| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | 1028604 = | 74 (1.140) | 5 (0.080) | 5/252 | NT | 6.9% | coding (136/1626 nt) | dppA‑III | dipeptide ABC transporter substrate‑binding protein |
| ? | NC_002947 | 1028658 = | 65 (1.050) | coding (82/1626 nt) | dppA‑III | dipeptide ABC transporter substrate‑binding protein | |||||
CCTTCGCGCAGGTGGAAGGTGTAGGTCTTGCCGTCGTCGGACACTTCCCATTTGGTCGCCAGGCCCGGGATGACCGCAGTGCCGCCGCGCTCGAACTGGGTCAGGCGGTTGAACACGGTCTCTGCCGAGGCATCGAAGTCGGTCCCGGTGGTGTACTGCCCCGGATCGAAGCC‑GGCCGGGCTGCCTTCGGAGCAGAACACCAGGTTGGATGCGGCAACGGCCGACGGTGCGCCGCTGAGCAAGCCTGCACCCAGCAGGAACGGAATGACTGCGTGTTTGAGCATGGTGGCCTCATTG > NC_002947/1028456‑1028752 | ccTTCGCGCAGGTGGAAGGTGTAGGTCTTGCCGTCGTCGGACACTTCCCATTTGGTCGCCAGGCCCGGGATGACCGCAGTGCCGCCGCGCTCGAACTGGGTCAGGCGGTTGAACACGGTCTCTGCCGAGGCATCGAAGTCGGTCCCggt > 4:95005/1‑149 (MQ=255) cataagtatccgcaggtcggctcacgaggccacctcatccaaaaaatgacaacaatgaggccaccatgctcaaacacgcagtcattccgttcctgctgggtgcaggcttgctcagcggcgcaccgtcggccgttgccgcatccaaccTg < 8:3381‑M1/2‑1 (MQ=255) cTTCGCGCAGGTGGAAGGTGTAGGTCTTGCCGTCGTCGGACACTTCCCATTTGGTCGCCAGGCCCGGGATGACCGCAGTGCCGCCGCGCTCGAACTGGGTCAGGCGGTTGAACACGGTCTCTGCCGAGGCATCGAAGTCGGTCCCggtg < 7:130/149‑1 (MQ=255) cTTCGCGCAGGTGGAAGGTGTAGGTCTTGCCGTCGTCGGACACTTCCCATTTGGTCGCCAGGCCCGGGATGACCGCAGTGCCGCCGCGCTCGAACTGGGTCAGGCGGTTGAACACGGTCTCTGCCGAGGCATCGAAGTCGGTCCCggtg < 2:407971/149‑1 (MQ=255) ataagtatccgcaggtcggctcacgaggccacctcatccaaaaaatgacaacaatgaggccaccatgctcaaacacgcagtcattccgttcctgctgggtgcaggcttgctcagcggcgcaccgtcggccgttgccgcatccaaccTg > 3:32640‑M1/147‑148 (MQ=255) agtatccgcaggtcggctcacgaggccacctcatccaaaaaatgacaacaatgaggccaccatgctcaaacacgcagtcattccgttcctgctgggtgcaggcttgctcagcggcgcaccgtcggccgttgccgcatccaaccTGgtg > 8:142078‑M1/144‑148 (MQ=255) cgcAGGTGGAAGGTGTAGGTCTTGCCGTCGTCGGACACTTCCCATTTGGTCGCCAGGCCCGGGATGACCGCAGTGCCGCCGCGCTCGAACTGGGTCAGGCGGTTGAACACGGTCTCTGCCGAGGCATCGAAGTCGGTCCCGGTGGTGTa < 8:194911/149‑1 (MQ=255) atccgcaggtcggctcacgaggccacctcatccaaaaaatgacaacaatgaggccaccatgctcaaacacgcagtcattccgttcctgctgggtgcaggcttgctcagcggcgcaccgtcggccgttgccgcatccaaccTGGTGTACt < 8:321892‑M1/9‑1 (MQ=255) cgcaggtcggctcacgaggccacctcatccaaaaaatgacaacaatgaggccaccatgctcaaacacgcagtcattccgttcctgctgggtgcaggcttgctcagcggcgcaccgtcggccgttgccgcatccaaccTGgtg < 1:233997‑M1/5‑1 (MQ=255) cgcaggtcggctcacgaggccacctcatccaaaaaatgacaacaatgaggccaccatgctcaaacacgcagtcattccgttcctgctgggtgcaggcttgctcagcggcgcaccgtcggccgttgccgcatccaaccTGgtg > 2:233997‑M1/138‑142 (MQ=255) gAAGGTGTAGCTCTAGCAGTAGTCGGAAACATAAAAAAAGATAGCCAGGCCCGGGATGACCGCAGTGCCGCCGCGCTCGAACTGGGTCAGGCGGTTGAACACGGTCTCTGCCGAGGCATCGAAGTCGGTCCCGGTGGTGTACTGCCCCg > 2:62478/1‑149 (MQ=255) gtgtAGGTCTTGCCGTCGTCGGACACTTCCCATTTGGTCGCCAGGCCCGGGATGACCGCAGTGCCGCCGCGCTCGAACTGGGTCAGGCGGTTGAACACGGTCTCTGCCGAGGCATCGAAGTCGGTCCCGGTGGTGTACTGCCCCGGATc < 8:357575/149‑1 (MQ=255) tgtAGGTCTTGCCGTCGTCGGACACTTCCCATTTGGTCGCCAGGCCCGGGATGACCGCAGTGCCGCCGCGCTCGAACTGGGTCAGGCGGTTGAACACGGTCTCTGCCGAGGCATCGAAGTCGGTCCCGGTGGTGTACTGCCCCGGATCg < 7:316650/149‑1 (MQ=255) ggctcacgaggccacctcatccaaaaaatgacaacaatgaggccaccatgctcaaacacgcagtcattccgttcctgctgggtgcaggcttgctcagcggcgcaccgtcggccgttgccgcatccaaccTg > 5:49154‑M1/130‑131 (MQ=255) ggctcacgaggccacctcatccaaaaaatgacaacaatgaggccaccatgctcaaacacgcagtcattccgttcctgctgggtgcaggcttgctcagcggcgcaccgtcggccgttgccgcatccaaccTg < 6:49154‑M1/2‑1 (MQ=255) aGGTCTTGCCGTCGTCGGACACTTCCCATTTGGTCGCCAGGCCCGGGATGACCGCAGTGCCGCCGCGCTCGAACTGGGTCAGGCGGTTGAACACGGTCTCTGCCGAGGCATCGAAGTCGGTCCCGGTGGTGTACTGCCCCGGATCGAAg > 7:148698/1‑149 (MQ=255) gTCTTGCCGTCGTCGGACACTTCCCATTTGGTCGCCAGGCCCGGGATGACCGCAGTGCCGCCGCGCTCGAACTGGGTCAGGCGGTTGAACACGGTCTCTGCCGAGGCATCGAAGTCGGTCCCGGTGGTGTACTGCCCCGGATCGAAgcc > 7:138340/1‑149 (MQ=255) gTCTTGCCGTCGTCGGACACTTCCCATTTGGTCGCCAGGCCCGGGATGACCGCAGTGCCGCCGCGCTCGAACTGGGTCAGGCGGTTGAACACGGTCTCTGCCGAGGCATCGAAGTCGGTCCCGGTGGTGTACTGCCCCGGATCGAAgcc > 7:89282/1‑149 (MQ=255) gTCTTGCCGTCGTCGGACACTTCCCATTTGGTCGCCAGGCCCGGGATGACCGCAGTGCCGCCGCGCTCGAACTGGGTCAGGCGGTTGAACACGGTCTCTGCCGAGGCATCGAAGTCGGTCCCGGTGGTGTACTGCCCCGGATCGAAgcc < 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tcgtcgGACACTTCCCATTTGGTCGCCAGGCCCGGGATGACCGCAGTGCCGCCGCGCTCGAACTGGGACAGGCGGTTGAACACGGTCTCTGCCGAGGCATCGAAGACGGTCCCGGTGGTGTACTGCCACCGATCGAAGcc‑tgccggc > 3:11338/1‑146 (MQ=255) ggACACTTCCCATTTGGTCGCCAGGCCCGGGATGACCGCAGTGCCGCCGCGCTCGAACTGGGTCAGGCGGTTGAACACGGTCTCTGCCGAGGCATCGAAGTCGGTCCCGGTGGTGTACTGCCCCGGATCGAAGCC‑GGCCGGGCTGCCtt > 6:123497/1‑149 (MQ=255) gACACTTCCCATTTGGTCGCCAGGCCCGGGATGACCGCAGTGCCGCCGCGCTCGAACTGGGTCAGGCGGTTGAACACGGTCTCTGCCGAGGCATCGAAGTCGGTCCCGGTGGTGTACTGCCCCGGATCGAAGCC‑GGCCGGGCTGCCTTc > 6:121874/1‑149 (MQ=255) cacTTCCCATTTGGTCGCCAGGCCCGGGATGACCGCAGTGCCGCCGCGCTCGAACTGGGTCAGGCGGTTGAACACGGTCTCTGCCGAGGCATCGAAGTCGGTCCCGGTGGTGTACTGCCCCGGATCGAAGCC‑GGCCGGGCTGCCTTCgg < 8:68231/149‑1 (MQ=255) acTTCCCATTTGGTCGCCAGGCCCGGGATGACCGCAGTGCCGCCGCGCTCGAACTGGGTCAGGCGGTTGAACACGGTCTCTGCCGAGGCATCGAAGTCGGTCCCGGTGGTGTACTGCCCCGGATCGAAGCC‑GGCCGGGCTGCCTTCGGa < 2:179612/149‑1 (MQ=255) acTTCCCAATTGGTCGCCAGGCCCGGGATGACCGCAGTGCCGCCGCGCTCGAACTGGGTCAGGCGGTTGAACACGGTCTCTGCCGAGGCATCGAAGTCGGTCCCGGTGGTGTACTGCCCCGGATCGAAGCC‑GGCCGGGCTGCCTTCGGa < 7:25925/149‑1 (MQ=255) ttCCCATTTGGTCGCCAGGCCCGGGATGACCGCAGTGCCGCCGCGCTCGAACTGGGTCAGGCGGTTGAACACGGTCTCTGCCGAGGCATCGAAGTCGGTCCCGGTGGTGTACTGCCCCGGATCGAAGCC‑GGCCGGGCTGCCTTCGGAg > 8:113022/1‑148 (MQ=255) ttCCCATTTGGTCGCCAGGCCCGGGATGACCGCAGTGCCGCCGCGCTCGAACTGGGTCAGGCGGTTGAACACGGTCTCTGCCGAGGCATCGAAGTCGGTCCCGGTGGTGTACTGCCCCGGATCGAAGCC‑GGCCGGGCTGCCTTCGGAg > 5:224472/1‑148 (MQ=255) cccATTTGGTCGCCAGGCCCGGGATGACCGCAGTGCCGCCGCGCTCGAACTGGGTCAGGCGGTTGAACACGGTCTCTGCCGAGGCTTCGAAGTCGGTCCCGGTGGTGTACTGCCCCGGATCGAAGCC‑GGCCGGGCTGCCTTCGGAGCa < 5:385443/148‑1 (MQ=255) gacaacaatgaggccaccatgctcaaacacgcagtcattccgttcctgctgggtgcaggcttgctcagcggcgcaccgtcggccgttgccgcatccaaccTGGTGTACTGCCCCGGATCGAAGCC‑GGCCGGGCTGCCTTCGGAGCAGaa < 8:358513‑M1/49‑1 (MQ=255) aacaatgaggccaccatgctcaaacacgcagtcattccgttcctgctgggtgcaggcttgctcagcggcgcaccgtcggccgttgccgcatccaaccTGGTGTACTGCCCCGGATCGAAGCC‑GGCCGGGCTGCCTTCGGAGCAGAacac > 8:62587‑M1/98‑149 (MQ=255) acaatgaggccaccatgctcaaacacgcagtcattccgttcctgctgggtgcaggcttgctcagcggcgcaccgtcggccgttgccgcatccaaccTGGTGTACTGCCCCGGATCGAAGCC‑GGCCGGGCTGCCTTCGGAGCAGAACAcc > 7:358513‑M1/97‑149 (MQ=255) tCGCCAGGCCCGGGATGACCGCAGTGCCGCCGCGCTCGAACTGGGTCAGGCGGTTGAACACGGTCTCTGCCGAGGCATCGAAGTCGGTCCCGGTGGTGTACTGCCCCGGATCGAAGCC‑GGCCGGGCTGCCTTCGGAGCAGAACACCAgg > 4:281419/1‑149 (MQ=255) gCCAGGCCCGGGATGACCGCAGTGCCGCCGCGCTCGAACTGGGTCAGGCGGTTGAACACGGTCTCTGCCGAGGCATCGAAGTCGGTCCCGGGGGTGTACTGCCCCGGATCGAAGCCAGGCCGGGCTGCCTTCGGAGCAGAACACCAGGt < 1:48608/149‑1 (MQ=255) ccAGGCCCGGGATGACCGCAGTGCCGCCGCGCTCGAACTGGGTCAGGCGGTTGAACACGGTCTCTGCCGAGGCATCGAAGTCGGTCCCGGTGGTGTACTGCCCCGGATCGAAGCC‑GGCCGGGCTGCCTTCGGAGCAGAACACCAGGTTg < 3:281419/149‑1 (MQ=255) aggccaccatgctcaaacacgcagtcattccgttcctgctgggtgcaggcttgctcagcggcgcaccgtcggccgttgccgcatccaaccTGGTGTACTGCCCCGGATCGAAGCC‑GGCCGGGCTGCCTTCGGAGCAGAACACCAGGtt > 7:321892‑M1/91‑148 (MQ=255) gCCCGGGATGACCGCAGTGCCGCCGCGCTCGAACTGGGTCAGGCGGTTGAACACGGTCTCTGCCGAGGCATCGAAGTCGGTCCCGGTGGTGTACTGCCCCGGATCGAAGCC‑GGCCGGGCTGCCTTCGGAGCAGAACACCAGGTTGGATg < 5:121874/149‑1 (MQ=255) gCCCGGGATGACCGCAGTGCCGCCGCGCTCGAACTGGGTCAGGCGGTTGAACACGGTCTCTGCCGAGGCATCGAAGTCGGTCCCGGTGGTGTACTGCCCCGGATCGAAGCC‑GGCCGGGCTGCCTTCGGAGCAGAACACCAGGTTGGATg > 1:205824/1‑149 (MQ=255) ccGGGATGACCGCAGTGCCGCCGCGCTCGAACTGGGTCAGGCGGTTGAACACGGTCTCTGCCGAGGCATCGAAGTCGGTCCCGGTGGTGTACTGCCCCGGATCGAAGCC‑GGCCggg < 5:27047/116‑1 (MQ=255) ccGGGATGACCGCAGTGCCGCCGCGCTCGAACTGGGTCAGGCGGTTGAACACGGTCTCTGCCGAGGCATCGAAGTCGGTCCCGGTGGTGTACTGCCCCGGATCGAAGCC‑GGCCggg > 6:27047/1‑116 (MQ=255) cGGGATGACCGCAGTGCCGCCGCGCTCGAACTGGGTCAGGCGGTTGAACACGGTCTCTGCCGAGGCATCGAAGTCGGTCCCGGTGGTGTACTGCCCCGGATCGAAGCC‑GGCCGGGCTGCCTTCGGAGCAGaa > 5:233593/1‑132 (MQ=255) cGGGATGACCGCAGTGCCGCCGCGCTCGAACTGGGTCAGGCGGTTGAACACGGTCTCTGCCGAGGCATCGAAGTCGGTCCCGGTGGTGTACTGCCCCGGATCGAAGCC‑GGCCGGGCTGCCTTCGGAGCAGaa < 6:233593/132‑1 (MQ=255) gggATGACCGCAGTGCCGCCGCGCTCGAACTGGGTCAGGCGGTTGAACACGGTCTCTGCCGAGGCATCGAAGTCGGTCCCGGTGGTGTACTGCCCCGGATCGAAGCC‑GGCCGGGCTGCCTTCGGAGCAGAACACCAGGTTGGATGCGGc < 3:95005/149‑1 (MQ=255) aTGACCGCAGTGCCGCCGCGCTCGAACTGGGTCAGGCGGTTGAACACGGTCTCTGCCGAGGCATCGAAGTCGGTCCCGGTGGTGTACTGCCCCGGATCGAAGCC‑GGCCGGGCTGCCTTCGGAGCAGAACACCAGGTTGGATGCGGCAAc > 7:208473/1‑149 (MQ=255) tGACCGCAGTGCCGCCGCGCTCGAACTGGGTCAGGCGGTTGAACACGGTCTCTGCCGATGCATCGAAGTCGGTCCCGGTGGTGTACTGCCCCGGATCGAAGCC‑GGCCGGGCTGCCTTCGGAGCAGAACACCAGGTTGGATGCGGCAACg < 8:142475/149‑1 (MQ=255) cGCAGTGCCGCCGCGCTCGAACTGGGTCAGGCGGTTGAACACGGTCTCTGCCGAGGCATCGAAGTCGGTCCCGGTGGTGTACTGCCCCGGATCGAAGCC‑GGCCGGGCTGCCTTCGGAGCAGAACACCAGGTTGGATGCGGCAACGGcc > 2:192582/1‑148 (MQ=255) 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cggAGGCATCGAAGTCGGTCCCGGTGGTGTCCTGCCCCGGTTCGAAGCG‑GGCCGGGCTGCCTTCGGAGCAGAACACCAGGTTGGATGCGGCAAGGGCCGACGGTGCGCCGCTGAGCATGCCTGCACCCAGCAGGAACGGAATGACTGc < 4:11338/146‑1 (MQ=255) ccGAGGCATCGAAGTCGGTCCCGGTGGTGTACTGCCCCGGATCGAAGCC‑GGCCGGGCTGCCTTCGGAGCAGAACACCAGGTTGGATGCGGCAACGGCCGACGGTGCGCCGCTGAGCAAGCCTGCACCCAGCAGGAACg > 8:216232/1‑138 (MQ=255) ccGAGGCATCGAAGTCGGTCCCGGTGGTGTACTGCCCCGGATCGAAGCC‑GGCCGGGCTGCCTTCGGAGCAGAACACCAGGTTGGATGCGGCAACGGCCGACGGTGCGCCGCTGAGCAAGCCTGCACCCAGCAGGAACg < 7:216232/138‑1 (MQ=255) cGAGGCATCGAAGTCGGTCCCGGTGGTGTACTGCCCCGGATCGAAGCC‑GGCCGGGCTGCCTTCGGAGCAGAACACCAGGTTGGATGCGGCAACGGCCGACGGTGCGCCGCTGAGCAAGCCTGCa < 4:55552/124‑1 (MQ=255) cGAGGCATCGAAGTCGGTCCCGGTGGTGTACTGCCCCGGATCGAAGCC‑GGCCGGGCTGCCTTCGGAGCAGAACACCAGGTTGGATGCGGCAACGGCCGACGGTGCGCCGCTGAGCAAGCCTGCa > 3:55552/1‑124 (MQ=255) aTCGAAGTCGGTCCCGGTGGTGTACTGCCCCGGATCGAAGCC‑GGCCGGGCTGCCTTCGGAGCAGAACACCAGGTTGGATGCGGCAACGGCCGACGGTGCGCCGCTGAGCAAGCCTGCACCCAGCAGGAAc < 7:316469/130‑1 (MQ=255) aTCGAAGTCGGTCCCGGTGGTGTACTGCCCCGGATCGAAGCC‑GGCCGGGCTGCCTTCGGAGCAGAACACCAGGTTGGATGCGGCAACGGCCGACGGTGCGCCGCTGAGCAAGCCTGCACCCAGCAGGAAc > 8:316469/1‑130 (MQ=255) aTCGAAGTCGGTCCCGGTGGTGTACTGCCCCGGATCGAAGCC‑GGCCGGGCTGCCTTCGGAGCAGAACACCAGGTTGGATGCGGCAACGGCCGACGGTGCGCCGCTGAGCAAGCCTGCACCCAGCAGGAACGGAATGa > 5:380892/1‑137 (MQ=255) aTCGAAGTCGGTCCCGGTGGTGTACTGCCCCGGATCGAAGCC‑GGCCGGGCTGCCTTCGGAGCAGAACACCAGGTTGGATGCGGCAACGGCCGACGGTGCGCCGCTGAGCAAGCCTGCACCCAGCAGGAACGGAATGa < 6:380892/137‑1 (MQ=255) aaGTCGGTCCCGGTGGTGTACTGCCCCGGATCGAAGCC‑GGCCGGGCTGCCTTCGGAGCAGAACACCAGGTTGGATGCGGCAACGGCCGACGGTGCGCCGCTGAGCAAGCCTGCACCCAGCAGGAACGGAATGACTGCGTGTTTGAGCAt > 5:300730/1‑149 (MQ=255) aGTCGGTCCCGGTGGTGTACTGCCCCGGATCGAAGCC‑GGCCGGGCTGCCTTCGGAGCAGAACACCAGGTTGGATGCGGCAACGGCCGACGGTGCGCCGCTGAGCAAGCCTGCACCCAGCAGGAACGGAATGACTGCGTGTTTGAGCAtg < 6:300730/149‑1 (MQ=255) ggTCCCGGTGGTGTACTGCCCCGGATCGAAGCC‑GGCCGGGCTGCCTTCGGAGCAGAACACCAGGTTGGATGCGGCAACGGCCGACGGTGCGCCGCTGAGCAAGCCTGCACCCAGCAGGAACGGAATGACTGCGTGTTTGAGCAtggtgg > 5:42824/1‑149 (MQ=255) TGGTGTACTGCCCCGGATCGAAGCC‑GGCCGGGCTGCCTTCGGAGCAGAACACCAGGTTGGATGCGGCAACGGCCGACGGTGCGCCGCTGAGCAAGCCTGCACCCAGCAGGAACGGAATGACTGCGTGTTTGAGCATGGTGGCCTCAttg > 4:283968‑M1/1‑149 (MQ=255) | CCTTCGCGCAGGTGGAAGGTGTAGGTCTTGCCGTCGTCGGACACTTCCCATTTGGTCGCCAGGCCCGGGATGACCGCAGTGCCGCCGCGCTCGAACTGGGTCAGGCGGTTGAACACGGTCTCTGCCGAGGCATCGAAGTCGGTCCCGGTGGTGTACTGCCCCGGATCGAAGCC‑GGCCGGGCTGCCTTCGGAGCAGAACACCAGGTTGGATGCGGCAACGGCCGACGGTGCGCCGCTGAGCAAGCCTGCACCCAGCAGGAACGGAATGACTGCGTGTTTGAGCATGGTGGCCTCATTG > NC_002947/1028456‑1028752 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |