M2/15‑128 (MQ=255) cggtgccgccgggcCAGTGAGTTGTCAGCCTGGCTGAAGGCCTGGAACAGTGTGCGCACATCCTGAGGTGACAGGCCGATGCCGGTGTCCTGCACGCTGATGCGCAACTGCGCGCAGTCTTCGTGCTc < 3:223722‑M2/114‑1 (MQ=255) gtgccgccgggcCAGTGAGTTGTCAGCCTGGCTGAAGGCCTGGAACAGTGTGCGCACATCCTGAGGTGACAGGCCGATGCCGGTGTCCTGCACGCTGATGCGCAACTGCGCGCAGTCTTCGTGCTCGTCTTCCAGCTTGGCGCGCacga < 2:341165‑M2/137‑1 (MQ=255) gtgccgccgggcCAGTGAGTTGTCAGCCTGGCTGAAGGCCTGGAACAGTGTGCGCACATCCTGAGGTGACAGGCCGATGCCGGTGTCCTGCACGCTGATGCGCAACTGCGCGCAGTCTTCGTGCTCGTCTTCCAGCATGGCGCGCacga > 1:240370‑M2/13‑149 (MQ=255) ggCGGGCCAGTGAGTTGTCAGCCTGGCTGAAGGCCTGGAACAGTGTGCGCACATCCTGAGGTGACAGGCCGATGCCGGTGTCCTGCACGCTGATGCGCAACTGCGCGCAGTCTTCGTGCTCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATg < 3:290141/149‑1 (MQ=255) gccgggcCAGTGAGTTGTCAGCCTGGCTGAAGGCCTGGAACAGTGTGCGCACATCCTGAGGTGACAGGCCGATGCCGGTGTCCTGCACGCTGATGCGCaa < 5:381042‑M2/93‑1 (MQ=255) gccgggcCAGTGAGTTGTCAGCCTGGCTGAAGGCCTGGAACAGTGTGCGCACATCCTGAGGTGACAGGCCGATGCCGGTGTCCTGCACGCTGATGCGCaa > 6:381042‑M2/8‑100 (MQ=255) cgggcCAGTGAGTTGTCAGCCTGGCTGAAGGCCTGGAACAGTGTGCGCACATCCTGAGGTGACAGGCCGATGCCGGTGTCCTGCACGCTGATGCGCAACTGCGCGCAGTCTTCGTGCTCTTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGt < 8:7927‑M2/144‑1 (MQ=255) | ATCGTCATGAGCCTTGGGCAGGTTGAGGCTGATCCAGAACTGCGAACCTTCGCCCGGGGTACTGTCGACACCGATCTCGCCGCCCATCTGTTCGATCAGGCGCTTGGAAATCACCAGCCCCAGACCGGTGCCGCCGGGCTGGCGGGCCAGTGAGTTGTCAGCCTGGCTGAAGGCCTGGAACAGTGTGCGCACATCCTGAGGTGACAGGCCGATGCCGGTGTCCTGCACGCTGATGCGCAACTGCGCGCAGTCTTCGTGCTCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGT > NC_002947/1843243‑1843533 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |