| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | 2295836 = | 52 (0.800) | 6 (0.100) | 5/248 | NT | 10.4% | intergenic (+82/+51) | PP_5496/PP_2023 | hypothetical protein/glutathione S‑transferase family protein |
| ? | NC_002947 | 4282152 = | 55 (0.900) | coding (1078/1089 nt) | PP_3753 | AraC family transcriptional regulator | |||||
AGCAGTACCTGCGCCAGAGCGCCAATTTCCATGCGGCCCTGAGTGGCAAGCACCACCAC‑TGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTTGAACAGCTCCGAAGCCAGCCACCCCTCCAGCCAGCTCCGCACACGCGGATAAGCCGCCTCGGCGAACCACTG > NC_002947/2295693‑2295979 | gtgccttccaccgggcgttcaagaagtggaccgggcagagcccagggagctaccgggcgcggctggtcggcctgcgttctacctgtaggagcgggcatgcccgcgaagaaaccaccgcggtggatggcaccggctctgccggtgTTcgc > 7:7936‑M1/145‑149 (MQ=255) ccttccaccgggcgttcaagaactggaccgggcagagcccagggagctaccgggcgcggctggtcggcctgcgttctacctgtaggagcgggcatgcccgcgaagaaaccaccgcggtggatggcaccggctctgccggtgTTCGCgg > 7:373307‑M1/142‑148 (MQ=255) aGTACCTGGTCCATTGCGCCAATTTCCATGCTGCCCTGAGTGGAAAGCACCTCCAC‑TTATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGTGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGGAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGc < 3:21840/149‑1 (MQ=37) aGTACCTGCGCCAGAGCGCCAATTTCCATGCGGCCCTGAGTGGCAAGCACCACCAC‑TGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGc < 2:213468/149‑1 (MQ=255) cTGCGCCAGAGCGCCAATTTCCATGCGGCCCTGAGTGGCAAGCACCACCAC‑TGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGcc > 7:177504/1‑149 (MQ=255) gcCAGAGCGCCAATTTCCATGCGGCCCTGAGTGGCAAGCACCACCAC‑TGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCt > 1:2063/1‑149 (MQ=255) agagCGCCAATTTCCATGCGGCCCTGAGTGGCAAGCACCACCAC‑TGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTccc < 8:367009/149‑1 (MQ=255) agagCGCCAATTTCCATGCGGCCCTGAGTGGCAAGCACCACCAC‑TGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTccc < 6:195307/149‑1 (MQ=255) gagCGCCAATTTCCATGCGGCCCTGAGTGGCAAGCACAACCAC‑TGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCCCTTCGCCGCCATGACCGCTCCca > 8:281650/1‑149 (MQ=38) tttcAATTTCCATGCGGCCCGTAGTGGCAAGAACAACCACTTGTTCTGGCGTGTGTGAGGTCCTTGTGGTAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCGGCTTCGCGGGCTTGCCCGCTCCcaca < 1:339286/146‑1 (MQ=21) cAATTTCCATGCGGCCCTGAGTGGCAAGCACCACCAC‑TGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCCCACGGa > 4:289488/1‑149 (MQ=255) aaTTTCCATGCGGCCCTGAGTGGCAAGCACCACCAC‑TGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGAc > 5:373641/1‑149 (MQ=255) aaTTTCCATGCGGCCCTGAGTGGCAAGAACCACCAC‑AGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTAGCCGGCATGCCCGCACCCCCACCGat > 2:339286/1‑148 (MQ=37) gCGGCCCTGAGTGGCAAGCACCACCAC‑TGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGACATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCa > 7:75356/1‑149 (MQ=255) gAGTGGCAAGCACTACCAC‑TGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTAGCGGGCATGCCCCCTCCCACCCGGACCCAt > 4:29726/1‑136 (MQ=255) gAGTGGCAAGCACCACCAC‑TGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCAt < 3:29726/136‑1 (MQ=255) aGTGGCAAGCACCACCAC‑TGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATg < 8:89645/148‑1 (MQ=255) gTGGCAAGCACCACCAC‑TGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGtt > 1:97486/1‑149 (MQ=255) tgtcAAGCACCACCAC‑TTATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGGGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGTACCCATGTGCAGCCCGATGtt < 7:281650/145‑1 (MQ=255) gCAAGCACCACCAC‑TGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTc < 1:204951/117‑1 (MQ=255) gCAAGCACCACCAC‑TGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCATAGCGGGCAAGCCCGCGCCCACACGGCCCCCAGTGCAGCCCGCTGTTTaa > 5:242322/1‑149 (MQ=37) atgCACCACCAT‑TTATTTGGTTTGTGTGATGTCTTTTTGGTAGGGGGATTGCCCGGTAAAACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCGGCTTCGCGTACTTGCCGGCTCCAACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATc < 8:75356/147‑1 (MQ=255) aaGCACCACCAC‑TGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAAt > 7:203175/1‑148 (MQ=255) aaGCACCACCAC‑TGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAAt > 8:303580/1‑148 (MQ=255) accaccccac‑TTCTCGGGGTTGGGGGAGGCCCTTGGGGGCGCGGGCATCCCCGCTAACACCGGCACAGCCGGTGCCATCCCCCGCGGGGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAg < 8:201672/143‑1 (MQ=21) accaccac‑TGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCCAGCCCGCTCCCCAACGGACCCCTGTGGAGCCCGCTGTTTAATCAGCg > 6:41818/1‑149 (MQ=37) ac‑TGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGTATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACgg < 8:161555/113‑1 (MQ=255) ac‑TGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCAt < 7:303580/149‑1 (MQ=255) tGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTAGCGGGCATGCCCGCGCCCACCCGGCCCCAGGTGCACCCCCCTGTTTAATAAGCGGACCATGa > 2:170736/1‑149 (MQ=25) ttGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCCCACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTTg > 3:111341/1‑148 (MQ=255) gtgtttggTCCTTGTGGGAGGGGGCTTGCCGGCTAACACCGGCATAGCGGGTGCAATCCACCGGGGTGCCCGCTTCGCGGGAATGCCCGCTCCAACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTTGaa < 2:121101/142‑1 (MQ=255) gtgtgAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCCTGCCCGCGCCCACCCGGACCCATGTGCAGCCCGCTGTTTTATCAGCGGCCCCTGGTTGCCGTGAAc > 5:22457/1‑149 (MQ=25) tgtgAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCgg < 7:209681/79‑1 (MQ=255) tgtgAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCgg > 8:209681/1‑79 (MQ=255) tgtgAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTTGAAc < 8:203175/148‑1 (MQ=255) gcccTTGGGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCACAGCCGGTGCCAGCCACCGCGGTGCCCTGTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTTGAACAGCTcc < 3:217618/146‑1 (MQ=37) cTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTAGCGGGCCAGGCCGCGCCCACCCGGGACCATGTGCCGCCCGAAGTTTAATCAGCGGCCCAATAATACCTTTAACAGcaacccag > 4:212580/1‑142 (MQ=18) ttGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCCCTTAGCGGGCATTCCCGCTACCCCACGGAACCATGTGCATCCCGAAGTTTAAAAACCCCACCAAGATTGCCTTGAACAGCAACGaaaa > 6:350256/1‑147 (MQ=21) tgggggAGCGGGCCTGCCCGCGAACACCGGCAGCGCCGGTGCCATCCACGGCGGGGCCCGCTGCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTTGAACAGCTCCGAagcc < 8:119145/146‑1 (MQ=38) tgGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTTGAACAGCTCCGAagcca < 2:97486/148‑1 (MQ=255) tgGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTTGAACAGCTCCGAagcca < 3:289488/148‑1 (MQ=255) ttcgCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTTGAACAGCTCCGAagccagcc > 1:91892/4‑149 (MQ=255) gcatgcccgcgaagcgggcaccgcggtggatggcaccggctctgccggtgTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAAGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGAGGACCATGATTGCCTTGAACAGCTCCGAAGCCAGCCCCCCCTc < 5:141517‑M1/99‑1 (MQ=255) caggCCCGCTAACACCGGCAGCGCCGGTGCCATCCACCGCGGGGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCGCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTTGAACAGCTCCGAAGCCAGCCACCCCTcc < 1:170736/146‑1 (MQ=39) cATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTTGAACAGCTCCGAAGCCAGCCACCCCTcc < 8:177504/149‑1 (MQ=255) atgcccgcgaagcgggcaccgcggtggatggcaccggctctgccggtgTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTTGAACAGCTCCGAAGCCAGCCACCCCTc < 7:196373‑M1/99‑1 (MQ=255) atgcccgcgaagcgggcaccgcggtggatggcaccggctctgccggtgTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTTGAACAGCTCCGAAGCCAGCCACCCCTc < 8:268300‑M1/99‑1 (MQ=255) agccccGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCCCCGCGGGGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTTGAACAGCTCCGAAGCCAGCCACCCCTcca < 6:22457/146‑1 (MQ=255) aTGCCCGCGTACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTTGAACAGCTCCGAAGCCAGCCACCCCTcca < 7:385604/149‑1 (MQ=255) ccgcgaagcgggcaccgcggtggatggcaccggctctgccggtgTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATg < 7:82798‑M1/46‑1 (MQ=255) ccgcgaagcgggcaccgcggtggatggcaccggctctgccggtgTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATg > 8:82798‑M1/45‑90 (MQ=255) ccGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCCTGCCCGCTCCCCCACGGACCCAAGGGCCGCCCCATGGTTAAGCAGCGGCCCATGCTTGCCTGGCACAGCGCCGCAGCCCGACACCCCTccagccc > 7:372018/1‑148 (MQ=21) ccGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTTGAACAGCTCCGAagcca < 2:96078/133‑1 (MQ=255) ccGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTTGAACAGCTCCGAagcca > 1:96078/1‑133 (MQ=255) gccgtgCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTGGCGGGCAGGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGTCCATGATTGCCTTGAACAGCTCCGAAGCCAGCCACCCCTCCAGCCAGCTCCGCACAcg < 6:242322/144‑1 (MQ=255) gagCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTTGAACAGCTCCGAAGCCAGCCACCCCTCCAGCCAGCTCCGCACACGCgg < 6:373641/149‑1 (MQ=255) ccATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGAATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTTGAACAGCTCCGAAGCCAGCCACCCCTCCAGCCAGCTCCGCACACGCGGATAAgccgc < 8:66245/149‑1 (MQ=255) caccggctctgccggtgTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAAGGACCTATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTTGAACAGCTCCGAAGCCAGCCACCCCTCCAGCCAGCTCCGCACACGCGGATAAGCCGCCTc < 2:221224‑M1/132‑1 (MQ=255) cACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATAAGCGGACCAAGATTGCCTTGAACAGCTCCCAATCCACCCACCCCTCCACCCACCTCCGCCCACGCGGATAAGCCGCCACgg > 6:156768/1‑149 (MQ=255) cccGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCAGGCCCGCGCCCACCCGGCCCCAGGTGCAGCCCGCTGGTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTGGAACAGCTCCGCAGCCAGCCCCCCCTCCAGCCAGCTCCGCACACGCGGATAAGCCGCCTCGGc < 8:372018/148‑1 (MQ=255) cctggTTCGCGGGCATGCCCTCTCCAACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCATCGGACCATGATTGCCTTGAACAGCTCCGAAGCCAGCCACCCCTCCAGCCAGCTCCGCACACGCGGATAAGCCGCCTCGGCGAACCACTg > 5:350256‑M1/6‑149 (MQ=255) cccGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTTGAACAGCTCCGAAGCCAGCCACCCCTCCAGCCAGCTCCGCACACGCGGATAAGCCGCCTCGGCGAACCACTg < 2:91892/149‑1 (MQ=255) | AGCAGTACCTGCGCCAGAGCGCCAATTTCCATGCGGCCCTGAGTGGCAAGCACCACCAC‑TGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTTGAACAGCTCCGAAGCCAGCCACCCCTCCAGCCAGCTCCGCACACGCGGATAAGCCGCCTCGGCGAACCACTG > NC_002947/2295693‑2295979 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |